illumina测序

揭秘你所不知道的盖茨商业王国

从血液基因检测到癌症肿瘤基因测序，再到液态金属电池和新型核能发电厂，比尔盖茨投资的企业或将影响你我的未来生活。【嵌牛鼻子】原来比尔盖茨不仅仅只有Windows和Office啊。
于占胜·2021-04-24 23:55

CHETAH-a selective, hierarchical cell type identification method for single-cell RNA sequencing

因为自己一直在分析单细胞测序的数据，总是画了聚类图后，想着怎么鉴定出细胞类型来，然后刚好读到这篇文献，讲了用CHETAH，基于已发表的文献的鉴定出来的细胞类型来鉴定，这种感觉就像是以前用已知数据来训练未知数据一样
YiyiLearn·2021-04-24 14:59

NGS二代测序技术与转化医学研究--2.RNA-seq部分

RNA-seq转录组测序与cfDNA体细胞突变检测相比，基因表达相关的RNA-seq转录组测序在常规的mRNA、非编码RNA(lncRNA、circRNA、microRNA/piRNA等)以及肿瘤融合基因鉴定方面应用较为成熟
星尘_ec92·2021-04-24 03:08

自我管理三件事第十五天(达成)

或许到2020年，去深圳做一次基因测序？第二件事:学习:Finger——入门训练——气息训练完成情况:完成不得不说，看见一个年轻小伙子，穿着白T捧着肚子叉着腰，真的很怪异。
拥雪·2021-04-23 18:28

如何让还在娘胎里的孩子为自己取名字？

思路1：我是父母染色体重组后的变异若从基因层次定义一个人的独一无二之处，可以对父母和胎儿分别做人全基因组重测序，识别出胎儿与父本母本都不同的、基因突变最显著的位点。
喑喑·2021-04-23 10:15

Short reads aligners-Thelearningnotesofthebiostarhandbook(8)

map与alignment新一代测序数据的处理过程中，map/alignment总是同时出现，那么二者的区别是什么呢？大致上可以这样理解：map这个动作表示的是：把短片段对应到参考基因组的某个位置上。
Hypdoctor·2021-04-23 06:47

单细胞上游软件cellranger从头说

对于我们的10x数据上游分析，主要靠cellranger拆分bcl安装bcl2fastq这是它的官网：https://support.illumina.com/sequencing/sequencing_software
小潤澤·2021-04-22 16:41

canu安装（无root权限不联网不配置环境变量）

简介Canu是CeleraAssembler的一个分支，专门用于高噪声单分子测序（例如PacBioRSII或OxfordNanoporeMinION）。
木子土123·2021-04-22 13:19

学习小组Day 7笔记-k-molar

一.测序相关知识测序知识二.二代测序大体流程二代测序大体流程三.NGS组学分类NGS组学分类
k_molar·2021-04-22 08:58

NCBI-SRA数据下载的3种方法

主要存储高通量测序的原始数据，来自四个测序平台，分别为：Roche_LS454，Illumina，ABI_SOLID和HELICOS。
组学大讲堂·2021-04-22 01:21

单端测序与双末端测序

单端测序与双末端测序高通量测序的方式主要有：单端测序paired-endmate-paired(PE/MP)测序当要进行多个样品同时测序时可以给不同的样品添加不同接头，混合后一起测序。
wangchuang2017·2021-04-22 01:00

RPKM/FPKM/TPM在RNA-seq分析中的标准化流程

因为落在一个基因区域内的readcounts取决于基因长度和测序深度。当基因长度越长，测序深度越深，则落在该基因的readcounts越多。
爱吃甜品的鱼·2021-04-21 15:23

CopyKAT：从高通量单细胞RNASeq数据推断人类肿瘤的基因组拷贝数和亚克隆结构

CopyKAT：从高通量单细胞RNASeq数据推断人类肿瘤的基因组拷贝数和亚克隆结构人类肿瘤单细胞RNA测序的一个主要挑战是区分癌细胞和非恶性细胞类型，以及存在多个肿瘤亚克隆。
Seurat_Satija·2021-04-21 10:42

R语言|TCGAbiolinks 包系列（1）——检索并获取数据

TCGA数据库相信大家都耳熟能详了，它是美国政府发起的癌症和肿瘤基因图谱（CancerGenomeAtlas，TCGA）计划，试图通过应用基因组分析技术，特别是采用大规模的基因组测序，将人类全部癌症（近期目标为
珠江肿瘤·2021-04-21 07:34

NGS原理- 单细胞转录组测序-介绍CEL-seq2, Drop-seq, SCRBseq, Smart-seq

转载自https://www.plob.org/article/9429.html导读在单细胞研究的大潮中，新的测序方法层出不穷。不过，很少有人对这些方法进行系统的比对。
老_Z·2021-04-21 06:16

社会实践第七天

应该是我没有真正了解到基因测序的真正魅力。走在风中今天阳光突然好温柔。早上九点钟我们如约在C区三楼会议室等待着今天份的讲解。九点半左右，冯帅老师给我们开始讲解了“基因检测与健康管理”的知识。
将暮未暮_5083·2021-04-20 23:28

芝识测评&分享：科技富能量 菁英版，3.5亿点击量的科普佳作，和富赜一起做“先看见未来的人”

在这个时代人工智能、VR虚拟现实、无人驾驶、基因测序等等越来越多的科技新知已脱离实验室，光速改变这我们的生活。在这个AlphaGo能轻易战胜柯洁的时代，我们不能在再所作为。
芝识分享·2021-04-20 18:15

外显子组和目标区域深度测序常见问题及解答

转载：http://meeting.dxy.cn/majorbio2011/article/i14646.html1.测序深度需要达到多少？
oddxix·2021-04-20 15:13

新一代测序技术揭示了在内源DNA双链断裂中两种损伤诱导的RNA

17Next-generationsequencingrevealstwopopulationsofdamage-inducedsmallRNAsatendogenousDNAdouble-strandbreaks题目：新一代测序技术揭示了在内源
猫姐Lily·2021-04-20 07:43

解读一篇病原微生物相关的文章

脑脊液中病原体检测的临床宏基因组测序测定法的实验室验证文章：Laboratoryvalidationofaclinicalmetagenomicsequencingassayforpathogendetectionincerebrospinalfluid
晓佥·2021-04-20 04:08

宏基因组shotgun入门笔记

目录背景知识1.1.根据分析对象的分类1.2.三个基本数据处理问题1.3.一般分析流程1.4.比较宏基因组学的应用1.5.目前存在的技术问题实验设计2.1.几点指导意见2.2.测序平台的选择Metagenomeassembly
UnderStorm·2021-04-19 21:04

SRA数据下载

http://zhaohuanan.cc/2020/04/15/11.bioinfo/bioinfo-SRA%E6%95%B0%E6%8D%AE%E4%B8%8B%E8%BD%BD/应用场景：如果自己没有测序数据
RachaelRiggs·2021-04-19 20:14

纯生信分析套路：10+肿瘤基因组分组上新

这篇文章就采用了深度学习分析基因组测序的数据，并加上了对免疫细胞浸润和
呆呆聊生信·2021-04-19 19:35

（1）单细胞测序前沿、应用、通识

内容来自菲沙基因讲座。如有侵删单细胞转录组建库原理image.png细胞直径不要太小会不准确，直径过大会堵塞建库标准！建库原理——3‘端【只做单细胞时使用】image.png建库原理——5‘端【与免疫组库有关时考虑】【看TCR和BCR】image.pngimage.png单细胞转录组的应用image.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage.png多组学思路image
呆呱呱·2021-04-19 15:49

单细胞测序文献精读10 | 单细胞测序揭示肝细胞癌免疫细胞图谱及其动态特征

单细胞测序揭示肝细胞癌免疫细胞图谱及其动态特征要点1、两个scRNA-seq平台揭示了肝癌的高分辨率动态免疫景观2、cDCs产生的d-LAMP3+DCs可以从肿瘤转移到肝淋巴结3、对配体受体分析提示LAMP3
珠江肿瘤·2021-04-19 15:13

RUVSeq中RUVg矫正原理

这是因为测序测到的部分为cDNA文库的一部分，所以测到的部分相当于是文库中抽取的一部分，属于抽样测序，而我们认为抽样测序的比例是一定的。
小潤澤·2021-04-19 13:45

SRA数据库及其数据的下载（GEO、SRA）

SRA数据库SequenceReadArchive(SRA)是NCBI旗下的数据库之一，其作用是存储包括Illumina、454、IonTorrent、CompleteGenomic、PacBio和OxfordNanpores
波波在敲代码·2021-04-19 12:23

RNA-seq摸索：4. edgeR/limma/DESeq2差异基因分析→ggplot2作火山图→biomaRt转换ID并注释

消除文库大小不同，测序深度对差异分析结果的影响怎样标准化？找到一个能反映文库大小的因子，利用这个因子对rawdata进行标准化3根据模型检验求pvalue：泊松分布(poissondis
没有猫但是有猫饼·2021-04-19 12:07

RNA-Seq：差异表达分析及可视化

上一篇已经系统介绍了有参RNASeq上游分析，从测序数据fastq文件到最终生成表达矩阵。这一系列基本都是RNASeq通用常规分析，其下游差异表达及可视化则根据需求及研究目标而有所不同。
胡小兵plus·2021-04-19 12:38

TCGA数据整合后进行DESeq2差异表达分析和基于R的多种可视化

测序上游分析系列：mRNA-seq转录组二代测序从rawreads到表达矩阵：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从rawreads，鉴定已知miRNA-预测新
ZZZZZZ_XX·2021-04-19 12:29

各种测序基础知识介绍-转发

各种测序基础知识介绍RNA-Seq名词解释index测序的标签，用于测定混合样本，通过每个样本添加的不同标签进行数据区分，鉴别测序样品。
可以公开的秘密Scarlett·2021-04-19 11:20

TCGA转录组差异分析后多种基因功能富集分析：从GO/KEGG到GSEA和GSVA/ssGSEA（含基因ID转换）

测序上游分析系列：mRNA-seq转录组二代测序从rawreads到表达矩阵：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从rawreads，鉴定已知miRNA-预测新
ZZZZZZ_XX·2021-04-19 11:34

R for Data science-3 Data visualisation[读书笔记]

学习目标：应用领域：作物遗传育种；数据类型：主要用来分析转录组或者重测序数据，不进行大规模Rawdata处理，以及田间农艺性状的表型调查的统计
茶思饭·2021-04-19 07:43

BSR-(RNA-seq)数据进行BSR分析

基于DNA水平的重测序，可以测到所有的碱基变化情况，需要整个基因组比对。基于RNA表达水平的BSR,更
wo_monic·2021-04-19 03:15

序列拼接 - Velvet

基因组测序数据的从头组装过程：测序读段（reads)>contig>scaffold>chromosome1.核心算法基因组测序数据的从头组装的的核心算法主要可以分为以下几大类：基于贪婪算法（greedy-extention
吴十三和小可爱的札记·2021-04-19 03:29

TME文献精读 | 单细胞测序揭示复杂的乳腺癌免疫微环境

Title：Single-CellMapofDiverseImmunePhenotypesintheBreastTumorMicroenvironment单细胞测序揭示复杂的乳腺癌免疫微环境2.png全文摘要
珠江肿瘤·2021-04-19 02:19

预印 | R NetCoMi：利用微生物组数据构建网络和比较网络

NetCoMi:NetworkConstructionandComparisonforMicrobiomeDatainR中文：RNetCoMi利用微生物组数据构建网络和比较时间：2020.7摘要：从高通量测序数据中估算微生物关联网络是一种常见的探索性数据分析方法
胡童远·2021-04-18 22:00

单/多个基因在组间同时展示的多种选择：分组小提琴图、分组/分面柱状图、单基因蜂群点图拼图绘制

这是ggplot2可视化专题的第二个实例操作【ggplot2的基本思路见前文总论】：基于ggplot2的RNA-seq转录组可视化：总述和分文目录【ggplot2绘图具体策略第一篇】：测序结果概览：基因表达量
ZZZZZZ_XX·2021-04-18 20:46

燃！单基因8+发文新思路

文章中作者基于癌症基因组图谱获得的RNA测序数据，通过Siglec15的表达模式和免疫作用进行泛癌分析发现，
科研风暴·2021-04-18 14:15

老酒新装！6+miRNA纯生信也能这样做

文章中作者基于TCGA数据库根据RNA-seq和miRNA测序数据，发现七个miRNA是HNSCC患者的独立预后因素，这七个mi
科研风暴·2021-04-18 12:52

单细胞测序文献精读01 | 人类乳腺癌肿瘤与免疫生态系统单细胞图谱

人类乳腺癌肿瘤与免疫生态系统单细胞图谱ASingle-CellAtlasoftheTumorandImmuneEcosystemofHumanBreastCancer(Cell,IF=36.216)背景介绍1.乳腺癌的分子分型2.耗竭性T细胞(exhaustedTcells)：是一群效应功能减弱,持续表达抑制性受体的T细胞，在肿瘤中表现为T细胞功能缺陷状态,主要特征为一系列抑制性受体表达增加及细胞
珠江肿瘤·2021-04-18 08:26

TCGA数据差异分析后生存分析（批量单因素cox回归/Lasso筛选，多因素cox建模，时间依赖ROC曲线及KM plot可视化）

测序上游分析系列：mRNA-seq转录组二代测序从rawreads到表达矩阵：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从rawreads，鉴定已知miRNA-预测新
ZZZZZZ_XX·2021-04-18 06:57

R语言生物信息大数据分析与深度挖掘及论文呈现实践技术

R语言生物信息大数据分析与深度挖掘及论文呈现实践技术各企事业单位：随着高通量测序以及生物信息学的发展，R语言在生物大数据分析以及数据挖掘中发挥着越来越重要的作用。
相信自己永不言败_9405·2021-04-18 05:55

重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程 （原理、代码和评述）

原文链接：https://www.embopress.org/doi/10.15252/msb.20188746image主编评语这篇文章最好的地方不只在于推荐了工具，提供了一套分析流程，更在于详细介绍了有哪些方法可用、什么时候用哪些方法和有什么注意事项。这也是我们易生信培训过程中广泛讨论的问题。Abstract单细胞RNA-seq使研究者能够以前所未有的分辨率研究基因表达图谱。这一潜力吸引着更多
生信宝典·2021-04-18 05:18

10月数据库汇总

image另外一个则比较特殊，这个主要是通过测序的序列来预测感染的病菌的物种
xhog·2021-04-18 01:31

全基因组分析实践（参考：碱基矿工）

参考：碱基矿工从零开始完整学习全基因组测序数据分析：第4节构建WGS主流程GATK4.0和全基因组数据分析实践（上）前言由于人类基因组数据过大（我的小小服务器也只有50G），而人的参考序列长度就有3Gb
Peng_001·2021-04-17 22:17

NGS二代测序技术与转化医学研究--前言

前言从二代测序公司角度看：药企/转化医学业务是二代测序技术在科研服务、癌症基因检测用药指导、遗传病筛查、NIPT和消费级基因检测业务外的另一个应用场景。
星尘_ec92·2021-04-17 21:43

细菌全基因组测序数据构建SNP系统发育树

本次分析使用到的数据及数据处理流程参考文献“https://doi.org/10.1186/s13756-018-0352-y”。考虑到时间及存储有限，且此次分析的目的仅为跑pipeline，因此本次测试仅用了ERP020566中的小部分数据，见ERR.list。整个数据处理过程包括如下步骤：数据下载及转化：包括NCBI下载sra数据以及候选的参考基因组数据；数据预处理参考基因组选择callSNP
涤生生·2021-04-17 17:14

10X单细胞云工具 | Marker基因可视化（附视频）

云工具-Marker基因可视化做了单细胞测序，想自己分析下各marker基因在细胞中的表达情况，无奈不会写代码。
OmicStudio·2021-04-17 17:32

Genome Biology | The Deep Genome Project 深层基因组计划

通过基因组测序，诱变和基因组编辑，表型分析和生物信息学方面的技术创新，小鼠
Ternq8·2021-04-17 16:05
上一页 49 50 51 52 53 54 55 56 下一页
按字母分类： ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ其他