illumina测序第52页

概率图模型-隐马尔科夫模型

状态变量和观测变量状态变量的所有取值组成状态集合观测变量的所有取值组成观测集合2.模型定义隐马尔科夫模型结构图：图1.隐马尔科夫模型图图中yi为状态变量是有序的，又称为状态序列，xi为观测变量，又称为观测序列

_Monk·2021-05-13 19:41

40 自律

美国斯坦福大学做过一项研究，研究者选取了17名年龄从110至116岁的老人进行基因测序，结果表明在老人们的身上并没有发现事先期待的长寿基因。

铅笔芒种·2021-05-13 04:35

2018-03-28（开始新思路研究）

1.今日板块热点图片发自App2.行业版块和概念版块9:40跟最终热点版块差的还是有点多的，所以说9:40分找热点版块并不靠谱3.细胞免疫治疗：龙二价格最低，涨幅效果最好；基因测序，龙123，中规中矩；

陈不胜·2021-05-12 10:45

bowtie2比对软件的安装及参数详解

测序数据分析软件，Bowtie是一个超快的，存储高效的短序列片段比对程序。它能够以每小时处理2500万35bpreads的速度，将短的DNA序列片段（reads）比对到人类基因组上。

husy_·2021-05-12 09:51

整合QC质控结果的利器——MultiQC

一、MultiQC介绍NGS技术的进步催生了新的实验设计、分析类型和极高通量测序数据的生成。对于这些数据的质量评估，每一步分析结果的评估是后续结果可信度的衡量和保障。

生信宝典·2021-05-12 06:14

大盘将构筑震荡平台切莫轻易追涨

房地产、造纸印刷、钢铁、煤炭、水泥建材、民航机场、银行、保险等行业走高；电信运营、安防、有色等跌幅居前；题材股方面，雄安新区、区块链、京津冀、养老金、石墨烯、手游概念等涨幅居前；基因测序、5G概念、网络安全等跌幅居前

大鹏_4869·2021-05-11 18:23

关于SNP的过滤（3）：如何从NGS生成高质量的SNP数据集？

背景知识随着高通量测序方法的出现，大量DNA序列可以应用于SNP的发现。这些数据中SNP的识别依赖于计算方法。它们取决于您是否对种系或体细胞突变感兴趣。

lakeseafly·2021-05-11 15:42

2018-11-27

评基因测序事件：从此，人类不再平等。有钱有权者的后代，在受精卵阶段就开始赢了！网友吐槽：就好像以前平等过一样……图片发自App

思念到家·2021-05-11 06:08

中源协和公司简介

公司的官网中源协和细胞基因工程股份有限公司http://www.vcanbio.com/gsjj.html2、公司核心战略及经营范围公司坚持“细胞+基因”双核发展的核心战略，主营业务包括：新生儿干细胞存储业务；新生儿成人基因检测、先进基因测序设备开发

键盘小娘子·2021-05-11 02:09

预印 | DNA纳米球空间转录组测序

Largefieldofview-spatiallyresolvedtranscriptomicsatnanoscaleresolution中文：纳米级分辨率的大视野空间分辨转录组学短标题：DNAnanoballstereo-sequencing/DNA纳米球空间测序单位

胡童远·2021-05-10 12:12

NovaSeq™ 6000 System Quality Scores and RTA3 Software - Illumina

NovaSeq测序仪更改了碱基质量打分的方法，详见下面文章https://www.illumina.com/content/dam/illumina-marketing/documents/products

上校的猫·2021-05-08 00:33

RxJava学习笔记（过滤Observables）

FilterRxJava让我们使用filter()方法来过滤观测序列中我们不想要的值。

cgzysan·2021-05-07 20:09

捕获区域测序数据找变异

这次数据共8个样本，它们的接头一一对应于A01-H01号Index，捕获11个特定的基因。文件大小如下;407MAug1922:051_S1_L001_R1_001.fastq.gz434MAug1922:001_S1_L001_R2_001.fastq.gz392MAug1922:052_S2_L001_R1_001.fastq.gz416MAug1922:002_S2_L001_R2_001.

生信技能树·2021-05-07 14:31

【shell笔记>生信|专项】生信数据处理技能手札(3)：获取、检查、压缩生信数据

内容Retrievingdata是否需要下载大的测序数据集还是频繁通过web应用下载特定文件，这都需要特殊的工具和技能。

王诗翔·2021-05-07 05:38

Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（五）

单细胞转录组数据分析（三）Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（四）收藏|北大生信平台"单细胞分析、染色质分析"视频和PPT分享该如何自学入门生物信息学生物信息之程序学习使用STAR比对read现在我们已经对测序原始数据进行了质控

生信宝典·2021-05-06 19:55

2018-08-15从华大数据交付中心获取测序数据到本地Linux服务器

通常我们在华大完成测序后，数据会上传到下面这个位置华大基因数据交付系统.png然后呢，我们会得到一个邮件：您的数据已上传至FTP，还请您及时下载。

YPCHEN1992·2021-05-06 10:42

2018-12-26

这个困扰了人类学家多年的问题，通过基因测序，从虱子的基因变异上找了出来。

遇见未来的我·2021-05-05 10:57

STAMP分析扩增子测序组间差异

STAMP软件安装软件官网http://kiwi.cs.dal.ca/Software/STAMP1.MicrosoftWindows系统安装比较简单2.ubuntu安装```#首先使用apt安装pyqt4sudoaptinstallpython-qt4#virtualenv创建单独的python环境并能访问系统python包（为了使用pyqt4）virtualenvstamp--python=p

超人立志做国王·2021-05-04 21:16

pair end mate pair de novo

pairendpairend是直接在DNA两端假设接头进行双向测序，插入片段长度较短Paired-end方法是指在构建待测DNA文库时在“两端”的接头上都加上测序引物结合位点，在第一轮完成后，去除第一轮测序的模板链

wangchuang2017·2021-05-04 00:11

NGS二代测序技术与转化医学研究--3.溶瘤病毒denovo组装

溶瘤病毒基因组denovo组装溶瘤病毒一直抗癌药靶向和免疫疗法外的另一个分支。一些病毒，如呼吸道病毒肠道病毒、新城疫病毒和流行性腮腺炎病毒，是天然的溶瘤病毒，而其它病毒，包括麻疹病毒、腺病毒和牛痘病毒，都可以通过调整或修饰，如基因编辑，使其在表达特定癌相关抗原（如EGFR或HER-2）的癌细胞中优先进行感染和复制，从而特异性的杀死癌细胞。病毒在宿主细胞的传代培养过程中基因组是否一直保持完整？修饰处

星尘_ec92·2021-05-03 23:18

11月5日

新一周任务布置：·了解Linux基础安装，一些基础Linux安装·了解CRISPER·CAS9基本原理·阅读生物信息学第1-1,1-2,1-3章·了解测序数据是什么？数据格式是什么？各有什么特点？

陈洪瑜·2021-05-03 15:11

idba_ud-序列拼接组装（2018-05-24）

拼接的思路大体可以分为两种：一种叫做Overgap,一种是debrujin,前者是根据两条read序列前后部分的重叠来拼接，适用于一代测序的结果，而后者是将reads切割成更小的片段k-mers，k-mers

简单点lili·2021-05-02 03:39

维特比算法在HMM和CRF中的应用

一般应用场景为HMM（隐马尔可夫模型）或CRF中的解码（decoding）问题，在HMM模型的解码问题中，给定模型λ=(A,B,Π)\lambda=(A,B,\Pi)λ=(A,B,Π)和观测序列O={o1

Bernard_Yang·2021-04-30 07:32

生物信息学-张红-绪论

第一章绪论生物信息学的定义生物信息学是bioinformatics的翻译；组织数据、并从数据中提取生物学新知识；狭义的生物信息学：专指应用信息技术存储和分析基因组测序所产生的分子序列及其相关数据，也成分子生物信息学

耗奇害死猫·2021-04-29 23:15

【测序实验】如何查找illunima官方最新的测序标签index序列

一、主题：批量下载所有illunima官方试剂盒的测序标签index序列步骤：二、登录illunima官网，下载IlluminaExperimentManager软件软件介绍网址：https://support.illumina.com

leadingsci·2021-04-29 21:50

如何对SNP设计引物: CAPS, dCAPS

由于我本科就做过一点点的遗传定位，当时用的是SSCP(单分子构象多态性)去区分单个碱基差异，所以我对SNP分子比较的检测方法就局限在高通量测序和SSCP而已。

xuzhougeng·2021-04-29 19:51

浅谈生物信息学

==研究什么粗略的分为三块，一是基于测序的，基因组学、元基因组学、转录组学、修饰组学等等。二是结构生

正直少女鹿衔草·2021-04-29 17:01

微生物多样性分析—OTU聚类与注释

一、OTU聚类1.1为何要进行OTU聚类a)测序完成后，每例样品的测序序列达到几万条，对每一条序列当然都可以进行物种注释，但这种方式工作量大，毕竟每一条序列均需要与数据库进行比对、比对过程又比较耗时，而且扩增

JarySun·2021-04-28 19:17

高通量测序数据处理学习记录（一）：比对软件STAR的使用

high-throughputseqanalysis急先锋——STAR的使用介绍在所有物是人非的景色里，我最中意你。正体这次给大家带来的是ENCODEproject的御用比对软件STAR，ENCODE项目是一个由美国国家人类基因组研究所(NHGRI)在2003年9月发起的一项公共联合研究项目，旨在找出人类基因组中所有功能组件[。这是既完成人类基因组计划后国家人类基因组研究所开始的最重要的项目之一。

面面的徐爷·2021-04-28 12:30

StatQuest学习笔记12——FDR及实现

我们在做高通量测序的时候，或许听说过这个术语，但是FDR是如何来的呢，它是如何计算的呢，如下所示：image在讨论FDR的原理之前，我们就以大白话的形式来说一下FDR，FDR就是一种工具，它用来发现那些看起来貌似比较好的数据

backup备份·2021-04-28 11:26

biostar handbook(五)|序列从何而来和质量控制

测序仪2017年一篇发表在Nature的综述"DNAsequencingat40:past,presentandfuture"介绍了DNA测序这40年的发展历程。

xuzhougeng·2021-04-28 03:43

双端测序的mRNA-seq处理过程

1.从SRA数据库选择原始测序数据并下载【下载之前看一眼是single还是paired】.

也少女·2021-04-27 22:53

2017.11.29

题材股方面，高送转、稀土永磁、黄金、钛白粉、煤化工等表现较强，5G概念、国产软件、基因测序、国产芯片、超级品牌、次新股跌幅居前。

ViRRo王茜·2021-04-27 17:40

向组织揩油 01|何以解忧-唯有成长！20小时突击前哨战

O-前言时年30，作为一个做了8年技术职位的基因测序仪器工程师。我的心是焦虑的，因为每天心里都充满了对未来的焦虑感。这也许是从22岁参加工作以来，自己感受到最大困惑的地方。

滴落先生·2021-04-27 05:11

2018-05-16早评

尾盘指数集体上攻，创业板指大涨1.48%；行业板块方面，食品饮料、航天航空、汽车行业、电子信息、化工行业等板块涨幅靠前，仅贵金属、民航机场、券商信托、银行板块下跌；概念题材方面，国产软件、抖音、次新股、基因测序

Fly_鸿·2021-04-26 20:52

Aspear下载NCBI SRA数据

之前一直用wget远程下载NCBISRA的测序数据，但是不知怎么回事网速巨慢（<1kb）；网上查了下用Aspear下载貌似还挺快，速度可达10M/S。

bio_橡树·2021-04-26 02:33

karyoploteR: 画一个测序深度分布图

测序深度的分布图是很常见的一类图，可用于发现染色体片段或整条染色体的缺失或是重复。

TOP生物信息·2021-04-25 20:13

精准服务累积微氪大格局

大学时，在学生会的闲聊中无意间听到一个商机，就是给客户做测序

智慧中旗·2021-04-25 09:46

WGCNA分析，简单全面的最新教程

第一全的还在路上，会出现于生信宝典和宏基因组公众号组织的二代三代转录组测序分析实战班上，欢迎点击链接了解更多。

生信宝典·2021-04-25 04:01

揭秘你所不知道的盖茨商业王国

从血液基因检测到癌症肿瘤基因测序，再到液态金属电池和新型核能发电厂，比尔盖茨投资的企业或将影响你我的未来生活。【嵌牛鼻子】原来比尔盖茨不仅仅只有Windows和Office啊。

于占胜·2021-04-24 23:55

CHETAH-a selective, hierarchical cell type identification method for single-cell RNA sequencing

因为自己一直在分析单细胞测序的数据，总是画了聚类图后，想着怎么鉴定出细胞类型来，然后刚好读到这篇文献，讲了用CHETAH，基于已发表的文献的鉴定出来的细胞类型来鉴定，这种感觉就像是以前用已知数据来训练未知数据一样

YiyiLearn·2021-04-24 14:59

NGS二代测序技术与转化医学研究--2.RNA-seq部分

RNA-seq转录组测序与cfDNA体细胞突变检测相比，基因表达相关的RNA-seq转录组测序在常规的mRNA、非编码RNA(lncRNA、circRNA、microRNA/piRNA等)以及肿瘤融合基因鉴定方面应用较为成熟

星尘_ec92·2021-04-24 03:08

自我管理三件事第十五天(达成)

或许到2020年，去深圳做一次基因测序？第二件事:学习:Finger——入门训练——气息训练完成情况:完成不得不说，看见一个年轻小伙子，穿着白T捧着肚子叉着腰，真的很怪异。

拥雪·2021-04-23 18:28

如何让还在娘胎里的孩子为自己取名字？

思路1：我是父母染色体重组后的变异若从基因层次定义一个人的独一无二之处，可以对父母和胎儿分别做人全基因组重测序，识别出胎儿与父本母本都不同的、基因突变最显著的位点。

喑喑·2021-04-23 10:15

Short reads aligners-Thelearningnotesofthebiostarhandbook(8)

map与alignment新一代测序数据的处理过程中，map/alignment总是同时出现，那么二者的区别是什么呢？大致上可以这样理解：map这个动作表示的是：把短片段对应到参考基因组的某个位置上。

Hypdoctor·2021-04-23 06:47

单细胞上游软件cellranger从头说

对于我们的10x数据上游分析，主要靠cellranger拆分bcl安装bcl2fastq这是它的官网：https://support.illumina.com/sequencing/sequencing_software

小潤澤·2021-04-22 16:41

canu安装（无root权限不联网不配置环境变量）

简介Canu是CeleraAssembler的一个分支，专门用于高噪声单分子测序（例如PacBioRSII或OxfordNanoporeMinION）。

木子土123·2021-04-22 13:19

学习小组Day 7笔记-k-molar

k_molar·2021-04-22 08:58

NCBI-SRA数据下载的3种方法

主要存储高通量测序的原始数据，来自四个测序平台，分别为：Roche_LS454，Illumina，ABI_SOLID和HELICOS。

组学大讲堂·2021-04-22 01:21

单端测序与双末端测序

单端测序与双末端测序高通量测序的方式主要有：单端测序paired-endmate-paired(PE/MP)测序当要进行多个样品同时测序时可以给不同的样品添加不同接头，混合后一起测序。

wangchuang2017·2021-04-22 01:00

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