illumina测序第51页

子宫内膜癌TCGA分子分型

我们对373例子宫内膜癌样本进行了全方位的全外显子测序，对基因的突变图谱进行了全方位描述，基于芯片对肿瘤拷贝数变化进行全方位描述，基于RNA测序对基因表达进行全方位描述，基于甲基化芯片和蛋白质芯片对重要的蛋白质通路进行多层次描述

半夏长安·2021-06-08 01:46

用Python简单粗暴地算一下自己未来五年的经济状况

目前算半个程序员，在基因检测行业做研发，主要工作是分析二代测序数据。5年内几乎不太可能有买房之类的巨大的花销。

yangmqglobe·2021-06-07 21:05

[Metagenome-2]Remove the host sequence

对于宏基因组测序,我们不可避免的会在DNA提取中引入宿主基因组序列,为了避免这些序列的干扰,在进行分析和组装之前,我们最好先去除宿主基因组,然后方便做后续的分析.去除宿主基因组序列的方法,主要通过将reads

lanzinuo·2021-06-07 17:48

FastQC及MultiQC整合使用

FastQCFastQC是一个基于Java写的测序数据质量评估软件。因为是用跨平台的语言Java写的，自然而然FastQC应是可以在不同系统运行的了。

何物昂·2021-06-07 16:30

新型冠状病毒序列构建进化树

因为远的不说，就拿离我们较近的新冠病毒来说，当然也得益于测序技术的飞速发展，我们可以在分离到病毒株后很快的就将病毒的序列测序，然后和已知序列进行比对，并构建进化树，比较新发现的病毒株与已有数据库的病毒库在进化上的相关性

Dayueban·2021-06-07 16:53

从TCGA数据库下载并整合清洗高通量肿瘤表达谱-临床性状数据

测序上游分析系列：mRNA-seq转录组二代测序从rawreads到表达矩阵：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从rawreads，鉴定已知miRNA-预测新

ZZZZZZ_XX·2021-06-07 15:35

这篇Nature子刊文章的蛋白组学数据PCA分析竟花费了我两天时间来重现|附全过程代码

Single-celltranscriptomicsidentifiesaneffectornessgradientshapingtheresponseofCD4+Tcellstocytokines的研究内容，作者使用蛋白质组学、bulkRNA-seq和单细胞转录组测序对人体

生信宝典·2021-06-07 12:24

unserialize(): Error at offset of bytes in on line 的解决方法

在线检测序列号数据的正确性。

phper1021·2021-06-07 08:37

RNA-seq转录组名词解释基础

NatureReviewsGenetics.摘要：在过去的十年中，RNA测序(RNA-seq)已经成为在全转录组范围内分析差异基因表达和mRNAs差异剪接的重要工具。然而，随着

小白要变大神·2021-06-06 19:39

SAVER原理简介

SAVER简介这是一篇讲述如果单细胞测序由于深度不够导致各个基因表达量偏低怎么办的故事：《SAVER:Geneexpressionrecoveryforsingle-cellRNAsequencing》

小潤澤·2021-06-06 10:56

读《医学微生物组实战指南》|| 或一瞥单细胞数据分析

2017年开始我的第一份工作，做的就与微生物组相关：应用高通量测序技术分析环境（生物的和生态的）微生物组。这些年也看到了微生物组从基础研究到临

周运来就是我·2021-06-06 10:57

浅探富集分析中的超几何分布

当我们从测序数据中得到了一系列的基因后，我们需要研究这些基因都属于那些通路，那些通路是跟我们研究课题相关的。

井底蛙蛙呱呱呱·2021-06-06 08:57

【2019年10X中文研讨会】如何使用 10x Genomics技术成功运行单细胞免疫分析(VDJ)实验

免疫组库高通量测序是通过多重PCR或SMARTRACE法扩增TCR/BCR全长或CDR3区序列（主要

周运来就是我·2021-06-06 02:36

2020-11-13

#####利用转录组或重测序数据原始reads匹配到目的序列，以验证序列的准确性。

Wu_tz·2021-06-05 07:46

文章复现 | 单细胞测序揭示COVID-19患者支气管肺泡免疫细胞图谱

1数据来源GSE145926中包含了12例BALF样本的单细胞测序数据，其中包括6例重症感染患者样本，3例中症感染患者样本，3例健康对照样本，另GSM3660650中包含了1例健康对照样本。2数据

YonghuiYing·2021-06-05 07:57

转录组拼接很难？一文读懂转录组拼接，实战教学

转录组是细胞内所有转录产物的集合，包括信使RNA、核糖体RNA、转运RNA及非编码RNA，随着二代三代测序技术的发展，大量的reads被鉴定出来，目前最常用的转录组组装软件是Trinity。

lzufangyuan·2021-06-05 02:55

Mothur分析Illumina微生物组数据（一）

数据来源：Developmentofadual-indexsequencingstrategyandcurationpipelineforanalyzingampliconsequencedataontheMiSeqIlluminasequencingplatform.AppliedandEnvironmentalMicrobiology.79(17):5112-20.教程参考：MiSeqSOP[

咸鱼426·2021-06-05 00:15

ID转换那点事

在进行测序数据下游分析的时候常常需要用到不同的数据库，而这些数据库的分析的输入文件经常是各有区别，因此我们常常需要将各类ID（ensambleID、EntrezID、genesymbol等）进行转换。

井底蛙蛙呱呱呱·2021-06-04 17:33

idba_ud 安装（2018-05-24）

序列的拼接与组装是基因组测序数据处理中一个至关重要的步骤，对于高通量测序的海量短序列，拼接与组装显得尤为重要。

简单点lili·2021-06-04 05:39

测序关键名词

问:什么是二代测序？答:二代测序一种先进的基因检测方法。

小鱼儿ya·2021-06-04 04:56

第六章群体多样性计算和测量

(2015年)是从维生素D受体基因敲除(维生素D受体−/−)和野生型(WT)小鼠的粪便和盲肠粪便中产生的，具有454焦磷酸测序。整个数据集包括来自粪便和盲肠位置的5个−/−小鼠样本和3个WT小鼠样本。

ZMQ要加油呀·2021-05-30 00:08

第二章微生物组数据的结构和特点

2.1微生物组数据微生物组数据是通过16SrRNA基因测序和宏基因组测序产生的。生物信息学工具包括QIIME和MOTHUR。例如，在对原始序列进行预处理之后，有两种方式可用于生成可分析的微生物组数据。

ZMQ要加油呀·2021-05-30 00:21

【机器学习笔记十】隐马尔科夫模型（HMM）

一、基本定义隐马尔科夫模型（HMM）是可用于标注问题的统计学习模型，描述由隐藏的马尔科夫链随机生成观测序列的过程，即描述一个含有隐含未知参数的马尔可夫过程，属于生成模型。马尔可夫性质：无记忆性。

猛男Banana君·2021-05-29 19:48

测序数据基本信息统计 | reads,coverage,depth

00写在前面测序后公司交付数据时，一般会提供质控后的cleandata和后续的基础分析结果。

fatlady·2021-05-28 09:13

Array芯片测序数据的探针对应基因注释方法

对于基因芯片Array测序数据，基因是与探针(probe)存在对应关系，而不同平台(platform)的探针与基因对应关系都是不同的。

小贝学生信·2021-05-27 21:53

转录组 RNA-seq

课堂笔记RNA-Seq标准测序6G数据，6X1024X1024X1024位（个碱基）→虽然会有波动，会受一些随机误差影响，但是reads数很多，coverage很高，表达量的测量很准overview：RNA-Seq①RNA

洛洛洛洛洛啊·2021-05-26 22:47

隐马尔科夫模型HMM详解(2)——python实现

学习算法已知观测序列O=(o1,o2,…,oT),bj(ot)=∑m=1McjmN(ot;μjm,Σjm)O=\left(o_{1},o_{2},\ldots,o_{T}\right),b_{j}\left

栋次大次·2021-05-25 19:57

3.《Bioinformatics Data Skills》之可重复性与鲁棒性

Fig.1TheTuringWayprojectillustrationbyScriberia.Zenodo.http://doi.org/10.5281/zenodo.3332807可重复性(建议)测序实验代价昂贵

DataScience·2021-05-24 08:38

2021-05-23 Seurat包学习笔记2 Integration and Label Transfer

参考：公众号：[bioinfomics](javascript:void(0);)Seurat3可以对多个单细胞测序数据集进行整合分析，这些方法可以对来自不同的个体、实验条件、测序技术甚至物种中收集来的数据进行整合

学习生信的小兔子·2021-05-23 22:37

Paper-38 以寡营养培养基长时间培养的方法从南极分离出未曾培养的生长缓慢的细菌 2021-01-25

尽管环境测序

RashidinAbdu·2021-05-21 08:09

SortMeRNA 去除rRNA

单端测序文件foriin*IP*fastq;do~/Software/sortmerna-2.1b/sortmerna--ref/home/zhou/Software/sortmerna-2.1b/index

547可是贼帅的547·2021-05-20 08:54

HMM-隐马尔科夫

转自：小象学院+自己总结模型+策略+算法隐马尔可夫模型是用于标注问题，描述由隐藏的马尔科夫链随机生成观测序列的过程，属于生成模型。在语音识别、自然语言处理、生物信息、模式识别等领域有广泛应用。

士多啤梨苹果橙_cc15·2021-05-20 05:44

FastQC的基本介绍

FastQC的基本介绍:FastQC是一款基于Java的软件，它可以快速地对测序数据进行质量评估，其官网为：http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects

迷路的南南见鸟·2021-05-19 15:50

百奥智汇取得单细胞测序实验新进展：优化样本冻存方法，成功验证组织储存液有效性

首先，百奥智汇优化了适用于单细胞转录组测序的样本冻存方法，使得这一冻存方法保存的单细胞悬液能够有效用于10xGenomics单细胞测序实验和分析。

百奥智汇小课堂·2021-05-19 08:02

新药获批丨CAR-T治疗的3个月内，白血病缓解率达到了83%

知光岛·2021-05-19 02:35

微生物多样性（扩增子或16S rDNA测序）-数据处理与统计方法描述

一、数据的处理与统计Miseq测序获得的是双端序列数据，根据两端序列的互补区域，进行拼接获得单条完整序列，同时对序列的质量和拼接的效果进行质控过滤，根据序列首尾两端index序列和引物序列区分序列来自于哪一个样品

JarySun·2021-05-19 00:25

Q20与Q30是什么

在分析高通量测序数据的时候，我们会对Q20/Q30不陌生。那么Q20/Q30是什么意思呢？又是怎么来的呢？

见龙在田007er2770·2021-05-18 23:52

群体遗传学习笔记-测序技术学习

重测序技术简介全基因组重测序(Resequencing)是对已知参考基因组序列的物种进行不同个体间的基因组测序，并在此基础上对个体或群体进行差异性分析。

lakeseafly·2021-05-18 09:59

顶播助力华大基因举办第二届基因组云计算大会会议直播成大会标配

会上还发布了“基因测序-分析”指数，中国“基因数据分析标准流程语言协作组”也于当日成立。国内领先的企业级直播平台顶播受华大基因邀请对本次大会进行了全程视频直播。

顶播·2021-05-18 07:28

第08周-单细胞转录组探索头颈癌症的转移癌和原位癌区别

12月，在CELL杂志：Single-CellTranscriptomicAnalysisofPrimaryandMetastaticTumorEcosystemsinHeadandNeckCancer测序如下

小梦游仙境·2021-05-17 23:40

谷歌医疗新突破：AI工具可将基因组信息转化为癌症治疗方法

姓名:付盼龙转载至人工智能观察【嵌牛导读】今天，距科学家首次对人类基因组进行测序已有15年之久，但是对人类来说，理解编码生命的海量基因数据仍是一个巨大的挑战。

long_3322·2021-05-17 10:29

CRISPResso2-基于高通量测序的靶点分析软件

今儿这内容也是实验室有需要就做了一下，前面加Barcode、混池测序就不说了，很多公司都清楚，主要讲一讲反馈来的数据怎么分析。

CallumZhao·2021-05-16 14:27

2017-07-03

呃，公司的培训，感觉除了能有真实自己的测序数据以外，他们的生物信息部门和我们学校做的好像也差不多。

LuCky0_0·2021-05-16 03:26

RNA-seq(3):sra到fastq格式转换并进行质量控制

把RNA-seq(2)-2下载的sra文件转换为fastq格式的测序文件，并且用fastqc软件测试测序文件的质量，理解各指标的意义。

Y大宽·2021-05-15 08:19

自我管理三件事第十五天(目标)

对于基因测序，基因编辑等技术，希望如尹烨先生所言，不会成为精英技术，而是成为改善整个人类生存环境的技术。

拥雪·2021-05-14 20:29

第45周-多点取样的WES看肿瘤内部异质性文章合辑

多点取样的WES看肿瘤内部异质性文章合辑肿瘤内部异质性问题已经是老生常谈了，在NGS如日中天的这些年，已经有非常多的多位点取样进行WES测序探索肿瘤异质性的（不同癌症研究的列表见文末），但是这个技术的可靠性并没有进行系统的评价

小梦游仙境·2021-05-14 19:24

【测序哪家最强】世界顶级基因组研究相关的科研机构

编辑中···ResearchinstitutesAfricaKenyaInternationalLivestockResearchInstitute(ILRI),NairobiAsia/PacificAustraliaCommonwealthScientificandIndustrialResearchOrganisationChinaBeijingGenomicsInstituteChinese

Ternq8·2021-05-14 16:16

一文极速读懂 KEGG 数据库

目录image一、介绍在进行生物学实验或者生物信息的学习中，都会听说KEGG富集分析，而且该方法在高通量测序分析中已然成为数据分析中必不可少的一环。

白墨石·2021-05-14 06:53

2018-02-07 记录一次变异检测实战过程

1原始材料准备双端测序材料：R1.fqR2.fq参考基因组：MH63.fa基因组注释文件:gffgftgff32软件准备fastqc:质量检测Trimmomatic：质控BWA：比对软件samtools

小郑的学习笔记·2021-05-13 22:04

概率图模型-隐马尔科夫模型

状态变量和观测变量状态变量的所有取值组成状态集合观测变量的所有取值组成观测集合2.模型定义隐马尔科夫模型结构图：图1.隐马尔科夫模型图图中yi为状态变量是有序的，又称为状态序列，xi为观测变量，又称为观测序列

_Monk·2021-05-13 19:41

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