linux+基因组字符替换

遗传图谱应用分析案例：菊花高密度遗传图谱的构建和花型相关位点的鉴定【百迈客生物】

利用基因组重测序技术进行大规模高通量SNP标记鉴定是当前国际上动植物基因组学的研究热点。利用得到的大量SNP标记，可以对群体进行高密度遗传图谱、BSA、GWAS、遗传进化等分析。
百迈客生物·2023-12-23 03:06

R语言里做基因组共线性可视化R包~GENESPACE

论文GENESPACE:syntenicpan-genomeannotationsforeukaryoteshttps://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.03.09.483468v1还没有发表github主页https://github.com/jtlovell/GENESPACE详细介绍https://htmlpreview.github.io/?ht
小明的数据分析笔记本·2023-12-22 21:51

从RNA定向互作看基因组组织

从染色质可及性到远距离基因组组织，细胞使用了多种机制来控制基因表达。
Ss_y·2023-12-22 13:06

3D基因组学在白血病中的研究进展——分子分型、诊断、预后

该研究从各方面比较了AML病人与健康人体内CD34+造血干祖细胞的3D基因组结构。其重要发现包括：一、整体3D基因组结构的差异该研究发现，病人的造血细胞，其三维染色质结构发生了显著的改变。
基因组学研究生·2023-12-22 11:42

有史以来25个最伟大的Java应用程序

从太空探索到基因组学，从反向编译器到机器人控制器，Java都是当今世界的核心编程语言。
SOWORD科技言·2023-12-22 08:35

基因组学 II

ReadGenome在获得基因组序列后，需要对它包含的基因进行解读和注释，这部分是对基因图谱的"内容“进行介绍。含基因的数目，基因的分类，基因的结构，基因的表达，基因簇，基因组的“暗物质”等部分。
KXie·2023-12-21 23:52

范德制造-宽口吸头

宽口吸头也专为研究大分子过程中使用，比如：基因组DNA研究，同时宽口吸头利于转移脆弱的细胞株样品，如：巨噬细胞，杂交瘤细胞，肝细胞等细胞样品。#实验检验耗材#阔口吸头
范德biofount·2023-12-21 22:48

Genewise简介及安装

Genewise是Wise2软件的核心程序，在官网上自我介绍时说自己是Ensembl的pipeline程序，有网友提到这是一个非常老的软件，最新版本开发出来也有10多年了，但是目前还是有很多公司用他进行基因组注释
吕强强学生信·2023-12-21 19:12

TCGA数据库详解

TCGA（Thecancergenomeatlas，癌症基因组图谱）由NationalCancerInstitute(NCI，美国国家癌症研究所)和NationalHumanGenomeResearchInstitute
-麦_子-·2023-12-21 16:10

2022的七大热点技术： 靶向基因治疗、空间多组学……

1.完全基因组在去年5月发表的预印本中，人类共有基因组序列GRCh38添加了近2亿个新碱基对，并撰写了人类基因组的最后一章。GRCh38于2013年首次发布，一直是一个有价值的工具，但也存在漏洞。
英格恩·2023-12-20 19:27

Zynq UltraScale+ MPSoC-AMP(linux+裸机)

接着ZynqUltraScale+MPSoC-双核裸机AMP继续平台工具：zcu106，vitis2020.2，petalinux2019.2文章目录1.cpu1跑裸机2.cpu0跑linux2.1petalinux设置2.2app2.3设备树3.生成BOOT.BIN4.zcu106测试5.补充1.cpu1跑裸机参照ZynqUltraScale+MPSoC-双核裸机AMP建立的工程进行修改。BSP
小坏坏_·2023-12-20 18:11

生物信息学R分析工具包ggkegg的详细使用方法

ggkegg介绍ggkegg是一个用于生物信息学研究的工具，可以用于分析和解释基因组学数据，并将其与已知的KEGG数据库进行比较。
小果运维·2023-12-20 14:22

WISECONDOR NGS 检测CNV 介绍

研究表明，约3.4%~6.2%的胎儿cfDNA会出现在母亲的血浆中，且在整个基因组中呈现均一分布。这些片段已经足够用于检测胎儿的染色体异常。
茄子_0937·2023-12-20 09:35

本周最新文献速递20210704

Geneticdriversofm6Amethylationinhumanbrain,lung,heartandmuscle不想看英文题目：人脑、肺、心脏和肌肉中m6A甲基化的遗传驱动因素研究杂志和影响因子：NatGenet(IF:27.603;Q1)研究意义：全基因组关联分析
橙子牛奶糖·2023-12-19 23:28

中国在竹子群体遗传研究方面取得重要突破！

2021年9月15日，国际权威期刊《NatureCommunications》在线发表了中国研究人员在竹子群体遗传研究方面取得的最新研究成果，通过对427个毛竹个体基因组的分析，揭示了毛竹种群结构的特点以及材性性状的遗传基础
尐尐呅·2023-12-19 22:49

2021-05-11 转录组分析学习笔记：关于ENSEMBL 转换 ENTREZID的一点心得

凭着从生信技能树各位老师那里学来的技能，很快就顺利完成从数据质控和过滤、比对到参考基因组、到基因表达定量的全套上游分析
范旭_d6fc·2023-12-19 21:07

Nature Plants | 全球首个高粱泛基因组研究成果发表！

该研究构建了世界上首个高粱泛基因组，揭示了高粱一级基因库资源广泛的遗传多样性，为高粱驯化研究和育种应用打下了坚实的基础。此项研
尐尐呅·2023-12-19 18:11

慢病毒载体的包装系统

包装成分由HIV-1基因组去除了包装、逆转录和整合所需的顺式作用序列而构建，能够反式提供产生病毒颗粒所必需的蛋白；载体成分则与包装成分互补，即含有包装、逆转录和整合所需的顺式作用序列，同时具有异源启动子控制下的多克隆位点及在此位点插入的目的基因
实验小助手·2023-12-19 18:50

基因组坐标 “0-base” 和 “1-base”

讲的特别详细就搬运过来了，搬运链接：TheUCSCGenomeBrowserCoordinateCountingSystems“1-start,fully-closed”=coordinatespositionedwithintheweb-basedUCSCGenomeBrowser.“0-start,half-open”=coordinatesstoredindatabasetables.Tab
热衷组培的二货潜·2023-12-19 16:54

宏基因组经典论文复现(1) ggplot2绘制散点图

之前写了不少微生物多样性的数据可视化案例，但是始终没有与宏基因组接触，如今大势所趋不得不走上这条道路，论文复现也得早日提上日程，今天就让我们开始来复现下述论文中的图Expandedcatalogofmicrobialgenesandmetagenome-assembledgenomesfromthepiggutmicrobiome
R语言数据分析指南·2023-12-19 12:46

FASTA和FASTQ 介绍

参考:从零开始完整学习全基因组测序数据分析：第2节FASTA和FASTQ作者：碱基矿工前言在生物信息分析过程中，各种组学（基因、转录、蛋白等）各种数据库，不同类型的数据可能都有其特有的数据文件与特殊的存储格式
Peng_001·2023-12-19 12:29

宏基因组学Metagenome-磷循环Pcycle功能基因分析-从分析过程到代码及结果演示-超详细保姆级流程

大背景介绍生信分析，凡事先看论文，有了论文就有了参考，后续分析就有底了，直接上硬菜开干：PCycDB:acomprehensiveandaccuratedatabaseforfastanalysisofphosphoruscyclinggenes-PubMed数据库及部分分析代码github库：GitHub-ZengJiaxiong/Phosphorus-cycling-database:This
小果运维·2023-12-19 09:19

体内内源基因调控之CRISPRi与CRISPRa

众所周知，CRISPR/Cas9系统可以用来操纵基因组：规律成簇的间隔短回文重复CRISPR与内切酶Cas9的组合，可以在引导RNA（gRNA）的指引下，靶向基因组中的特定区域并切割DNA，产生DNA双链断裂
辛晓红·2023-12-19 04:19

实验-载体

一、前言：分子生物学着重于分子机制的研究，即基因与基因组的结构和功能，生物大分子执行功能的过程。这个领域的发展源于工具和方法的发展，每一场技术革命都让分
乔伊nikkie·2023-12-19 02:10

生信 | 三维基因组技术（二）：Hi-C辅助组装与Lachesis的使用

染色体疆域Hi-C实验原理图Hi-C实验原理图基因组互作衰减染色体内互作强度较强，但也随着空间距离的增大互作强度在衰减互作衰减Hi-C互作三大规律1.染色体内互作富集（Intrachromosom
生信卷王·2023-12-19 00:43

关于正则表达式中 “^” ，“$”，“g”的用法与作用

在正则表达式中^表示匹配字符串的开始位置//输出结果为2a21：只有字符串开始位置的'1'被匹配到，但'a'后面的'21'没有匹配到'12a21'.replace(/^\d/g,'')//字符串中开头的一组空字符替换为
儒雅的烤地瓜·2023-12-18 21:18

GWAS--基本概念(未完待续...)

全基因组关联分析GWAS(Genome-wideassociationstudy)应用基因组中数以百万计的单核苷酸多态；SNP为分子遗传标记，进行全基因组水平上的对照分析或相关性分析，通过比较发现影响复杂性状的基因变异的一种新策略
晓佥·2023-12-18 21:05

72. 编辑距离

你可以对一个单词进行如下三种操作：插入一个字符删除一个字符替换一个字符示例1：输入：word1="horse",word2="ros"输出：3解释：horse->rorse(将'h'替换为'r')rorse
编程小王子AAA·2023-12-18 20:21

医疗智能化革命：AI技术引领医疗领域的创新进程

它不仅在医学影像诊断、病理学分析和基因组学研究等领域展现出了巨大潜力，也在远程医疗、智能健康监测和精准医疗等方面彰显着其独特的价值。
4.0啊·2023-12-18 10:23

【动植物研究动态】20220815文献解读

HorticRes|武汉大学李家儒：盾叶薯蓣高质量基因组解析与薯蓣皂苷生物合成进化ThegenomeofDioscoreazingiberensisshedslightonthebiosynthesis
生物信息与育种·2023-12-18 10:16

每周文献 2021-08-02

大家好，最近因为有需要了解甲基化作用，看到这篇文献，拿出来给大家分享一下，这是一篇关于揭示蛋白BANP与基因组的CGCG基序结合，从而激活必需基因表达的文章。
杨博士聊生信·2023-12-18 10:54

生信步骤|转录组mRNA数据的有参组装

1.软件准备转录组拼接所需软件及功能如下：hisat2建立参考基因组索引，reads比对。samtools进行sam文件向bam文件的格式转化，排序。stringtie组装转录本gffrea
学术程稻属·2023-12-18 03:56

在线作图|2分钟绘制一张精美的火山图（Volcano Plot）

在生物信息分析中，火山图常用于转录组、基因组，蛋白质组，代谢组等统计数据。im
维凡生物·2023-12-17 22:49

基因-疾病数据库/工具大集合

科学技术的发展极大地改变了基因组领域，尤其是在基因图谱、数据库、疾病图谱、CRISPR/Cas9、大数据和下一代测序等方面。
尐尐呅·2023-12-17 15:26

记录每日LeetCode 72.编辑距离 Java实现

你可以对一个单词进行如下三种操作：插入一个字符删除一个字符替换一个字符初始代码：classSolution{publicintminDistance(Stringword1,Stringword2){}
字节尚未跳动·2023-12-17 13:34

临检中心公布报告：华大基因顺利通过这项室间质量评价预研活动

11月中旬，国家卫生健康委临床检验中心(以下简称“临检中心")公布了2023年“全国血液微生物cfDNA宏基因组高通量测序室间质量评价预研活动结果报告”，华大基因下属子公司天津华大医学检验所顺利通过此次室间质评
ZAKER科技动态·2023-12-17 11:26

wtdbg2 三代基因组组装

wtdbg2软件下载与安装gitclonehttps://github.com/ruanjue/wtdbg2cdwtdbg2make进行基因组装第一步是组装第二步是得到一致性序列#!
candel·2023-12-17 07:00

HTML代码混淆技术：原理、应用和实现方法详解

其原理主要包括以下几个方面：1.代码字符替换：通过将HTML中的特定字符
宝宝别生气了·2023-12-17 01:40

Hi-C辅助组装问题盘点

根据染色体内部互作频率显著高于染色体间互作频率，同时，在同一条染色体上互作频率随着互作距离的增加而减少的原理，将Contig或者Scaffold聚类到组群，并进一步对组群内的Contig/Scaffold进行排序及定向，实现趋近于染色体水平的基因组挂载
生信阿拉丁·2023-12-17 00:17

文章系列2：Unraveling the functional dark matter through global metagenomics

通讯作者是来自于DOEJointGenomeInstitute,LawrenceBerkeleyNationalLaboratory,Berkeley,CA,USA.背景介绍&目标作者首先背景介绍了两种主流宏基因组分析方法
土豆西红柿青椒·2023-12-16 21:33

蹭热点的代价是失去科研深度！

多年前，蛋白组学、基因组学火了。很多人便立即着手将研究内容往组学上靠。无论研究什么，你没点组学内容，都不好意思说自己是做科研的。于是，大家在检索文献时，会发现组学相关
聊点学术·2023-12-16 20:59

HTML代码混淆技术：原理、应用和实现方法详解

其原理主要包括以下几个方面：1.代码字符替换：通过将HTML中的特定字符
不是不爱是太坏·2023-12-16 20:06

HTML代码混淆技术：原理、应用和实现方法详解

其原理主要包括以下几个方面：1.代码字符替换：通过将HTML中的特定字符
我劝你别惹我·2023-12-16 19:29

基于BWA，Bowtie2，samtools、checkm等工具计算宏基因组学序列分析中Contigs与Genes在样品中的丰度，多种计算方式和脚本对比

以下是计算这两个指标的意义：1.Contigs的相对丰度：contigs是利用基因组测序技术获得的碎片序列，通过计算contigs的相对丰度可以了解微生物群落中不同菌种的相对丰度。
小果运维·2023-12-16 18:28

小程序码传递中文参数

1、生成小程序码前，首先将中文参数encodeUri，然后将『%』替换replaceAll成小程序可以接受的字符，我用『#』替代；2、小程序接受参数时，首先将第1步的字符替换replaceAll成『%』
帅哥2018·2023-12-16 08:34

听勃拉姆斯的上午

首先是学业，清晰地意识到自己对植物基因组研究兴趣寡然，在夏令营地时候就发现，我和一些同学相比，缺乏对植物本能的热爱，最后一天从植物所的食堂吃饭出来，
Li亦维·2023-12-16 02:12

2021-11-06从人见人爱的向日葵说起——Ks与全基因组多倍化事件

向日葵是吃瓜群众喜闻乐见的一种植物，除了能够长出朵朵葵花向太阳的萌萌大脑袋，还能结出令人爱不释手的瓜子，无论干炒、奶油、五香，都很好吃！不仅如此，向日葵还是重要的油料作物，葵花子油颜色金黄，气味清香，含有大量的亚油酸等人体必需的不饱和脂肪酸，可以促进人体细胞的再生和成长，保护皮肤健康，并能减少胆固醇在血液中的淤积，是一种高级营养油。新疆盛产葵花，维吾尔族姑娘的辫子又多又长，乌黑油亮，据说与姑娘们爱
麦冬花儿·2023-12-15 23:36

文献解读：抗旱玉米品种基因组组装及抗旱机制解析

文献2023NatureGeneticsGenomeassemblyandgeneticdissectionofaprominentdrought-resistantmaizegermplasm研究背景干旱是作物生产的巨大环境限制，造成的作物年产量损失比所有病原体的总和还要高。由于全球气候变化等气候问题，培育高产和抗旱强的品种需求迫在眉睫。玉米是一种世界范围的作物，每年因干旱导致玉米减产越39.3
我与生信·2023-12-15 21:59

宏基因组学及宏转录组学分析工具MOCAT2（Meta‘omic Analysis Toolkit 2）安装配置及常用使用方法

MOCAT2（Meta'omicAnalysisToolkit2）是一个用于宏基因组和宏转录组数据分析的工具集，旨在处理和分析来自各种环境样品（如土壤、水体、肠道等）的宏基因组学和宏转录组学数据。
小果运维·2023-12-15 20:36

2022-08-03

研究结果表明，某些类别的药物在肿瘤的基因组成而不是肿瘤的类型或起源应该决定治疗决
图灵基因·2023-12-15 18:05
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