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Linux
linux+基因组字符替换
每日文献:2018-01-23
NatureGenetics:水稻泛
基因组
文章继续解读原文标题:Pan-genomeanalysishighlightstheextentofgenomicvariationincultivatedandwildrice
xuzhougeng
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2023-12-06 21:21
【生信分析】
基因组
学导论
由于工作需要,现在开始跨行学生信!祝我成功目标:通过一周的学习能对对不同高通量测序数据集(RNA-seq、ChIP-seq、BS-seq和多组学集成)进行分析。配置环境if(!requireNamespace("BiocManager",quietly=TRUE))install.packages("BiocManager")BiocManager::install(c('qvalue','plo
大桃子技术
·
2023-12-06 21:11
生信分析
r语言
【第二章】用于
基因组
数据分析的 R 简介
计算
基因组
学的目的是从高维
基因组
数据中提供生物学解释和见解。一般来说,它与任何其他类型的数据分析工作类似,但通常进行计算
基因组
学需要特定领域的知识和工具。
大桃子技术
·
2023-12-06 21:38
生信分析
数据分析
r语言
人工智能
超详Chip-seq分析流程
一、Chip-seq分析流程二、数据、参考
基因组
、所需软件下载1、参考
基因组
下载:以二穗短柄草为例:https://genome.jgi.doe.gov/portal/pages/dynamicOrganismDownload.jsf
想要学好生信的小白
·
2023-12-06 20:07
EasyMetagenome易宏
基因组
——简单易用的宏
基因组
分析流程-来自刘永鑫团队的秘密武器
原仓库地址如下,github有时候无法访问,等一段时间再试就行:YongxinLiu/EasyMetagenome:EasyMetagenomePipeline(github.com)相关文章,看文章更清晰这个可干啥:EasyAmplicon:Aneasy‐to‐use,open‐source,reproducible,andcommunity‐basedpipelineforampliconda
小果运维
·
2023-12-06 19:49
生信分析-bioinfo
科学数据分析
数据库
EasyMicrobiome
EasyMetagenome
宏基因组
分析流程
生信分析
多功能
基因组
的全
基因组
检测和分析
在全
基因组
水平上鉴定多功能基因并研究其特性可以揭示支持细胞功能的分子事件的复杂性,从而使人们更好地了解细胞的功能格局。但是,迄今为止,对多功能基因(及其编码的蛋白质)的全
基因组
分析已经受到限制。
silenceboy_74ce
·
2023-12-06 15:05
2-EagleC: A deep-learning framework for detecting a full range of structural variations from bulk...
Hi-C技术:检测人类
基因组
结构变异(SVs)的一种有前景的方法。目前严重缺乏能够使用Hi-C数据进行全范围SV检测的算法,只能以低于最佳的分辨率识别染色体间易位和远程染色体内SVs(>1mb)。
怎么不是呐
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2023-12-06 13:25
leetcode----72.编辑距离(动态规划)
你可以对一个单词进行如下三种操作:插入一个字符删除一个
字符替换
一个字符示例:输入:word1="horse",word2="ros"输出:3解释:horse->rorse(将'h'替换为'r')rorse
小火车Thomasc
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2023-12-06 13:22
#
leetcode
leetcode
动态规划
算法
LEETCODE 72.编辑距离题解
给你两个单词word1和word2,请返回将word1转换成word2所使用的最少操作数你可以对一个单词进行如下三种操作:插入一个字符删除一个
字符替换
一个字符72.编辑距离示例1:输入:word1="horse
松鼠的一巴掌
·
2023-12-06 13:47
leetcode
动态规划
算法
2021-04-01芡实和金鱼藻1
2、
基因组
研究很重要,
八段锦1134
·
2023-12-06 04:05
Linux 批量修改文件名 rename
newname/"file[options]部分先不看,其实就是:rename"s/oldname/newname/"file其中:原字符串oldname:将要被替换的字符串;目标字符串newname:原
字符替换
成的目标字符串
春秋不做梦
·
2023-12-06 00:45
vcf文件提取信息及排序
vcf文件示例VCF文件简介:VCF(VariantCallFormat)文件是一种常用的存储
基因组
变异信息的文本文件格式。它由一系列的元数据行(以"#"开头)和数据行组成。
花生学生信
·
2023-12-05 23:45
慢病毒载体
慢病毒属于反转录病毒科,与该科其他病毒一样,病毒粒子携带ssRNA,必须反转录并整合至宿主细胞
基因组
(原病毒)产生有效感染。慢病毒的显著特点是其
基因组
复杂、圆柱形或圆锥形的核衣壳携带病毒
基因组
。
实验小助手
·
2023-12-05 22:26
构建参考
基因组
索引
香榧
基因组
index构建激活conda环境condaactivaterna构建hisat2索引后台运行nohuphisat2-buildgenome.fagenome>myout.file2>
陈伟杰_9441
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2023-12-05 21:43
基因组
注释流程
一边学习,一边总结,一边分享!详细教程请访问:组学分析流程本期分析流程Hisat2-SamtoolsTrinity_GG_denovoPASA…本期教程文章题目:Genomicinsightsintolocaladaptationandfutureclimate-inducedvulnerabilityofakeystoneforesttreeinEastAsiaHisat2-samtools分析
小杜的生信筆記
·
2023-12-05 21:44
R语言精美图形绘制教程
基因组
生物信息学
组学
分析流程
分析
数据库
信息可视化
比较
基因组
学常用分析软件和分析方法
转载自https://blog.csdn.net/qq_36608036/article/details/109466468比较
基因组
学常用分析软件和分析方法(1)同源基因的查找OrthoMCLorOrthofinder
刘相培在努力学习中
·
2023-12-05 09:18
转录组重建系统发育(三)使用minimap2过滤掉序列中的叶绿体和线粒体基因
使用conda安装minimap2,并在NCBI上下载一些与你目标物种相近物种的叶绿体和线粒体
基因组
。
惊鸿影
·
2023-12-04 21:57
某生物科技巨头:引入安全工具,推动基因科技领域智能化发展
精研数字化提升精准度和效率,实现精准医学的人人可及该生物科技机构始终坚持从源头创新,积极探索
基因组
学和人工智能技术的深度融合,在IT领域发力,在
开源网安
·
2023-12-04 15:42
案例精选
安全
科技
测试工具
读文献-大规模全
基因组
基因芯片数据集中的布尔推断网络
Booleanimplicationnetworksderivedfromlargescale,wholegenomemicroarraydatasets大规模全
基因组
基因芯片数据集中的布尔推断网络AbstractsWedescribeamethodforextractingBooleanimplications
克里克的钟
·
2023-12-04 15:45
酵母双杂交服务专题(一)
作为一种高度灵敏的技术,酵母双杂交系统被广泛应用于研究哺乳动物和高等植物
基因组
编码的蛋白质之间的交互作用,这一点已被众多研究文献所证实。
卡梅德生物
·
2023-12-04 13:07
科技
用于种系疾病诊断的临床全
基因组
测序分析验证的最佳实践
Bestpracticesfortheanalyticalvalidationofclinicalwhole-genomesequencingintendedforthediagnosisofgermlinedisease摘要全
基因组
测序
亦是旅人呐
·
2023-12-04 13:55
2021-04-10
GeSeq主要以同源注释的方式,快速准确地实现细胞器
基因组
的注释,特别是叶绿体
基因组
。
2_d0a9
·
2023-12-04 11:16
全
基因组
CNV分析
建立人
基因组
windows,计算GC含量#!/bin/bashmkdirbed(#子shellcdbedgenome="hg38"#fetchchromosomesizeif[!
bred
·
2023-12-04 04:36
统计注释出的基因数目,基因长度,外显子和CDS长度
做完
基因组
注释后需要统计一下基因长度,CDS长度和intron以及exon长度。
纵纵纵小鸮
·
2023-12-04 01:52
2023SICTF-web-白猫-RCE
定义和用法str_replace()函数以其他
字符替换
字符串中的一些字符(区分大小写)。该函数必须遵循下列规则:1.如果搜索的字符串是数组,那么它将返回数组。2.如果搜索的字符串是数组,那么它将对数组
白猫a٩
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2023-12-04 00:48
CTF做题笔记
前端
php
android
开发语言
web安全
安全
ctf
fastANI的安装与使用
学习链接:FastANI1、fastANI简介FastANI专为全
基因组
平均核苷酸身份(ANI)的快速无比对计算而开发。ANI被定义为两个微生物
基因组
之间共享的直系同源基因对的平均核苷酸身份。
筱贺学生信
·
2023-12-03 18:30
python
开发语言
Prokka的安装与使用
文章链接:https://github.com/tseemann/prokka1.ProKKa的简介快速核
基因组
注释2、ProKKa的安装在本人的使用中,有两种安装方法好用1、用conda安装condainstall-cconda-forge-cbioconda-cdefaultsprokka2
筱贺学生信
·
2023-12-03 18:59
linux
运维
服务器
Roary的安装与使用
github.com/sanger-pathogens/RoaryRoary教程链接:http://sanger-pathogens.github.io/Roary/1.Roary的简介比较快速的分析范
基因组
的工具
筱贺学生信
·
2023-12-03 18:59
python
linux
开发语言
BED文件与bedtools简介
1、什么是bed格式1、文本文件2、表明
基因组
的一段区域3、标准的bed文件最少三列,最多十二列eg:1、chrom孔2、start开始3、end结束4、name名称5、score存一个数6、strand
筱贺学生信
·
2023-12-03 18:28
生信
python
开发语言
神经影像和人类
基因组
关联分析的实践过程
神经影像和人类
基因组
关联分析的实践过程摘要引言实施步骤1.阶段1:处理转录图谱数据1.1步骤1:验证探针到基因的注释1.2步骤2:过滤探针1.3步骤3:选择代表性探针1.4步骤4:将组织样本分配到分块状的大脑区域
sta@ma@brain
·
2023-12-03 17:26
脑网络的图论分析
神经科学工具箱
脑科学核磁共振成像
算法
机器学习
2022-09-05
构建肿瘤发育图谱:肿瘤相关细胞谱系和发育程序原创榴莲不酥图灵基因2022-09-0510:21发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学机制撰文:榴莲不酥IF=38.272推荐度:⭐⭐⭐⭐⭐亮点:本文系统地比较了癌症
基因组
图谱
图灵基因
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2023-12-03 14:15
追鲨鲸魂——三篇文章共解地球上吨位最大鱼类
基因组
原创:montreal生信人2018-11-19鲸鲨,是人类已知最大的现存鱼类动物。记录到的最大尺寸为12米长,21.5吨重(数据来自维基)。分类上讲,其属于鱼总纲下面的软骨鱼纲,而我们日常生活中见到的大多数与都来自硬骨鱼纲。目前,鲸鲨的数量目前正不断下降,也因此成功跻身《世界自然保护联盟濒危物种红色名录》,成为其中为数不多的鲨鱼物种。Whaleshark(Rhincodontypus)fromS
montreal_sxr
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2023-12-03 12:36
转录组测序3-序列
基因组
比对
RNAseq涉及到原始数据,数据质控,
基因组
比对,差异基因鉴定,差异基因功能富集分析,重要基因如转录因子激酶的靶基因预测等,我们用10讲的时间,全面讲解转录组测序报告,及在上百个项目中遇到的近百个常见问题
纪伟讲测序
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2023-12-03 11:32
古老的“口香糖”揭示了5000年前的DNA
研究人员从桦木沥青中提取了完整的古代人类
基因组
,桦木沥青是一种在丹麦洛兰(Lolland)发掘时发现的具有5700年历史的古老“口香糖”。
掌桥科研专家
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2023-12-03 07:59
Docker封装生物信息学宏
基因组
流程
宏
基因组
学(metagenomics)是一种以环境样品中的微生物群体所有
基因组
作为研究对象,利用
基因组
学的研究策略研究环境样品中所包含的全部微生物的遗传组成及其群落功能的新的研究微生物多样性的方法。
儒雅随和王小板
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2023-12-03 05:50
2019-07-09
宏
基因组
:宏
基因组
研究以环境中所有微生物
基因组
为研究对象,通过对环境样品中的全
基因组
DNA进行高通量测序,获得单个样品的饱和数据量,基于denovo组装进行微生物群落结构多样性,微生物群体
基因组
成及功能
YX_Andrew
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2023-12-02 22:47
先发Nature再发Cell|人工智能与组学研究结合彻底改变生信研究
2023最新最火热门专题推荐一、CRISPR-Cas9基因编辑技术二、深度学习
基因组
学技术三、机器学习代谢组学技术四、机器学习转录组与表观组技术五、CADD计算机辅助药物设计六、AIDD人工智能药物发现与设计七
木舟笔记
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2023-12-02 18:17
人工智能
R语言——字符串处理
表示字符串中的字符的个数nchar("abcd")[1]42)length表示向量中元素的个数length("abcd")[1]1length(c("hello","world"))[1]23)chartr
字符替换
养猪场小老板
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2023-12-02 17:53
宏
基因组
分析指南--综述
Apracticalguidetoampliconandmetagenomicanalysisofmicrobiomedata第一作者:Yong-XinLiu时间:2021May发表期刊:ProteinCellpubmed:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8106563/期刊版:https://academic.oup.com/protei
亦是旅人呐
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2023-12-02 12:27
PWAS新发现 | Nat Neurosci: 抑郁症发病机制中存在新蛋白
本文将抑郁症全
基因组
关联研究(GWAS)的结果(N=500,199)与人类大脑蛋白质组
诺禾致源
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2023-12-02 09:58
《一万小时天才理论》: 破解才能密码,炼就成为资深专家
上帝有所偏好,只给喜欢的人天才的
基因组
合,让他们生来即比一般人优秀。而这些人总会被人标记为传奇人物,而这更加宽了他们凡夫俗子的之间的鸿沟。然而这本书则改变了我的陈旧
幾米_地下鐵
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2023-12-02 02:54
2020-06 前端技术汇总
使用URI编码方法可以把所有无效的
字符替换
为特殊的utf-8编码,从而让浏览器能够接受和理解#为什么有效的URI不能包含空格等其他字符?
鸢尾天下无双
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2023-12-02 02:00
前端技术分享
javascript
css
vue.js
html5
node.js
Linux:bed文件制作,提取上下游150bp序列
bed文件格式:bed文件是一种常用的
基因组
注释文件格式,用于描述
基因组
上的区域。它由三列或更多列组成,分别表示染色体名称、区域起始位置和区域终止位置,以及可选的其他信息。
caopei0111
·
2023-12-02 01:28
linux
10X Genomics 建立自己的参考
基因组
10XGenomics为CellRanger提供了可以直接使用的人和小鼠
基因组
。此外,研究人员可以为其他物种创建自定义参考
基因组
,或向参考添加感兴趣的自定义标记基因,例如GFP。
生信编程日常
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2023-12-02 00:38
BUSCO 做
基因组
评价
BenchmarkingUniversalSingle-CopyOrthologs(BUSCO)是用于评估
基因组
组装和注释的完整性的工具。
Bioinfor生信云
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2023-12-01 16:18
使用三代 Hifi Reads 进行
基因组
Gap Filling...
简单找了一些链接https://academic.oup.com/gigascience/article/9/9/giaa094/5902284https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.03.08.483466v1.full.pdfhttps://journals.sagepub.com/doi/full/10.1177/11769343209138
生信石头
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2023-12-01 15:47
2020-07-31
经过科学家近二十年的努力,人类染色体
基因组
序列迄今为止是最准确和完整的脊椎动物
基因组
序列,但仍有数百个未知的空白或缺失的DNA序列。
TOM_5462
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2023-12-01 14:25
EasyMicrobiome-易扩增子、易宏
基因组
等分析流程依赖常用软件、脚本文件和数据库注释文件
啥也不说了,这个好用,给大家推荐:YongxinLiu/EasyMicrobiome(github.com)大家先看看引用文献吧,很有用:https://doi.org/10.1002/imt2.83还有这个,后面马上介绍:YongxinLiu/EasyAmplicon:EasyAmplicondataanalysispipeline(github.com)这个EasyMicrobiome的代码库
小果运维
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2023-12-01 14:17
生信分析-bioinfo
数据库
生物信息学
扩增子
宏基因组学
微生物
R脚本
dbCAN碳水化合物酶基因数据库及run_dbCAN4工具安装配置及使用
dbCAN(碳水化合物酶基因数据库)是一个专门用于在
基因组
中预测碳水化合物酶基因的在线工具。
小果运维
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2023-12-01 14:46
生信分析-bioinfo
科学数据分析
数据库
CAZyDB
run_dbcan
碳水化合物酶基因库
SMC++进行有效种群分析
CSDN博主「生信菜鸟1号」的原创文章,原文链接:https://blog.csdn.net/weixin_45694863/article/details/126801831SMC++是一个用于从全
基因组
序列数据中估计种群大小历史的程序
Making
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2023-12-01 13:36
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