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ChIP-seq 数据分析

1ChIP-Seq技术1.1概念1.2ChIP-seq技术原理2ChIP-Seq数据分析2.1数据下载2.2质量控制（data_assess）2.3比对到参考基因组（mapping_analysis）2.4

fengzhibifang·2023-12-29 19:13

ChIP-seq笔记

文章目录ChIP-seq学习1数据下载1.1数据主要分为三个部分1.2从NCBI上下载数据2质量控制2.1软件安装2.2转化数据格式sra-----fastq2.3下载小鼠参考基因组的index2.4质量检测

sunyu_03·2023-12-29 19:43

ChIP-seq 数据分析1 ChIP-Seq技术2 ChIP-Seq数据分析

1ChIP-Seq技术1.1概念1.2ChIP-seq技术原理2ChIP-Seq数据分析2.1数据下载2.2质量控制（data_assess）2.3比对到参考基因组（mapping_analysis）2.4

wx1871428·2023-12-29 19:43

数据原理——1、ChIP-seq

文章目录1、背景介绍2、测序对象：三种类型组蛋白（组蛋白、转录因子、转录调控子）3、测序原理4、检测蛋白质与DNA序列的结合峰（1）测序片段匹配到参考基因组（2）检测峰（2）提高峰质量5、影响ChIPseq

很酷的女超人·2023-12-29 19:12

CHIP-Seq数据分析流程

美丽的lemon·2023-12-29 19:41

易基因｜ChIP-seq分析方法：实用的工作流程和高级应用

以下为原文总结分享：一、介绍（Introduction）染色质免疫共沉淀测序（ChIP-seq）是表观基因组学研究中的一种主要方法。全基因组的组蛋白修饰分析（如增强子分析和全

易基因科技·2023-12-29 19:40

BED 文件格式 chip-seq m6a数据可视化会用到

bedtools.readthedocs.io/en/latest/content/general-usage.htmlBED格式（BrowserExtensibleDataformat）是一种在生物信息学中广泛使用的文本文件格式，用于描述基因组上的特征和区域

生信小博士·2023-12-29 19:10

【基因组组装】HiC挂载软件以及如何用Juice_box手工纠错？

1.常用HiC挂载软件ALLHiC张兴坦老师专为多倍体和高杂合度物种基因组挂载开发。如果是复杂基因组，肯定是首选。对于简单基因组，我跑了下，结果不佳。

生物信息与育种·2023-12-29 08:42

第二章癌症的本质

在多细胞生物中，绝大多数的细胞内都含有完整的生物体基因组，其所包含的信息量大大超过了任何一个细胞本身的存活所需。

白鸽坐飞机·2023-12-29 05:05

[BUG]Datax写入数据到psql报不能序列化特殊字符

org.postgresql.util.PSQLException:ERROR:invalidbytesequenceforencoding"UTF8":0x002.原因分析此为psql独有的错误，不能对特殊字符’/u0000’,进行序列化，需要将此特殊字符替换掉

tuoluzhe8521·2023-12-29 00:30

【文献速度】综述-空间组学分析:平台、应用及分析工具

基因组测序、蛋白质组学等分子图谱技术已经改变了生物医学研究，但这些技术大多需要组织分离，导致组织形态和空间信息的丢失。

六博说·2023-12-28 14:50

物质与意识的连接二

但人类基因组研究发现，颠覆了这一概念。科学上普遍认

时光波·2023-12-28 14:45

人工智能的积极意义

通过分析大量的医学图像、病例数据和基因组数据，人工智能

人工智能卡贝·2023-12-28 11:47

文献阅读1

我们认为，TEs的固有遗传特性及其与宿主的相互冲突的关系促进了其在不同基因组中调节功能的补充。我

黑森林深处的小星星·2023-12-28 11:43

NCBI线下blastn-short比对

ncbi的BLAST比我想象中的要强大，用普通blastn貌似不能将basepire数小于50的序列比对到基因组。像我，想将一些15bp的序列比对到基因组上做统计。

嗒嘀嗒嗒嘀嗒嘀嘀·2023-12-28 03:33

NGS010 测序数据质控

Depth：测序深度Mappingratio：比对率，有两种计算方式，及reads/baseGCbias：GC含量分布，正常人基因组GC含量约为40%-60%Insertsize：插入片段大小

caoqiansheng·2023-12-28 02:24

SCAU课堂 | 「比较基因组分析」专用 Docker 镜像

具体覆盖了比较基因组分析的大部分内容。基因家族聚类和物种树获取物种分歧时间基因家族扩展与收缩分析WGD分析（基于Ks

生信石头·2023-12-28 01:32

高通量测序的数据处理与分析指北(二)--宏基因组3

博客原文宏基因组宿主去污染在上一篇文章中，详细的介绍了宏基因组如何下载以及如何使用fastp进行质控，本篇文章主要聚焦于如何对宿主污染进行去除。

lantary·2023-12-27 23:49

mybatis在XML中小于号转义字符

在mybatis在编写sql时不能在XML里直接使用‘’在这里需要使用转义字符替换下面列举常用的xml转义对应：1、<大于号3、&&和4、''单引号5、""双引号6、&

青年vs阳光·2023-12-27 22:16

转基因泛滥会使人体内出现有害基因吗？（崔永元真的是对的吗？）

@：凉天佳月文章表示，一家英国科学期刊“雪莱遗传学通讯”发表的论文称“在对中国平民阶层进行基因组学研究时发现了在转基因作物中用来促进生长的

凉天佳月·2023-12-27 20:00

HaploMerger2: 从高杂合二倍体基因组组装中重建单倍型

本文只是按照自己的需求翻译了HaploMerger2提供的手册部分内容。HaploMerger2的帮助文档写的非常好，一定要花点时间去读啊！HaploMerger2的分析流程如下重建单倍体组装中的等位基因关系检测并纠正二倍体组装中的错连(mis-join)重建2个单倍型组装进一步对单倍型组装进行桥接检测并移除串联错配补洞图片流程:HaploMerger2的流程图对于如何使用HaploMerger2

xuzhougeng·2023-12-27 17:46

听达尔文有感

进化论是一个一直在发展的科学理论，从达尔文、华莱士、赫胥黎、赖尔、约瑟夫•胡克那个时代开始，后来又经历了动物学、植物学的研究，细胞的研究，遗传现象的发现，DNA分子生物学的发现，基因组、微生物组的研究，

沧海止水·2023-12-27 10:50

【SystemVerilog】SV 数据操作及数制转换（atohex）

putc()taskputc(inti,strings)taskputc(inti,bytec)str.putc(i,c)将str中的第i个字符替换成指定的integral值

小邦是名小ICer·2023-12-27 07:56

2021-12-28

Science|泛基因组分析优化结构变异识别原创图灵基因图灵基因2021-12-2807:03收录于话题#前沿生物大数据分析Giraffe，由加州大学（UC）SantaCruz分校基因组学研究所的科学家开发的一种新的制图算法

图灵基因·2023-12-27 04:32

LeetCodeDay13----同构字符串

所有出现的字符都必须用另一个字符替换，同时保留字符的顺序。两个字符不能映射到同一个字符上，但字符可以映射自己本身。示例1:输入:s="egg",t="add"。

墨殇染泪·2023-12-26 18:11

ChIP实验原理精讲

真核生物的基因组DNA以染色质的形式存在。CHIP不仅可以检测体内反式因子与DNA的动态作用，还可以用来研究组蛋白的各种共价修饰与基因表达的

斗战胜佛oh·2023-12-26 13:03

Pilon | 基因组纠错

本次介绍使用Pilon通过引入二代测序数据来对三代基因组进行纠错。

生信百宝箱·2023-12-26 09:11

最详细的HiC-Pro使用记录及结果解读

HiC-Pro是2015年发表的一款处理Hi-C数据用来辅助组装基因组的

吕强强学生信·2023-12-26 08:16

甲基化倍性问题新思路

在传统的甲基化分析中，我们往往利用的是单倍型参考基因组来检测甲基化位点，这样的话对于特殊的等位基因区段是无法区分在同源染色体中具体是哪一条染色体的哪一个位点发生甲基化了。倍性问题今天分享的文献是今年才

小潤澤·2023-12-25 21:28

基因组与群体进化，解析物种进化历程-03

案例四研究背景异源四倍体芥菜（AABB）属于十字花科芸薑属，是重要经济作物，主要包括菜用和油用芥菜两大类群，种植范围较广，经济价值较大。菜用芥菜主要分布在中国等东亚国家和地区，油用芥菜主要分布在印度等南亚国家和地区。芥菜是“禹氏三角”中重要的一员，由白菜和黑芥杂交后加倍而来，至少发生了三次古多倍化事件，因此非常具有研究价值。方法流程研究结果芥菜基因蛆组装注释选取菜用芥菜的一个变种（榨菜），使用二代

百迈客生物·2023-12-25 16:57

Nature Commun|ATAC-seq探究复发性小儿B系急性淋巴细胞白血病的染色质可及性图谱

表观基因组学分析是解释非编码基因组功能的重要方法之一。表观基因组学特征作为肿瘤细胞的基本特征，对发病机制、临床行为和治疗具有影响。

爱基百客·2023-12-25 15:34

从CNS封面文章中找数据 | Science：人类原发性肿瘤染色质可及性图谱

今天给大家分享的ATAC-seq数据资源来自2018年的Science封面文章，美国斯坦福大学研究人员绘制了23种癌症全基因组染色质可及性图谱，为癌症研究提供基础数据资源。

尐尐呅·2023-12-25 07:46

Kmer评估基因组

参考使用kmer来评估基因组特征-知乎，https://www.jianshu.com/p/94da86093843,用k-mer分析进行基因组调查：（一）基本原理_生信技工的博客-CSDN博客1.基本定义

qq_54867493·2023-12-25 04:48

临床开展RNA-seq送测序前你应当考虑到几个因素

在临床病理方面，对于肉瘤的诊断，不是很明确的话，最好是送全基因组+RNAseq,不建议先就开一大堆免疫组化及分子，最后还是没有结果。1、首先你应当知道，RNA-seq测序能做什么？

伍鸿荣·2023-12-25 01:59

组学无参比对教程

转录组无参比对教程当作物是没有参考基因组时，需要无参进行比对。Trinity是现在使用最广泛的转录组Denovo组装软件。

小杜的生信筆記·2023-12-24 17:43

教程 | 规模化物种同源基因分析 - orthofinder [上篇]

写在前面基因组测序项目已然是几乎所有课题组都可以负担的水平。

生信石头·2023-12-24 17:22

2021-12-06

Nature丨细胞类型由染色质拓扑学编码原创珍奇图灵基因2021-12-0610:56收录于话题#前沿分子生物学技术撰文：珍奇IF：49.962推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：本研究报告了与基因表达模式相关的多个基因组尺度的细胞类型特化

图灵基因·2023-12-24 10:34

本周最新文献速递2020-08-09

橙子牛奶糖·2023-12-24 10:07

人类基因组版本：hg19和hg38

hg19（人类基因组版本19）和hg38（人类基因组版本38）都是人类基因组的版本号。

素材积累·2023-12-24 07:40

遗传算法求解函数最大值----python代码实现

遗传算法基本原理：编码个体：在遗传算法中，解决方案（也称为个体）被编码成染色体或基因组，通常使用二进制串、实数编码、排列等不同的方式来表示问题的解空间。初始化种群：初始阶段，

筱筱西雨·2023-12-24 07:37

算法练习Day7 （Leetcode/Python-字符串）

替换数字卡码网题目链接(opensnewwindow)给定一个字符串s，它包含小写字母和数字字符，请编写一个函数，将字符串中的字母字符保持不变，而将每个数字字符替换为number。

叮叮咚咚响叮咚·2023-12-24 04:05

基于conda环境下的宏基因组学分析利器MetaWRAP 1.3.2 安装和使用，序列分析基本流程自动分析脚本

介绍：MetaWRAP是一个宏基因组学分析工具库，用于分析宏基因组测序数据。它提供了一套功能强大的工具，用于进行宏基因组数据的装配、注释和功能分析。

小果运维·2023-12-24 02:01

PCAWG | 泛癌全基因组分析

发表期刊：Nature发表日期：2020.02影响因子：42.778癌症是全球第二大常见死因，每年超过800万人因癌症丧命。预计在未来十年，癌症发生率将增加50%以上。癌症是体细胞亚克隆自主发展和扩散类疾病的总称。癌症克隆控制多个细胞通路，打破正常细胞的生长和调控等限制，获取自主发展和扩散的特征。单个细胞通路改变不足以引发癌症。每个癌症由潜在的致病异常“池”中的多个异常通路组合而引发。肿瘤异质性来

诺禾致源·2023-12-23 23:36

excel 批量将某一列的最后一个字符替换为另一个字符

比如，现在的需求是将C列的xxxx部变为xxxxA在D4列输入公式=LEFT(C4,LEN(C4)-1)&“A”如图接下来复制公式到整个D列，可使用快捷键ctrl+shift+↓选中D4单元格所在列然后使用ctrl+D批量填充公式如果表格太长，长过有效单元格，你只想填充到有效的单元格，可以使用到“D4单元格所在列最后的你要批量替换的单元格的位置ctrl+shift+↑选中D4单元格所在列然后使用c

米泽玄師·2023-12-23 20:16

如何进行代码混淆？方法与常见工具介绍

代码混淆的方法1.字符替换ll代码中的字符进行替换，使得代码更难被理解和破解。例如将“”替换为“>”，将“=”替换为“=”等。这样做可以

憧憬blog·2023-12-23 18:57

探针寻找之旅（2）——与探针匹配的基因组序列的提取

目的是根据现有探针，匹配到转座子，在转座子与探针匹配的位点的相邻区间寻找重复次数高的序列。步骤1stblast提取匹配序列ID#打点当前目录参数cd$(pwd)#建库makeblastdb-incsi.chromosome.fa-dbtypenucl-outcsi.chromosome.fa-parse_seqids#blastn比对1个cpublastn-queryfish.fa-dbcsi.c

嗒嘀嗒嗒嘀嗒嘀嘀·2023-12-23 18:18

GDAS003-Bioconductor与基因组级数据分析简介

title:GDAS003-Bioconductor与基因组级数据分析简介date:2019-09-0312:0:00type:"tags"tags:Bioconductorcategories:GenomicsDataAnalysisSeries

backup备份·2023-12-23 14:37

3D基因组—实验技术

一、3D基因组之ChIP-seq基因组的三维立体结构的主要组成是DNA和蛋白质。研究基因组的三维立体结构就是研究DNA与蛋白之间的互作。ChIP一直是研究蛋白与DNA互作的重要方法。

Ray钱·2023-12-23 13:18

Notepad++常用的字符替换正则表达式

一，匹配[]中间的字符,如：[abc]\[(.*?)\]如果是其他字符，把反斜杠[换成你要的字符。例如{字符就是反斜杠{例如匹配，.中间的字符如：31.name,n.名，名称；vt.命名[nem]，要匹配,n.跟；vt.则如下：[^A-Za-z0-9]([A-Za-z]+?)\.二，删掉换行如果要连同[]这行后面的换行都选中，则：\[(.*?)\]\s{1,2}这个效果是如果是回车结尾的，则去掉这

丶随心·2023-12-23 12:38

Linux shell字符串中指定字符替换

原来都是使用awk或者sed对文件中的匹配字符进行替换，此次是在使用shell脚本是时，对行内的某些特定字符进行替换。记录如下：一、shell替换echo${string/ab/cd}#将此行的ab替换成cd，含有多个匹配的情况下，只替换一次。echo${string//ab/cd}#将此行的ab替换成cd，双斜杠替换所有匹配。echo${string/#abc/bb}#将以abc开头的替换成bb

韩小早儿·2023-12-23 09:06

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