ncbi

2020-06-17基因组坐标转换

1基因组坐标转换常用软件NCBI的Remap:支持BED、VCF、GFF、GTF等。UCSC的LiftOver:支持BED,本地版本
bcl_hx·2020-11-19 14:40

Tests for normality正态分布检验（python代码实现）

很多NCBI，Science，Nature等知名平台发布生物医药统计论文参考价值有限，很多论文发布者搞不清楚统计学基本原理，误用统计学检验方法或模型。
python机器学习建模·2020-11-11 11:53

DDBJ数据库：宏转录组测序数据下载

导读1.DDBJ数据库简介DDBJ(DNADataBankofJapan)是与NCBI的GenBank，EMBL的EBI数据库齐名的世界三大DNA数据库之一。DDBJ由日本研究机构于1983年建立。
胡童远·2020-11-07 15:31

NCBI数据下载工具：aspera的安装与使用

前言生物信息分析总是避不开从NCBI上下载数据，但是很多时候通过浏览器登录NCBI都费劲，更别说下载大量的数据了，所以很必要了解一下NCBI数据下载工具aspera，该软件是由IBM开发，能够最大程度利用宽带速度
geneonto·2020-10-27 10:51

生信常用数据库（二）：NT数据库和NR数据库搭建

这两个数据库一直在不断地更新，数据也越来越大，截止2020-10-21，这两数据库压缩包一个82G，一个81G，想要通过网页下载比较困难，所以推荐使用下载工具aspera，使用教程可参考小编的另一个博客NCBI
geneonto·2020-10-26 14:02

Python单细胞测序分析教程 - 2| 下载测序数据并处理为scanpy可读取的格式

第一步：GEO数据库下载单细胞数据NCBI：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/GEO：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi
切瓜少年·2020-10-23 09:50

Seurat包基本分析实战

一、背景知识文献：https://www.aging-us.com/article/103695/textGSE：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi
小贝学生信·2020-10-20 12:59

拜读KEGG作者的文献:KEGG network的相关陈述

在ncbi上搜索kegg&&KanehisaM，这个作者简直不要太牛了哦，就一个KEGG数据库，发了好多文章啊，目前KEGG有18个数据库，每一个数据库一篇的话，呵呵哒。而且好几篇10+。
Amy_Cui·2020-10-11 05:03

最新版SRA 数据库上传操作说明

作者：童蒙编辑：amethyst审稿：Arno最近NCBI在SRA数据上传方面改版了操作过程，较之前的操作而言，方便了很多，也明确了很多。
生信阿拉丁·2020-10-06 10:53

Aspera下载NCBI和EBI文件

Aspera下载和安装Aspera下载：http://downloads.asperasoft.com/connect2/。#下载相应版本的asperawgetaspera-connect-3.5.1.92523-linux-64.tar.gztarzxfaspera-connect-3.5.1.92523-linux-64.tar.gzshaspera-connect-3.5.1.92523-l
生信编程日常·2020-09-22 22:41

原始数据上传 NCBI最新攻略（扩曾子）

写在前面：大家发表文章或者储存数据等，可能会用到NCBI。那么，到底怎么上传呢？
醉月伐桂戏嫦娥·2020-09-16 17:26

sra文件转为fastq

利用软件sratoolkit，下载地址：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?
zhang_xiang_li·2020-09-16 17:18

将cram/bam文件转换为fastq文件

NCBI下载的cram文件无法直接使用，需要先转成bam/sam文件，根据官网说明下载了cramtools，发现早已没有维护，报错如下：$java-jarcramtools-3.0.jarError:Invalidorcorruptjarfilecramtools
Q.1·2020-09-16 17:38

向NCBI上传16S rDNA数据的操作详解

目录写在前面的话正文登录NCBI上传网页查看一些引导信息提交数据上传数据的结果总结其他的发现写在前面的话百度了一下，发现并专门向NCBI上传16SrDNA数据的方法不太多。
月司·2020-09-16 17:37

sra数据下载

sra数据下载1.SRATookit2.aspera结合SRATookit3.迅雷4.wget5.NCBI-sra数据链接汇总6.EBI数据下载1.SRATookitcatsrr.txt|whilereadid
hachi_dl·2020-09-16 17:30

下载sra原始数据（包含储存在sra-sos的数据）

对于一个做生信分析的学生，从NCBI上下载原始的测序文件是一项基本技能。sra文件可以理解为是fastq的压缩文件。sra文件可以通过SRAToolkit软件包下载。
欧哎的人·2020-09-16 16:05

高通量测序SRA文件下载工具sra-toolkit安装方法

#linux中进入https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/Downloadswgethttps://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk
Decen Wang·2020-09-16 16:00

ncbi-blast 本地安装

详见：http://blog.shenwei.me/local-blast-installation/Linux系统中NCBIBLAST+本地化教程本文面向初学者（最好还是懂得基本的linux使用），高手可直接忽视。不介绍Windows系统中的安装方法，一是因为思路一样，二是因为Linux中BLAST效率更高，系统更稳定，不会卡死。所以，请用Linux服务器，我想你也不忍心让自己心爱的本本跑几十个
weixin_30565327·2020-09-16 16:40

【只要有ENA千万别用NCBI】拆分SRA文件，通过SRAtoolkits

只要有ENA千万别用NCBI！！！！
weixin_30492601·2020-09-16 16:35

下载 NCBI sra 文件

NCBI提供了SRA数据库存储这些数据。http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra为了方便更好的分析这些数据，NCBI提供了下载的命令行工具：sra-toolkit。
探索者v·2020-09-16 16:26

批量下载 NCBI sra 文件

本文最近更新地址：http://blog.csdn.net/tanzuozhev/article/details/51078460前文http://blog.csdn.net/tanzuozhev/article/details/51077222介绍了如何采用sra-toolkit下载sra文件，但是如果你想下载整个项目的所有样本，应该怎样批量下载呢，下面参考biostar网站的部分回帖，做简单介
探索者v·2020-09-16 16:26

安装和使用SRA toolkit

进入软件安装目录cd~/local/app/下载SRAtoolkit(确保你的下载链接对应的软件版本是跟你的系统一致的）curl-Ohttps://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/
sunchengquan·2020-09-16 16:49

Windows系统下载SRA数据，使用sratoolkit工具

上次写了在linux环境下从ncbi下载sra文件，这次因为ncbi的这个网站找不到ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/
铭&婵旭·2020-09-16 15:55

SRA数据下载以及转换格式

数据下载NCBI上下载SRA数据，首先要知道SRA号，找到sra编码的submission,之后就可以直接在NCBI上的sra选项上搜索如图，点击Runinfo会得到excel文件，里面有各个sra文件的下载链接
mym_74·2020-09-16 15:56

菜鸟自学之——SRA Toolkit 的下载和使用

sratoolkit是ncbi上将.sra文件转换为.fstaq.gz文件的工具。1.下载/调用SRAToolkit可以直接在linux里在线下载，要根据自己的系统选择合适的安装版本。
hs6605015·2020-09-16 15:39

SRAtoolkit使用

SRAtoolkit使用1.下载安装：http://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?
KeepLearningBigData·2020-09-16 14:21

下载 sra-toolkit

下载ncbi的数据从ncbi下载sra-toolkit（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/docs/toolkitsoft/）选择你的系统版本下载并解压下载sra序列SRR_Acc_List.txt
俩美好·2020-09-16 14:09

转录组入门3：了解fastq测序数据

作业：理解测序reads，GC含量，质量值，接头，index，fastqc的全部报告，搜索中文教程一.SRAToolkit官方文档https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces
Duke_of_Connacht·2020-09-16 14:00

sra文件下载及解析的问题

昨天在NCBI上下载了一份sra文件，使用fastq-dump提取fastq文件时遇到报错：2019-12-24T08:59:08fastq-dump.2.9.6sys:timeoutexhaustedwhilereadingfilewithinnetworksystemmodule-mbedtls_ssl_readreturned
Q.1·2020-09-16 14:00

本地blast的使用及SRA转fastq，解决sra转换成fastq后bwa无法识别的问题

BLASTinstaliiation直接下载编译好的balst，加入PATH导入PATH，使其在任何terminal中均可使用exportPATH=$PATH:yourdirectory/ncbi-blast
XH生信ML笔记·2020-09-16 14:41

Fastq-dump: 一个神奇的软件

现在可以用fasterq-dump,速度更快，请阅读都8102年了，还用fastq-dump，快换fasterq-dump吧做生信的基本上都跟NCBI-SRA打过交道,尤其是fastq-dump大家肯定不陌生
weixin_33734785·2020-09-16 14:56

如何用fastq-dump把sra格式转成fastq格式(fq格式)

sra是NCBI推出的存储高通量数据的格式，而平常我们工作用得多是fastq格式。
weixin_33901641·2020-09-16 14:25

生信软件 | Sratools (操作SRA文件)

文章目录1.介绍2.安装2.1Conda安装2.2传统安装3.使用3.1下载SRA3.2抽取fastq文件1.介绍Sratools是NCBI官方提供，用于操作SRA(readsandreferencealignments
白墨石·2020-09-16 14:37

ncbi下载数据sra和转换fastq流程

https://www.cnblogs.com/chenpeng1024/p/9166988.htmlnohupprefetch--option-fileSRR_Acc_List.txt&$wget-ifilename.txt此命令常用于批量下载的情形，把所有需要下载文件的地址放到filename.txt中，然后wget就会自动为你下载所有文件了。$wget-chttp://example.com
qq_39306047·2020-09-16 14:43

菜鸟自学之——SRA Toolkit 的下载和使用

菜鸟自学之——SRAToolkit的下载和使用第一次写博客，必须mark一下：2018.07.27sratoolkit是ncbi上将.sra文件转换为.fstaq.gz文件的工具。
guguaihezi·2020-09-16 13:55

sra转fastq格式

NCBI上下载的原始数据为SRA数据，而适用于大部分生物软件的是fastq格式，所以我们需要将sra格式的原始数据转为fastq格式。NCBI提供了数据转换的软件fastq-dump。
dingsheng56656·2020-09-16 13:18

ubuntu下使用sratoolkit将sra文件转换成fastq文件

ubuntu下使用sratoolkit将sra文件转换成fastq文件：环境：ubuntu14.04sratoolkit.2.5.5-ubuntu641.下载下载地址：http://trace.ncbi.nlm.nih.gov
KeepLearningBigData·2020-09-16 13:39

window下使用sratoolkit将sra文件转换成fastq

window下使用sratoolkit将sra文件转换成fastq并将fastq转换成fasta文件1.ncbi下载sra文件ftp://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant
KeepLearningBigData·2020-09-16 13:09

期刊缩写查找

这个网站也能查，但是缩写不带点：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nlmcatalog/101771226。
朝回走起·2020-09-16 00:11

SRA toolkit下载数据

1.sratoolkit的安装首先在ncbi下载对应系统的sratoolkit安装包，解压之后添加到环境变量。
生信编程日常·2020-09-14 22:31

Microbiome：高通量测序全面检测生物或环境样本的单细胞真核生物和寄生虫

文章目录高通量测序全面检测生物或环境样本的单细胞真核生物和寄生虫导读摘要主要结果表1.引物的特征和特异性图1.方法流程图表2.生物或环境样本中单细胞真核和寄生虫鉴定的示例图2.重建扩增序列与NCBI中序列的进化树方法
刘永鑫Adam·2020-09-14 16:16

RNAseq004 转录组入门(4)：参考基因组下载

hg19、GRCH37、ensembl75这3种基因组版本应该是大家见得比较多的了，国际通用的人类参考基因组，其实他们储存的是同样的fasta序列，只是分别对应着三种国际生物信息学数据库资源收集存储单位，即NCBI
caoqiansheng·2020-09-13 22:15

万能转换：R图和统计表转成发表级的Word、PPT、Excel、HTML、Latex、矢量图等

你和PPT高手之间，就只差一个iSlideExcel改变了你的基因名，30%相关Nature文章受影响，NCBI也受波及特点可以用命令将交互式R图或ggplot2、Lattice或baseR图保存到MicrosoftWor
生信宝典·2020-09-13 10:00

NCBI网页上进行Nr注释

在NCBI的网页窗口使用Blast进行比对http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi（这是新的Blast主页http://blast.ncbi.nlm.nih.gov
SicongFu·2020-09-13 01:13

如何寻找综述性文章

然后点击“分析检索结果”，在“根据字段排列记录:”下方的下拉菜单中点击“文献类型”，点击“分析”，勾选Review前面的复选框，点击“查看记录”即可获取所需要的高品质综述；（2）生物医学类综述文章可利用NCBI
xjnine·2020-09-12 08:18

可能是下载公共数据fastq.gz最快的方法【new】

参考：批量下载SRR数据从NCBI-SRA和EBI-ENA数据库下载数据最近下载了一些比较大数据，自己感觉下载公共数据，最快的方法用ascp下载EBIsra数据，再使用faster-dump解压，如果需要压缩使用
caokai001·2020-09-12 01:44

几种在NCBI中查询获取目的基因序列的方法

几种在NCBI中查询获取目的基因序列的方法在NCBI中，如何查询并下载获得某物种的某特定功能的基因序列，相信对于看到此篇的大部分同学来说都不陌生了。
正在输入中…………·2020-09-11 15:03

反常识—人体正确的体温范围

数据源自美国国家医学库：（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2819919/)MeasurementmethodNormaltemperaturerange
软件真理与光·2020-09-11 13:04

GEO挖掘实战一、初步探索数据

、TNBC相关探索-示例代码链接：https://pan.baidu.com/s/1r3QlBXrtGON4wMLbOn27KQ提取码：ajxa0、阅读文献主要复现文献：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov
小贝学生信·2020-09-09 17:21

VCF(variant call format)文件格式详解

可以参考这个说明文档学习：https://www.internationalgenome.org/wiki/Analysis/vcf4.0/以下以GIAB中的GM12878的数据为例(ftp://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov
生信编程日常·2020-09-05 18:27
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