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Bulk RNAseq上游比对2：下载数据、质控

jianshu.com)BulkRNAseq上游比对3：比对mapping-(jianshu.com)Step1：下载数据1.1下载公共数据框的测序数据示例数据：GSE158623https://www.ncbi.nlm.nih.gov

小贝学生信·2021-09-21 19:50

下载已发表文章原始数据之SRA Toolkit（Fastq转换bam）

https://www.cnblogs.com/liujiaxin2018/p/15083885.html1、下载进NCBI官网2、3、4、根据系统选择版本，下载即可5、查看自己系统6、centos和redhed

Dr家硕的科研之路·2021-09-21 15:29

linux025 SRA数据下载工具ascp的安装及使用

参考链接http://bioinfostar.com/2017/12/23/How-to-download-SRA-data-zh_CN/1NCBI-SRA和EBI-ENA数据库SRA数据库:SequenceReadArchive

caoqiansheng·2021-09-13 11:09

NCBI基因及启动子序列查找

当已知基因名或ID时，可通过NCBI搜索基因序列。首先登陆NCBI官网，在下拉菜单选择gene，搜索基因名或ID。

Wei_Sun·2021-09-09 12:12

如何在NCBI下载数据（包括批量下载）？

NCBI（NationalCenterforBiotechnologyInformation）https://www.ncbi.nlm.nih.gov/NCBI官方介绍是：NCBIadvancesscienceandhealthbyprovidingaccesstobiochemicalandgenomicinformation

xiaoxianyu·2021-08-23 08:45

计算FPKM、TPM以及FPKM to TPM

1、准备数据GSE81861上传的CRC_NM_epithelial的count与fpkm文件https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?

小贝学生信·2021-08-22 20:43

记录NCBI下载基因组的大坑

写在前面最近分析的物种由于国外品种与国内品种差异还是比较大，虽然大部分文章用的参考基因组都是以国外品种为主，但是由于考虑到目前我这边数据几乎全部都是来源于国内品种，因此在考虑是不是用国内品种的基因组会更妥善。刚好今年4月份国内品种的基因组又更新了一版，似乎是国内品种中目前质量最高的参考基因组，有被吸引到，因此有了这篇踩坑记录。。。。。一、在基因组文献中找到参考基因组及注释的存储路径如图可知该基因组

老饕_Ljw·2021-08-21 09:44

生信log12|"Dataset"-NCBI批量下载基因组数据新工具尝鲜&测评｜MacOS

在此介绍一下NCBI官网自己新出的一个批量下载物种基因组信息的网页和其命令行软件，以供萌新参考。

小周的万用胶囊·2021-08-09 12:02

loom文件转换成seurat对象

GEOdatabase下载了一个.loom文件，想要用一下这个数据，折磨了一周，终于成功的将它转换成了seurat对象，现记录如下：数据为GSE162183，地址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov

Merlin_cd6c·2021-07-08 17:30

2021-06-26 芯片数据的均一化和探针注释

如何判断芯片表达矩阵是否需要均一化以GSE43292为例https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?

学习生信的小兔子·2021-06-26 06:57

ScorpioGirl的m6A调研笔记

图文复现资源：文献1：Post-transcriptionalregulationofantiviralgeneexpressionbyN6-methyladenosine链接：https://www.ncbi.nlm.nih.gov

ScorpioGirll·2021-06-25 22:14

SnpEff：vcf注释软件安装及应用

已经安装openjdk文件：通过GATK流程得到的变异或者VCF格式的文件参考文件：对应基因组版本的gff或gtf注释文件、参考基因文件软件：SnpEff，更多说明查看请点击链接，帮助文档以Ecoli为例：NCBI

文章收集器·2021-06-25 20:34

SRA 数据的下载

线断木偶人·2021-06-25 03:24

NCBI 子数据库SRA/EMBL子数据库ENA的高级检索及数据下载

参考：https://www.jianshu.com/p/cf0a7b937413NCBI子数据库SRA是存储高通量原始测序数据的数据库，发测序类文章，审稿人都会要求你在NCBI提交原始测序数据，有助于后续有人继续分析

佳名·2021-06-23 03:06

NCBI生物分类数据库（Taxonomy）

介绍Taxonomy:NCBI公共序列数据库中所有生物的策划分类和命名法。目前包含地球上大概10%的物种。我们现在查询到底包含有有多少物种，进入统计页面：。

白墨石·2021-06-23 02:30

BLAST结果可视化

但是，一次寻找publicdata的过程中，我偶然间发现NCBI对于上传的数据也有自己的tax

鹿无为·2021-06-22 21:34

利用python自NCBI下载fasta和genbank文件

第一部分自习室网络出奇的差，有时想打开NCBI网页下载文件时会一直在那里转圈圈，本来很简单的一件事有时却要浪费好长时间；恰好最近在学习Bioinformaticswithpythoncookbook这本书里的内容

小明的数据分析笔记本·2021-06-22 13:07

在windows使用Aspera上传数据到NCBI

#1安装Aspera下载地址：https://downloads.asperasoft.com/connect2/NCBI首页也有提供下载：NCBIAapera到了下面这个页面，一步一步操作：Seethesourceimage

_eason_·2021-06-22 13:31

用SeqinR包在NCBI获取基因组序列并分析

这里是网页版获取DNA序列，下载保存后可以用read.fasta打开##########################用SeqinR包获取序列并进行统计##########################比如，在NCBI

Y大宽·2021-06-22 10:51

SRA、SAM以及Fastq文件高速下载方法

NCBI-SRA和EBI-ENA数据库SRA数据库:SequenceReadArchive：隶属NCBI(NationalCenterforBiotechnologyInformation)，它是一个保存高通量测序原始数据以及比对信息和元数据

Seurat_·2021-06-22 00:03

新基因功能注释 Nr/Nt/GO/Kegg/Swiss-Prot/COG/KOG/eggNOG/Pfam/String/转录因子预测数据库的搭建

二、数据库下载1.Nr/Nt数据库：wget-cftp://ftp.ncbi.nlm.

生信小白修炼记·2021-06-21 23:34

常用的基因组数据库汇总

原文地址：http://www.360doc.com/content/18/0127/20/19913717_725596003.shtml一、综合基因组数据库1.NCBI的Assembly数据库网址：

东风008·2021-06-21 18:35

插件 | 人人-点点点-光速下载 NCBI/ENA NGS原始数据

今天有趣，看到两个微信群讨论到MolPlant网站上TBtools的文稿是MostRead，亦即期刊主页上去看TBtools文稿的人相对较多。基于期刊网站数据，TBtools正式文稿发表后，目前被引28次。不过事实上，TBtools2020年元旦至今引用应是超过500【已然实现了之前的Typo，那会计算错了，以为日均2个Citations，不过现在已经是事实】。平均到8个月，那么每个月也要有60+

生信札记·2021-06-20 22:20

RNA-seq从入门到自闭（前言+数据获取）

https://www.jianshu.com/p/c8b08314e133整体上，覆盖了数个功能，四个插件：SRA数据查询与整理：SRAXMLtoTable，见推文：挖掘SRA的辅助小工具（NCBI高通量测序数据收录库

邵扬_Barnett·2021-06-20 17:03

生信分析常用基因组数据库汇总

【原创】生信分析常用基因组数据库汇总一、综合性基因组数据库1、NCBIAssembly目前最常用的综合性基因组数据库，没有之一（毕竟NCBI~）网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov

枫狂灬呆子·2021-06-20 11:59

2019-10-18寻找rDNA的足迹（6）

用了一天多，感觉除了有点卡，上NCBI、Science、The

嗒嘀嗒嗒嘀嗒嘀嘀·2021-06-20 06:48

dengue virus

https://www.nature.com/scitable/topicpage/dengue-viruses-22400925https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles

zhoujj2013·2021-06-20 03:01

实用的文献搜索小插件

虽然其实个人比较喜欢用WebofScience，因为该网站的界面比较友好，而且点击进入具体的文献条目就可以直接查看该期刊的影响因子和分区，但是很多人会选择NCBI的Pubmed进行文献搜索，当你使用Pubmed

jlyq617·2021-06-19 23:01

如何在NCBI下载SRA文件？

GEO数据库全称GeneExpressionOmnibusdatabase，是由美国国立生物技术信息中心NCBI创建并维护的基因表达数据库。2.GEO提供的数据类型有那些呢？

Htt_1996·2021-06-19 17:51

关于数据库的 “ID”

常用数据库ID序号ID示例ID来源一GLA,GLB,UGT1A1HGNCGeneSymbol（基因的官方名称）二ENSG00000116717EnsembleID（NCBI给予不同基因的一个代号（标识符

每天都在进步的FFOO·2021-06-19 06:11

2021-2-3-利用anaconda+prefetch+aspera从NCBI的SRA数据库中下载原始测序数据

记录下下载过程，为自己和后人避坑。1.Conda连接不上镜像源问题首先是anaconda安装软件或创建环境时遇到的问题。即使换完清华源和其他镜像源以后依旧报错。CondaHTTPError:HTTP000CONNECTIONFAILEDforurl

bioin·2021-06-19 00:21

关于参考基因组和注释

http://www.ensembl.org/index.html2、NCBI是NationalCenterfo

bio_meow·2021-06-18 22:46

基于inferCNV+机器学习预测ScRNA肿瘤细胞的尝试

数据1.数据来源GEO下载肠癌的单细胞数据，GSE132465（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?

QXPLUS·2021-06-17 17:14

使用Aspera上传测序数据到NCBI

首先要去NCBI注册，这个别人写的很多，就不说了。然后我这个人比较不熟悉这些玩意，就写得清楚一点。类似这个人的博客就说的比较清楚了，这里我直接把测序数据rel

fables008·2021-06-15 13:29

RNA_seq笔记

samllRNA,Non_codingRNAchip_seq蛋白参考基因组：文章里的出处RNA_seq流程https://www.jianshu.com/p/a84cd44bac67下载数据https://www.ncbi.nlm.nih.gov

zs_fighter·2021-06-15 00:17

用ggplot2做富集分析气泡图

数据准备富集分析软件由于做的材料不是模式植物，用clusterProfiler上面配置起来有点困难，最要命的是基因组数据库并没有上传NCBI，无法用OrgDb，当然也可以自己做background然后做富集

ShawnMagic·2021-06-14 20:44

ggplot2：如何优雅地绘制箱线图

数据来源：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc

MC学公卫·2021-06-14 09:26

黑曲霉转录组实战

eb89ab4af035linux平台下需要安装的软件：fastqc，fastp，hisat2，samtools，htseq2下载基因组序列和基因组注释文件黑曲霉N402基因组:EnsemblFungi或者NCBI

佳名·2021-06-13 23:53

Rosalind工具库: Entrez搜索NCBI资源库

IntroductiontoProteinDatabases蛋白质数据库中心UniProt提供了蛋白详细的注释，如功能描述，功能与结构，翻译后修饰。它还支持蛋白相似性搜索，分类分析和文献引用等。已知给定一个uniprotid,可以通过链接"http://www.uniprot.org/uniprot/uniprot_id.txt"或"http://www.uniprot.org/uniprot/u

xuzhougeng·2021-06-12 22:51

利用GEO数据库进行芯片数据检索

GEO数据库网址：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo相信大家看到这个网址http://www.ncbi.nlm.nih.gov/都不会陌生，我们经常使用pubmed进行英文文献的检索

翾格格·2021-06-11 02:44

解惑基因的命名

NCBI(NationalCenterforBiotechnologyInformation）`是指美国国立生物技术信息中心第一步进入NCBI进行搜索：https://www.ncbi.nlm.nih.gov

NoviceWitch·2021-06-11 00:50

深入理解RNA-seq

RNA-seq数据介绍学习RNA-seq文章https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/pmid/20436464/https://www.ncbi.nlm.nih.gov

zhoujj2013·2021-06-10 21:38

如何获得一个基因的结构域呢？CDD数据库的使用

话不多说直接上图：1.NCBI中CDD数据库的查询和使用打开NCBI首页，选择红圈里的选项2.进入CDD数据库，还是红圈里的选项3.进入后有以下界面，如果是单条序列，直接进入CD-Search选项，如果要批量查询

本人正在思考中·2021-06-08 21:42

KEGG Genes 数据库

对于每个基因，除了给出对应的物种，染色体位置，ncbi-geneID，DNA序列，蛋白序列等基本信息以外，还会给出这个基因对应的KO，module,pathway等注释信息。

生信修炼手册·2021-06-08 20:53

根据SRR号下载sra数据

本文主要介绍下载sra的常用的方式，并且经历多重磨炼才得到自认为较为可靠的方式1.wget下载：wgetftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/

叮铛_07a6·2021-06-07 20:50

万能转换：R图和统计表转成发表级的Word、PPT、Excel、HTML、Latex、矢量图等

你和PPT高手之间，就只差一个iSlideExcel改变了你的基因名，30%相关Nature文章受影响，NCBI也受波及特点可以用命令将交互式R图或ggplot2、Lattice或baseR图保存到MicrosoftWor

生信宝典·2021-06-07 14:02

2020-11-13

adultmaleskin——SRR8270566为例#####prefetchSRR8270566#下载SRA数据库的reads数据，另：wget-chttps://sra-downloadb.be-md.ncbi.nlm.nih.gov

Wu_tz·2021-06-05 07:46

101条UX原则 - #25 把菜单划分成子项，这样用户就不用记住太长的列表

（《神奇的数字七加减二：我们处理信息的能力有限》，GeorgeA.Miller（1956）（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/13310704））。这项

Tomi_Wong·2021-06-05 04:01

BLAST的简单使用教程

Basiclocalalignmentsearchtool），即基于局部比对算法的搜索工具BLAST包括blastn,blastp,blastx,tblastn,tblastx等.使用conda安装即可，亦可使用源码（https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov

大海龟啦啦啦·2021-05-26 20:30

PubMed的基本检索：实例一

PubMed的网址是：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed抗生素的过度使用带来了一些列的医疗问题，但是具体产生了什么威胁我不是很清楚，那我可以通过查阅相关文献来解答自己的疑惑

宜无声·2021-05-19 21:21

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