ncbi

2020-11-13

adultmaleskin——SRR8270566为例#####prefetchSRR8270566#下载SRA数据库的reads数据，另：wget-chttps://sra-downloadb.be-md.ncbi.nlm.nih.gov
Wu_tz·2021-06-05 07:46

101条UX原则 - #25 把菜单划分成子项，这样用户就不用记住太长的列表

（《神奇的数字七加减二：我们处理信息的能力有限》，GeorgeA.Miller（1956）（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/13310704））。这项
Tomi_Wong·2021-06-05 04:01

BLAST的简单使用教程

Basiclocalalignmentsearchtool），即基于局部比对算法的搜索工具BLAST包括blastn,blastp,blastx,tblastn,tblastx等.使用conda安装即可，亦可使用源码（https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov
大海龟啦啦啦·2021-05-26 20:30

PubMed的基本检索：实例一

PubMed的网址是：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed抗生素的过度使用带来了一些列的医疗问题，但是具体产生了什么威胁我不是很清楚，那我可以通过查阅相关文献来解答自己的疑惑
宜无声·2021-05-19 21:21

Aspera数据下载快速应用

本来下载数据用的是NCBI官方指定的sratool-kit里面带的prefetch，本来实验室网速快还没啥问题，但是这次碰到了一个硬茬，压缩后数据15G，下载数次中断，后来转为使用aspera进行下载，
面面的徐爷·2021-05-18 20:57

获取数据的来源

获取序列信息的数据库有很多，首先介绍从NCBI获取数据：想从NCBI上获取数据，学会使用Entrez是必不可少的！什么是Entrez？Entrez是美国国家生物技术信息中心所提供的在线资源检索器。
正树_9838·2021-05-11 13:03

参考基因组和注释文件

还可以下载ENSEMBL，NCBI的gtf，也导入IGV看看，截
wangchuang2017·2021-05-08 14:40

Ubuntu 下Blast+工具的安装与环境配置

NCBI的Blast工具一直是生物信息中重要的序列比对工具，也是很多基因家族鉴定工作中不可或缺的工具之一最近NCBI推出了Blast+的软件工具包因此我们在本文中就试一试在Ubuntu中安装和配置Blast
Yeyuntian·2021-05-08 00:15

fastq-dump安装及使用

fastq-dump是sratoolkit软件中的一个功能，首先安装sratoolkit1：安装Linux：curl-Ohttps://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk
二傻吧·2021-05-07 08:59

SRA数据(1)------SRA数据下载

https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?
护旗小能手·2021-05-06 15:57

每日文献: 2018-01-14

The2018NucleicAcidsResearchdatabaseissueandtheonlinemolecularbiologydatabasecollection原文地址:https://www.ncbi.nlm.nih.gov
xuzhougeng·2021-05-03 19:55

转录组入门（4）：了解参考基因组及基因注释

还可以下载ENSEMBL，NCBI的GTF，也导入IGV看看，截图基因结构。了解IGV常识。来源于生信技能树：http://www.biotrainee.com/forum.php?mod=view
lxmic·2021-05-03 17:43

clusterProfiler包进行id转换

如TP53基因：ENSG00000141510Entrezid：由美国NCBI提供，通常为纯数字。如TP53基因：7157Symbolid：为我们常在文献中报道的基因名称。
学习生信的小兔子·2021-05-03 11:17

biostar第八课 Blast

blastp,blastx还有tblastn，tblastxblast是干啥的就是你有一条query的reads，他帮你在数据库里找个能配上的，是一个局部对比的工具，寻找两条序列最相似的地方可以直接用ncbi
bingli·2021-04-28 13:57

数据库 | NCBI nt nt tax, uniprot, 物种基因组获取

导读记录常用的NCBI数据库，方便查询。
胡童远·2021-04-28 10:24

Aspear下载NCBI SRA数据

之前一直用wget远程下载NCBISRA的测序数据，但是不知怎么回事网速巨慢（<1kb）；网上查了下用Aspear下载貌似还挺快，速度可达10M/S。linux版下载地址：百度网盘https://pan.baidu.com/s/1jH9Kd1O安装步骤：1.解压之后shaspera-connect-3.6.1.110647-linux-64.sh2.上述命令之后，home目录下会出现.aspera
bio_橡树·2021-04-26 02:33

blast数据库文档说明（2018-06-03）

blast数据库说明地址：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/documents/blastdb.html更新于2017年3月6日文档中主要描述NCBI-FTP站点下可用的
简单点lili·2021-04-23 06:38

“人造眼”临床试验报告

原文链接：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27676329文章出处：KlinMonblAugenheilkd.2016Sep27DOI：10.1055/s-0042
先进医疗信息·2021-04-22 11:27

sratoolkit安装和简单使用

[TOC]安装环境Ubuntu18.10sratoolkit2.9.2-ubuntu64安装过程1、从https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/docs/toolkitsoft/
少年英雄小猪熊·2021-04-22 04:46

NCBI-SRA数据下载的3种方法

方法一：SRATookit下载SRATookit是NCBI提供的下载软件，我们需要下载安装，下载地址：
组学大讲堂·2021-04-22 01:21

科普笔记16 minor allele frequency 次等位基因频率

引用自NCBI的概念（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/docs/rs_attributes.html#gmaf）Globalminorallelefrequency
珜守約·2021-04-21 20:12

解读一篇病原微生物相关的文章

Laboratoryvalidationofaclinicalmetagenomicsequencingassayforpathogendetectionincerebrospinalfluid链接：https://www.ncbi.nlm.nih.gov
晓佥·2021-04-20 04:08

SRA数据下载

SRA数据库介绍https://www.ncbi.nlm.nih.go
RachaelRiggs·2021-04-19 20:14

SRA数据库及其数据的下载（GEO、SRA）

SRA数据库SequenceReadArchive(SRA)是NCBI旗下的数据库之一，其作用是存储包括Illumina、454、IonTorrent、CompleteGenomic、PacBio和OxfordNanpores
波波在敲代码·2021-04-19 12:23

使用misa查找ssr位点

1.下载基因组文件，ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/002/864/125/GCA_002864125.1_ASM286412v1/GCA_002864125.1
EZ·2021-04-19 11:19

2020-05-29 学习R语言批量爬取NCBI基因注释数据

python爬虫的教程那么多，有些杂乱，学习了2周好多基础知识还不清楚，但是我学习的目的还是为了用起来，很多学习也是没有必要的，那就学点实用的吧。本来在学习利用selenium模块爬取pubmed数据，奈何解析网页这步有点卡住了，我得去补习点CSSselector和Xpath表达式等，无法复现下面2位作者的代码（主要是请求超时问题没法解决，python代码不太熟悉，对函数定义这块感觉比R要复杂）h
程凉皮儿·2021-04-18 19:46

教你3种方法下载NCBI GEO数据

1.常规下载方式：prefetch    对于常规下载sra数据来说，NCBI提供了它自己的一套工具(SRA-Toolkit)，其中用prefetch来下载数据，用fastq-dump来解压数据。
BioGou·2021-04-18 05:28

细菌全基因组测序数据构建SNP系统发育树

整个数据处理过程包括如下步骤：数据下载及转化：包括NCBI下载sra数据以及候选的参考基因组数据；数据预处理参考基因组选择callSNP
涤生生·2021-04-17 17:14

生物信息学分析工具

为了使NCBI的资料库发挥更大的进阶应用价值，NCBI研究团队发展许多可以做生物医学资料採矿与资料分析的检索与分析工具。
天明豆豆·2021-04-15 10:34

Biopython之gbff转gff格式 2020-04-27

gbff是NCBI基因组数据库常见的基因组genebank格式文件，在实际分析中，常常需要gff格式或者gtf格式，所以就存在gbff转换gff格式的需求image.png方法请参考先安装Biopython
SnorkelingFan·2021-04-15 01:33

SRA数据下载

下载sratoolkit工具，用于从NCBI下载数据。第一次下载了最新版本（sratoolkit.2.10.9-centos_linux64），但是运行的时候报错：.
谢京合·2021-04-13 17:11

2021-03-22 转录组原始测序数据-ascp下载原始数据

因为GEO和SRA数据库互通，GEO不存fastq数据，只存别人定量好的下游的FPKM的值；TCGA原始的fastq数据需要有权限申请，但count数据是会有的；所以下载原始数据需要到SRA（美国的NCBI
乔帮主_d2ac·2021-04-11 00:10

构建ncbi——nr本地库

网上方案都是用ncbi-blast+程序包的updata_blastdb.pl自动下载，然而我下了两天，一直断···被逼无奈下，我只能用wget命令通过FTP地址去下载了先附上几个有用的地址：ncbiblastdatabase
扇子和杯子·2021-03-24 16:21

如何快速查找物种间对应的同源基因

方法一、直接查找NCBI的homologenehttps://www.n
生信交流平台·2021-03-22 22:11

生物数据库部分合集

转载自-----https://www.jianshu.com/p/963343b5e135核酸数据库NCBI[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/]NCBI(NationalCenterforBiotechnologyInformation
本人正在思考中·2021-03-10 14:33

引物设计

以ZFAND4为例：在https://www.ncbi.nlm.nih.gov/里选择Gene，搜索ZFAND4：ZFAND4选择跟人相关的（第一个，Homosapiens）。
cHarden13·2021-02-07 20:06

RNA-seq分析-数据库

声明：不是原创，我只是方便自己学习，原文指路NCBI-SRA数据库与EBI-ENA数据库所有已发表文献中的高通量测序数据大多会上传到某个数据库中方便其他人的下载学习与再研究，这其中受众最广的自然是出身NCBI
峰峰love典典·2021-02-07 17:15

数据：如何在国内高速下载SRA

如何在国内高速下载SRA下载公共测序数据，一般是通过在NCBI上搜索到study的RunSRA号，然后使用NCBI提供的prefetch下载数据，但因NCBI国内访问较为缓慢导致下载速度巨慢，因此推荐使用
华仔少年·2021-01-30 11:48

GEO数据挖掘（1）引出

要知道的背景知识GEO=GeneExpressionOmnibus一个基因对应一个GSE编号，根据编号在NCBI-GEO中找http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi
峰峰love典典·2021-01-28 09:16

Python爬虫练习（二）爬取NCBI pubmed搜索结果doi号并进行文献下载（requests+xpath+正则）

继上文的requests+正则解析https://www.jianshu.com/p/c4c041459f58，接下来使用requests+re+xpath解析。用pubmed的高级搜索不知道为什么，比如用关键字1关键字2搜索，总是会有缺少一个关键字的情况，就算用AND连接也是这样，给文献的搜索造成了很大的麻烦，所以就用爬虫提取关键字都出现的结果的doi号然后调用sci-hub地址下载。用法：运行
精神秃头生信小伙儿·2021-01-25 22:40

Python爬虫练习（一）：爬取NCBI pubmed搜索结果doi号并进行文献下载（requests+正则解析）

爬虫是python的强项，也是其热门应用领域，有很多完善成熟的爬虫模块/库，像是scrapy、selenium、beautifulsoup，以及简易的urlib、requests。今天就是介绍一下怎么用requests简单爬取pubmed的文献搜索结果并进行批量下载全部搜索结果（当然前提是给出了doi号），已经将关键代码进行了注释，只需要运行代码，然后输入你的搜索关键词，用空格隔开，即可自动获得d
精神秃头生信小伙儿·2021-01-25 22:36

高通量数据上传SRA

https://mp.weixin.qq.com/s/CUGkuaNnAZZ3W5IpPyaS-A具体步骤看上边链接以下是弯路和细节补充：官网NCBI，注册，注册完一定要去邮箱信息激活！！
聆听小倩·2021-01-18 22:24

数据挖掘学习---GEO 数据库简介

一、GEO数据库简介GEO（GENEEXPRESSIONOMNIBUS）数据库是由美国国立生物技术信息中心（NCBI）2000年创建的基因表达数据库，收录了世界各国研究机构提交的基因表达数据，主要包括基因芯片
Seurat_Satija·2021-01-15 11:30

植物科学常用数据库和生物信息学工具2020

转载于公众号:MolPlant植物科学通用数据库http://bigd.big.ac.cn/databasecommons/国家基因库下属数据库，涵盖各种生物的全面公开可用的数据信息https://www.ncbi.nlm.nih.gov
峰峰love典典·2021-01-14 20:31

生信分析-本地BLAST

一.本地blast简介本地Blast(BasicLocalAlignmentSearchTool)，是基于本地的比对搜索工具，可以在自己建立的数据库进行blast搜索，与NCBI的在线blast相比，其速度快
峰峰love典典·2021-01-12 14:58

基因家族鉴定流程（一）数据准备

NCBI高级搜索以及序列下载参照https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK49540/以及https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK3837
精神秃头生信小伙儿·2021-01-07 20:21

Linux系统下aspera的下载、安装和NCBI、EBI的数据下载

上一篇介绍了sratools，但是因为其过于垃圾，所以就不推荐。换一个好用的aspera。1.aspera下载先进入https://www.ibm.com/products/aspera/downloads?list然后找到如图所示的IBMAsperaConnect。因为数据一般是下载在服务器上，所以需要选择linux版本进行安装。image.png点击Viewdocumentation就会有不同
谢京合·2021-01-02 11:58

Blast：3.本地化NR数据库|按物种拆分

NR数据库包含了所有物种分类的蛋白序列数据，文章时间NR数据库大约83G大小，由于注释数据运行时间时间和数据库大小几乎呈集合级增长，另外防止其他物种序列影响注释结果，因此在NR数据库建库时可以根据NCBI
hoyeezhang·2020-12-16 01:52

Python 利用Entrez库筛选下载PubMed文献摘要的示例

PubMed官网https://pubmed.ncbi.nlm.
·2020-11-24 18:04

windows 下在NCBI批量下载SRR 数据

如果在GEO数据库上一篇文章包括了多个样本，对应到多个SRRrun，那么此时一个批量下载SRR数据的命令就非常方便了。当然，关键在于，你能获得对应的SRRid或者srrrun下载链接。那么下面的两种下载方法，能提升效率。1.NCBISRA检索结果sendtoRunInfo可以在SRA数据库中通过SRP检索得到所有相关的SRR列表。【而后可以将下载路径放入到TXT文件，通过本地安装的wget工具，设
新欣enjoy·2020-11-24 13:55
上一页 6 7 8 9 10 11 12 13 下一页
按字母分类： ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ其他