reads

PE测序中read1与read2关系

PE测序中read1与read2关系1、前言2、插入片段与PE测序的3种关系3、插入片段不测通时PE_reads间关系（1）fq中的reads（2）bam中的reads（3）IGV中的reads参考文件
S_AGZX·2023-10-11 08:35

fastp软件介绍

（4）低复杂度过滤（5）adapter过滤（6）通过质量值过滤每条read（7）ployG/ployX（8）PE数据的碱基校正(correction)（9）整体切除【globaltrimming】过滤reads
S_AGZX·2023-10-11 08:35

ATAC-seq专题---生信分析流程

一、测序数据过滤与质量评估下机数据经过过滤去除接头含量过高或低质量的reads，得到cleanreads用于后续分析。常见的trim软件有Trimmomatic、Skewer、fastp等。
诺禾致源·2023-10-09 21:06

oracle查询字典排序,oracle通过数据字典查询看执行计划

oracle通过数据字典查询看执行计划SELECTa.ADDRESS,sql_text,executions,rows_processed,cpu_time,a.DISK_READS,a.BUFFER_GETS
吉利吉利·2023-10-09 19:00

小RNA ----计算miRNA 表达量

uniqereadnohupls*sam|whilereadid;dosamtoolsview-S-F4$id|grep-v"XS:">${id%%%_*}.sam;done&比对到miRNAbase上的reads
Weiyx·2023-10-09 15:09

序列回帖与multi-mapped reads的处理

数据回帖根据维基百科的定义：在计算和数据管理中，数据映射（datamapping）是在两个不同的数据模型之间建立数据元素映射的过程。一个经典的patternmapping问题：查找pattern（P）中字符串（T）的重复次数。通常的解决方法是使用后缀树，在之前的文章中写过方法：后缀树练习实例：从目标串S中查找串T重复次数在生物信息中，根据有无已知的基因组信息可以将mapping分成两类。这里只谈m
YangRiriri·2023-10-09 04:05

ATACseq--染色质开放性测序

然后可以使用测序reads来推断
HOLLYxiao·2023-10-09 02:26

用DESeq2对表达矩阵进行归一化的详细步骤

——AmosA.Folarin，伦敦大学学院1.对readscount进行ln()转换表达矩阵的行代表feature（如基因、外显子等），列代表sample；对于原始的每一个基因每一个样本对应的reads
泼皮混混·2023-10-08 09:08

如何在Rawdata的fq.gz中找到一条read序列

事情是这样的：在IGV中查看我的bam文件时，找到了一对有趣的reads：E00582:592:HHF5YCCX2:3:2101:5863:59604这个bam文件用的是clean的reads，但我想看看
笺牒九州的怪咖·2023-10-07 03:28

1.3质控结果解读

以最差的一个为例总览本批次QC中最差的一个绿色勾勾：合格的黄色叹号：触到了警戒线红色叉叉：不合格1.基础数据结果1reads长度=150GC含量=47%reads数9.4kwillumina可以达到2X150bp
cakarote·2023-10-05 21:56

经典管理类书籍看这本《团队管理必读12篇》就够了

作为经典管理类书籍12Reads系列的成员之一，《团队管理必读12篇》同样只能从12Reads的官网获得。
translator·2023-10-05 18:49

运营管理方面的书籍推荐

而要全面掌握运营管理的精髓，我推荐你看12Reads系列的书。并且，我建议你能看完12Reads全系列的书，而不只是其中一本。因为只有这样你才能从头到尾窥探到企业管理及运营管理
雪明明·2023-10-04 07:16

定量分析htseq

因此，HTSeq设置了-a参数的默认值10，来忽略掉比对到多个位置的reads信息，其结果有利于后续的差异分析。输入的GTF文件中不能包含可变剪接信息，否则HTSe
小鹏_哒哒哒·2023-10-03 02:27

管理类的书籍哪本最好？你可能需要看看这些

由于学习和工作方面的原因，笔者本人看过的企业管理书籍不在少数，虽不敢说什么读书破万卷，但也至少有好几十本了吧，而在所有看过的管理书籍中，给笔者印象最深的还是今天要向大家推荐的12Reads系列。
translator·2023-10-02 15:39

BLAST本地比对太慢，不怕用diamond

在宏基因组学研究中，又或者你准备做大规模的系统进化的相关研究等等，需要分析了数百万个序列的reads，以确定来自环境的微生物样品的功能或分类学含量，找出对应reads同源的物种。
lakeseafly·2023-10-01 18:30

2022-09-08 bam文件去除重复reads

适用场景：首选软件：picardMarkDuplicates命令示例：export_JAVA_OPTIONS=-Djava.io.tmpdir=./tmppicard-Xmx100gMarkDuplicatesI=YH9H-2filter_MAPQ20.bamO=YH9H-2filter_MAPQ20redup.bamCREATE_INDEX=tureREMOVE_DUPLICATES=tureM
AsuraPrince·2023-09-30 17:24

samtools reads 过滤

FilterAlignmentsforunmappedpairsAnunmappedreadwhosemateismapped.samtoolsview-u-f4-F264alignments.bam>tmps1.bamAmappedreadwho’smateisunmapped.samtoolsview-u-f8-F260alignments.bam>tmps2.bamBothreadsofth
wangsb_2020·2023-09-30 15:34

临时笔记-批量上传图片-vue.js

$refs['file-input']reads.readAsDataURL(img.files[0]);reads.onload=fun
火锅小王子00·2023-09-30 14:03

差异剪接分析软件rMATS结果文件解读(v4.1.2)

一些重要的区分JC和JCEC区分rMATS中，JC是JunctionCounts的缩写，表示跨越剪切位点的reads（暂且叫为JCr
yao号角·2023-09-30 10:37

转录组测序中的文件格式

所有scRNASeq都是双端测序fastq格式BAMbam文件存储映射后reads信息，bam文件可以转换成人可以阅读的sam文件，这种转换通过samtools进行。
实验室的搬运工·2023-09-30 00:47

sqlserver查询最耗时的sql语句和执行过的sql语句

total_elapsed_time/1000N'总花费时间ms',total_worker_time/1000N'所用的CPU总时间ms',total_physical_readsN'物理读取总次数',total_logical_reads
香煎三文鱼·2023-09-29 23:27

基因组组装（全）

基因组组装一般分为三个层次，contig,scaffold和chromosomes.contig表示从大规模测序得到的短读(reads)中找到的一致性序列。
麋鹿吃了颗草莓·2023-09-29 20:01

市场营销必读书籍推荐

很多圈内大佬都有推荐，当然如果你有一定的经济基础和时间，还是比较建议你看下12Reads全系列的书，比买单本更划算。
雪明明·2023-09-29 15:47

IGV-基因组浏览器-改造记录（六）

然而在近期的数据分析过程中，我们仍然发现了一个新的需求：在展示sRNAreads的时候，只看某个长度的reads，比如植物的miRNA大多是21nt，常见的phasiRNAs，或者全都是21nt，或者全都是
生信石头·2023-09-29 14:28

singlem,一款可以使用marker基因进行宏基因组reads分类的软件

看了一下marker基因对宏基因组reads进行分类的方法，作者提到了singlem（见下图）。
谷流觞·2023-09-29 07:02

Mash: 使用MinHash快速估算基因距离

MASH能用于聚类NCBIRefSeq中所有的基因组，基于组装或者它的reads的实时的基因组聚类，聚类大量的宏基因组数据集。该工具最终发表在GenomeBiology上。工具下载与基本使用Git
lakeseafly·2023-09-27 23:41

【Bioinfomatics】生物信息学名词积累

reads：读长，测序仪单次测序所得到的碱基序列名词cohortstudy：队列研究队列研究是将某一特定人群按是否暴露于某可疑因素或暴露程度分为不同的亚组，追踪观察两组或多组成员结局（如疾病）发生的情况
小丫么小阿豪·2023-09-27 21:46

samtools 序列比对率计算（samtools flagstat）

准备序列比对后生成的bam文件或者.sam文件samtoolsflagstat.bam文件>flagstat.tax结果解释从第一行至第十一行分别表示：QCpass的reads的数量为2499971，未通过
奔跑的Forrest·2023-09-27 08:44

SQLSERVER 慢查询分析

total_elapsed_time/1000N'总花费时间ms',total_worker_time/1000N'所用的CPU总时间ms',total_physical_readsN'物理读取总次数',total_logical_reads
shejiangao·2023-09-26 22:05

如何向Sequence Read Archive (SRA) 提交未组装的高通量测序reads？

基本简介原始数据（Rawdata)指测序下机后未经处理的全部原始数据文件，SRA是NCBI中收录原始数据的主要数据库，有454，Illumina，SOLiD，IonTorrent，Helicos和CompleteGenomics的下机数据，最为常见的是illumina产生的fastq格式数据。一：注册NCBI账号点击NCBI主页myprofile填写个人信息（用户名，密码，邮箱），并向NCBI发送
唯问生物·2023-09-26 22:41

mixcr3.0 软件使用

支持PE和SE的reads，考虑测序质量，纠正PCR错误，还能识别生殖系高突变。支持部分和全长分析，并使用所有可用的RNA或DNA信息，包括V基因片段上游和J基因片段下游的序列。
11的雾·2023-09-26 14:56

2022-05-06

smallRNAseqbwabowtie比对$bowtie-hbowtie-n2-l20-e50-f--al24h2reads_aligned-m50/home/data/ssy303/VSV_Genome
Xinli_5d16·2023-09-26 10:50

tensorflow常用函数

tf.data.TFRecordDatasettf.data.TFRecordDataset(filenames,compression_type=None,buffer_size=None,num_parallel_reads
eight_Jessen·2023-09-26 01:04

SQLServer找出执行慢的SQL语句

total_elapsed_time/1000N'总花费时间ms',total_worker_time/1000N'所用的CPU总时间ms',total_physical_readsN'物理读取总次数',total_logical_reads
LYT枫随风--rex·2023-09-19 12:17

群体遗传学习笔记-测序技术学习

通过全基因组重测序，将不同梯度插入片段（Insert-Size）的测序文库结合短序列（Short-Reads）、双末端（Paired-End），可以找到大量的单核苷酸多态性位点(SNP)、拷贝数变异(CopyNumbe
wangchuang2017·2023-09-19 02:50

bam转fq文件 避坑

bamToFastqbamToFastq-iXX.bam-fqXX.fqsamtoolsbam2fqbam2fqXX.bam>xx.fq注意这两种方法得到的fq文件大小完全不同（bedtools的结果reads
bio_橡树·2023-09-18 13:35

[运维|数据库] PostgreSQL数据库对MySQL的 READS SQL DATA 修饰符处理

在PostgreSQL中，访问权限通常是通过数据库角色和表级别的权限进行管理，而不需要类似MySQL中的READSSQLDATA修饰符。要在PostgreSQL中管理数据库对象的访问权限，您可以使用以下SQL命令：GRANT：授予用户或角色对表、视图等对象的特定权限。REVOKE：撤销用户或角色对表、视图等对象的特定权限。ALTERDEFAULTPRIVILEGES：定义对新对象的默认权限规则。以
梦醒贰零壹柒·2023-09-17 06:10

[samtools] sam格式与bam格式互换，提取未匹配reads，转为fastq

ConvertingaSAMfiletoaBAMfileFirst,ifyouusetheUnixcommandheadtest.samThefirst10linesonyourterminalaftertyping"headtest.sam",shouldbelinesstartingwithan"@"sign,whichisanindicatorforaheaderline.Ifyoudon'
weixin_33737774·2023-09-16 11:43

生信技能23 - Samtools提取BWA比对的mapped reads

本文目的：筛选出能比对到参考序列的mappedreads，形成新的fastq文件参考序列构建索引bwaindexref.fasta运行成功后会生成5个结果文件：ref.fasta.amb、ref.fasta.ann、ref.fasta.bwt、ref.fasta.pac、ref.fasta.sabwa比对+samtools进行sam2bam转换利用samtoolsview命令可将bwa比对生成的为
辉光君Glow·2023-09-16 11:10

samtools提取bam paired-end reads

解决方案通过指定samtoolsview的-f/-F/-G参数的FLAGS即可愉快的从bam中提取预期的reads-f/-F/-G参数介绍-fFLAG,--require-flagsFLAGOnlyoutputalignmentswithallbitssetinFLAGpresentintheFLAGfield.FLAGcanbespecifiedinhexbybeginningwith
qq_21478261·2023-09-16 11:39

Spanner中的（TrueTime，Lock free snapshot transactions，Nonblocking reads，Atomic schema changes）

Spanner是Google的可扩展、多版本支持、全球分布式的同步备份数据库TrueTimeAPITheTrueTimeAPIofSpannerisdesignedtoaddresstheissueoftimeuncertaintyindistributedsystems.Itisbasedonthefollowingkeyconcepts:Multi-copyreplication:Spanne
卢延吉·2023-09-14 23:34

Sql Server Profiler Sql 事件探查器 使用方法

事件探查器重要列名解释：CPU：事件所使用的CPU时间总计（以毫秒为单位）；Duration：持续时间，事件所花费的时间总计,（以毫秒为单位）；Reads：服务器代表事件执行的逻辑磁盘读取数，（以字节为单位
zhang0000dehai·2023-09-09 09:11

最值得推荐的管理学书籍——12Reads系列

从学生时代开始一直到走上管理岗位的这些年来，企业管理类的书籍笔者接触过的不在少数，各式各样的管理培训也参加过很多场，但印象最深的还是12Reads系列。
translator·2023-09-07 14:27

甲基化水平计算方法

一、单个位点甲基化水平：单个位点的甲基化水平＝支持甲基化C的reads数/总的reads数对于参考基因组上的C位点，有些reads（reads上此位置处是C）支持此位点是甲基化的C位点，有些reads不支持
笺牒九州的怪咖·2023-09-02 16:20

三代组装软件Canu简介

Canu是基于OLC算法，具有长reads的自纠错和组装功能，是应用最为广泛的三代组装软件，从Canuv1.9开始，支持pacbiohifi的组装，目前最新的版本是2.1.1，以下将以该版为基础，介绍该软件的使用
生信阿拉丁·2023-09-01 05:44

2021-12-12转录组分析（四）--王通老师讲解

endif]过滤啥（1）非“基因组”本身序列（自身加的4个，adapter接头；测序引物；barcode;index等）1.1去adapter反向互补，adapter一般在0.1以下；1.2去除含N碱基过多的reads
不如好好学生信吧·2023-08-28 11:21

宏基因组之基因组装

背景宏基因组组装，即把短的reads拼装成连续的序列contig，再根据PE等关系将contig拼装成scaffold。
凯凯何_Boy·2023-08-26 15:05

基因组|测序数据质控篇

前言：一般测序下机数据会存在含N比例过大、测序质量较低的碱基数占比过高、含有duplication、序列污染等低质量reads,这些不合格的reads会影响后续的分析，所以，我们拿到测序数据首先要了解测序数据的质量情况
天蓝色的星空_ffc7·2023-08-25 14:10

转录组全记录：从rawdata到DEG功能富集

iTools使用：iToolsFqtoolsstat-InFq-InFq-OutStat2.cleandata2.1fastp过滤fastp-q15#期望碱基质量值-u40#去除高于40%低质量碱基数量的reads-n5
NICE_AGIS·2023-08-24 20:39

awk比较两文件（-）

txt-取代第一个文件的位置：cat2.txt|awk'FNR==NR{x[$1];next}($1inx)'-1.txt这样在提取bam文件的信息的时候比较方面，比如：samtoolsview-@8reads.bam
生信编程日常·2023-08-21 23:07
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