reads 第4页

用HiFiAdapterFilt去除hifi reads的接头序列

最近在处理PacBio的HiFi数据，记录一下分析的过程。背景介绍今天介绍的这个软件叫做HiFiAdapterFilt，是一个用于从PacBio的原始数据中去除掉HiFi的接头序列的软件。下面是它的github地址和发表的文章地址：github:https://github.com/sheinasim/HiFiAdapterFilt.git文章：https://bmcgenomics.biomed

卖萌哥·2023-08-21 12:52

转录组分析实战第七节：采用Trinotate对拼接结果进行注释

既然可以通过Trinity对所有的Reads进行拼接后得到很多的转录本（Transcripts),因此很有必要对这些转录本进行注释。

Yeyuntian·2023-08-20 05:25

Nanopore：使用albacore进行basecalling

使用NanoporeMinION进行单分子DNA测序，产出的结果是fast5文件，我拿到的结果中有400多个数字编号的件夹，每个文件夹里面4000个fast5文件，即一共160万条reads，现在要做basecalling

bioinfx·2023-08-20 01:16

uniapp 微信小程序上下滚动的公告通知（只取前3条）

methods:{//查询通知公告getNotice(){uni.showLoading();varparams={url:"/transporterList",method:"GET",data:{readS

maoge_666·2023-08-08 08:19

序列比对BWA（Docker篇）

首先通过BWT(Burrows-WheelerTransformation，BWT压缩算法)为大型参考基因组建立索引，然后将reads比对到基因组。特点是快速、准确、省内存。

组学大讲堂·2023-08-07 23:54

宏基因组分析笔记之binning

一、宏基因组简介：reads→（根据overlap组装）→contig重叠群→（构建454paired-end库或illuminameta-paired库，组装）→scaffold→（binning）→

小王的学习杂记·2023-08-07 06:21

单细胞测序基础知识

构建文库上机测序根据不同的荧光检测不同的碱基质量控制（质控QC）去除低质量的序列表达定量统计reads数，进而得到表达矩阵标准化让所有样本处在同一起跑线上主成分分析PCA图中每个点都代表一个样本，不同颜色表示不同类别

来份芒果布丁·2023-08-07 05:42

MySQL 创建函数报错 This function has none of DETERMINISTIC, NO SQL, or READS SQL DATA in its declaration

背景描述在MySQL中创建函数时，报错如下：ThisfunctionhasnoneofDETERMINISTIC,NOSQL,orREADSSQLDATAinitsdeclarationandbinaryloggingisenabled(youmightwanttousethelesssafelog_bin_trust_function_creatorsvariable)错误原因这是我们开启了bi

龙凌云·2023-08-06 06:54

PGCGAP v1.0.35版本更新

PGCGAP是用于原核生物基因组学和比较基因组学分析管道，目前该管道包含12个模块，可以接受Illumina双端reads、Oxfordreads或PacBioreads作为输入，可以完成基因组组装、基因预测和注释

了尘兰若·2023-08-04 10:39

数据单位的转化

最近突然有朋友问到，在高通量测序的时候，6Gb的碱基数据量换算成300bp的读长，应该怎么换算成多少reads呢？经查询，大家一定要记住的是1G=1024M。

本木大·2023-08-04 02:55

生信软件 | bowtie2（测序序列与参考序列比对）

1.介绍Bowtie2是将测序reads与长参考序列比对工具(适用于将长度大约为50到100或1000字符的reads与相对较长的基因组,如哺乳动物,进行比对)。

白墨石·2023-08-02 01:13

WGS完整流程介绍(原始数据质控、数据预处理、变异检测、数据注释)

一、原始数据质控1.原始测序数据(也是reads)从测序仪中直接取下来的数据，它包括了所有的碱基，无论是测序质量低的，还有可能包含测错的，可能还会包含实验误差。

如意的小家·2023-08-01 01:21

redis线程模型

单线程的局限及redis的优化方式二、redis单线程为什么这么快2.1采用的机制2.2优化的措施三、redis的IO多线程模型3.1redis为什么引入IO多线程模型3.2配置io-threads-do-reads3.3

闲谈社·2023-07-31 18:13

生信课程笔记3-序列搜索算法

测序仪产生非常短的DNA片段，称为reads（35-400nt），数量巨大（每次运行数十GB的测序数据），成本低。

果蝇饲养员的生信笔记·2023-07-27 02:56

生物信息学_玉泉路_课堂笔记_05 第五章从头基因组组装与注释

上周回顾从头基因组组装与注释第一节基因组调查最左边的error-peak是测序错误导致的杂合导致的峰重复序列在纯和峰值的右边（整数倍的地方出现）整理以上信息可以使用的软件第二节从头基因组组装从头组装VS比较组装从头组装就像自己拼图没有参考打断得到reads

rookie_coder_996·2023-07-25 22:20

2022-01-10

####################################################################################1reads比对#########

bettermaan·2023-07-25 01:37

Docker封装生物信息学甲基化流程

基因组的正链C->T，才能匹配原正链的reads

儒雅随和王小板·2023-07-24 14:08

成为一名合格的企业管理者，看这十本书就行了

注意本书单中除12Reads的书仅能从其官网购买外，其他书籍和著作都可以从电商平台直购哦。

雪明明·2023-07-21 06:55

学一点儿基因组组装

1.下机数据质量控制主要是针对低质量的reads和含有adapter的reads，我事先并不知道adapter序列，所以就只过滤了低质量的reads。

TOP生物信息·2023-07-20 23:31

mysql中的Innodb_buffer_pool_reads和Innodb_buffer_pool_read_requests

Innodb_buffer_pool_reads和Innodb_buffer_pool_read_requests是什么？

PostgreSQL运维技术·2023-07-20 05:04

asp.net MVC5图片上传到后端，并且能够预览

图片上传上传图片图片预览functionchangepic(){varreads=newFileReader();f=document.getElementById('file').files[0];reads.readAsDataURL

雨落倾城夏未凉·2023-07-19 20:34

【单细胞组学】CITE-seq-Count：分析CITEseq测序数据

有了测序数据（reads文件），接下来我们看看怎么得到蛋白的表达数据。

SciNote·2023-07-19 04:38

R语言安装DESeq2包

分析ＲＮＡ序列数据的主要任务是探测基因差异，而应用EDSeq中可以利用二项分布和收缩的分布方程估计.DESeq2的差异表达分析涉及多个步骤:简单的说——DESeq2将对原始reads进行建模，使用标准化因子

Serendipity^O^Ekko·2023-07-18 01:01

Partial Reads In Zookeeper

说明在ApacheZooKeeper中，PartialReads允许客户端仅读取znode（节点）中存储的数据的部分内容，而不是读取整个数据。默认情况下，ZooKeeper提供连续读取（SequentialReads），即客户端检索存储在znode中的完整数据。然而，在某些情况下，读取完整数据可能效率低下或不必要。为了解决这个问题，ZooKeeper引入了PartialReads的概念，允许客户端

卢延吉·2023-07-16 16:36

h5与安卓交互唤起手机照相、相册、摄影视频播放图片上传录音拨打电话

照相拍照functionchange(){varimagefile=document.getElementById("image").files[0];varreads=newFileReader();reads.readAsDataURL

周亚鑫·2023-07-15 21:12

算法（二）蓄水池抽样算法快速随机抽取reads

原创：hxj7关键词：蓄水池算法;fastq文件往往都很大，出于测试目的，我们经常要从fastq文件中随机抽取reads，生成一个小一点的fastq文件，以加快测试效率。

生信了·2023-07-15 08:17

HDFS Short-Circuit Local Reads

1、背景在HDFS中，读取操作通常是通过DataNode。因此，当客户端要读取文件时，DataNode会从磁盘上读取文件，然后通过TCP套接字将数据发送给客户端。如果我们的客户端和数据在同一台机器上的时候，那么是否可以绕过DataNode，允许客户端直接读取数据呢？通过Short-CircuitLocalReads可以实现这一功能。2、配置2.1检测是否启用libhadoop.so如果我们要使用S

·2023-06-19 12:23

[R][DiffBind]用Diffbind做RNA-seq差异分析问题记录（持续更新）

BT4741BT474ERResistantFull-Media1bedErrorinif(file.info(peaks)$size>0){:missingvaluewhereTRUE/FALSEneeded文件缺失，检查工作目录下peaks/reads

Scabbards_·2023-06-16 07:28

R语言绘制行政边界图

以下是一份代码，用于绘制河南省行政图：library(maptools)library(ggplot2)#读取shapefile文件hena_shapefile<-readS

地狱道·2023-06-14 15:35

员工管理类书籍推荐，这些都是初为管理者必读的书籍

《员工管理必读12篇》是12Reads系列培训教材惟一专注人员管理的著述，有了它，员工管理理应简简单单并效率出奇。2、《科学管理原理》泰勒的管理理论看似简单，其实内涵却很丰富，并非能被

translator·2023-06-09 12:35

利用samtools将sam格式的文件与bam格式的文件进行相互转换

bowtie2是当今流行的序列比对软件，其输出结果为sam后缀名的文件sam格式是一种通用的比对格式，用来存储reads到参考序列的比对信息SAM是一种序列比对格式标准，由sanger制定，是以TAB为分割符的文本格式

邱俊辉·2023-06-07 19:04

count,FPKM,TPM,CPM

readcounts比对到基因的reads数目；rawcount为差异表达分析的输入数据，Deseq2等差异分析软件内部有标化方法。

超级无敌大蜗牛·2023-04-21 08:07

MACS的原理

根据MACS的论文中所描述的，Chip-Seq实验中全基因组的reads分布恰好是符合泊松分布的。

城管大队哈队长·2023-04-20 06:48

2018-12-04 Hisat2 map 结果与 samtools flagstat 结果不一致

如果用Hista2将原始的reads比对到参考基因组上，会产生一个log，这个log会显示你比对的结果，我的结果如下：[will@200serverArb-hisat]$hisat2-t-xE_coli

小郑的学习笔记·2023-04-19 05:39

2020-05-11Strand bias 链偏好

Strandbias链偏好背景GATK.png造成链偏好的原因：1.Localrealignment目的就是将比对到indel附近的reads进行局部重新比对，将比对的错误率降到最低。

Soliva·2023-04-17 23:29

2021-05-23 批量下载sra文件及转换为fastq

数据下载for((i=594;i在reads的首端切除指定的长度；#MINLEN:36，如果reads长度小于36bp则扔掉整条read。

xiaoguolaile·2023-04-17 21:56

凌恩生物资讯|Nature | HiFi reads提升图形泛基因组组装，助力基因组选择育种

上海凌恩生物现有PacBio测序平台，可以为广大科研用户提供三代HiFi测序服务项目。凌恩生物依托具有数十年组学研究经验的实验及生信分析团队，可提供个性化定制版解决方案，更好的服务组学科研，为您的学术研究提供更具性价比的服务与选择。期刊：Nature影响因子：69.504发表时间：2022年6月发表单位：中国农业科学院深圳农业基因组研究所一、研究背景遗传力是遗传方差在表型方差中所占的比值，是杂交后

SHANGHAILINGEN·2023-04-17 05:36

测序数据上游分析--质量控制

测序原理：将基因打断成片段reads；每段reads一端连接不同的UMI做为标识；PCR；测序uniquelymappedreads：reads的唯一性由UMI和map位置共同确定PCRduplicates

医学小咖成长之路·2023-04-16 22:14

2019-05-02从NCBI SRA下载数据

1.wget方法ftp://ftp-trace.ncbi.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR207/SRR2078288/SRR2078288

laughing_4963·2023-04-15 20:38

2022-09-13 calling peaks问题

1.利用macs2callpeak进行callingpeaks，其中有个参数--keep-dup，这是如果输入为过滤掉重复reads的bam文件，这--keep-dupall。

AsuraPrince·2023-04-15 16:49

2021-评估不同软件组合检测ONT数据中germline SV的表现

A.EvaluationofGermlineStructuralVariantCallingMethodsforNanoporeSequencingData.FrontiersGenetics12,761791(2021).总结：1）检测germlineSV，深度推荐20x以上；2）支持reads

红外线biubiu·2023-04-15 03:09

DEseq2 计算FPKM和FC值

BiocManager::install("GenomicFeatures")library("DESeq2")###dataincountDataraw=10)>=3#过滤低表达基因，至少有3个样品都满足10个以上的reads

一直想要成为大牛的科研狗·2023-04-15 00:08

PBAT文库

提要：PBAT文库特点PBAT比对率为何如此之低，令人发指PBAT数据如何优雅的比对由于PBAT文库包含大量的嵌合的reads，PBAT文库数据相较于WholeGenomeBisulfite-Seq（WGBS

浩渺予怀·2023-04-13 04:33

bam&sam文件浅析

sam(sequencealignment/map)格式是一种通用的比对格式，用来存储reads到参考序列的比对信息。sam是一种序列比对格式标准，由sanger制定，是以tab为分隔符的文件格式。

熊猫人和熊猫猫·2023-04-12 13:32

HDFS Short-Circuit Local Reads

文章目录1、背景2、配置2.1检测是否启用libhadoop.so2.2设置套接字路径2.3配置示例2.4.1/var/lib/hadoop-hdfs目录未创建2.4.2创建/var/lib/hadoop-hdfs2.4重启hdfs，观察日志看Short-CircuitLocalReads是否启用3、测试下载文件是否是Short-CircuitLocalReads3.1上传文件3.2检测刚上传的文

huan_1993·2023-04-12 11:32

提高情商该看什么书？经典情商书籍推荐

人际关系最重要的就是沟通、说服、情商与影响力，这方面的书籍比较推荐《情商必读12篇》或者《沟通与说服必读12篇》也可以，12Reads系列的书都不错，品质最起码有保障。

translator·2023-04-11 21:27

怎样用IGV查看reads对的方向关系？

它除了能够方便查看二代测序结果检出的SNV/InDel等各种变异的信息之外，还可以通过简单的设置，用不同的颜色标注一对reads的方向关系。

徐广惠_6f76·2023-04-10 08:32

bam文件详解

一般把测序reads比对到参考基因组以后，通常得到的就是sam文件。BAM就是SAM的二进制文件，具有更小的存储空间，并且许多下游分析工具使用的是BAM格式。

笺牒九州的怪咖·2023-04-08 21:40

数据过滤-Trimmomatic

过滤的目的就是通过设定一定的阈值，去除去除含N比例高，接头污染或者低质量占比高的reads。数据过滤的工具很多，这里我们简单介绍Trimmomatic。

bioyangyang·2023-04-07 21:20

2019-04-16 SRA数据批量下载

/bin/bashforidin$(seq4556)#设置需要循环的数字dowgetftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/

WILLWILLWIN·2023-04-05 20:51

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