rna甲基化第42页

基因、DNA、碱基、染色体之间的关系是什么？

云仄·2020-08-22 17:07

当我们在说RNA-seq reads count标准化时，其实在说什么？

FromRNA-seqreadstodifferentialexpression,Oshlacketal.GenomeBiology2010基因表达标准化Normalisation我们在比较不同样品不同基因的差异表达情况时，期望表达水平分布符合统计方法的基本假设，但由于测序深度和基因长度的不同，直接使用原始count分析会导致假阳性和假阴性过高，因此对原始数据进行标准化/均一化是十分必要的。根据样

rapunzel0103·2020-08-22 15:22

【王兴国营养特训班】第5期第29课3组游游

或血尿酸排泄障碍导致血液中尿素酸浓度增高,高尿酸血症,并引起组织损坏的一组疾病临味主要特点为高尿酸血症,痛风性关节炎反复发作,痛风石沉积,痛风性慢性关节炎和关节畸形,常累及肾脏引起间质性肾炎或形成肾尿酸結石嘌呤是合成生命遗传物质DNA和RNA

轻尘流花·2020-08-21 16:08

非编码基因调控转录因子的研究思路

我们一起来学习一下吧~《LINC00665可以被TAF15S延长半衰期，并通过STAU1介导的mRNA降解阻止了胶质瘤细胞的癌变》为了寻找神经胶质瘤中lncRNA及其有关的治疗靶标，作者从临床样本和癌细胞株的RNA

博士苑·2020-08-21 12:55

如何手动做GO分析（包含p值，p.adj的计算）

引言不论你是主攻基因的上下游关系，还是想鉴定在外界刺激下生物体的响应基因，亦或是仅仅想凑一个文章毕业，只要是涉及到活细胞，大都会涉及到RNA-seq。

qq_26309777·2020-08-21 09:48

RFectPM原代细胞 siRNA转染试剂

RFectPM可用来转染siRNA、antisenseRNA、microRNA等200bp以内的小分子RNA和DNA。

别踩我的菜·2020-08-21 03:53

GEO TCGA公共数据挖掘培训

TCGA数据库包含11,000个病人的33种肿瘤的7个不同层面的基因数据(包括基因表达、CNV，SNP，DNA甲基化，miRNA，外显子组等)和临床数据，意在解析癌症发生的分子机制、肿瘤的亚型和治疗靶点等

生信宝典·2020-08-21 01:38

edgeR的使用

***注：本文为作者个人理解，如有不同见解欢迎指正o（＾∀＾）o***edgeR包是进行RNA-seq数据分析非常常用的一个R包。

hzau_yang·2020-08-21 00:09

edgeR、limma、DESeq2三种差异表达包比较（RNA-seq数据）

文章目录1.加载R包和输入数据2.表达数据整理3.edgeR包做差异表达4.limma包做差异表达5.DESeq2包做差异表达6.比较三种包差异表达基因筛选结果总结：1.加载R包和输入数据rm(list=ls())library("DESeq2")library("limma")library("edgeR")expr=read.csv("mRNA_exprSet.csv",sep=',',hea

obwte·2020-08-20 21:40

ATAC-Seq入门加高阶传送门

转录组、甲基化、ChIP-Seq、lncRNA、编程实战、还有已经在更新中的Hi-C......几乎大家关心的数据分析都可以在大树里找到入门和进阶教程。

六六_ryx·2020-08-20 19:36

文献解读 | LncRNA经典研究思路

INcRNA功能的原理和原因论文：ThehowandwhyoflncRNAfunction:Aninnateimmuneperspective(INcRNA功能的原理和原因：先天免疫视角）文章来源|非编码RNA

一只资源喵·2020-08-20 09:45

RFectSP悬浮细胞 siRNA转染试剂

RFectSP可用来转染siRNA、antisenseRNA、microRNA等200bp以内的小分子RNA和DNA。

别踩我的菜·2020-08-20 02:44

450K甲基化芯片数据处理传送门

写在前面Illumina甲基化芯片目前仍是很多实验室做甲基化项目的首选，尤其是对于大样本研究而言，其性价比相当高。

生信技能树·2020-08-20 00:24

对FPKM/RPKM以及TPM的理解

首先来看FPKM/RPKM的起源：在RNA-Seq中，最简单的定量基因表达量（geneexpression）的方法就是将RNA-Seq数据比对到相应的参考序列上时，会有比对到各个基因的read数量，称为

sixu_9days·2020-08-19 20:08

RNA-seq(9):功能富集分析

这部分开始进行基本的富集分析，两类A：差异基因富集分析（不需要表达值，只需要genename）B:基因集(geneset)富集分析（不管有无差异，需要全部genes表达值）############################################################A：差异基因富集分析（不需要表达值，只需要genename）########################

Y大宽·2020-08-19 18:15

瑞典语-简单文化和礼仪

b.Tackgärna!c.Tackdetärbra!

林雪平·2020-08-19 17:33

fastQC对RNA-seq质控

FastQC-AhighthroughputsequenceQCanalysistoolfastqc安装1.下载fastqc安装包（http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/download.html#fastqc）wget[http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/f

_eason_·2020-08-19 10:18

河南省第十二届ACM大学生程序设计竞赛试题

核酸的基本组成单元是核苷酸，可将核苷酸分为脱氧核苷酸(DNA)和核糖核苷酸(RNA)。

Elltor·2020-08-19 07:13

简单使用DESeq2/EdgeR做差异分析

DESeq2/EdgeR做差异分析Posted:五月07,2017Under:TranscriptomicsByKainoCommentsDESeq2和EdgeR都可用于做基因差异表达分析，主要也是用于RNA-Seq

weixin_30726161·2020-08-19 04:14

RNA-seq(10):KEGG通路可视化:gage和pathview

这部分直接从上部分RNA-seq(9):富集分析(功能注释)的数据而来，当然如果你上部分数据存盘了，这部分直接导入并进行转换就可以。

Y大宽·2020-08-19 00:11

RNA-seq(4):下载参考基因组及基因注释

1.在UCSC下载hg19参考基因组；2.从gencode数据库下载基因注释文件，并且用IGV去查看感兴趣的基因的结构，比如TP53,KRAS,EGFR等等。3.截图几个基因的IGV可视化结构4.下载ENSEMBL，NCBI的gtf，也导入IGV看看，截图基因结构5.了解IGV常识来源于生信技能树：http://www.biotrainee.com/forum.php?mod=viewthread

Y大宽·2020-08-18 23:26

R画corplot

你打算看看他们之间的相似性，比较好的一种办法就是画corplot这里给出来一个R语言的ggplot版本的方法，install.packages("corrplot")library(corrplot)rna0

夜丘·2020-08-18 11:20

HISAT,sTRINGTIE,ballgown三款RNA-seq信息分析软件

Bowtie里的FM-index简介原文链接：http://m.blog.csdn.net/blog/stormlovetao/7048481最近看新发表的几篇RNA-seq比对，组装的软件，发现HISAT

夜丘·2020-08-18 11:49

完成基因序列（fasta格式）的提取，核苷酸计数，GC含量计算，DNA 翻译为 RNA，RNA 翻译为蛋白质，反向序列获取的相关函数

from__future__importdivision#这是计算gc含量需要的模块，需要在首行导入，否则会报错importre#04_3DNA翻译为RNA时会用得着#01打开下载的文件withopen

Oliver-nana·2020-08-18 07:27

ChIP-seq基础入门

转录组主要研究的问题是基因在不同情况下的差异表达以及RNA结构变化等，而表观组研究的问题是在基因序列不变的情况下，基因的表达、调控和性状发生了可遗传变化的分子机制。

weixin_33976072·2020-08-18 04:26

4169: DNA序列---复制问题

核酸的基本组成单元是核苷酸，可将核苷酸分为脱氧核苷酸(DNA)和核糖核苷酸(RNA)。

cheerful_man·2020-08-17 22:21

TPM、read counts、RPKM/FPKM你选对了吗？

已有3940次阅读2017-12-1515:04|个人分类:RNA-seq|系统分类:科普集锦|关键词:RNA-seq|RNA-seq本文转载自嘉因微信公众号，已获得授权。

weixin_30512785·2020-08-15 16:24

神秘的细菌基因组：GC skew

from达尔文原文链接：神秘的细菌基因组：GCskew每当我们拼接出一个完整的细菌基因组时，总是迫不及待地画出它的图谱，一个常见的细菌基因组图谱如下所示：最外圈为正负链上的编码区及结构RNA基因，其内为基因组不同区域

大漠胡天·2020-08-15 00:00

Chapter1-siRNAs

在植物中，约90％的小RNA是siRNA它们来源于双链前体。根据长度分为21-nt，22-nt和24-nt。

阿花吖·2020-08-14 16:03

2020.08.14【RNA-Seq流程】丨将HTseq生成的基因COUNT值转换为FPKM值

FPKM的综述文章写的，参数并不好理解，但是对数量级表示很明白https://haroldpimentel.wordpress.com/2014/05/08/what-the-fpkm-a-review-rna-seq-expression-units

穆易青·2020-08-14 12:03

RNA-seq流程学习笔记（14）-在windows10平台上利用R包合并表达矩阵、设置实验分组信息、列名及数据的导入导出

参考文章：RNA-seq(6):reads计数，合并矩阵并进行注释进入R学习和相关操作后，各种折腾已经快2周了，看了几个网站的教程，借了几本教科书，发现都是零零碎碎的知识。

垚垚爸爱学习·2020-08-13 23:18

Benchmark ||单细胞转录组转录因子和通路分析方法比较

随着单细胞RNA测序(scRNA-seq)的出现，原则上可以对单细胞进行同样的分析。然而，scRNA-seq数据具有drop-out事件和低库大小等特征。

周运来就是我·2020-08-13 23:48

AUCell：在单细胞转录组中识别细胞对“基因集”的响应

使用AUCell识别单细胞rna数据中具有活性“基因集”(i.e.genesignatures)的细胞。

周运来就是我·2020-08-13 20:36

JavaWeb综合案例之旅游网3（完结）

cid=5，拼接上rna

AllenXueKY·2020-08-11 22:57

高通量数据中批次效应的鉴定和处理（六）- 直接校正表达矩阵

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述

生信宝典·2020-08-11 17:07

「R」ggplot2拼图包patchwork推荐与使用

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述

生信宝典·2020-08-11 17:07

科学家发现一类富含磷元素的新恒星宇宙生命种子或许很普遍

（来自：GabrielPérezDíaz，SMM/IAC）据悉，磷不仅是DNA和RNA这两种遗传物质的重要结构元素，还有助于通过细胞来传递能量，以及调节其它关键的生理过程。很长一段

itwriter·2020-08-10 17:00

Unnatural

基因技术应用的现状1.5担忧2.CRISPR基因编辑2.1Cas92.2Cas12a(以前称为Cpf1)2.3Cas9与Cpf12.4Anti-CRISPR2.5CRISPR/Cas工具3.基因敲除4.DNA,RNA

sztomarch·2020-08-09 08:10

文献科普｜DNA甲基化通过CTCF和黏着蛋白复合物调节选择性聚腺苷酸化

DNA甲基化，mRNA可变剪切和多聚腺苷化（polyadenylation,APA）的失调与癌症密切相关。之前研究大多通过孤立分析其与不同生物进程之间的关系。

易基因科技·2020-08-09 06:07

RNA velocity of single cells文献学习

在之前的一个视频学习系列笔记里，有一篇笔记提到了RNAvelocity（SinglecellRNA-seqdataanalysiswithR视频学习笔记（八）），但当时没有仔细的去对RNAvelocity进行详细的了解。这篇文献学习笔记就是对这个模型进行更详细的了解。文献：RNAvelocityofsinglecells发表于2018年，Nature。如果想下载这篇文献，而又没Nature官网权限

生信start_site·2020-08-09 04:08

Single cell RNA-seq data analysis with R视频学习笔记（九：空间转录组）

视频地址：https://www.youtube.com/watch?v=OFW_cQ4vtaY&list=PLjiXAZO27elC_xnk7gVNM85I2IQl5BEJN&index=11空间转录组主要是针对在组织中的mRNA转录谱的研究。现在被广泛应用的观察单细胞定位的仪器有显微镜。现在进行单细胞测序的方法有很多，比如droplets。然后你把你的细胞进行标记，之后测序。但是组织并不是均一

生信start_site·2020-08-09 04:01

Single cell RNA-seq data analysis with R视频学习笔记（八）

第八讲：单细胞轨迹推断分析视频地址：https://www.youtube.com/watch?v=XmHDexCtjyw&list=PLjiXAZO27elC_xnk7gVNM85I2IQl5BEJN&index=10练习地址：https://github.com/NBISweden/excelerate-scRNAseq/blob/master/session-trajectories/ses

生信start_site·2020-08-09 04:59

Single cell RNA-seq data analysis with R视频学习笔记（七）

生信start_site·2020-08-09 04:55

Single cell RNA-seq data analysis with R视频学习笔记（六）

第六讲：降维Dimensionalityreduction(PCA,tSNEandUMAP)视频地址：https://www.youtube.com/watch?v=qcLJ_JO6bn8&list=PLjiXAZO27elC_xnk7gVNM85I2IQl5BEJN&index=6这一讲里，主讲人将介绍三种降维的方法（PCA,tSNEandUMAP），但是关于原理部分（一堆数学公式）他就不细说了

生信start_site·2020-08-09 04:53

Single cell RNA-seq data analysis with R视频学习笔记（四、五）

第四讲：Removalofconfoundingfactors由于这一讲并不是每个人都用的上（我就用不上。。。），是关于单细胞测序实验设计中的混杂因素的去除。所以我就听了听，权当学习了。有需要的同学可以仔细听一下。主讲人举了个例子，比如在oralcancer里，饮酒是oralcancer的主要因素，而smoking这一因素会对结果也产生影响，所以需要去除（看起来临床的同学可能会用到）。主讲人介绍了

生信start_site·2020-08-09 04:45

Single cell RNA-seq data analysis with R视频学习笔记（二）

接上面的学习笔记，这一讲是关于单细胞测序的质量控制，视频比较长，这篇写的也比较长，而且我基本用英文做的笔记，是把大部分的视频内容记录了下来（有的地方很啰嗦，我就直接写了中文，简化了一下）。因为这一部分是非常重要的。视频地址：https://www.youtube.com/watch?v=rOm6UIPhHnc&list=PLjiXAZO27elC_xnk7gVNM85I2IQl5BEJN&inde

生信start_site·2020-08-09 04:40

Single cell RNA-seq data analysis with R视频学习笔记（一）

生信start_site·2020-08-09 04:37

单细胞RNA-seq入门文献学习

单细胞的RNA-seq我从来没有接触过，所以要从头开始学习。但是用王院长的话就是：“不是和普通的RNA-seq差不多嘛！”。。。

生信start_site·2020-08-09 04:23

TCGA的差异基因分析

在分析TCGA数据库里的RNA-seq数据之前，先了解一下TCGA样本的id名称里的小秘密：参考文章：TCGA的样本id里藏着分组信息根据文章里的内容，我查看了前一篇文章里我下载的count文件（利用R

生信start_site·2020-08-09 04:14

【源码】scGEAToolbox：单细胞RNA序列数据分析的Matlab工具箱

单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术彻底改变了生物医学研究的方式。

梅花香——苦寒来·2020-08-09 01:34

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