rna甲基化

一滴血液诊断13种早期癌症的新技术下个月开始临床研究

检查法中，细胞分泌到血液中具有调节基因的作用的微物质，称之为微RNA。癌细胞和
医兮·2021-04-22 11:12

第1章 简介

limma：微阵列和RNA-Seq数据的线性模型用户手册GordonK.Smyth,MatthewRitchie,NatalieThorne,JamesWettenhall,WeiShiandYifangHuBioinformaticsDivision
yangliunk1987·2021-04-22 04:37

RPKM/FPKM/TPM在RNA-seq分析中的标准化流程

在RNA-seq的分析中，需要对基因或者转录本的readcounts数进行标准化过程。因为落在一个基因区域内的readcounts取决于基因长度和测序深度。
爱吃甜品的鱼·2021-04-21 15:23

文科生不懂得理科生的悲伤

蛋白说："你好，我是RNA水解酶。"mRNA沉默了一下，说："没关系，反正我本来也活不了多久，你就陪陪我吧。"蛋白说："好"。于是两个人就手拉手默默地站在一起。
南海有川·2021-04-21 12:45

CopyKAT：从高通量单细胞RNASeq数据推断人类肿瘤的基因组拷贝数和亚克隆结构

CopyKAT：从高通量单细胞RNASeq数据推断人类肿瘤的基因组拷贝数和亚克隆结构人类肿瘤单细胞RNA测序的一个主要挑战是区分癌细胞和非恶性细胞类型，以及存在多个肿瘤亚克隆。
Seurat_Satija·2021-04-21 10:42

molecular biology

分子生物学实验DNA/RNA提取qPCR（Real-timeQuantitativePCRDetectingSystem）即实时荧光定量核酸扩增检测系统，也叫实时定量基因扩增荧光检测系统）聚合酶链式反应简称
生信小菜鸟·2021-04-21 06:20

25.基因编辑

用术语讲则是将外来片段整合进细菌细胞的基因组，转录出RNA。CRISPR在基因编辑中的角色相当于导航器。第二步，Cas9相当于剪刀。导航器将Cas9导航到外来片段所在位置，将其剪除。
枞阳徐少·2021-04-21 01:47

R实战 | 用R也可以完成的RNA-Seq分析-2

Pre-processing本文将要介绍的是在R中进行RNA-seq数据预处理的实战代码原文地址：https://bioinformatics-core-shared-training.github.io
尘世中一个迷途小书僮·2021-04-20 21:34

单细胞108篇文献解读之11---SCENIC: 单细胞RNA-seq数据推断基因调控网络和细胞功能聚类

2017年发表在NatureMethods杂志上的SCENIC算法，利用单细胞RNA-se
Seurat_Satija·2021-04-20 19:00

(Smartseq2) single cell RNA-seq分析练习

这次跟着课程（Smartseq2scRNA小鼠发育学习笔记-1-前言及上游介绍）要练习的文章是：DissectingCellLineageSpecificationandSexFateDeterminationinGonadalSomaticCellsUsingSingle-CellTranscriptomics。课程里是从下载sra文件开始的，但是由于这篇文章的数据实在是太大了。。。都下载下来的
生信start_site·2021-04-20 09:24

新一代测序技术揭示了在内源DNA双链断裂中两种损伤诱导的RNA

17Next-generationsequencingrevealstwopopulationsofdamage-inducedsmallRNAsatendogenousDNAdouble-strandbreaks题目：新一代测序技术揭示了在内源DNA双链断裂中两种损伤诱导的RNA
猫姐Lily·2021-04-20 07:43

提高扩增子物种鉴定分辨率利器：Oligotyping

寡核苷酸:是一类只有20个以下碱基的短链核苷酸的总称（包括脱氧核糖核酸DNA或核糖核酸RNA内的核苷酸），寡核苷酸可以很容易地和它们的互补链对接，所以常用来作为探针确定DNA或RNA的结构，经常用于基因芯片
周运来就是我·2021-04-20 06:10

【AbMole科研快报】外泌体介导CircRNA 与CircNFIX转移可增强胶质瘤对替莫唑胺的抗性

现有研究已发现，外泌体介导的环状RNA(circRNAs)转移与包括神经胶质瘤在内的人类肿瘤疾病密切相关。
AbMole生物·2021-04-20 01:04

LncRNA在心血管疾病中的作用不容小觑！

导言LncRNA(Longnon-codingRNA)，是长度大于200个核苷酸的非编码RNA，长度超过90kb的LncRNAs，也被称为macroRNA。
博士苑·2021-04-19 15:19

单细胞测序文献精读10 | 单细胞测序揭示肝细胞癌免疫细胞图谱及其动态特征

平台揭示了肝癌的高分辨率动态免疫景观2、cDCs产生的d-LAMP3+DCs可以从肿瘤转移到肝淋巴结3、对配体受体分析提示LAMP3+DCs对淋巴细胞的调节作用4、肿瘤中的巨噬细胞亚群呈现不同的状态腹水排出的可能性简言之集成的单细胞RNA
珠江肿瘤·2021-04-19 15:13

甲基化纯生信分析套路 复发和免疫治疗的CpG甲基化标志物

今天，咱们来看一篇7月末发表在Aging-US(IF=4.831)杂志上的一篇文章，作者基于TCGA中的NSCLC(非小细胞肺癌)数据，识别出了4个预测复发的CpG甲基化markers，并验证了这一特征与
呆呆聊生信·2021-04-19 13:05

RUVSeq中RUVg矫正原理

ERCC与housekeeping的作用1.1spike-in的组成及原理原理：RNA-seq的本质是相对定量，并非绝对定量。
小潤澤·2021-04-19 13:45

RNA-seq摸索：4. edgeR/limma/DESeq2差异基因分析→ggplot2作火山图→biomaRt转换ID并注释

请一定看这里：写下来只是为了记录一些自己的实践，当然如果能对你有所帮助那就更好了，欢迎大家和我交流三者区别三者区别差异分析流程:1初始数据2标准化(normalization)：DESeq、TMM等为什么要标准化？消除文库大小不同，测序深度对差异分析结果的影响怎样标准化？找到一个能反映文库大小的因子，利用这个因子对rawdata进行标准化3根据模型检验求pvalue：泊松分布(poissondis
没有猫但是有猫饼·2021-04-19 12:07

RNA-Seq：差异表达分析及可视化

上一篇已经系统介绍了有参RNASeq上游分析，从测序数据fastq文件到最终生成表达矩阵。这一系列基本都是RNASeq通用常规分析，其下游差异表达及可视化则根据需求及研究目标而有所不同。这一篇着重介绍差异表达分析及常用可视化作图，以下进入正题：六、差异表达分析差异表达分析简单来说就是鉴定一个基因的表达，在所选两个样本之间有无明显差异，所用到的是统计学中的假设检验。差异表达分析中常用的软件为DESe
胡小兵plus·2021-04-19 12:38

TCGA数据整合后进行DESeq2差异表达分析和基于R的多种可视化

测序上游分析系列：mRNA-seq转录组二代测序从rawreads到表达矩阵：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从rawreads，鉴定已知miRNA-预测新
ZZZZZZ_XX·2021-04-19 12:29

各种测序基础知识介绍-转发

各种测序基础知识介绍RNA-Seq名词解释index测序的标签，用于测定混合样本，通过每个样本添加的不同标签进行数据区分，鉴别测序样品。
可以公开的秘密Scarlett·2021-04-19 11:20

TCGA转录组差异分析后多种基因功能富集分析：从GO/KEGG到GSEA和GSVA/ssGSEA（含基因ID转换）

测序上游分析系列：mRNA-seq转录组二代测序从rawreads到表达矩阵：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从rawreads，鉴定已知miRNA-预测新
ZZZZZZ_XX·2021-04-19 11:34

植物RNA-seq (Salmon)从软件安装到下游分析(纯Mac) 4.8更完

写在前面：整个流程是首次从软件安装-数据下载-上游分析-下游分析。代码没毛病，奇怪的是salmon比对后，mapping～15%（不正常），一般来说期望mapping应该是70-90%。这导致在下游分析时，找到的差异表达基因很少，虽然火山图勉强画出，但是这些基因功能注释及信号通路没办法继续。因此我决定再分析一次，对其中的原因进行探究，比较两次分析的过程和结果。1.准备工作之软件安装1.1下载min
dandanwu90·2021-04-19 07:07

StringTie + DESeq2 进行 RNA-seq 差异基因分析

按：RNA-seq流程非常多样化，每一个步骤可选工具都非常多。我的选择是StringTie进行组装取得readcounts数值，DESeq2分析差异基因。这里把我方法跟大家共享。
BeeBee生信·2021-04-19 06:43

BSR-(RNA-seq)数据进行BSR分析

GATK基础RNA-seq分析完整版BSR参考GATK官方RNA-seqcalling流程最新版的BSR分析流程流程参考WT3个单株，混池。三个技术重复。NS(实验组)3个单株，混池。三个技术重复。
wo_monic·2021-04-19 03:15

单/多个基因在组间同时展示的多种选择：分组小提琴图、分组/分面柱状图、单基因蜂群点图拼图绘制

这是ggplot2可视化专题的第二个实例操作【ggplot2的基本思路见前文总论】：基于ggplot2的RNA-seq转录组可视化：总述和分文目录【ggplot2绘图具体策略第一篇】：测序结果概览：基因表达量
ZZZZZZ_XX·2021-04-18 20:46

R可视化：使用EnhancedVolcano包可视化火山图

使用EnhancedVolcano包可视化火山图火山图是用来展示差异表达的基因或者物种，其常常出现RNA-seq，amplicon-seq分析的结果中。
华仔少年·2021-04-18 19:31

m5C纯生信分析套路 m5C预后模型构建+验证

今天跟大家分享的是八月份发表在frontiersinOncology杂志（IF：4.848）上的一篇文章,文章主要讲的是利用CGGA的RNA:m5C甲基转移酶的RNA-sequence和样本的临床病理学数据
呆呆聊生信·2021-04-18 15:13

燃！单基因8+发文新思路

文章中作者基于癌症基因组图谱获得的RNA测序数据，通过Siglec15的表达模式和免疫作用进行泛癌分析发现，
科研风暴·2021-04-18 14:15

老酒新装！6+miRNA纯生信也能这样做

文章中作者基于TCGA数据库根据RNA-seq和miRNA测序数据，发现七个miRNA是HNSCC患者的独立预后因素，这七个mi
科研风暴·2021-04-18 12:52

“复制”马斯克（三）：我们要为他的“反智事业”买单吗？

去年的12月初，马斯克接受了一家欧洲数字出版社CEO的专访，其中透露出他接下来几个重点推进的事业的方向：1、关注mRNA疫苗以及巨大医学潜力，推进RNA生物反应器工程；2、加快推进太空探索计划，将几年内将人
脑极体unity007·2021-04-18 12:44

m6A甲基化数据分析流程

前面我们简单介绍过m6ARNA甲基化修饰特征,以及RNAm6A修饰发文套路大揭秘。那么今天小天就和大家一起探讨一下，m6A甲基化数据分析的基本流程。
生信交流平台·2021-04-18 08:37

TCGA数据差异分析后生存分析（批量单因素cox回归/Lasso筛选，多因素cox建模，时间依赖ROC曲线及KM plot可视化）

测序上游分析系列：mRNA-seq转录组二代测序从rawreads到表达矩阵：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从rawreads，鉴定已知miRNA-预测新
ZZZZZZ_XX·2021-04-18 06:57

Cytoscape构建网络图实操

南航航线图食物链基因调控网络网络图应用价值直观形象的呈现数据关系高效的挖掘和解析数据（WGCNA后模块内大量基因的筛选）网络图的构成基础节点（node）：表示元素节点属性：大小、形状、颜色、标签、边框可以表示表达量、差异倍数、RNA
EwanH·2021-04-18 06:50

更年期失眠怎么办 更年期失眠能自愈吗NMN让你活的更年轻

RSHWHO渡氧有效地抑制大脑细胞中核糖核酸酶破坏RNA的作用，因而可促进大脑功
乐观的wzx1202·2021-04-18 05:33

重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程 （原理、代码和评述）

Abstract单细胞RNA-seq使研究者能够以前所未有的分辨率研究基因表达图谱。这一潜力吸引着更多
生信宝典·2021-04-18 05:18

千里之堤毁于蚁穴的悲剧不可一再重演

下面我们可以看一个抽烟导致DNA甲基化的研究成果。我们知道DNA序列决定了生命朝何处发展，在1995年前后，生物学家们又发现了另外一种决定生命朝何处发展的因素，叫做基因修饰。
胡义华·2021-04-18 02:38

病毒知识

---诺贝尔得主：乔什瓦.李德伯格病毒是一种个体微小，结构简单，只含一种核酸（DNA或RNA），必须在活细胞内寄生并以复制方式增殖的非细胞型生物。病毒是一种非细胞
逍遥的石头·2021-04-17 16:27

IF13.493 | 全基因组甲基化MethylRAD助力揭示肺腺癌新机制！

前言2020年5月22号，SignalTransductionandTargetedTherapy杂志（IF：13.493）在线发表了题目为：Hypoxia-inducedGBE1expressionpromotestumorprogressionthroughmetabolicreprogramminginlungadenocarcinoma的研究论文，证明了GBE1是HIF1α信号转导的重要转
鹿明生物·2021-04-17 15:24

RNA-seq学习：No.4下游分析之DEseq2包差异分析

平滑肌细胞（即共8个数据）进行rna-seq实验，分析得到的基因表达矩阵。if(!require
小贝学生信·2021-04-15 07:59

2020-11-01 JC

AbstractRNAsequencing(RNA-seq)isagenomicapproachforthedetectionandquantitativeanalysisofmessengerRNAmoleculesinabiologicalsampleandisusefulforstudyingcellularresponses.RNA-seqhasfueledmuchdiscoveryand
丑小鸭_b360·2021-04-15 06:52

Network在单细胞转录组数据分析中的应用

单细胞技术正在弥补分子生物学和组织生物学之间的鸿沟，进入高通量时代以来，这项技术所揭示的不是单一元素的信息，而是在单细胞层面揭示某种系统关系：DNA，RNA，ATAC等。
周运来就是我·2021-04-15 05:49

使用SingleR包进行单细胞类型注释分析

image.pngSingleR包简介SingleR是一个用于对单细胞RNA-seq测序（scRNA-seq）数据进行细胞类型自动注释的R包（Aranetal.2019）。
Davey1220·2021-04-15 01:40

RNA-seq-软件下载+下载数据

软件安装miniconda安装wget-chttps://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda2-4.5.11-Linux-x86_64.shbashMiniconda2-4.5.11-Linux-x86_64.sh配置镜像condaconfig--addchannelshttps://mirrors.tuna.tsin
小梦游仙境·2021-04-15 01:06

五月份医学科研在线数据库发表汇总(截止05.21)

五月份一共发表了20个在线的数据库，主要涉及到基因RNA、蛋白的分析以及药物相关的预测。同时对于高通量的一站式的分析方法也有几个数据库。接下来，我们就简单的结下一下这些数据库吧R
xhog·2021-04-15 00:24

文献解读 | MiRNA调控异常及其在精神分裂症治疗中的潜在应用

DysregulationofmiRNAanditspotentialtherapeuticapplicationinschizophrenia（MiRNA调控异常及其在精神分裂症治疗中的潜在应用）文章转载|非编码RNA
一只资源喵·2021-04-15 00:25

2020-06-15 `Splatter`是一个用于简单模拟scRNA-seq数据的R包

splatterclp15June,2020Splatter是一个用于简单模拟单细胞RNA测序数据的R包，本文概述并介绍Splatter的功能。
程凉皮儿·2021-04-15 00:35

9月发表在线数据库汇总

在RNA方面，三个数据库都是和非编码有关的。后台回复：2009可获得9月的数据库的pdf以下是所有数据库的简单介绍。
xhog·2021-04-14 23:58

bilibili视频-《转录组测序数据分析》笔记

看老大RNA-seq视频P5/P6:RNA-seq：软件安装-上/下1.有源代码的下载源代码，一般的软件会提供多个平台2.没有源代码的下载二进制版本linux的软件中心---conda---类似360软件中心
小梦游仙境·2021-04-14 06:02

RNA-seq下游分析（1）-数据预处理及分组整合

rm(list=ls())#清空列表options(stringsAsFactors=F)#设定全局变量library(foreign)#加载外部数据需要的包library(stringr)#处理字符串需要的包library(dplyr)#清洗数据需要的包rawcount<-read.table("all.id.txt",#读入文件header=T,#第一行为列名row.names=1,#第一列为
灵活胖子的进步之路·2021-04-13 06:44
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