rna甲基化

R绘图(2): 离散/分类变量如何画热图/方块图

先构造一个练习数据集，假设有15个病人，每个病人有年龄、性别、症状、是否有RNA-seq和WES测序等信息。libr
TOP生物信息·2021-01-05 09:24

Rna-seq edgeR

我只是链接的搬运工：rna-seq处理流程转录组RNA-SEQ上游分析edgeR1.快速通道2.详解版
生信酸碱盐·2021-01-04 18:52

DMR甲基化数据分析(1)

由于最近开展了一些DNA甲基化的项目，跑了几个预实验的数据，结果还不错。所以在此记录一下分析步骤和代码。本次数据分析使用的软件是BatMeth2、Bismark和HOME这三款软件。
只看不写_nathan·2021-01-03 09:38

复盘总结（二）

接复盘总结（一）methylkitR包上游处理对甲基化位点进行注释、导出SPM分析上游文件setwd("D:/DMP_mk_")rm(list=ls())library(methylKit)load(file
蓬举举·2021-01-02 11:06

三代ONT甲基化相关分析软件

一、deepmod1、三代测序得到的fast5文件是mutifast5，一个fast5文件里面有4000条fast5序列，deepmod不支持mutifast5，需要拆分成singalfast5.使用ont官方的程序ont_fast5_api进行转换https://github.com/nanoporetech/ont_fast5_api$multi_to_single_fast5--input_
夸克光子·2020-12-31 09:23

【方法篇】研究RNA互作结合蛋白（RBPs）的方法

由于RNA结合蛋白（RBPs）显著的生物学功能，它们的表达情况和活性状态能否提供细胞系统的诸多信息。科学家们最近开发了一种新的技术手段，可称为相互作用体捕获手段，用于识别细胞中的活性RBPs。
Aimsmass·2020-12-31 08:52

箱线图怎么判断异常值_箱线图的生物学含义

我们阅读量破万的综述：RNA-seq这十年(3万字长文综述)给粉丝朋友们带来了很多理解上的挑战，所以我们开辟专栏慢慢介绍其中的一些概念性的问题，上一期：表达矩阵的归一化和标准化，去除极端值，异常值描述数据
乆黎·2020-12-30 12:12

RNAseq教程(2.2)

IntroductiontoRNAsequencingInstallationReferenceGenomesAnnotationsIndexingRNA-seqDataPre-AlignmentQC2.Module2-RNA-seqAlignmentandVisualizationAdapterTrimAlignmentIGVAlignmentVisualizationA
周小钊·2020-12-28 17:18

RNASeq

参考：https://tiramisutes.github.io/2018/12/04/ref-RNA-seq.html一、质控1.fastqcfastqcrawdata/*.fq.gz-ofastqc-t32.1trim_galoretrim_galore-q25
wanghaihua888·2020-12-28 17:20

群落多样性之Alpha多样性（一）

小RNA，是不是就是很小的RNA？宏基因组，是不是就是很“宏”的基因组？……答案很统一：必须是啊！这可以总结出一套理解生物学概念的方法，就是顾名思义。
布莱特杨·2020-12-28 16:33

RNAseq教程(1.2)

IntroductiontoRNAsequencingInstallationReferenceGenomesAnnotationsIndexingRNA-seqDataPre-AlignmentQC2.Module2-RNA-seqAlignmentandVisualizationAdapterTrimAlignmentIGVAlignmentVisualizationA
周小钊·2020-12-22 20:35

RNAseq教程(1.3)

IntroductiontoRNAsequencingInstallationReferenceGenomesAnnotationsIndexingRNA-seqDataPre-AlignmentQC2.Module2-RNA-seqAlignmentandVisualizationAdapterTrimAlignmentIGVAlignmentVisualizationA
周小钊·2020-12-22 20:32

读张磊先生的《价值》——跳出投机的方法

这些智能机器的最小组成单元是DNA或者RNA，它们只被设定好了一条第一性原理，即进化原理。
山岳之心·2020-12-21 15:36

RIC-seq讲座视频学习

讲座视频笔记-ATAC-seq讲座视频笔记-CLIP、RIP-seq讲座视频笔记-Ribo-seq讲座视频笔记-RIC-seq讲座视频学习-(eccDNA)circle-seq讲座视频学习-1、背景（RNA
小贝学生信·2020-12-17 19:31

CLIP、RIP-seq讲座视频笔记

讲座视频笔记-ATAC-seq讲座视频笔记-CLIP、RIP-seq讲座视频笔记-Ribo-seq讲座视频笔记-RIC-seq讲座视频学习-(eccDNA)circle-seq讲座视频学习-1、背景1.1、RNA
小贝学生信·2020-12-17 19:22

Analyzing RNA-seq data with DESeq2（五）

当当当！！！今天笔记记录完后，DESeq2这个包的基本工作流程也就完成了，其实整个过程中内容并不是很多，重要的是对每一步理解。AnalyzingRNA-seqdatawithDESeq2（一）AnalyzingRNA-seqdatawithDESeq2（二）AnalyzingRNA-seqdatawithDESeq2（三）AnalyzingRNA-seqdatawithDESeq2（四）Analy
BINBINCC·2020-12-11 16:58

Analyzing RNA-seq data with DESeq2（四）

前面铺垫了那么多终于要开始了AnalyzingRNA-seqdatawithDESeq2（一）AnalyzingRNA-seqdatawithDESeq2（二）AnalyzingRNA-seqdatawithDESeq2（三）AnalyzingRNA-seqdatawithDESeq2（四）AnalyzingRNA-seqdatawithDESeq2（五）Differentialexpressio
BINBINCC·2020-12-11 16:54

Analyzing RNA-seq data with DESeq2（三）

假期结束啦！！！！！！！在将数据导入并完成构建DESeqDataSet后，我们需要先对数据进行初步过滤和整理，之后才可以根据我们的目的来进行数据挖掘（这个词听起来好高大上啊，哈哈哈）。AnalyzingRNA-seqdatawithDESeq2（一）AnalyzingRNA-seqdatawithDESeq2（二）AnalyzingRNA-seqdatawithDESeq2（三）Analyzing
BINBINCC·2020-12-11 16:52

Analyzing RNA-seq data with DESeq2（二）

书接上文，我们已经学会了如何利用countmatrix数据来构建DESeqDataSet，今天我们来学习另一种数据输入的构建方法htseq-countinputHtseq-countinput先介绍一下什么是HTSeq，它是一个Python包用来对测序数据进行分析。1.Gettingstatisticalsummariesaboutthebase-callqualityscorestostudyt
BINBINCC·2020-12-11 16:44

Analyzing RNA-seq data with DESeq2（一）

之前和毕业师姐一起做差异基因分析的时候用到过DESeq2，但一直没有系统的学习过很多地方都不懂，所以从今天开始打算在课题之余把官方文档中差异分析部分系统学习一遍。本文完全用做个人学习记忆，摘抄自DESeq2官方说明文档参考链接：http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/DESeq2/inst/doc/DESeq2.htm
BINBINCC·2020-12-07 11:31

2020-11-29【文献阅读】DNA methylation and evolution of duplicated genes

第一块1、题目DNA甲基化和重复基因进化DNAmethylationandevolutionofduplicatedgenes2、作者ThomasE.Keller，SoojinV.YiE-mail:soojinyi
巾今·2020-12-05 22:26

盛普IDDNU研究团队靶向新冠病毒药物虚拟筛选综述

盛普IDDNU研究团队靶向新冠病毒药物虚拟筛选综述一、新型冠状病毒COVID-19感染作用机制新型冠状病毒是一种RNA病毒，主要由蛋白质外壳和其遗传物质构成，如下图所示，新型冠状病毒上的突刺糖蛋白（Spike
盛普生命科技·2020-12-03 15:59

药物靶点相关数据库

GDSC可以用于：药物敏感性基因特征分析；细胞系药物敏感性数据；细胞系的基因组突变与CNV变异数据，表达谱数据及甲基化
阿ll·2020-11-28 15:34

Single cell analysis inform mechanisms of myeloid target therapies in Colon cancer

cell上发表的单细胞的文章，题为SinglecellanalysisinformmechanismsofmyeloidtargettherapiesinColoncancerHighlights：1单细胞RNA-seq
花生米yangyang·2020-11-27 16:43

生命涌现

【嵌牛正文】一、“RNA世界
超导加速·2020-11-27 14:13

methylkit差异甲基化分析

文件格式可以是最基本的甲基化调用文件也可以是bismark下游的BAM/SAM文件。在这里使用的是经过处理得到的文本文件。
蓬举举·2020-11-27 10:44

RNA速率：使用Seurat的结果做RNA velocity

参考链接:https://github.com/velocyto-team/velocyto.Rhttp://velocyto.org/velocyto.py/index.htmlhttp://pklab.med.harvard.edu/velocyto/notebooks/R/chromaffin2.nb.htmlhttps://htmlpreview.github.io/?https://gi
周小钊·2020-11-26 21:55

RNA速率：软件下载与loom文件准备

参考链接:https://github.com/velocyto-team/velocyto.Rhttp://velocyto.org/velocyto.py/index.htmlhttp://pklab.med.harvard.edu/velocyto/notebooks/R/chromaffin2.nb.htmlhttps://htmlpreview.github.io/?https://gi
周小钊·2020-11-26 17:39

RNA速率：数据读入

参考链接:https://github.com/velocyto-team/velocyto.Rhttp://velocyto.org/velocyto.py/index.htmlhttp://pklab.med.harvard.edu/velocyto/notebooks/R/chromaffin2.nb.htmlhttps://htmlpreview.github.io/?https://gi
周小钊·2020-11-26 17:27

RNA-seq摸索：4.2 rawdata差异分析的一些图

RNA-seq(6):数据可视化——学习笔记古歌看这步之前已经拿到res!
没有猫但是有猫饼·2020-11-25 09:57

【单细胞工具】-FIRM-整合多平台单细胞数据新算法

library(devtools)install_github("mingjingsi/FIRM")单细胞rna测序(scRNA-seq)已被广泛应用于通过测量单个细胞的mRNA表达模式来发现新的细胞类型和重建发育轨迹
六博说·2020-11-24 17:03

利用DMR进行PCA分析

因为我们知道DMR在植物中存在三种类型CG、CHG和CHH，那么我们就需要对三种甲基化分别计算，以及总体的计算其PCA。
只看不写_nathan·2020-11-21 20:35

RNA速率分析的深入解析

RNA速率分析是一个非常重要的分析内容，我们这里来深入解析一下这个分析内容（python版本，个人喜欢python），参考网址在Velocyto安装velocyto其实很简单，直接pip安装pipinstallvelocyto
单细胞空间交响乐·2020-11-18 08:15

50个ggplot2可视化案例

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、高颜值在线绘图和分析、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析
生信宝典·2020-11-17 22:00

DESeq2分析转录组数据（一）：构建DESeq数据集

初学RNA-seq，用于有参原核转录组的分析，主要参照DESeq2说明书：(AnalyzingRNA-seqdatawithDESeq2)和(RNA-seqworkflow:gene-levelexploratoryanalysisanddifferentialexpression
相鼠有皮·2020-11-15 11:48

RNA-seq 分析流程（二）DEseq2 分析差异表达基因

linux分析部分详见RNA-seq分析流程(一)https://www.jianshu.com/p/e8a0be4121b1rm(list=ls())if(!
煮梦斋_bioinfo·2020-11-13 15:54

生信分析学习笔记 - RNAseq （一） 前传

RNAseq，也被称为全转录组测序，是检测样品RNA含量的测序。这是一种可以获得某时刻转录组状态的方法。
班朱朱UP·2020-11-13 08:53

Docker封装生物信息学circRNA流程

circRNA分析主要流程模块：图片.pngcircRNA主要作用机制(1)能够通过miRNAsponge方式作为一种内源性竞争RNA（ceRNA）参与转录后调控。
儒雅随和王小板·2020-11-12 10:50

宏转录组分析：SortMeRNA鉴定过滤rRNA

导读转录组测序一般期望得到的是mRNA的信息，但是总RNA当中绝大部分都是rRNA。rRNA的信息一般是无用的，所以需要去除总RNA中的rRNA，获得较纯的mRNA。
小白菜学生信·2020-11-07 15:25

单细胞RNA-seq去除批次效应

NBT上的文章，讲述的是两套单细胞数据如何去除批次效应文章链接：https://www.nature.com/articles/nbt.4091前言由于不同的实验室，以及各个技术人员手法不同，在测单细胞RNA-seq
小潤澤·2020-11-06 19:49

RNA-Seq数据分析流程

文章目录RNA-seq数据分析流程相关软件安装下载数据sra转fastq格式数据质控数据质控，过滤低质量reads，去接头比对首先下载参考基因组及注释文件，建立索引比对sam文件转bam为bam文件建立索引
高美玲·2020-11-03 13:43

【文献解读】science-利用空间转录组学对组织切片中的基因表达进行可视化和分析

组织切片中蛋白质或信使rna(mRNAs)的模式分析是生物医学研究和诊断的基石。这通常涉及到一次显示几个蛋白质或表达基因。
六博说·2020-10-30 21:55

NBT-单细胞多组学研究成人脑部细胞

  自2009年汤教授发表单细胞RNA定量测序，至今近10年间单细胞技术得到飞速发展，已发表多种组学的单细胞技术，让科研人员更具体了解每个单细胞的状态，特别对于肿瘤的发生发展，胚胎发育，复杂组织等领域研究更深入
六博说·2020-10-25 15:28

2020-10-15 入门小组DAY7-三三

测序知识学习内容怎么区分一二三代测序二代测序大体流程NGS组学都包括哪些分类（粗略）本篇笔记内容整理来自测序的世界/by刘小泽以及微信公众号生信星球的推文测序过程和原理简单来说，测序技术就是将DNA/RNA
草莓桃桃茶·2020-10-23 16:33

送书|北大出版：R语言数据分析与可视化从入门到精通

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、高颜值在线绘图和分析、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析
生信宝典·2020-10-23 15:00

2020.10.21【R语言】丨 undefined columns selected 问题解决办法

最近做RNA-seq项目的时候准备用R的boxplot()工具画一个各个样品的箱线统计图。
穆易青·2020-10-21 14:19

超详细的热图绘制教程(5000余字)，真正的保姆级教程

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、高颜值在线绘图和分析、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析
生信宝典·2020-10-19 22:00

一个植物转录组项目的实战

转录组转录组测序的研究对象为特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和，包括mRNA和非编码RNA。
wangchuang2017·2020-10-11 10:51

RNA-seq前期数据分析

自己在学习数据处理时候的笔记，希望能帮到大家~RNA-seq数据基本分析流程：参考文献：https://www.nature.com/articles/nprot.2016.095#procedure关于
柴本chai·2020-10-11 05:19

病毒VS人类——没有输赢的战争

这里的基因不光指的是DNA，也包括RNA。基因是由核酸这种物质构成的。特定序列的核酸
非著名人类·2020-10-10 22:14
上一页 36 37 38 39 40 41 42 43 下一页
按字母分类： ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ其他