rna甲基化第41页

单细胞RNA系列专题之一：单细胞RNA测序中质控之重要细节（下篇）

作者：赵玥审稿：童蒙编辑：angelica引言单细胞RNA测序是目前的一大热门。

生信阿拉丁·2020-10-10 21:30

用RNA-SeQC得到表达矩阵RPKM值

尤其是TCGA计划里面的都是用它算的一、程序安装直接在官网下载java版本软件即可使用：http://www.broadinstitute.org/cancer/cga/tools/rnaseqc/RNA-SeQC_v1.1.8

生信技能树·2020-10-10 20:47

日更｜病毒的自白

而我的遗传信息只储在RNA，单串的长链。RNA外面包着一层蛋白质外殻，我就是这样简单

叶脑师_若如·2020-10-10 20:29

WGCNA分析，简单全面的最新教程（可以在线做了）

生信学习的正确姿势（第三版）NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述

生信宝典·2020-10-07 22:00

pyGenomeTracks—表观多组学个性化track可视化工具

今天小编就给大家介绍一款非常好用的python包—pyGenomeTracks，它能够满足Hi-C、ChIP-seq/ATAC-seq、RNA-seq和BS-seq等多种组学数据类型。

生信阿拉丁·2020-10-07 11:13

新冠病毒为什么很可怕？

首先，他的核酸(遗传物质）为RNA，区别于许多DNA病毒。一般以DNA为遗传物质的病毒其核酸结构为双链，以RNA为遗传物质的病毒的核酸结构为单链。

落寞的693·2020-10-01 03:54

Monocle2包学习笔记（三）：Constructing Single Cell Trajectories

imageMonocle2使用反向图嵌入（ReversedGraphEmbedding）的机器学习算法，来对单细胞RNA-seq数据进行单细胞发育轨迹推断分析。

Davey1220·2020-09-19 18:46

使用CHETAH包进行单细胞类型注释分析

image.pngCHETAH包简介CHETAH（CHaracterizationofcEllTypesAidedbyHierarchicalclassification，通过层级分类辅助鉴定细胞类型）是用于单细胞RNA-seq

Davey1220·2020-09-18 09:45

FC后下游分析

在GSE46224文件夹里，定量以后，获得(15+8)个fc.txt文件，这个是RNA-seq测序数据的表达矩阵，RNA-seq的count数据符合负二项分布，因此用SVA包时，要用ComBat-Seq

cHarden13·2020-09-17 00:18

RNA-seq 数据上游分析

一、质控--FastQChttps://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/FastQC旨在提供一种简单的方法，对来自高通量测序的原始序列数据进行一些质量控制检查。它提供了一组模块化的分析，您可以使用这些分析快速了解您的数据是否存在任何问题，在进行进一步分析之前，您应该了解这些问题。FastQC的主要功能是：从BAM、SAM或Fast

生信摆渡·2020-09-16 19:33

RNA-seq 上游实战&排坑记录

RNA-seq上游实战&排坑记录一．流程总览（每个流程几乎包括参数详解，代码，结果，报错，注意）01.安装conda02.安装软件03.数据下载04.sratofastq05.fastqc质控06.Trim

南柒北陆·2020-09-16 17:30

一文读懂DNA甲基化及BS-seq

一、什么是DNA甲基化DNA甲基化是一个生物过程，它会在在DNA分子中引入甲基化基团，但是甲基化并不会改变序列本身，而会改变DNA片段的活性。

白墨石·2020-09-16 16:04

2020-08-23

sed使用单引号引用外部变量(rna)bioinfor312@bioinfor312-OptiPlex-9020:~/桌面/dgf/aa/1_ontad_tf_sort$catnzero|grep“chri

qq_39306047·2020-09-16 15:32

PacBio的异构体测序（Iso-Seq）

为了研究基因表达，研究人员利用新一代测序方法研究了生物体各个基因的片段，这种方法通常称为RNA测序（RNA-seq）。

dingsheng56656·2020-09-16 14:44

css3手风琴

手风琴html代码：css代码：*{padding:0px;margin:0px;}.rn{width:1200px;height:280px;position:fixed;left:400px;}.rna

车华宇·2020-09-16 04:08

寻找U2OS中表达的基因及其promoter并用于后续annotation

方法1.RNA-seq得到不同表达程度基因方法2.直接downloadU2OS_gene.csvhttps://cancer.sanger.ac.uk/cell_lines/download最开始excel

weixin_34405557·2020-09-15 12:55

PPI | protein-protein interaction | 蛋白互作分析 | gene interaction | 基因互作

前言做RNA-seq基因表达数据分析挖掘，我们感兴趣的其实是“基因互作”，哪些基因影响了我们这个基因G，我们的基因G又会去影响哪些基因，从而得到基因调控的机制。

weixin_30723433·2020-09-15 12:00

基于eXpress对转录组和基因组进行量化

靶序列可以是任意基因组区域，例如RNA-seq中的转录本。

biocq·2020-09-15 02:09

Wolfram | 用Mathematica开发DNA和RNA的新理论折叠模型

挑战当研究人员研究DNA和RNA的理论折叠模型时，GuillameSantini和JeanCognet要求轻松访问预定义的数学和可视化功能。

哲想软件·2020-09-14 00:00

RNAseq005 转录组入门(5)：序列比对

1.2寻找新剪切位点但是如果需要找新的isoform，或RNA的可变剪切，看外显子使用差异的话，需要TopHat,HISAT2或者是STAR这类工具用于找到剪切位点。

caoqiansheng·2020-09-13 22:20

IDF实验室:天罗地网--COOKIE欺骗

g=game&m=article&a=index&id=40题目：http://ctf.idf.cn/game/web/40/index.php参考：blog.csdn.net/sn_rna/article

Shinukami·2020-09-13 04:36

2019/0715_生物信息学R语言教程——book

目录前言第一章R/Bioconductor入门第二章:基因芯片分析第三章RNA-seq数据分析第四章ChIP-seq数据分析第五章ATAC-seq数据分析第六章scRNA-seq数据分析第七章下游分析第八章上游分析第九章代码背后

uqyuan0515·2020-09-13 03:33

「单细胞转录组系列」如何可靠地确定公共数据集的性别

不仅仅是在使用公共的单细胞转录组数据，其实早在公共芯片数据或者RNA-seq数据挖掘中，就有人在考虑一个问题，这个数据的元信息作者会不会搞错了呢？

徐洲更hoptop·2020-09-13 03:28

R绘制火山图 EnhancedVolcano+ggplot

其通常用于展示差异结果，比如RNA-seq差异基因展示。

APExBIO·2020-09-12 17:12

DESeq加载失败后在R中的安装方法

在R中安装DESeq的方法：生信小白，刚开始学习RNA分析，RStudio里加载不出DESeq包，卡了好几天也解决不了，终于成功安装。>if(!

Contin/·2020-09-12 15:48

生命的起源

除少数原核生物（主要是植物病毒）靠RNA繁殖外，绝大部分生物都由DNA的复制进行繁殖。所以，要产生生命，首先要产生DNA（或RNA）。最简单的生物噬菌体（专门吃细菌的病毒）就主要

fengerfafa·2020-09-12 10:41

边缘计算和章鱼的触角

首先，这种动物有着三个心脏，其次它可以修改自己的RNA。光凭这些就已经够让人们匪夷所思了，但是章鱼的"大脑"才是它们让人觉得最不可思议的地方。

CaptainCats·2020-09-12 10:42

使用R语言的正确姿势，R包干货奉献

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、在线绘图、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析

生信宝典·2020-09-11 23:00

qPCR数据处理

qPCR是什么操作qPCR这项技术，被广泛用于生物学的研究，只有有以下用途：DNA定量RNA定量Genotyping(设计特性型基因探针，通过荧光判断基因型)qPCRqPCR作为一种DNA定量手段，一般情况下

小折线·2020-09-09 02:40

RNA-seq基础知识

单端测序和双端测序单端测序只有一种测序引物，使得PCR只能沿着这个引物的方向进行，所有的reads都只能按照一个方向进行读取。但是测序的质量会随着测序的进行而下降，所以reads越往后面越不准确。一个解决办法就是双端测序，对一个长为500bp的序列，单端测序下游质量会很差，但是从两个方向上分别测250bp-300bp然后再拼接起来，就可以大大提高测序的准确率了。双端测序的测序的接头序列要复杂一些，

Sepine·2020-09-08 09:43

单细胞||SingleR鉴定细胞类型

SingleR是用于单细胞RNA测序（scRNAseq）数据的自动注释方法（Aranetal.2019）。

生信编程日常·2020-09-04 22:01

Similarity Network Fusion（SNF）相似性网络融合

如下面将两种数据类型融合在一起的：同一组患者的mRNA表达和DNA甲基化。

生信编程日常·2020-09-02 11:37

Smart-seq3 || 用改进的单细胞测序绘制细胞类型的高分辨率图谱

单细胞RNA测序(scRNA-seq)已经彻底改变了生物和组织中细胞类型及其基因表达程序的特性。虽然细胞通量有了很大的提高，但这些方法通常存在低灵敏度和定量的问题，且仅限于短RNA片段。

周运来就是我·2020-08-28 11:37

免疫学—COVID-19_Nature Immunology

安哥生个信·2020-08-28 09:25

【5】肿瘤DNA甲基化数据分析原理及流程

表观遗传：非DNA决定的基因表达，或表型改变中可遗传因素的研究DNA水平：甲基化（胞嘧啶（二代测序为主）5mC，腺嘌呤（三代为主）6mA，羟甲基化RNA水平：甲基化，ncRNA染色质水平：组蛋白修饰（甲基化

生物信息与育种·2020-08-28 09:31

inDrop scRNA-seq: Droplet-based single-cell RNA-seq

DNAbarcoding:是一种利用基因组内的DNA片段来鉴定生物物种的技术。下文讲的是inDropscRNA-seq，它其中的barcode可以对单细胞进行标记，进而可分析scRNAseq。原理如下：inDropscRNA-seq1.用消化酶分离细胞，制成细胞悬浮液2.microparticle，试剂中含有微颗粒，和细胞在一个液滴(droplet)中时，能够在细胞中建立RNAseq文库。每个微颗

Brickvstar·2020-08-27 01:34

新冠疫苗的产研销状况(7.23)

一、研发概况7月份之前进入第三期临床阶段的新冠疫苗有4款，分别是英国牛津—阿斯利康病毒载体疫苗、中国科兴中维灭活疫苗、中国国药灭活疫苗和美国Moderna公司RNA疫苗。

不如乐之·2020-08-25 22:26

LARRY(lineage and RNA recovery) lentiviral barcoding library

一、LARRYLARRY结构DNA条形码结构是在一个普遍表达的EF1α启动子驱动的增强性绿色荧光蛋白基因的3’UTR区域插入一个随机的28bp片段组成，构建了DNA条形码库LARRY（lineageandRNArecovery）。随后利用改良后的慢病毒转染将可遗传的DNA条形码插入到基因组中，scSeq测序可检测到DNA条形码。二、LentivirusLentivirus慢病毒：Lenti-在拉丁

Brickvstar·2020-08-25 09:02

2019河南省第十二届ACM省赛真题

核酸的基本组成单元是核苷酸，可将核苷酸分为脱氧核苷酸(DNA)和核糖核苷酸(RNA)。我们以DNA为例，所有的DN

王跃坤·2020-08-25 09:09

日本开发出甄别癌细胞新方法

带有正电荷的多胺与通常带有负电荷的RNA结合，促进核酸及蛋白质的合成。一般认为，多胺是细胞分

朗汉迪·2020-08-25 08:15

Chimera补全蛋白缺失结构

我们以PDB:1qln为例，1qln为T7RNA聚

生信杂谈·2020-08-25 07:26

DNA与RNA

DNA与RNADNA，全写为**脱氧核糖核酸，和蛋白质一样，也是一种生物大分子，它的功能是存储遗传信息**。其实DNA和蛋白质的组成原理有一些相似，DNA也是由一种小分子，脱氧核糖核苷酸构成的，简记为DN（这里没有A！）,氨基酸有20种不同的R基团，所以有20种不同的氨基酸。对于DN来说，这样的体现差异的基团不再叫做R基团，而是有个特有的名字，叫做碱基。DN上的碱基只有四种，记作A，T，C，G。再

微思微·2020-08-25 06:45

2020-04-23

TranscriptomiccharacteristicsofbronchoalveolarlavagefluidandperipheralbloodmononuclearcellsinCOVID-19patients文章：新冠肺炎患者支气管肺泡灌洗液与外周血单核细胞的转录组学特征期刊：SSRN影响因子：NA材料：COVID-19患者的支气管肺泡灌洗液和外周血单核细胞分离的RNA

盆栽酱·2020-08-24 22:46

CASH软件分析差异性可变剪接

声明：仅用于记录和交流，非用于指导RNA-seq数据拿到手已经是hisat2比对好的bam格式文件：test-treat.bam与test-control.bam接下来记录操作过程：1、我的bam文件没有经过排序

代江山·2020-08-24 22:06

Ray钱·2020-08-24 20:39

03--DeconRNASeq:A R package of deconvolution for RNA-seq expression

DeconRNASeq:AStatisticalFrameworkforDeconvolutionofHeterogeneousTissueSamplesBasedonmRNA-SeqdataOverviewofDeconRNASeqDeconRNASeqpackageusesnonnegativedecompositionalgorithmthroughquadraticprogrammingf

六六_ryx·2020-08-24 19:12

1445种全新病毒科被发现 “RNA病毒圈”或被重新界定

记者金振娅23日从中国疾病预防控制中心获悉，该中心传染病所研究员张永振的团队在病毒起源和进化的研究中取得重大突破——发现了1445种全新的病毒科，极大丰富了RNA病毒的多样性，并从遗传进化的角度揭示了RNA

东湖之上·2020-08-24 18:26

R语言︱文本（字符串）处理与正则表达式

幸运的是R语言的可扩展能力很强，DNA/RNA/AA等生物序列现在已经可以使用R来处理。

悟乙己·2020-08-24 16:40

【满分生物】“套路”

【信息交流功能】2、细胞内新陈代谢的主要场所是线粒体【细胞质基质】3、转录过程中，RNA聚合酶的结合位点是起始密码子。【启动子】4、植物细胞内的色素有四种。

大為師道·2020-08-24 14:10

荞麦RNA提取

荞麦是一种含多酚量比较高的植物，一般的试剂盒很难得到较高质量的RNA，从而难以进行后期的qPCR实验。

lxmic·2020-08-24 13:58

推荐频道

rna甲基化

单细胞RNA系列专题之一：单细胞RNA测序中质控之重要细节 （下篇）