rna聚类分析第12页

IF：4+ 膀胱癌RNA结合蛋白相关预后模型

关注公众号，桓峰基因桓峰基因生物信息分析，SCI文章撰写及生物信息基础知识学习：R语言学习，perl基础编程，linux系统命令，Python遇见更好的你71篇原创内容-->公众号最近分享了很多转录组的高级别分析，有同学问我这些分析怎么才能运用到文章中，文章的都应该分析哪些，才能够发篇SCI文章呢？这期我们就选择一篇最近发表的文章，利用桓峰基因的公众号里面的教程来搞一篇paper吧！21年3月发表

90066456ace6·2023-10-15 04:17

2022-10-21

2022-10-2110:11发表于江苏收录于合集#前沿生物大数据分析撰文：huacishuIF=68.164推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：1、作者开发了MultiVelo，一种基因表达的微分方程模型，它扩展了RNA

图灵基因·2023-10-15 04:08

DRESIS：全球首个综合耐药性数据库

：https://idrblab.org/dresis/01、ADTT:药物治疗靶点的变异;02、IDUE:药物摄取和药物排出的不规律;03、DISM:结构修饰导致的药物失活;04、EADR:DNA、RNA

SHANGHAILINGEN·2023-10-14 23:04

完整的单细胞分析通用流程——质控

最明显的原因是细胞损伤后线粒体比例增加或核RNA富集。在最坏的情况下

麒麟991·2023-10-14 16:15

TT-seq文献阅读(TT-seq maps the human transient transcriptome)

今天的笔记是关于另一种RNA测序的方法，称为TT-seq。其实这些测序方法在几年前被人们所使用了，但是因为自己并不了解这些知识，所以要慢慢的补起来。

生信start_site·2023-10-14 15:34

转录组数据分析流程

转录组是在特定时空条件下细胞中基因转录表达产物，广义的转录组包括信使RNA，核糖体RNA，转运RNA及非编码RNA，狭义上是指所有mRNA的集合，转录组分析能够获得不同基因的表达情况。

队长的生物实验室·2023-10-14 14:47

医学分析专业名词解释

表观遗传学的调节机制主要包括DNA甲基化、组蛋白修饰、非编码RNA作用等多种形式，其中，DNA甲基化是目前研究的比较清楚的表观遗传修饰方式。DNA高度甲基化首先会影响DNA结构，

LazyHaokj·2023-10-14 11:27

2019汇总之从4个关键词看单细胞与肝癌文献

的单细胞与病毒感染在讲单细胞与肝癌之前，我们先去看一下单细胞揭示正常肝脏细胞特征的分析，该文章于2019年7月发表于***Nature***，研究团队对来自9位人类供体的正常肝脏组织中的大约10,000个细胞进行了单细胞RNA

生信宝典·2023-10-14 11:22

易基因｜深度综述：RNA m5C修饰的生物学及在肿瘤发生和免疫治疗中的作用

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。2022年4月1日，《BiomarkRes》杂志发表了题为“BiologicalrolesofRNAm5CmodificationanditsimplicationsinCancerimmunotherapy”的综述文章，综述了RNAm5C甲基化修饰的生物学作用及其在癌症免疫治疗中的潜在机制。期刊：BiomarkerResearch日期

易基因科技·2023-10-14 11:47

M6A rna甲基化最新研究成果进展、论文合集（2021年）

甲基化介导的RMRP稳定性通过调控TGFBR1/SMAD2/SMAD3通路，导致非小细胞肺癌的增殖和进展2021-11-04报道，基于TheCancerGenomeAtlas数据库的综合分析，作者发现线粒体RNA

“泽平科技”公众号24h在线答疑·2023-10-14 11:16

miRNA数据分析专题

miRNA是一类长度在18到36bp的非编码RNA,其功能属于转后后修饰调控，主要通过和mRNA的3’UTR区进行结合，结合区域称之为`seed`，当结合区域的序列完全配对时，诱导mRNA降解，当只有部分序列配对时

生信修炼手册·2023-10-13 20:25

生信学习笔记：生物信息学测序分析基本流程入门笔记

文章目录前言短序列比对软件sam文件insertsize基因差异表达计算变异检测物种组成与丰富度计算kmer估计基因组大小序列拼接Pregraph常用序列拼接软件基因组污染分析RNA-seq与meta序列拼接基因功能注释非编码

twocanis·2023-10-13 20:54

RNA-seq生信分析流程

RNA-seq生信分析流程RNA-seq是近些年发展起来的针对转录组的测序技术，其能够获得mRNA、smallRNA以及各种非编码RNA的序列。

wangchuang2017·2023-10-13 20:54

文献学习笔记丨转录组表达数据的生信挖掘研究

引言基因表达特征：时空特异性转录层面研究基因表达的技术：PCR、基因芯片、转录组测序（RNA-seq）、Nanostring等高通量技术：检测样品中的大量基因表达情况，目前的热门研究领域。

生信分析笔记·2023-10-13 20:48

数据类型的转换2021-01-28

在网络上找到的代码###先下载对应关系，得到一个个单独的表格rm(list=ls())#####################################downloadmiRNA_RNA_interaction

流光溢彩426·2023-10-13 16:57

外泌体介绍 - MedChemExpress

走近外泌体此前，小M已经给大家介绍过外泌体了，它是由细胞分泌的包含RNA和蛋白质的小囊泡，广泛存在于血液、唾液、尿液及乳汁等体液中，具有细胞信使功能，参与细胞通讯。

MedChemExpress·2023-10-13 13:26

学术爆款“空间转录组技术”，都有哪些技术？ | 空间转录组学方法综述

本综述中提及的已发表方法的简要时间表空间转录组技术的比较基于微解剖基因表达的技术捕捉空间基因表达信息的方法只是通过从样本中分离出目标区域，然后将这些区域单独放入试管中进行RNA提取和后续的

尐尐呅·2023-10-13 04:49

二代测序文库构建-概述与挑战（1）

本文，我们研究了影响测序文库质量的关键因素，以及，在DNA来源和RNA来源文库准备过程中存在的挑战。

Juan_NF·2023-10-13 03:49

2021-12-17

单细胞RNA测序和多重免疫荧光分析显示，p-ER

图灵基因·2023-10-12 14:22

matlab 图片中花体字母,banal(26字母花体英文可复制)

rna?t]v.结果是；生产；出现；关闭；翻转；证明是okay核心词汇英[???'ke?]美[o?'ke?]

731英语第一·2023-10-12 09:09

那么多的基因，我只想要mRNA和lncRNA（或者miRNA）怎么办？

这个功能在GDCRNATools里好像上不支持的，因为这个包都是下载全部的RNA数据（包括其他的TCGA工具基本都是只下载RNA数据），具体要区分mRNA和lncRNA是要有专门注释文件的。

欧阳松·2023-10-12 07:47

生信知识补充

serialanalysisofgeneexpression)、LongSAGE和MPSS(massivelyparallelsignaturesequencing)；（3）基于第二代测序技术的转录组测序，又称为RNA-Seq

Bio_Learner·2023-10-12 05:10

空转旋转 seurat spatial rotate 图片翻转数据结构对象 seurat的空转数据存储

如果取的一级结构Assays的下属内容：无差别>class(pbmc[['RNA']])[1]"Assay"attr(

Young.Dr·2023-10-11 11:44

2022-01-06

图灵基因·2023-10-11 04:08

The pipeline of RNA-seq（菜鸟教学）

一、准备工作1.1设置好专门的用于RNA分析的环境在SRA中下载目标序列，使用wget指令使用conda激活rna分析环境1.2工作目录管理##示例如下：├──database#数据库存放目录，包括参考基因组

理想吃饭没·2023-10-11 04:00

转录组测序原理

RNA-seq应用通过RNA-seq，也就是转录组测序，可以帮助我们了解各种比较条件下所有基因的表达差异包括：正常组织与肿

Peng_001·2023-10-11 04:32

单细胞转录调控网络分析工具（TF，motifs）-SCENIC

SCENIC(Single-CellrEgulatoryNetworkInferenceandClustering)是从单细胞RNA数据推断基因调控网络及其相关细胞状态的工具。

清竹饮酒·2023-10-11 02:27

2021-06-25 点亮RNA——CRISPR/Cas系统

点亮RNA——RNA可视化与追踪的方法有很多，其中基于CRISPR/Cas系统的活细胞RNA可视化是近年来随着CRISPR相关技术发展而衍生的。

NAome·2023-10-11 01:11

2016年广西各市第一、二、三产业分布情况【聚类分析】

2016年广西各市第一、二、三产业分布情况数据来源：国家统计局03-06.jpg代码实现如下：数据处理>mdmdXx1x2x3x41南宁107.0000103.2105.8108.82柳州107.3000103.1105.7110.53桂林106.9000104.5106.4108.74梧州107.6000103.3108.6107.25北海108.6000104.1109.6109.76防城港1

宴長·2023-10-11 01:11

线性回归模型

1常见机器学习概念监督学习:通过标注数据进行学习的方法无监督学习:当一组数据很难获取标签的时候采用无监督学习，一般采用的方法是聚类分析。

ClintonZero·2023-10-11 00:13

kmeans算法的k值选择

确定K值是K-means聚类分析的一个重要步骤。不同的K值可能会产生不同的聚类结果，因此选择合适的K值非常重要。

小白脸cty·2023-10-10 20:27

核酸结果背后的检测人员

核酸检测实验室分为三个区：一区扩增试剂配制区，正常压力；二区核酸提取区（负压区），检测检测人员首先将标本放在震荡器剧烈震荡五分钟，然后用加样枪将保存液转移到含有磁珠的提取液96孔板，然后放到放进提取仪，通过酶和剧烈震荡将RNA

墨清_·2023-10-10 07:53

MC：m6A相关lncRNA组织特异性

m6A是癌症研究的热点，而今天小编要和大家分享的是今年一月份发表在MolecularCancer（IF:15.302）杂志上的关于泛癌中m6A相关长非编码RNA的文章。

概普生信·2023-10-10 04:30

小RNA ----计算miRNA 表达量

https://www.biostars.org/p/302465/https://www.biostars.org/p/297272/啊啊啊啊啊啊选取唯一比对的序列uniqereadnohupls*sam|whilereadid;dosamtoolsview-S-F4$id|grep-v"XS:">${id%%%_*}.sam;done&比对到miRNAbase上的reads数目的统计，没有好办

Weiyx·2023-10-09 15:09

第三代慢病毒载体系统

第三代慢病毒载体系统又增加了两个安全特性：一是构建了自身失活的慢病毒载体，即删除了U3区的3’LTR，使载体失去HIV-1增强子及启动子序列，即使存在所有的病毒蛋白也不能转录出RNA；二是去除了tat基因

实验小助手·2023-10-09 00:51

RNA m6A甲基化检测方法

前面给大家简单介绍过m6A甲基化的概念，也给大家介绍了☞m6A甲基化数据分析流程☞corrplot展示m6a甲基化基因表达相关性☞m6a甲基化相关基因boxplot并显示p值☞m6a甲基化相关基因根据临床信息分组绘制boxplot并显示p值m6A检测方法最近几年来m6A研究迅速发展，正是得益于meRIP-seq技术的开发及应用。meRIP-seq高通量测序技术的出现，能够高效精确检测全转录组不同的

生信交流平台·2023-10-08 13:48

定量PCR Taqman探针设计与体系优化

第一步：在第一步目的基因查找比对过程中可以利用NCBIgenbank序列以及DNAstar等软件完成目的DNA或者RNA的查找与比对——这在分析测序报告的时候相信很多人操作过，这一步需要注意的就是要保证所分析的序列在一个

weixinsuoxian·2023-10-08 01:39

启动子作用功能以及分类介绍

启动子可以被RNA聚合酶辨认，并开始转录合成RNA。

期待未来·2023-10-07 20:18

【scRW】[4]Single-cell RNA-seq: Quality control set-up

Understandhowtobringindatafromsingle-cellRNA-seqexperimentsQualitycontrolset-up1.Exploringtheexampledataset在本次研讨会上，我们将使用单细胞RNA-seq

RachaelRiggs·2023-10-07 12:48

#日常#-2022-09-18

用pct做个miRNA线性，再提个血清的外泌体RNA吧。平凡科研狗的日常，明天认真干活吧。嗐，今天没有扫地拖地。

Lilliandoing·2023-10-07 11:52

【python数据建模】Scipy库

scipy.constants数学常量scipy.fft离散傅里叶变换scipy.integrate积分scipy.interpolate插值scipy.interpolate线性代数scipy.cluster聚类分析

Rai Sokann·2023-10-06 23:53

2021-04-04若新住院第二天

医生说这么高的情况下是需要住院了，裴群和若新做了核酸的咽拭子采集以及抽血的核酸RNA的检测，也因为疫情的缘故，只能有一个人陪着，所以我就不用做了。

Seteven__Ma·2023-10-06 15:17

m6A相关lncRNAs做预后分析，效果怎么样？

目前已知的RNA修饰有100多种，其中RNA甲基化修饰占60%以上，而m6A(N6-甲基腺嘌呤)作为高等生物RNA上最为普遍的修饰，近几年的热度只增不减。

概普生信·2023-10-06 11:08

Graphpad绘制基因散点图

如下图所示，可以直观地呈现不同试验处理组之间，或者正常人群与疾病人群个体之间的某些基因表达水平的不同，所来源的表达谱数据可以是RNA-seq、芯片或者是qPCR定量。

纪伟讲测序·2023-10-06 04:10

三十六策第 10 策举一反三

三十六策第10策举一反三三十六策第10策举一反三把分子的不同形态当作一个独立的角度来处理把分子，包括基因DNA、基因的转录产物mRNA、以及基因的表达产物蛋白，还有在DNA、RNA和蛋白三个层面上所有的修饰变化

Kururu1799·2023-10-06 04:22

遇到了一次colorspace的测序数据

我通常处理的都是RNA-seq数据，也全是来自illumina测序平台（自认为擅长RNA测序数据的个性化分析），但是最近学习ChIP-seq的时候，碰巧下载了一组SOLiDcolorspaceformat

果蝇饲养员的生信笔记·2023-10-06 02:57

motif到底是什么

有特征的短序列，一般认为它是拥有生物学功能的保守序列，并不局限于基因组DNA序列还是RNA序列，甚至蛋白质序列也可以提取出相应的motif当某一个大类的序列中，大量重复出现相同的序列结构的时候，就可能存在探索它意义的价值可能包含特异性的结合位点

一只小脑斧·2023-10-05 16:27

python导入数据聚类分析实例_聚类分析实战解析与总结 - 数据分析

聚类分析是没有给定划分类别的情况下，根据样本相似度进行样本分组的一种方法，是一种非监督的学习算法。

weixin_39974400·2023-10-05 13:26

聚类分析基础知识总结及实战解析

聚类分析基础知识总结及实战解析聚类分析是没有给定划分类别的情况下，根据样本相似度进行样本分组的一种方法，是一种非监督的学习算法。

weixin_30889885·2023-10-05 13:56

k-Means聚类原理及实现

吸收天地之精华，为了完成对数据聚类的任务，广泛查阅各种资料，现总结如下：聚类分析总结&实战解析聚类分析是没有给定划分类别的情况下，根据样本相似度进行样本分组的一种方法，是一种非监督的学习算法。

£•€•×·2023-10-05 13:53

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