scRNA

使用Celaref包进行单细胞类型注释分析（一）：Celaref Overview and Installation

Celaref包简介单细胞RNA-seq测序（scRNA-seq）技术可以解析组织或样品内的细胞异质性，并查看特定细胞类型的特征和变化情况。
Davey1220·2023-04-12 16:45

单细胞可以测 ecDNA吗？

单细胞指的是一个水平和层次，当然为给我们的读者一个清晰的认识，我们举一个不值一提的例子：Singlecelltranscriptomeprofiling(scRNA-seq)hasenabledhighresolutionmappingofcellularheterogeneity
周运来就是我·2023-04-12 12:00

Mutect2+scRNAseq+cancer cell

RNA-Seqvariantcalling(SNP+INDEL)-补：Mutect2+scRNAseq+cancercell-笔记主要内容：2020年发表的一篇研究NSCLC非小细胞肺癌的cell文章结果之一是根据scRNA-seq
小贝学生信·2023-04-12 11:06

刘小泽学习组合多个单细胞转录组数据

刘小泽写于19.10.8前几天单细胞天地推送了一篇整合scRNA数据的文章：使用seurat3的merge功能整合8个10X单细胞转录组样本这次根据推送，再结合自己的理解写一写前言单细胞数据未来会朝着多样本发展
刘小泽·2023-04-12 05:30

单细胞scRNA-seq学习笔记3-示例文献理解

单细胞scRNA-seq学习笔记3-数据预处理课程学习生信技能树单细胞转录组（基础）课程分析的示例文章来自：2018年12月的NC文章：Spatiallyandfunctionallydistinctsubclassesofbreastcancer-associatedfibroblastsrevealedbysinglecellRNAsequencing
天涯清水·2023-04-11 10:05

scRNA-Seq | pySCENIC

组织内细胞异质性的基础是细胞转录状态的差异，转录状态的特异性又是由转录因子主导的基因调控网络（GRNs）决定并维持稳定的。因此分析单细胞的GRNs有助于深入挖掘细胞异质性背后的生物学意义，并为疾病的诊断、治疗以及发育分化的研究提供有价值的线索。然而单细胞转录组数据具有背景噪音高、基因检出率低和表达矩阵稀疏性的特点，给传统统计学和生物信息学方法推断高质量的GRNs带来了挑战。Single-cellr
iBioinformatics·2023-04-11 09:26

生物医学研究和临床应用中单细胞RNA-seq数据分析指南

单细胞RNA测序(scRNA-seq)在生物医学研究中的应用，提高了对疾病发病机制的认识，并为新的诊断和治疗策略提供了有价值的见解。
Evil_Genius·2023-04-09 23:55

Seurat V5 | 最火的单细胞测序分析工具重磅更新啦！~

该工具基于R语言编写，使用了许多先进的统计学和机器学习算法，可以对scRNA-seq数据进行细胞聚类、细胞亚群鉴定、基因差异表达分析等。
生信漫卷·2023-04-08 19:36

deepMNN：基于深度学习模型进行scRNA-seq批次效应校正的新方法

2021年8月10日，深圳华大生命科学研究院精准健康研究所智能算法团队在知名学术杂志《遗传学前沿》（FrontiersinGenetics）在线发表了题为“deepMNN:DeepLearning-BasedSingle-CellRNASequencingDataBatchCorrectionUsingMutualNearestNeighbors”的研究论文，文章提出了一种新的基于深度学习模型进行
尐尐呅·2023-04-07 21:38

Seurat4.0系列教程2：多模式数据联合分析

其他令人兴奋的技术，如[10XGenomics]，允许对scRNA-seq和scATAC-seq进行配对测量。Seurat4，可以无缝存储、分析和探索多样化的多模式细胞数据集。
Seurat_Satija·2023-04-06 09:09

单细胞综述之整合分析

摘要scRNA-seq技术的发展契合了研究个体细胞表观遗传、空间研究、蛋白质组与谱系信息的方法需要，这为研究多类型数据的综合方法提出了独特的机遇与挑战。
Dengfeng_Gao·2023-04-05 18:42

使用SnapATAC分析单细胞ATAC-seq数据（一）: SnapATAC简介与安装

准确和全面分析单细胞ATAC-seq数据的R包，它可以对单细胞ATAC-seq数据进行常规的数据降维、聚类和批次校正分析，鉴定远端调控元件并预测其调控的靶基因，调用chromVAR软件进行motif分析，同时还可以将scRNA-seq
Davey1220·2023-04-05 10:37

Seurat4.0系列教程11：使用sctransform

对scRNA-seq数据的解释需要有效的预处理和标准化才能消除这种技术差异。我们介绍了一个建模框架。在此教程中，我们演示了使用基于标准化的sctransform，能够得到log后较清晰的生物学差异。
Seurat_Satija·2023-04-05 03:00

Seurat4.0系列教程16：多模式参考映射注释细胞

在此示例中，我们映射了10XGenomics的（2，700个PBMC）的scRNA-seq数据集，到我们最近发表的CITE-seq参考的162，000PBMC，使用了228种抗体。
Seurat_Satija·2023-04-04 09:22

Seurat4.0系列教程8：细胞周期评分和回归分析

我们展示了如何通过基于传统细胞周期相关marker计算细胞周期得分，并在预处理过程中将这些分数从数据中回归，以消除scRNA-seq数据中细胞周期异质性的影响。
Seurat_·2023-04-03 21:40

Nature Biotechnology| 胰腺癌空间转录组+单细胞测序分析

整合空间转录组和单细胞测序揭示PDAC组织结构单细胞RNA测序（scRNA-seq）能够系统地识别组织中的细胞群，但描述其空间组织仍然具有挑战性。
概普生信·2023-04-03 02:03

6.单细胞 RNA-seq：归一化和 PCA 分析

计数归一化和主成分分析在获得我们的高质量单细胞后，单细胞RNA-seq(scRNA-seq)分析工作流程的下一步是执行聚类。聚类的目标是将不同的细胞类型分成独特的细胞簇。
denghb001·2023-04-02 18:09

技术 | 单细胞转录组测序之Smart-seq2

Smart-seq2Smart-seq是由路德维格癌症研究所的RickardSandberg实验室所开发的一套在全转录组范围进行单细胞RNA测序(scRNA-seq)的方法。
尘世中一个迷途小书僮·2023-04-02 15:15

OSCA单细胞数据分析笔记-3、SingleCellExperiment数据结构

bioconductor.org/books/release/OSCA/SingleCellExperiment数据结构（下面简称sce）基于SummarizedExperiment衍生而来，专门用于存储scRNA-seq
小贝学生信·2023-04-02 05:20

盘点季 | 空间转录组分析工具合辑（上）：去卷积

SPOTlightSPOTlight能够将空间转录组与scRNA-se
尐尐呅·2023-04-02 02:11

10x Genomics单细胞全长转录组测序

我想回答一定是单细胞转录组测序（scRNA-seq）和全长转录组测序（Iso-Seq）。由于其各自的优势，近几年scRNA-seq和Iso-Seq在转录组研究中大放异彩。
贝瑞科服·2023-04-01 22:28

单细胞入门【3】：好用不踩坑的单细胞数据库合集

单细胞入门【2】：scRNA-seq测序数据的计算分析指南03单细胞数据库合集如何快速找到单细胞数据？有没有可以在线分析单细胞数据的工具？...其实，这些需求单细胞数据库都可以实现。
尐尐呅·2023-03-30 13:07

以一篇文章为例，总结单细胞文章分析框架

上一篇我们分享的《一文了解单细胞基因调控网络（GRN）》中有提过:scRNA-seq数据的表达矩阵之后大多数后续分析的重点是:确定组织或癌症中细胞亚群的类型或状态，或研究动态变化过程，例如细胞分化、细胞周期或刺激反应
seqyuan·2023-03-29 22:30

2022-01-21 细胞注释思路

cell_marker_annotation.R1、查看所有marker基因0亚群很多是T细胞的marker，可以初步注释为T细胞1亚群也像T或者NK细胞0和1很相似，可以计算这个亚群的差异基因，代码在sub_analysis_scRNA2
徐添添·2023-03-29 12:38

利用TRUST4从bulk RNA-seq中重构免疫组数据

昨天老师发给我一篇生信女神ShirleyLiu的文章，看了里面的内容之后感觉很兴奋～它可以不做免疫组测序，直接从BulkRNA-seq或者scRNA-seq里面重构得到免疫组的信息。
Yayamia·2023-03-24 20:29

文献阅读——原发性和转移性肿瘤中克隆扩增的EOMES+Tr1样细胞与疾病进展相关

20.477PMID:34017124该文章基于原发性非小细胞肺癌和结直肠癌单细胞转录组测序数据的分析，发现CDS4+T细胞中有两类细胞亚群在这两种癌症中具有高度相似的特征基因，之后进一步通过流式细胞技术对scRNA-seq
不会生信哟·2023-03-22 00:26

单细胞数据挖掘2-QC

1.写在前面参考教程：https://hbctraining.github.io/scRNA-seq/2.搭建环境在Rproj的位置创建data文件夹在data文件夹中为每个样本创建一个链接到outs/
大吉岭猹·2023-03-21 08:36

一个R包搞定22种单细胞基因差异分析

单细胞RNA-seq(scRNA-seq)能够在单个细胞的分辨率下量
Carrington·2023-03-19 05:34

单细胞转录组高级分析一：多样本合并与批次校正

先上一张图说明多样本scRNA数据的批次效应：图片左边的图简单地把多个单细胞的数据合并在一起，不考虑去除批次效应，样本之间有明显的分离现象。右边的图是使用算法校正批次效应，不同的样本基本融和在一起了。
Seurat_·2023-03-14 23:51

单细胞学习4

跟bulkRNA-seq不一样的地方是，scRNA-seq通常涉及到的样本数量更多。这时候可以使用非参检验算法，比如Kolmogorov-Smirnovtest(KS-test)等等。
soleil要好好学习呀·2023-03-13 13:56

使用单细胞来研究RNA速率

因此，使用scRNA的数据，可以检测这个类似的信号，来推断整个转录组的动态变化的方向和速率。使用intronic-polyT来推断unsplicedRNA所有的scRNA都
生信阿拉丁·2023-03-13 02:03

scRNA-seq文章复现：A Cellular Taxonomy of the Bone Marrow Stroma in Homeostasis and Leukemia （1）

2020-04-13参考文献：ACellularTaxonomyoftheBoneMarrowStromainHomeostasisandLeukemia目标：利用文章中描述的工具和方法，复现文中主要的scRNA-seq
Yuchen_Li·2023-03-11 11:06

03 载入并合并数据

scRNA-seq/03_SC_quality_control-setup.mdatmaster·hbctraining/scRNA-seq·GitHubhttps://github.com/hbctraining
土豆学生信·2023-03-10 13:17

NBIS系列单细胞转录组数据分析实战（一）：数据质控

本课程将通过演讲和实战练习涵盖了单细胞转录组（scRNA-seq）数据分析的基本步骤。涵盖的主题包括：AnoverviewofthecurrentscRNAseqtechnologies（当前常
Davey1220·2023-02-19 07:10

2022-03-04

CellRes|肿瘤抗原特异性T细胞增强个性化TCR-T细胞治疗和预测免疫治疗反应原创huacishu图灵基因收录于话题#前沿分子生物学机制撰文：huacishuIF=20.808推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：1、利用scRNA-seq
图灵基因·2023-02-18 10:03

多个10x单细胞对象的合并和批次校正--seurat锚点整合+Harmony

原数据集有63个scRNA的数据，本次选取10个练习。
Hayley笔记·2023-02-18 10:06

Week28 — 单细胞RNA-seq揭示哺乳动物细胞中动态的、随机的单基因表达

Single-CellRNA-SeqRevealsLineageandXChromosomeDynamicsinHumanPreimplantationEmbryosDOI(url):10.1126/science.1245316PublicDate：2014Jan10Journal：ScienceKeyword：scRNA-seq
六六_ryx·2023-02-05 05:07

Nat Method | 判别分类用于scRNA的差异表达分析

Adiscriminativelearningapproachtodifferentialexpressionanalysisforsingle-cellRNA-seq目前的方法用于scRNA数据分析遇到的问题是细胞数量众多
Florence_Super·2023-02-04 13:29

（一文读懂scRNA-Seq）到底要花多久时间才能看懂一套单细胞测序数据结果？

先说我的态度。最快的捷径就是没有捷径，踏踏实实搞学问我一直相信慢工出细活（当然我写推文都不怎么想回头检查错别字），要学习什么东西，稳扎稳打才是最快的捷径，不求甚解要建立在还会回来看的基础上，囫囵吞枣只会烂在肚子里。要学会看单细胞测序的数据分析结果到底要多久？先说一下我的情况。linux：基本认识，只会基础操作+转录组上游分析，我们说的linux三驾马车，我一驾都不熟。跑过一个人-非模式生物的转录组
冻春卷·2023-02-04 09:08

DENDRO:利用scRNA seq进行基因异质性分析和亚克隆检测

尽管现在scRNA-seq广泛应用于肿瘤内异质性的研究中，体细胞突变的检测和从scRNA-seq推断克隆成信息可能并不准确。
周运来就是我·2023-02-02 11:31

[Paper] || KPNNs Knowledge-primed neural networks enable biologically interpretable deep learning...

One-sentencesummary：利用scRNA-seq数据，构建基于生物知识的神经网络，以预测细胞状态,提高模型可解释性。
葵sunshine·2023-02-01 18:11

NGS原理- 单细胞转录组测序-横评13种单细胞测序以及单细胞核测序方法

摘要单细胞RNA测序(scRNA-seq)是一
老_Z·2023-01-30 16:14

Scanpy 单细胞测序基因分析

www.bilibili.com/video/BV1sq4y1C7Qx/https://scanpy-tutorials.readthedocs.io/en/latest/pbmc3k.html代码下载：scanpy分析scRNA-seq
loong_XL·2023-01-29 19:50

Smart seq3 2020

Single-cellRNAcountingatalleleandisoformresolutionusingSmart-seq3期刊：NatureBiotechnology通讯作者：RickardSandberg1.背景大多数单细胞RNA测序(scRNA-seq
韧_7e6f·2023-01-29 10:08

02 生成单细胞测序表达矩阵

scRNA-seq/02_SC_generation_of_count_matrix.mdatmaster·hbctraining/scRNA-seq·GitHubhttps://github.com/
土豆学生信·2023-01-28 04:06

单细胞数据标准化

在scRNA-seq中，由于每个细胞的起始转录分子量有限，每个细胞中转录本的捕获以及扩增效率都会有技术差异，因此很难保证样本之间在文库制备上保持高度的一致性。
好风凭借力·2023-01-27 20:49

GSE181279—AD疾病的PBMC单细胞 单细胞数据分析实战

G:\silicosis\jimmy_task_study\2023_jimmy_scrna\00-现在完成的\2021-GSE181279-AD疾病的PBMC单细胞本次分析结果来自生信技能书的春节大放送活动
YoungLeelight·2023-01-22 18:28

autoCell：用于scRNA-seq的分析工具

目录简介引言相关工作贡献数据集和对比方法autoCell高斯混合模型图嵌入结果插补去噪后轨迹分析潜在特征捕获细胞病理学发现细胞类型特异性分子网络简介动机：scRNA-seq使研究人员能够以单细胞分辨率研究基因表达
tzc_fly·2023-01-18 18:59

MultiVI NaN in latent representation

开发者提供的这个tutorial(https://docs.scvi-tools.org/en/stable/tutorials/notebooks/MultiVI_tutorial.html)里面给的是scRNA-seq
hyena_7·2023-01-17 11:18

【机器学习】单细胞-ZINB(零膨胀负二项分布)

目录1前言2正态分布3泊松分布4负二项分布5零膨胀负二项分布6应用7参考文献1前言  单细胞RNA测序(single-cellRNA-seq，scRNA-seq)数据是非常有特点的数据，具有很高的稀疏性
一穷二白到年薪百万·2023-01-12 14:44
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