scRNA 第8页

单细胞转录组-3

1简介1.1scRNA-seq2009年由汤富酬等人首次公开测量每个基因在细胞群中表达水平的分布允许研究在转录组中特定于细胞的变化的非常重要的生物学问题，例如细胞类型识别，细胞反应的异质性，基因表达的随机性

nnlrl·2020-02-21 02:40

scRNA-seq拟时分析 || Monocle2 踩坑教程

拟时（pseudotime）分析，又称细胞轨迹（celltrajectory）分析，通过拟时分析可以推断出发育过程细胞的分化轨迹或细胞亚型的演化过程，在发育相关研究中使用频率较高。主要基于关键基因的表达模式，在拟时间中对单个细胞进行排序，模拟出时间发育过程的动态变化。既然讲到所谓的拟时分析不过是一种排序而已，那么我们就要知道排序的基本要素：对什么排序如何判断先后顺序如何寻找分支点（如果分支的话）早

周运来就是我·2020-02-14 08:53

10X scRNA免疫治疗学习笔记-2-配置Seurat的R语言环境

刘小泽写于19.10.14笔记目的：根据生信技能树的单细胞转录组课程探索10XGenomics技术相关的分析课程链接在：http://jm.grazy.cn/index/mulitcourse/detail.html?cid=55第二单元第6讲：配置Seurat的R语言环境下游分析前言下游分析一般是研究的重点，之前10X上游得到的结果中，对我们最有用的是三个文件和一个报告这篇文章的作者其实已经把表

刘小泽·2020-02-14 08:16

STREAM:一款scRNA-seq拟时分析工具

scRNA-seq数据分析想必大家都比较熟悉了，自2014年naturebiotechnology提出单细胞拟时分析或称为轨迹分析（Trajectory）已经有五个年头了。

周运来就是我·2020-02-09 17:33

Smartseq2 scRNA小鼠发育学习笔记-3-标记基因可视化

刘小泽写于19.10.24笔记目的：根据生信技能树的单细胞转录组课程探索Smartseq2技术及发育相关的分析课程链接在：http://jm.grazy.cn/index/mulitcourse/detail.html?cid=55这次会介绍如何对一些标记基因进行可视化。对应视频第三单元7-8讲前言将对应文章这张图（不过H这张图使用的是差异基因，是下一篇的内容；这里先用marker基因尝试一下）：

刘小泽·2020-01-04 03:10

RNA-seq workshop-Day 1

Day1.jpg本周的DataWorkshop又开始了，这次将围绕着以R语言为工具，进行RNA-seq和ScRNA-seq的分析。

猪猪头看世界·2020-01-01 02:20

NGS原理- 单细胞转录组测序-横评 CEL-seq2, Drop-seq, MARS-seq, SCRBseq, Smart-seq和Smart-seq2

【转载】自PLOB单细胞RNA测序方案比较目前，随着单细胞RNA测序技术（scRNA）的成熟，新的测序方案不断出现。那么，各种技术平台的性能如何呢？优缺点有哪些呢？

老_Z·2019-12-30 13:40

Smartseq2 scRNA小鼠发育学习笔记-2-根据表达矩阵进行分群

刘小泽写于19.10.23笔记目的：根据生信技能树的单细胞转录组课程探索Smartseq2技术及发育相关的分析课程链接在：http://jm.grazy.cn/index/mulitcourse/detail.html?cid=55这次会介绍如何针对表达矩阵进行分群，不一定需要包装好的函数。对应视频第三单元5-6讲前言目的是得到这个图将会用到来自作者的包装好的analysis_functions.

刘小泽·2019-12-27 07:50

单细胞入门-读一篇scRNA-seq综述（转载）

单细胞入门-读一篇scRNA-seq综述原创：Ruismart[单细胞天地](javascript:void(0);)2018-03-14本来想看这篇文章Ageneralandflexiblemethodforsignalextractionfromsingle-cellRNA-seqdata

天涯清水·2019-12-21 08:47

Smartseq2 scRNA小鼠发育学习笔记-6-不同谱系的差异基因分类注释

刘小泽写于19.10.24笔记目的：根据生信技能树的单细胞转录组课程探索Smartseq2技术及发育相关的分析课程链接在：http://jm.grazy.cn/index/mulitcourse/detail.html?cid=55这次会介绍如何对不同谱系的差异基因分类注释。对应视频第三单元14讲前言将对应文章这张图：1Monocle找不同谱系之间的高变化基因加载数据rm(list=ls())op

刘小泽·2019-12-19 04:07

使用MuSiC分析bulk RNA-seq中的细胞组分

MuSiC主要利用不同细胞类型的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据，挖掘其中的特异性基因，进而通过反卷机算法表征复杂组织中bulkRNA-seq的

生信杂谈·2019-12-18 13:24

Smartseq2 scRNA小鼠发育学习笔记-1-前言及上游介绍

刘小泽写于19.10.23笔记目的：根据生信技能树的单细胞转录组课程探索Smartseq2技术及发育相关的分析课程链接在：http://jm.grazy.cn/index/mulitcourse/detail.html?cid=55这次会介绍文章的两张主图，还有上游分析，算是引言部分。对应视频第三单元1-4讲前言这次要重复的文章是：DissectingCellLineageSpecificatio

刘小泽·2019-12-12 08:17

Nature | 新技术scSLAM-seq可在单细胞水平揭示转录动态变化的核心特征

1369-yscSLAM-seqrevealscorefeaturesoftranscriptiondynamicsinsinglecells摘要单细胞转录组测序（single-cellRNA-seq,scRNA-seq

AIPuFu·2019-12-11 18:27

单细胞揭示人胎儿肝造血图谱

作者利用scRNA-seq检测了约14万个肝脏细胞、7.4万个皮肤、卵黄囊和肾脏细胞，鉴定出了人类发育过程中的血液和免疫细胞的变化过程：他们从HSC/MPPs群中推断细胞分化轨迹，评估组织微环境对血细胞和免疫细胞发育的影响

Dengfeng_Gao·2019-11-24 22:08

10X scRNA免疫治疗学习笔记-6-marker基因的表达量可视化

刘小泽写于19.10.18笔记目的：根据生信技能树的单细胞转录组课程探索10XGenomics技术相关的分析课程链接在：http://jm.grazy.cn/index/mulitcourse/detail.html?cid=55第二单元第10讲：marker基因的表达量可视化前言这次的任务是模仿原文的：肿瘤组织的差异分析(Fig.4a、c)原文的图下载数据之前的分析都是基于第一个病人的PBMC，

刘小泽·2019-10-18 12:09

10X scRNA免疫治疗学习笔记-5-差异分析及可视化

刘小泽写于19.10.17笔记目的：根据生信技能树的单细胞转录组课程探索10XGenomics技术相关的分析课程链接在：http://jm.grazy.cn/index/mulitcourse/detail.html?cid=55第二单元第9讲：细胞亚群之间的差异分析前言这次的任务是模仿原文的：第五张：比较两种CD8+细胞差异在分群结果可以看到，CD8+主要分成了两群，一个是红色的（170个CD8

刘小泽·2019-10-18 00:00

单细胞转录组数据分析课件||10.Trajectory inference analysis of scRNA-seq data

本课件介绍了单细胞转录组数据分析的一个分析点：轨迹推断。什么是轨迹推断？任何一个矩阵数据都能做的分析，我的数据应不应该做？轨迹推断算法的蓬勃发展几种常用的软件的介绍（以此来了解人类是如何做发育轨迹推断的）方法的选择标准ThislecturebyPauloCzarnewski(NBIS,ELIXIR-SE)ispartofthecourse"SinglecellRNA-seqdataanalysis

周运来就是我·2019-10-14 21:23

scRNA-使用sctransform去除批次效应

刘小泽写于19.10.10上一次介绍了使用Seurat的merge函数来合并4个样本（各有2个生物学重复）的8组数据，但是merge只是将原始数据简单混合起来，谁也不知道混合后的结果是不是引入了批次效应关于去除多组数据中的批次效应，有多种算法，如Seurat包的CCA(canonicalcorrelationanalysis)、LIGER的NMF(non-negativematrixfactori

刘小泽·2019-10-10 10:01

单细胞转录组测序技术及各类数据分析方法总结

自从2009年单细胞转录组测序（single-cellRNA-seq，scRNA-seq）技术首次问世，至今已经有几十种不同的scRNA-seq技术相继被开发出来。

AIPuFu·2019-09-17 12:00

跟着Bioconductor一步一步学习scRNA（一）

刘小泽写于19.9.9、9.11动力来自偶然间看到的Bioconductor放出的单细胞数据分析教程https://bioconductor.org/packages/release/workflows/html/simpleSingleCell.html题目就叫“step-by-step”，最喜欢这么系统的学习了，并且它涵盖了主流的几个R包，主流的两个平台smart-seq2和10X，带着读者一

刘小泽·2019-09-15 23:54

单细胞转录组测序技术(scRNA-seq)及细胞分离技术分类汇总

单细胞测序流程(http://learn.gencore.bio.nyu.edu)在过去的十多年里，高通量测序技术被广泛应用于生物和医学的各种领域，极大促进了相关的研究和应用。其中转录组测序（RNA-seq）被广泛应用于测定和描绘各类物种的基因或转录本的表达情况。但传统的转录组测序技术（bulkRNA-seq）是基于群体细胞，每个样本包含成千上万个细胞，所以最终反映的是基因在群体细胞中平均表达水平

AIPuFu·2019-09-07 15:00

单细胞测序数据的差异表达分析方法总结

无论是传统的多细胞转录组测序（bulkRNA-seq）还是单细胞转录组测序（scRNA-seq），差异表达分析（differentialexpressionanalysis）是比较两组不同样本基因表达异同的基本方法

AIPuFu·2019-09-07 14:00

Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（六）

Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（四）Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（五）收藏|北大生信平台"单细胞分析、染色质分析"视频和PPT分享该如何自学入门生物信息学生物信息之程序学习构建表达矩阵scRNA-seq

生信宝典·2019-04-22 17:10

Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（三）

单细胞转录组数据分析（一）Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（二）收藏|北大生信平台"单细胞分析、染色质分析"视频和PPT分享生信老司机以中心法则为主线讲解组学技术的应用和生信分析心得-限时免费scRNA-seq

生信宝典·2019-04-22 17:27

系统学习scRNA-Seq(六)-QC标准化实战

刘小泽写于19.4.4+4.7结合一篇文章+scater说明书，并做了一些个人修改首先上文章和scater包说明书来自https://f1000research.com/articles/5-2122/v2，题目是：Astep-by-stepworkflowforlow-levelanalysisofsingle-cellRNA-seqdatawithBioconductor作者来自剑桥癌症研究所

刘小泽·2019-04-07 23:24

系统学习scRNA-Seq(五)SingleCellExperiment

刘小泽写于19.4.5许多单细胞分析包中都会遇到这个对象，那么说明书当然是最好的学习工具了说明书地址：https://bioc.ism.ac.jp/packages/3.6/bioc/vignettes/SingleCellExperiment/inst/doc/intro.html安装options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")

刘小泽·2019-04-05 12:42

单细胞测序（scRNA-seq）通关||数据处理必知必会

---大师，大师，我想学习单细胞···闭上眼睛跟我来Everycellisunique—itoccupiesanexclusivepositioninspace,carriesdistincterrorsinitscopiedgenomeandissubjecttoprogrammedandinducedchangesingeneexpression.YetmostDNAandRNAsequenc

周运来就是我·2019-02-21 20:27

single cell RNA-seq中的合并数据

在scRNA-seq中，既需要technicalreplicates,也需要biologicalreplicates。很多时候我们需要将这些数据合并后进行处理。

HeiLeo·2018-07-18 13:55

Small RNA测序

SmallRNA是一类高度保守的长度在18-30nt的RNA分子，主要有两种类型的小分子RNA:一类是snRNA(smallnuclearRNA),存在于细胞核中；另一类是scRNA(smallcytopla

huangliangbo0805·2014-10-13 16:57

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