scRNA

单细胞交响乐2-scRNA从实验到下游简介

需要各个流程的协同配合交响乐1-理解单细胞常用的数据结构SingleCellExperiment这次的内容是：实验到后续分析做一个简单的总结一张非常重要的图这张图和上一章的那张可以说是贯穿始终的两张图scRNA-Workflow
刘小泽·2022-02-10 21:28

【单细胞入门必读】单细胞RNA-seq技术和数据分析简介

Single-CellRNA-SeqTechnologiesandRelatedComputationalDataAnalysis单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术允许在单细胞分辨率下解析基因表达
巴拉巴拉11·2022-02-10 19:00

Seurat 4.0 ||单细胞多模态数据整合算法WNN

跟着Seurat团队学数学，从KNN到SNN到MNN到WNN，scRNA+时代与单细胞数据的统一场论。
周运来就是我·2022-02-09 16:39

Seurat 4.0 || 分析scRNA和膜蛋白数据

前情回顾Seurat4.0||单细胞多模态数据整合算法WNNSeurat4.0||单细胞数据分析工具箱有更新得益于单细胞多模态技术的发展，允许我们在单细胞水平从不同侧面考察细胞状态，如CITE-seq技术可以同时对单细胞转录组和膜蛋白进行定量。单细胞多模态数据分析面临的挑战和Seurat给出的解决方案，在预印本文章Integratedanalysisofmultimodalsingle-celld
周运来就是我·2022-02-09 14:34

趁热打铁--scRNA cell-type specific responses

在前面盲人摸象--singlecellsequencing的Seurat学习--详细版这篇文章之后，我膨胀了！感觉好想好想学习，因此，依据之前阅读单细胞文献的经历，将自己感兴趣的教程打算过一遍：cell-typespecificresponses，即不同组别的细胞放在一起比较。这个方法的应用是非常广泛的，尤其是肿瘤组织和癌旁组织的重叠比较。官网教程地址：Tutorial:Integratingst
冻春卷·2022-02-09 08:39

单细胞测序-scRNA-seq数据的预处理与质控

前两期scRNA-seq分享讲到了测序的原理、应用以及测序方法，今天就进入了数据分析阶段了。scRNA-seq与bulk-RNA-seq同样是RNA的通量测序数据，在前期质控与后期分析都有什么异同？
作图丫·2022-02-09 00:50

单细胞好文2--Single-cell RNA-seq highlights intra-tumoral heterogeneity and malignant progression in PDAC

CellResearch(2019)0:1–14;https://doi.org/10.1038/s41422-019-0195-ycellresearch文章标题可见热点(1)single-cellRNA-seq(scRNA-seq
冻春卷·2022-02-08 15:56

单细胞scRNA-seq学习笔记4-细胞周期推断

课程学习生信技能树单细胞转录组（基础）现在福利来了，单细胞课程免费开放了：#完整版视频上线！全！面！免！费！#全网第一的单细胞转录组实战演练_https://www.bilibili.com/video/av38741055?p=11不同类型的细胞哪怕是在同一个时间点的细胞周期状态，它们的细胞周期相关基因表达也是不同的。更重要的是，还有很多非直接细胞周期相关基因也需要考虑。细胞周期是利用基因来推断
天涯清水·2022-02-08 13:31

单细胞交响乐4-归一化

因为单细胞分析就像一个大乐团，需要各个流程的协同配合单细胞交响乐1-常用的数据结构SingleCellExperiment单细胞交响乐2-scRNAseq从实验到下游简介单细胞交响乐3-scRNA的细胞质控
刘小泽·2022-02-07 15:51

SpatialDB引发的10x技术原理的探究

作者：椰子糖审稿：童蒙编辑：amethyst引言单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术的出现极大的推动了现代细胞和分子生物学的发展。
生信阿拉丁·2022-02-07 03:29

Seurat包学习笔记（六）：scATAC-seq + scRNA-seq integration

在本教程中，我们将学习使用Seurat3对scATAC-seq和scRNA-seq的数据进行整合分析，使用一种新的数据转移映射方法，将scATAC-seq的数据基于scRNA-seq数据聚类的结果进行细胞分群
Davey1220·2022-02-07 02:21

使用SnapATAC分析单细胞ATAC-seq数据（三）：Integrative Analysis of PBMC scATAC-seq and scRNA-seq

image.png简介在本教程中，我们将对PBMC的两个scATAC-seq数据集(5K和10K)和一个scRNA-seq数据集进行整合分析。
Davey1220·2022-02-05 20:17

单细胞入门【1】：单细胞测序方法该如何选择？

单细胞转录组测序（scRNA-seq）已成为鉴定和表征细胞类型、状态、谱系和网络的核心工具。Get单细胞技术也成为科研人的必修课。如何快速入门单细胞？
尐尐呅·2022-02-05 05:36

单细胞测序-scRNA-seq数据的标准化处理

我们都知道，从数据质控开始已经进入了scRNA分析阶段，在这个阶段开始测试代码，进行实操是很重要的。测试过程中出现的各种问题可能成为你学习路上的拦路虎。
作图丫·2022-02-04 21:12

Seurat 4.0 || WNN整合scRNA和scATAC数据

前情回顾Seurat4.0||单细胞数据分析工具箱有更新Seurat4.0||单细胞多模态数据整合算法WNNSeurat4.0||分析scRNA和表面抗体数据单细胞数据数据正在走向统一：在一个细胞内同时测量分属中心法则不同阶段的多种数据类型
周运来就是我·2022-02-04 20:17

单细胞转录多样性是发育潜能的一个标志

单细胞转录多样性是发育潜能的一个标志本篇文章首发于单细胞天地单细胞RNA测序（scRNA-seq）是重建细胞分化轨迹的有力方法。然而，同时推断分化的状态与方向是一项具有挑战性的工作。
天涯清水·2022-02-03 14:21

单细胞测序-scRNA-seq数据的降维和可视化

在scRNA-seq数据通过一些列的预处理，质控以及标准化之后，后续分析步骤需要通过识别细胞间的基因表达差异来进行聚类，分析不同细胞群的差异性。
作图丫·2022-02-03 14:45

单细胞scRNA-seq学习笔记1-单细胞测序基础知识

单细胞测序基础知识一、单细胞测序学习scRNA-seq先了解一下BulkRNA-seqBulkRNA-seq：测量一个大的细胞群体中每一个基因的平均表达水平，对比较转录组学（例如比较不同物种的相同组织）
天涯清水·2022-02-03 11:13

CDSeq反卷积求解细胞组分的简单理解

前言之前我们介绍了利用scRNA不同cellcluster的表达特征，利用SVR线性反卷积的手段来估算对应的Bulk-seq中，每个sample相应的细胞组分，传送门：CIBERSORT初探这一次我们来鉴定介绍下利用概率图模型来估算
小潤澤·2022-01-10 18:41

单细胞RNAseq常规分析流程（10X）

本文主要是简单介绍一下SingleCellRNAseq（ScRNA）分析的基本流程，适用于大多数单细胞数据的前期分析，旨在介绍分析的流程和用到的方法，具体细节还需要感兴趣的你们深入挖掘。
QXPLUS·2021-12-27 17:36

单细胞转录组双细胞判别软件scDblFinder

在scRNA-seq的细胞捕
whitebird·2021-12-22 13:44

技术 | 单细胞转录组测序之10x Genomics

这篇文章将主要简述10XGenomics在单细胞基因表达检测方面，也就是scRNA-seq上的应用。10XGenom
尘世中一个迷途小书僮·2021-11-27 15:23

使用scVelo进行RNA velocity分析-01

本教程是介绍如何使用python包scVelo对单细胞RNA-seq数据(scRNA-seq)进行RNA速率分析。
whitebird·2021-11-25 09:57

单细胞加权基因共表达网络分析scWGCNA-01

WGCNA最初是为分析大量基因表达数据集而构建的，由于scRNA-seq数据的固有稀疏性，vanillaWGCNA在单细胞数据上的性能受到限制。
whitebird·2021-11-24 12:13

单细胞技术画像一览

免疫细胞方向：自身免疫疾病、血液系统病等免疫相关的疾病（重点关注T细胞和B细胞）具体可以分为8个方向：图片摘自我的之前的推文单细胞scRNA-seq学习笔记1-单细胞测序基础知识(https://www.jianshu.com
天涯清水·2021-06-27 19:06

单细胞入门【2】：scRNA-seq测序数据的计算分析指南

02scRNA-seq测序数据的计算分析指南scRNA-seq是一种流行且功能强大的技术，可分析大量单个细胞的整个转录组。然而对这些实验生成的大量数据的分析需要专门的统计和计算方法。
尐尐呅·2021-06-27 11:16

Seurat3 学习笔记

参考：1.第六章scRNA-seq数据分析2.初生牛犊--模仿cellresearch(IF17+)文章的一张图3.Seurat包学习笔记（一）：GuidedClusteringTutorial4.2019
caokai001·2021-06-26 23:22

scATAC分析神器ArchR初探-scRNA-seq确定细胞类型（8）

scATAC分析神器ArchR初探-简介（1）scATAC分析神器ArchR初探-ArchR进行doublet处理（2）scATAC分析神器ArchR初探-创建ArchRProject（3）scATAC分析神器ArchR初探-使用ArchR降维（4）scATAC分析神器ArchR初探--使用ArchR进行聚类（5）scATAC分析神器ArchR初探-单细胞嵌入（6）scATAC分析神器ArchR初
基因侦探·2021-06-24 06:50

Seurat(v4)官方教程 | Introduction to scRNA-seq integration

Compiled:March18,2021Source:vignettes/integration_introduction.Rmd教程来源：https://satijalab.org/seurat/articles/integration_introduction.html两个或多个单细胞数据集的联合分析具有独特的挑战。特别是，在标准工作流程下，识别跨多个数据集存在的细胞群可能会有问题。Seur
ScorpioGirll·2021-06-23 06:50

OSCA单细胞数据分析笔记-12、Intergrating Datasets

对应原版教程第13章http://bioconductor.org/books/release/OSCA/overview.html”无论是scRNA-seq，还是BulkRNA-seq，批次效应都是一个很头疼的问题
小贝学生信·2021-06-21 10:02

单细胞转录组学习笔记-18-scRNA包学习Monocle2

刘小泽写于19.9.2-第三单元第七讲：使用scRNA包学习Monocle2笔记目的：根据生信技能树的单细胞转录组课程探索smart-seq2技术相关的分析技术课程链接在：http://jm.grazy.cn
刘小泽·2021-06-20 23:16

基于inferCNV+机器学习预测ScRNA肿瘤细胞的尝试

数据1.数据来源GEO下载肠癌的单细胞数据，GSE132465（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE132465）2.数据说明来自23肠癌患者的23个原癌单细胞样本and10个对应的正常单细胞样本。3'端测序，共计63,689cells。（Single-cell3'mRNAsequencingdatawereobtainedf
QXPLUS·2021-06-17 17:14

深度学习在scRNA-seq数据处理中的应用

作者：Resther审稿：童蒙编辑：angelica想知道scRNA-seq分析中遭遇哪些痛点嚒？想知道深度学习又是怎么被拿来解决这些问题的嚒？
生信阿拉丁·2021-06-13 05:07

单细胞转录组学习笔记-7-scRNAseq包的学习1

https://github.com/jmzeng1314/scRNA_smart_seq2/blob/master/scRNA/study_scRNAseq.html要使用scRNAseq这个R包，首先要对它进行了解
天涯清水·2021-06-07 00:32

scRNA-seq拟时间分析数据处理

拟时间分析简介拟时序（pseudotime）分析，又称细胞轨迹（celltrajectory）分析，通过拟时分析可以推断出发育过程细胞的分化轨迹或细胞亚型的演化过程，在发育相关研究中使用频率较高。主要基于关键基因的表达模式，通过学习每个细胞必须经历的基因表达变化的序列，在拟时间中对单个细胞进行排序，模拟出时间发育过程的动态变化。而这个排序技术表现是一种在低维空间排布高维数据的降维技术。（具体描叙请
静小沐·2021-05-05 15:01

scRNA-seq数据分析 || Monocle3

同系列文章：sc-RAN-seq数据分析||Seurat新版教程:GuidedClusteringTutorialsc-RAN-seq数据分析||Seurat新版教程:Integratingdatasetstolearncell-typespecificresponsessc-RAN-seq数据分析||Seurat新版教程:UsingsctransforminSeurat单细胞转录组数据分析||S
周运来就是我·2021-04-24 13:20

(Smartseq2) single cell RNA-seq分析练习

这次跟着课程（Smartseq2scRNA小鼠发育学习笔记-1-前言及上游介绍）要练习的文章是：DissectingCellLineageSpecificationandSexFateDeterminationinGonadalSomaticCellsUsingSingle-CellTranscriptomics
生信start_site·2021-04-20 09:24

单细胞测序文献精读10 | 单细胞测序揭示肝细胞癌免疫细胞图谱及其动态特征

单细胞测序揭示肝细胞癌免疫细胞图谱及其动态特征要点1、两个scRNA-seq平台揭示了肝癌的高分辨率动态免疫景观2、cDCs产生的d-LAMP3+DCs可以从肿瘤转移到肝淋巴结3、对配体受体分析提示LAMP3
珠江肿瘤·2021-04-19 15:13

单细胞小提琴图+箱型图

我们看CD3E这个基因在不同细胞亚群中的表达情况，先用默认参数看看效果load("scRNA.rds")library(Seur
生信交流平台·2021-04-18 19:06

几个scRNA找高变异基因（HVGs）的方法

刘小泽写于19.9.10高变异基因就是highlyvariablefeatures（HVGs），就是在细胞与细胞间进行比较，选择表达量差别最大的1.Seurat参考：https://satijalab.org/seurat/v3.0/pbmc3k_tutorial.html利用FindVariableFeatures函数，会计算一个mean-variance结果，也就是给出表达量均值和方差的关系并
刘小泽·2021-04-17 19:10

使用SingleR包进行单细胞类型注释分析

image.pngSingleR包简介SingleR是一个用于对单细胞RNA-seq测序（scRNA-seq）数据进行细胞类型自动注释的R包（Aranetal.2019）。
Davey1220·2021-04-15 01:40

2020-06-15 `Splatter`是一个用于简单模拟scRNA-seq数据的R包

splatterclp15June,2020Splatter是一个用于简单模拟单细胞RNA测序数据的R包，本文概述并介绍Splatter的功能。1.安装R包2种安装方法，1个是从Bioconductor安装，一个是从GitHub安装。#if(!requireNamespace("BiocManager",quietly=TRUE))#install.packages("BiocManager")#
程凉皮儿·2021-04-15 00:35

单细胞36计之5趁火打劫---锚点整合

scRNA-seq整合简介对两个或多个单细胞数据集的联合分析提出了独特的挑战。特别是，在标准工作流程下，识别多个数据集中存在的细胞群体可能会成问题。
Seurat_Satija·2021-03-15 18:25

让你的单细胞数据动起来！|iCellR(一)

今天在翻阅singlecell的github时候，我看见了这个R包，允许我们处理各种来自单细胞测序技术的数据，如scRNA-seq，scVDJ-seq和CITE-Seq。
生信宝典·2021-03-11 22:00

2019-04-03 文献阅读 Challenges in unsupervised clustering of single- cell RNA- seq data

Biological,Computational挑战聚类的生物学意义解释写在前面的话单细胞实验技术发展单细胞组学应用单细胞测序分析流程流式也是一种单细胞的技术，不同的是流式通过细胞的表面蛋白对细胞类群进行鉴定，而scRNA-seq
feifei9606·2021-03-11 09:04

【单细胞转录组】利用深度学习DESC库进行单细胞转录组多样本数据合并(安装部署篇）

特别感谢作者的答疑一、简介  DESC是用于对scRNA-seq数据进行聚类的无监督深度学习算法。
Geekero·2021-03-01 11:54

Genome medicine ：经过验证的单细胞在复杂疾病的诊断和治疗靶标的策略

第一章单细胞科研：第一节，单细胞技术应用，多细胞疾病模型构建1#导语“1.1基因组医学为鉴定复杂疾病的生物标志物和可治疗靶标铺平了道路，单细胞RNA测序研究（scRNA-seq）可以表征整个器官中的此类复杂变化
silenceboy_74ce·2021-02-26 21:34

单细胞测序-如何选择适合的scRNA测序方法

自从2009年首篇关于scRNA-seq的文章发表以来，这项技术正在被广泛的采用。随着测序平台商业化的迅速发展和相关生物信息学方法的不断成熟，带来了很多生物医学领域新的发现。
作图丫·2021-01-17 15:54

【单细胞工具】-FIRM-整合多平台单细胞数据新算法

library(devtools)install_github("mingjingsi/FIRM")单细胞rna测序(scRNA-seq)已被广泛应用于通过测量单个细胞的mRNA表达模式来发现新的细胞类型和重建发育轨迹
六博说·2020-11-24 17:03

完整的单细胞分析通用流程——从数据到可视化

概述本章概述了典型的scRNA-seq分析工作流程的框架（图1）。随后将更详细地描述每个分析步骤。图1：典型的scRNA-seq分析工作流程的示意图。
麒麟991·2020-11-10 16:25
上一页 1 2 3 4 5 6 7 8 下一页
按字母分类： ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ其他