scRNA

单细胞36计之18擒贼擒王---单细胞与空间转录组整合

与scRNA-seq参考整合为了促进Slide-seq数据集的细胞类型注释，我们利用了由Saunders*，Macosko*等人制作的现有小鼠单细胞RNA-seq海马数据集。2018。
Seurat_Satija·2023-11-23 05:41

论文阅读“ZINB-based Graph Embedding Autoencoder for Single-cell RNA-seq Interpretations”

,etal.ZINB-basedGraphEmbeddingAutoencoderforSingle-cellRNA-seqInterpretations.AAAI2022.摘要导读单细胞RNA测序(scRNA-seq
掉了西红柿皮_Kee·2023-11-22 03:22

单细胞测序+免疫，还可以这样做！

数据抗PD-1治疗相关的scRNA-seq数据集(GSE123814)和bulk-
概普生信·2023-11-21 21:50

2023-06-09 scRNA-seq分析个人分析记录贴

前言scRNA-seq越来越成为一种常规测序内容，最近正好分析一些scRNA-seq的数据，把分析过程记录下来，便于后续再次使用。对于走过的坑也进行记录，后续便于解决问题。
xiaoguolaile·2023-11-19 04:23

Scillus——提高scRNA-seq数据的处理和可视化(三)

绘图1.降维图形绘制降维图可以通过plot_scdata()函数绘制：plot_scdata(scRNA_int,pal_setup=pal)UMAP绘图，按cluster着色plot_scdata()
denghb001·2023-11-19 03:53

IF：16+ 基于 scRNA-seq 研究免疫抑制肿瘤微环境与胰腺癌肝转移的相关性

桓峰基因的教程不但教您怎么使用，还会定期分析一些相关的文章，学会教程只是基础，但是如果把分析结果整合到文章里面才是目的，觉得我们这些教程还不错，并且您按照我们的教程分析出来不错的结果发了文章记得告知我们，并在文章中感谢一下我们哦！公司英文名称：KyohoGeneTechnology(Beijing)Co.,Ltd.这期分享一篇2023年8月份发表在NatureCommunications(IF:1
桓峰基因·2023-11-13 16:36

Single-cell 10x Cell Ranger analysis

/SRR13633760-O/home/scRNA/&nextBuildacustomreferenceusingCellRangermkref首先，找到您物种的参
sayhello1025·2023-11-08 02:34

Cell Reports | 表观组学和单细胞测序揭示在急性应激条件下FoxM1协调β细胞亚群的细胞分裂、蛋白质合成和线粒体活性

发表单位：瑞士分子健康科学研究所期刊：CellReports（IF:8.8）发表日期：2023年8月29日研究技术：ATAC-seq、ChIP-seq、RNA-seq、scRNA-seq（爱基百客均可以提供
爱基百客·2023-11-07 22:54

scRNA的3大R包对比

刘小泽写于19.9.3字虽然少，都是干货用法Seurat2.xSeurat3.xScaterMonocle2.xMonocle3.x创建R包要求的对象CreateSeuratObject()函数不变，参数取消了raw.data，min.genes更改为min.featuresSingleCellExperiment()newCellDataSet()，其中的phenoData、featureDat
刘小泽·2023-11-05 19:50

冻存样品对单细胞测序影响大吗？

，英国WellcomeSangerInstitute研究团队于GenomeBiology发表了题为scRNA-seqassessmentofthehumanlung,spleen,andesopha
生信宝典·2023-11-04 22:15

完整的单细胞分析流程——特征（基因）选择

背景我们经常在探索性分析中使用scRNA-seq数据来表征细胞间的异质性。
麒麟991·2023-10-30 23:51

单细胞转录组高级分析一：多样本合并与批次校正

先上一张图说明多样本scRNA数据的批次效应：图片左边的图简单地把多个单细胞的数据合并在一起，不考虑去除批次效应，样本之间有明显的分离现象。右边的图是使用算法校正批次效应，不同的样本基本融和在一起了。
Seurat_·2023-10-29 02:39

单细胞scRNA-seq学习笔记6-单细胞批次效应

课程学习生信技能树单细胞转录组（基础）现在福利来了，单细胞课程免费开放了：#完整版视频上线！全！面！免！费！#全网第一的单细胞转录组实战演练_https://www.bilibili.com/video/av38741055?p=11今天继续搬砖主要学习了一下内容：单细胞转录组数据校正批次效应实战（上）-https://www.jianshu.com/p/7b3d3a707470单细胞转录组数据校
天涯清水·2023-10-27 04:18

单细胞中的标准化和PCA：哈佛生信课程学习（一）

搬运自哈佛生物信息课程：《IntroductiontoSingle-cellRNA-seq》链接：https://hbctraining.github.io/scRNA-seq/lessons/05_normalization_and_PCA.html
BINBINCC·2023-10-25 05:00

单细胞矩阵iNMF分解

scINSIGHTforinterpretingsingle-cellgeneexpressionfrombiologicallyheterogeneousdata》的文章，利用IntegrateNMF的方法解决单细胞批次整合的问题越来越多的scRNA-seq
小潤澤·2023-10-23 12:58

【论文复现】基于多模态深度学习方法的单细胞多组学数据聚类（【生物信息学】实验二：多组学数据融合：scMDC）

Abstract2.Github链接二、实验环境0.作者要求1.环境复现实验一实验二（本实验）2.库版本介绍实验一实验二3.IDE三、实验内容1.用法2.输出3.参数4.run_scMDC设置超参数对scRNA-seq
QomolangmaH·2023-10-19 00:46

易基因：单细胞转录组测序（scRNA-seq）揭示猪窦卵泡细胞异质性和通讯模式｜项目文章

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。卵母细胞是哺乳动物生命的基础，它们在卵巢中的卵泡小囊中发育，卵母细胞发育的最后阶段发生在窦状卵泡（AntralFollicles）中。卵母细胞的成功生长和成熟取决于与邻近细胞（主要是颗粒细胞）的复杂互作。了解窦卵泡内这些颗粒细胞之间的差异以及如何双向通讯，对于了解哺乳动物如何繁殖和生长至关重要。先前研究鉴定出窦卵泡中颗粒细胞的两种亚型：
易基因科技·2023-10-17 10:41

完整的单细胞分析通用流程——质控

质控scRNA-seq数据中的低质量文库可能有多种来源，例如解离过程中的细胞损伤或文库制备失败（例如无效的逆转录或PCR扩增）。
麒麟991·2023-10-14 16:15

2019汇总之从4个关键词看单细胞与肝癌文献

研究内容：研究人员使用mCEL-Seq2进行了9例未患病肝脏组织的scRNA-seq。所创建的细胞图谱涵盖了所有重要的肝脏细胞
生信宝典·2023-10-14 11:22

技术方法-胞内蛋白_Cell

2020年1-3月供推荐56篇单细胞领域高分文章（2020年一季度·单细胞文献速递56篇）序号：2020-131编者按：从蛋白水平探究单细胞生命活动，可以获得更加精确的调控网络结合scRNA-Seq和细胞内蛋白活性揭示
安哥生个信·2023-10-14 06:51

单细胞注释工具

第二种方法是将需要注释的scRNA-seq数据（"查询"数据
dming1024·2023-10-09 13:12

Seurat4.0系列教程14：整合scRNA-seq and scATAC-seq数据

例如，用户可以在同一生物系统上执行scRNA-seq和scATAC-seq实验，并一致地用同一组细胞类型标签对两个数据集进行注释。
Seurat_Satija·2023-10-09 09:11

2019-10-04-学习Bioconductor包simpleSingleCell（1）

从作者刘小泽处看到跟着Bioconductor一步一步学习scRNA（一）Astep-by-stepworkflowforlow-levelanalysisofsingle-cellRNA-seqdatawithBioconductor
程凉皮儿·2023-10-08 00:38

NBIS系列单细胞转录组数据分析实战（三）：多样本数据整合

第三节：多样本数据整合在本节教程中，我们将探讨多个样本scRNA-seq数据集整合的不同方法。我们使用两种不同的方法来校正跨数据集的批处理效应。
Davey1220·2023-10-05 07:51

热点综述 | 跨模态单细胞分析的最佳实践

跨模态单细胞分析转录组scRNA-seq测量每个细胞的mRNA分子丰度。提取的生物组织样本构成了单细胞实验的输入。组织在单细胞解离过程中被消化，
wen05054105·2023-10-05 01:17

【无标题】

空间转录组自用笔记前言一、空间转录组分类二、实验内容1.选择二者之一2.结合scRNA及核染色3.空间转录组数据分析流程3.1预处理3.2用于下游分析的通用工具包3.3空间特征识别3.4去卷积3.5插补和映射到单个细胞
老铁加油666·2023-10-05 01:44

Quality control of scRNA-seq data

本文介绍了单细胞转录组数据分析非常重要的一步：数据质控。数据质控应当引起我们的注意，数据的清洁程度决定了数据挖掘的上限。数据质控的几个方向：低质量细胞、多细胞捕获、有效基因识别，细胞碎片，批次效应等。其实就是两个方面：细胞与基因。引入噪声几种可能，特别是逐步讲了Experimentalsetup带入的噪声介绍了DoubletFinder、Scrublet、SoupX质控工具。rna3'与rna全长
周运来就是我·2023-10-02 09:23

Nature重磅综述：单细胞测序技术在癌症免疫治疗领域的应用

本文阐述了使用以scRNA-seq为主的单细胞分析技术取得的进展，特别是在肿瘤临床治疗、免疫疗法方面，讨论了
概普生信·2023-10-01 14:54

单细胞测序-scRNA的测序基础

scRNA-seq发展概述单细胞转录组测序(single-cellRNA-seq)这项技术是由Tangetal.[1]在2009年首次发
作图丫·2023-10-01 06:00

公开数据库纯生信：铁死亡联合单细胞RNA-seq和bulk RNA-seq强势回归

之前铁死亡已经在科研界掀起过一波风浪，铁死亡常规分析的文章基本都已发表，但是铁死亡热度依然没有减退，小编也一直在寻找铁死亡新思路出，这不，FrontImmunol（Q2,IF=7.561）铁死亡bulkRNA+scRNA
概普生信·2023-10-01 03:30

scmap:单细胞RNA-seq数据跨数据集的投影

随着越来越多的scRNA-seq数据集可用，对它们进行比较是关键。主要的应用程序是比较不同实验室收集的具有相似生物学来源的数据集，以确保注释和分析是一致的。
周运来就是我·2023-09-27 21:59

2020-10-13

BioinformaticsVolume36,Issue15,1August2020MotivationSingle-cellRNA-sequencing(scRNA-seq)hasbecomeanimportanttooltounravelcellularheterogeneity
Boowean·2023-09-27 20:09

单细胞测序+免疫，还可以这样做！

数据抗PD-1治疗相关的scRNA-seq数据集(GSE123814)和bulk-
概普生信·2023-09-27 16:30

JSTA：将空间转录组原始数据转换成单细胞水平空间表达谱的专用工具

来自美国的科研团队提出了JSTA：一种利用空间转录组学数据和scRNA-seq参考数据进行细胞联合分割和细胞类型标注的新的计算方法。JSTA可实现高分辨率的细胞分割映射和细胞
尐尐呅·2023-09-25 21:26

王炸组合『单细胞+空间转录组』的科研应用【3】：胚胎发育/干细胞分化

早期胚胎发育中的细胞系特征单细胞转录组测序（scRNA-seq）和空间转录组学等新兴技术为分析细胞组织、形态和分子特性的分化以及系谱分配开辟了新途径。scRNA-seq
尐尐呅·2023-09-24 06:30

单细胞转录组高级分析四：scRNA数据推断CNV

本文是参考学习单细胞转录组高级分析四：scRNA数据推断CNV的学习笔记。可能根据学习情况有所改动。
Seurat_Satija·2023-09-20 13:17

单细胞转录组在心血管系统发育、疾病与医学中的研究

不要在头脑中模棱两可Single-cellRNAsequencingincardiovasculardevelopment,diseaseandmedicine导读：在过去的10年里，单细胞RNA测序(scRNA-seq
不如好好学生信吧·2023-09-20 03:27

Seurat4.0系列教程4：整合分析

scRNA-seq整合简介对两个或两个以上单细胞数据集的整合分析提出了独特的挑战。特别是，在标准工作流下，识别存在于多个数据集中的基因可能存在问题。
Seurat_Satija·2023-09-18 22:33

scanpy官方教程2022||06-scRNA-Seq与空间转录组整合分析：scanorama

学习资料来源：scanpy主页：https://scanpy.readthedocs.io/en/stable/官网：https://scanpy-tutorials.readthedocs.io/en/latest/spatial/integration-scanorama.html【注意教程有两个版本，这里是latest版本的学习笔记】这篇教程主要介绍怎么使用scanppy进行多个Visium
_十三·2023-09-17 16:11

硬核测评13种scRNA-seq可视化工具

来自英国维康桑格研究所和土耳其盖布泽的大学的研究人员对13种常用的scRNA-seq交互式分析和可视化工具进行了测评，以帮助科研人员选择更适合自身实际的数据可视化方法。
尐尐呅·2023-09-16 03:49

基于scRNA-seq的GRN分析三阴性乳腺癌的肿瘤异质性

此外，基于scRNA-seq数据构建的GRN已经证明了对关键调控因子研究的重要性。作者使用scRNA-seq对TNBC患者的GRN进行了全面分析。从scRNA-seq数据鉴定出545个恶性细胞。
tzc_fly·2023-09-14 16:24

【文献解读】结合基于微阵列的空间转录组和单细胞RNA-seq揭示胰腺导管腺癌的组织结构

单细胞RNA测序(scRNA-seq)能够系统地识别组织中的细胞群，但表征它们的空间组织仍然具有挑战性。
六博说·2023-09-13 08:00

IF: 13+基于scRNA-seq研究生物合成的微环境支架在小鼠皮肤伤口愈合中的应用

文献解读目录：IF：12+不同癌症中TMB与ICI反应之间的免疫相关因素研究IF：4+铁代谢和免疫相关基因标记预测三阴性乳腺癌的临床结局和分子特征IF：14+“冒烟型”骨髓瘤的分子组成突显了导致多发性骨髓瘤的进化途径IF：5+7种癌症免疫治疗证明DNA损伤反应通路突变可作为免疫检查点封锁疗效的潜在生物标志物IF：11+研究CpG岛甲基化表型病因和致癌转化的泛癌综合分析IF：7+基于转录组水平上探究
桓峰基因·2023-09-10 20:43

实用干货|如何开始单细胞测序数据分析

图1scRNA-seq数据生成和分析流程1.矩阵生成和质控单细胞分析的关键是条形码技
百奥益康·2023-09-07 22:09

单细胞分析工具收集的网页：www.scRNA-tools.org

已发表推文请查看：https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg4MjA2NTY5OQ==&mid=2247483869&idx=1&sn=05dc75c4474cc8f0ee7a87a74bd0ad54&chksm=cf5d2991f82aa087d199d88c2fce26c41547f60f82fb991c40f7869dba7617c5ac03da95ab85&t
Amy_Cui·2023-09-06 05:16

scRNA---Day9（Seurat）

Seurat安装想要安装旧版本（目前是3.X，与2.X有较大差别）install.packages('devtools')#替换成2.3.0版本>devtools::install_version(package='Seurat',version=package_version('2.3.0'))>library(Seurat)Seurat2.X与Seurat3.X妄图切换(凑字数警告，并没有成功
茶馆先生的马褂·2023-09-05 02:48

【文献分享，IF=66.85】CyTOF分析发现毒性T细胞加剧COVID-19重症风险

为了鉴定T细胞是否参与了免疫病理或者哪一亚类的T细胞导致免疫损伤，德国柏林大学研究团队将单细胞蛋白组（CyTOF）与单细胞转录组（scRNA-seq）技术相结合，评估COVID-19重症过程中致病T细胞的功能和诱导信号
普罗亭·2023-08-29 19:45

Seurat24式太极拳之8右揽雀尾---在Seurat中使用sctransform

对scRNA-seq数据的解释需要有效的预处理和标准化，以消除这种技术差异。在Hafemeister和Satija，2019年，我们引入了一个建模框架，用
Seurat_·2023-08-27 21:49

论文解析-sciPENN

论文解析-sciPENN参考亮点背景CITE-seq方法预处理模型实验评估sciPENN能够准确预测scRNA-seq的蛋白质表达水平实验设置实验结果sciPENN能够准确预测scRNA-seq的蛋白质表达水平
平平无奇科研小天才·2023-08-24 06:30

R语言-稀疏矩阵对象格式学习-重点理解稀疏矩阵对象的重构

在单细胞领域，稀疏矩阵对于处理scRNA-seq表达谱数据是非常必要的，构建分析对象的时候它们
Nh_code·2023-08-23 14:13
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