scRNA

单细胞转录组数据的跨物种分析

Cross-SpeciesAnalysisofSingle-CellTranscriptomicData期刊：Front.CellDev.Biol日期：02September2019作者信息摘要：使用scRNA
基因侦探·2020-10-25 15:57

Day2-单细胞转录组分析综述

MolecularAspectsofMedicine，IdentifyingcellpopulationswithscRNASeq第一作者是Tallulah，通讯是MartinHemberg想必都知道全网的英文scRNA
刘小泽·2020-10-09 18:03

使用CHETAH包进行单细胞类型注释分析

包简介CHETAH（CHaracterizationofcEllTypesAidedbyHierarchicalclassification，通过层级分类辅助鉴定细胞类型）是用于单细胞RNA-seq测序（scRNA-seq
Davey1220·2020-09-18 09:45

2019/0715_生物信息学R语言教程——book

目录前言第一章R/Bioconductor入门第二章:基因芯片分析第三章RNA-seq数据分析第四章ChIP-seq数据分析第五章ATAC-seq数据分析第六章scRNA-seq数据分析第七章下游分析第八章上游分析第九章代码背后
uqyuan0515·2020-09-13 03:33

scRNA基础分析-6：富集分析

scRNA基础分析-1:安装包、导入数据、过滤质控-scRNA基础分析-2：降维与聚类-scRNA基础分析-3：鉴定细胞类型-scRNA基础分析-4：细胞亚类再聚类、注释-scRNA基础分析-5：伪时间分析
小贝学生信·2020-09-10 16:52

scRNA基础分析-5：伪时间分析

scRNA基础分析-1:安装包、导入数据、过滤质控-scRNA基础分析-2：降维与聚类-scRNA基础分析-3：鉴定细胞类型-scRNA基础分析-4：细胞亚类再聚类、注释-scRNA基础分析-5：伪时间分析
小贝学生信·2020-09-10 16:43

regularized negative binomial regression对单细胞数据进行标准化

由于技术因素，scRNA-seq数据可能由于每个细胞中检测到的分子数量不同导致细胞与细胞间的差异。
生信编程日常·2020-09-05 10:25

Smart-seq3 || 用改进的单细胞测序绘制细胞类型的高分辨率图谱

单细胞RNA测序(scRNA-seq)已经彻底改变了生物和组织中细胞类型及其基因表达程序的特性。虽然细胞通量有了很大的提高，但这些方法通常存在低灵敏度和定量的问题，且仅限于短RNA片段。
周运来就是我·2020-08-28 11:37

inDrop scRNA-seq: Droplet-based single-cell RNA-seq

DNAbarcoding:是一种利用基因组内的DNA片段来鉴定生物物种的技术。下文讲的是inDropscRNA-seq，它其中的barcode可以对单细胞进行标记，进而可分析scRNAseq。原理如下：inDropscRNA-seq1.用消化酶分离细胞，制成细胞悬浮液2.microparticle，试剂中含有微颗粒，和细胞在一个液滴(droplet)中时，能够在细胞中建立RNAseq文库。每个微颗
Brickvstar·2020-08-27 01:34

Nature | 新技术scSLAM-seq可在单细胞水平揭示转录动态变化的核心特征

1369-yscSLAM-seqrevealscorefeaturesoftranscriptiondynamicsinsinglecells摘要单细胞转录组测序（single-cellRNA-seq,scRNA-seq
AIPuFu·2020-08-21 12:09

Benchmark ||单细胞转录组转录因子和通路分析方法比较

随着单细胞RNA测序(scRNA-seq)的出现，原则上可以对单细胞进行同样的分析。然而，scRNA-seq数据具有drop-out事件和低库大小等特征。
周运来就是我·2020-08-13 23:48

【源码】scGEAToolbox：单细胞RNA序列数据分析的Matlab工具箱

单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术彻底改变了生物医学研究的方式。
梅花香——苦寒来·2020-08-09 01:34

单细胞转录组学习笔记-4-获取Github代码包以及准备工作

cid=53先下载代码包github代码在：https://github.com/jmzeng1314/scRNA_sm
刘小泽·2020-07-16 01:22

【单细胞转录组】细胞通讯cellTalker

image.png2.scRNA“配体-受体”分析工具2.1CellPhoneDBCellPhoneDB（https://www.cellphonedb.org）是公开的人工校正的，存储受体
XuningFan·2020-07-13 10:36

细胞周期预测 | 单细胞转录组(scRNA-seq)分析 03

文章目录一、介绍二、预处理三、获取细胞周期分数四、在数据缩放期间回归出细胞周期得分五、备用工作流程一、介绍前置知识：原创Seurat包图文详解|单细胞转录组(scRNA-seq)分析02使用Seurat
白墨石·2020-07-12 02:14

单细胞转录组学习笔记-14-学习scRNAseq这个R包

cid=53前言内容在：https://github.com/jmzeng1314/scRNA_smart_seq2/blob/maste
刘小泽·2020-07-11 11:28

单细胞测序的知识

刘小泽写于18.7.20https://hemberg-lab.github.io/scRNA.seq.course/index.html介绍BulkRNA-seq:测量一个大的细胞群体中每一个基因的平均表达水平
刘小泽·2020-07-08 15:20

2019-3-29-scRNA-code

##STAR构建索引##STAR--runThreadN40--runModegenomeGenerate--genomeDir'/media/shen/disk1/jjc/reference/mm10/ERCC-STAR/'--genomeFastaFiles'/media/shen/disk1/jjc/reference/mm10/GRCm38-ERCC.fa'--sjdbGTFfile'/m
njmujjc·2020-07-05 18:28

CHETAH: sc-RNA-seq 细胞类型定义工具

细胞类型识别对于单细胞RNA测序(scRNA-seq)研究至关重要，目前正改变着生命科学。
周运来就是我·2020-06-29 18:25

单细胞测序的知识

单细胞测序的知识刘小泽已关注2018.07.2021:33*字数1885阅读675评论0喜欢7刘小泽写于18.7.20https://hemberg-lab.github.io/scRNA.seq.course
weixin_30578677·2020-06-27 21:10

Seurat的scATAC-seq分析流程

文章首发于个人博客xuzhougeng.topSeurat3.X版本能够整合scRNA-seq和scATAC-seq,主要体现在：基于scRNA-seq的聚类结果对scATAC-seq的细胞进行聚类scRNA-seq
徐洲更hoptop·2020-06-27 02:06

单细胞转录组(scRNA-seq)分析01 | Scater包的使用

文章目录一、介绍二、工作流三、常用函数plotColDataplotExplanatoryVariablesplotExpressionplotExprsFreqVsMeanplotExprsVsTxLengthplotHeatmapplotHighestExprsplotPlatePositionplotQCplotReducedDimplotRLEplotRowDataplotScaterRe
白墨石·2020-06-27 00:15

单细胞转录组(scRNA-seq)分析02 | Seurat包的使用

一、创建Seurat对象使用的示例数据集来自10XGenome测序的PeripheralBloodMononuclearCells(PBMC)。library(dplyr)library(Seurat)#LoadthePBMCdatasetpbmc.data200&nFeature_RNA%group_by(cluster)%>%top_n(n=2,wt=avg_logFC)#theROCtest
白墨石·2020-06-27 00:43

单细胞RNAseq的生物分析

一、聚类分析scRNA-seq分析的最经常应用之一是基于转录谱的细胞类型（cell-type）的新发现和注释。从计算角度来看，这就是一个困难的无监督聚类问题。
ddupyy·2020-06-24 16:28

single cell 基础笔记（一）

课程地址https://hemberg-lab.github.io/scRNA.seq.course/index.html2Introductiontosingle-cellRNA-seq2.5Challengessequencinglibraries
lzjsz_yy·2020-06-24 11:12

单细胞测序数据的差异表达分析方法总结

无论是传统的多细胞转录组测序（bulkRNA-seq）还是单细胞转录组测序（scRNA-seq），差异表达分析（differentialexpressionanalysis）是比较两组不同样本基因表达异同的基本方法
dikuangzhong6068·2020-06-23 04:33

单细胞转录组测序技术(scRNA-seq)及细胞分离技术分类汇总

单细胞测序流程(http://learn.gencore.bio.nyu.edu)在过去的十多年里，高通量测序技术被广泛应用于生物和医学的各种领域，极大促进了相关的研究和应用。其中转录组测序（RNA-seq）被广泛应用于测定和描绘各类物种的基因或转录本的表达情况。但传统的转录组测序技术（bulkRNA-seq）是基于群体细胞，每个样本包含成千上万个细胞，所以最终反映的是基因在群体细胞中平均表达水平
dikuangzhong6068·2020-06-23 04:33

单细胞转录组测序技术及各类数据分析方法总结

自从2009年单细胞转录组测序（single-cellRNA-seq，scRNA-seq）技术首次问世，至今已经有几十种不同的scRNA-seq技术相继被开发出来。
dikuangzhong6068·2020-06-21 01:40

单细胞测序数据的差异表达分析方法总结-single cell differential expression

无论是传统的多细胞转录组测序（bulkRNA-seq）还是单细胞转录组测序（scRNA-seq），差异表达分析（differentialexpressionanalysis）是比较两组不同样本基因表达异同的基本方法
AIPuFu·2020-06-20 21:45

小泽看文献 | 用BatchBench比较scRNA批次矫正方法

刘小泽写于2020.5.29这篇文章做了一件事，就是帮助我们区分不同的批次矫正方法，然后比较了一下优劣文章题目：Flexiblecomparisonofbatchcorrectionmethodsforsingle-cellRNA-sequsingBatchBench文章在：https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.05.22.111211v2上传时
刘小泽·2020-05-31 13:27

单细胞数据挖掘3-clustering

1.写在前面参考教程：https://hbctraining.github.io/scRNA-seq/2.Normalization,variancestabilization,andregressionofunwantedvariationforeachsample
大吉岭猹·2020-05-25 15:24

单细胞转录组workflow---学习笔记

新资料最近票到了哈佛大学的单细胞教程：https://hbctraining.github.io/scRNA-seq/schedule/这个就比较通俗了前言最近在阅读一本书，是关于在R里面分析单细胞转录组
小潤澤·2020-04-29 23:42

单细胞数据质控-双细胞预测-scrublet使用教程

在分析scRNA-seq数据之前，我们必须确保所有细胞barcode均与活细胞相对应。
seqyuan·2020-04-14 11:38

文献阅读第三天

刘小泽于18.7.14学习单细胞测序--scRNA-seq选取的材料是剑桥大学的一门课程，最近更新时间是18-5-29，课程地址写在前面：scRNA-seq有什么特别之处吗？
刘小泽·2020-04-12 09:44

scRNA_seq:单细胞转录组测序简介

欢迎关注”生信修炼手册”!在传统的测序技术中，上机测序的样本是由多个细胞构成的，最后分析得出的结论也只是基于所有细胞的平均水平，但是我们知道细胞是具有异质性的，对于大脑等复杂组织而言，其细胞类型是多样的；对于肿瘤细胞而言，其细胞异质性更是尤为突出，为了克服细胞异质性的影响，提高科学研究的精度，科学家在不断尝试，希望从单个细胞的水平去进行测序分析。从2009年开始，各种单细胞技术不断出现，最初由于其
生信修炼手册·2020-04-12 08:11

10X 单细胞基因表达样本制备指南

scRNA-seq技术的进步让研究人员能够获取之前经常会被大量（Bulk）细胞的RNA-seq方法所掩盖的关键数据，如罕见或新的细胞类型，从
周运来就是我·2020-04-12 00:21

Monocle2 学习笔记

参考：第六章scRNA-seq数据分析使用monocle包进行pseudotime分析monocle2官方教程单细胞转录组学习笔记-18-scRNA包学习Monocle2实验记录10:用Monocle进行伪时间分析
caokai001·2020-04-11 16:53

tSNE和UMAP的区别

这一篇是我的学习笔记，先附上学习链接：https://mp.weixin.qq.com/s/qkbc1vz-ERHzGp8gfLiVsg首先，这是两种降维的scRNA-seq的降维图那么它们有什么区别呢
小潤澤·2020-04-08 22:31

Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（二）

单细胞测序实验方法image开发scRNA-seq的新实验方法和操作手册是目前很火的研究领域，而且最近这些年已经发表了一些改进方法。
生信宝典·2020-04-02 01:43

系统学习单细胞转录组测序scRNA-Seq(二)

刘小泽写于19.3.16看了一篇综述，又加了一些扩展知识文章这是一篇2017发表在GenomeMedicine上的文章Apracticalguidetosingle-cellRNA-sequencingforbiomedicalresearchandclinicalapplications背景单细胞测序：《NatureMethods》2013年度技术；《Nature》2017年7月刊的封面推荐；《
刘小泽·2020-03-31 06:46

Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（一）

在别人的电子书，你的电子书，都在bookdown一文中推荐过这一篇教程(https://hemberg-lab.github.io/scRNA.seq.course)，从2016年一直更新到2018年，
生信宝典·2020-03-27 11:50

实验记录11：scanpy对scRNA-seq数据的聚类分析

R在读取和处理数据的过程中会将所有的变量和占用都储存在RAM当中，这样一来，对于海量的单细胞RNA-seq数据（尤其是超过250k的细胞量），即使在服务器当中运行，Seurat、metacell、monocle这一类的R包的使用还是会产生内存不足的问题。但是最近我发现了一个基于python的单细胞基因表达分析包scanpy，能够很好地在我这个仅4G内存的小破机上分析378k的细胞，并且功能丰富程度
MC学公卫·2020-03-23 07:33

单细胞转录组(scRNA-seq)分析02 | Seurat包的使用

一、创建Seurat对象使用的示例数据集来自10XGenome测序的PeripheralBloodMononuclearCells(PBMC)。library(dplyr)library(Seurat)#LoadthePBMCdatasetpbmc.data200&nFeature_RNA%group_by(cluster)%>%top_n(n=2,wt=avg_logFC)#theROCtest
白墨石·2020-03-23 07:32

10X scRNA免疫治疗学习笔记-3-走Seurat标准流程

刘小泽写于19.10.15笔记目的：根据生信技能树的单细胞转录组课程探索10XGenomics技术相关的分析课程链接在：http://jm.grazy.cn/index/mulitcourse/detail.html?cid=55第二单元第7讲：走Seurat标准流程【文章结构总-分-总，结尾有完整的代码，熟悉者前面可以跳过，去看后面8min完成的代码】前言前面介绍了自己利用cellrangerc
刘小泽·2020-03-21 14:37

系统学习单细胞转录组测序scRNA-Seq(三)

刘小泽写于19.3.18好忙好忙！！！今天晚上现学现卖了~10XscRNA的上游处理CellRangerCellRanger就是基于10Xgenomics，从fq生成表达矩阵的工具，然后有了表达矩阵，就可以下游利用Seurat等R包分析CellRangert软件大小有955M，下载地址：https://support.10xgenomics.com/single-cell-gene-express
刘小泽·2020-03-21 13:03

smart-seq2 实践

单细胞转录组：smart-seq2参考资料：Smart-seq2scRNA小鼠发育学习笔记:https://www.jianshu.com/p/23a8fcb12923服务器：150:/public/home
caokai001·2020-03-21 09:19

系统学习单细胞转录组测序scRNA-Seq(四)

刘小泽写于19.3.26陌生的领域就像一张白纸，怎么画就看自己了前言关于单细胞测序，我们已经知道了它和bulkRNA-seq的区别，简单说就是scRNA体现异质性（个体），bulk体现平均程度(总体)，
刘小泽·2020-03-21 01:32

10xgenomics做scRNA-seq

PATH=/media/pc/disk2/jjc/2018-9-5-scRNA-seq/cellranger-2.2.0:$PATH##fastq文件名字要改为SRR6230316_S1_L001_R1
njmujjc·2020-03-20 10:01

使用xcell根据表达谱推断样本组成细胞的类型

而在肿瘤异质性研究过程中，对于肿瘤纯度以及其细胞组成的分析是非常重要的，所以现在很多肿瘤异质性研究都去做单细胞测序了（scRNA-seq），今天给大家介绍一种新的根据genesignature的方法来推断
生信杂谈·2020-03-05 18:54

睾丸易受攻击！美国权威机构研究发现新冠病毒可致男性生殖障碍

2月21日，Preprints在线刊登了一篇名为“scRNA-seqProfilingofHumanTestesRevealsthePresenceofACE2Receptor,aTargetf
北美留学生日报·2020-02-27 00:00
上一页 1 2 3 4 5 6 7 8 下一页
按字母分类： ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ其他