scRNA 第3页

Seurat24式太极拳之7左揽雀尾---将Seurat与多组学数据结合使用

其他令人兴奋的多峰技术，例如10x多基因组试剂盒，可以对细胞转录组和染色质可及性（即scRNA-seq+scATAC-seq）进行配对

Seurat_·2023-08-18 20:35

王炸组合『单细胞+空间转录组』的科研应用【1】：心血管发育/疾病

提到科研顶流，就不得不提单细胞转录组（scRNA-seq）和空间转录组（ST），两者组合能够获得组织中的细胞组成并还原其空间信息，从而更加精确的解析组织结构，在科研以及临床应用中具有重要的意义。

尐尐呅·2023-08-18 09:57

Seurat24式太极拳之3白鹤亮翅---空间转录组整合单细胞转录组数据

对于可获得scRNA-seq数据的系统列表不断增加，用户可能有兴趣对每个空间体素进行“反卷积”以预测细胞类型的潜在组成。

Seurat_·2023-08-15 10:45

Single Cell RNA-seq Analysis 学习记录（二）：数据整理

处理原始scRNA-seq数据2.1FastQC当你获取到单细胞下机数据的时候，第一步需要做的就是检查数据质量。

面面的徐爷·2023-08-14 19:44

Differential expression analysis of scRNA-seq data

单细胞数据分析中的差异分析主要是找出每个亚群的marker基因，可以作为亚群的某个特性。此处省略SCDE的标准流程。ThislecturebyStåleNygård(UniversityofOslo,Norway)ispartofthecourse"SinglecellRNA-seqdataanalysiswithR"(27.-29.5.2019).Pleaseseehttps://www.csc

周运来就是我·2023-08-13 15:14

热点综述 | 高维单细胞RNA测序数据分析工具

scRNA-seq数据的一般分析流程是怎样的？scRNA-seq数据分析会用到哪些工具？

尐尐呅·2023-08-11 08:30

如何看单细胞（或空间）亚群间关系2022-07-03

Bio小盼·2023-08-10 11:51

scRNA-seq揭示BLM诱导肺纤维化后内皮细胞异质性

Characterizationoftheheterogeneityofendothelialcellsinbleomycin‐inducedlungfibrosisusingsingle‐cellRNAsequencingXiuchengLiuXichunQinHaoQin对博来霉素诱导肺纤维化（4周）的大鼠肺组织进行单细胞测序，鉴定到多种细胞类型，并重点针对内皮细胞进行了分析。对特发性肺纤维化

yingyonghui·2023-08-09 13:01

区分Bulk测序和高通量单细胞测序中的提高细胞通量

区分Bulk测序和高通量单细胞测序中的提高细胞通量首先区分下单细胞测序和Bulk测序：单细胞测序(scRNA-seq)与bulk测序（BulkRNA-seq）的不同之处是BulkRNA-seq是提取组织

hyena_7·2023-08-07 15:17

Removal of confounding factors in scRNA-seq data

本文介绍了单细胞数据分析中一个分析点：如何消除混杂因素？何为混杂因素（confoundingfactors）？它与批次效应有何区别与联系？如题，如何去除混杂因素在已有的方法中均是消除连续变量型的混杂因素（如“nCount_RNA”），要是离散变量呢？在R中的几种实现方法。主要基于回归的方法。urlThislecturebyBishwaGhimire(UniversityofHelsinki)isp

周运来就是我·2023-08-04 10:07

单细胞转录组基础分析三：降维与聚类

寻找高变基因Seurat负责筛选高变基因的函数是FindVariableFeatures()，它并不删除scRNA对象中的非高变基因。找出的结果可以通过VariableFeatures()函数获取。

Seurat_·2023-08-03 22:20

整合多种指标确定单细胞基因调控网络中的关键基因

今年三月份南京航空航天大学姜维老师团队发表在MolecularTherapyNucleicAcids（8.886）一篇关于scRNA-seq基因调控网络的文章——Single-cellRNA-seqdissectstheintratumoralheterogeneityoftriple-negativebreastcancerbasedongeneregulatorynetworks

被格格巫抓到的蓝精灵·2023-08-03 16:25

【scRW】[1] Introduction to scRNA-seq

ScheduleforSingle-cellRNA-seqworkshop，姑且就把这个专题叫做【scRW】第一课IntroductiontoscRNA-seq资料来源师姐推荐的哈佛的单细胞的课https://hbctraining.github.io/scRNA-seq

RachaelRiggs·2023-08-03 16:56

热点综述 | 单细胞+空间转录组的整合分析方法总结

目前scRNA-seq将每个转录物与单个细胞相关联，但关于这些转录物在组织中的位置信息丢失了；相反的，空间转录组学技术知道转录物的位置，却不知道是哪个细胞产生了转录物。

尐尐呅·2023-08-03 08:30

【R>>scRNA】单细胞交响乐1-理解SingleCellExperiment对象

清楚的记得2019年12月初次接触scRNA-seq就是感觉好玩，在自己的小笔记本上鼓捣了一阵子后就放弃了。现在好像依然要过了scRNA-seq的红利期，竟然又要开始学习了，怎么讲呢？

高大石头·2023-08-01 20:41

【有一才有二】scRNA-Seq数据分析第一步：数据载入方式的汇总

一般情况下，我们下载得到的每个样本会有三个标准数据：barcodes.tsv,features.tsv,matrix.mtx，情况一：三个标准文件位于样本名称下setwd("F:/MyOneDriveCloud/OneDrive/GSE156329_RAW")rm(list=ls())options(stringsAsFactors=F)library(Seurat)library(ggplot2

研平方·2023-08-01 14:47

单细胞研究 | Cell BLAST：一个自带高质量参考数据库的scRNA-seq数据检索/注释工具

精确的单细胞转录组（scRNA-seq）数据检索和注释需要：1.克服数据集之间的批次效应；2.跨物种、平台、具有高质量注释的scRNA-seq数据库。

尐尐呅·2023-07-30 06:28

Single-cell RNA-seq denoising using a deep count autoencoder

文章链接文章代码1文章代码21.摘要scRNA-seq(Single-cellRNAsequencing)使得研究人员可以在单个

Zhai1994·2023-07-28 12:08

stereoscope：利用scRNA-seq和空间转录组数据对细胞类型和空间分布进行概率推断

空间转录组技术正在广泛应用，然而目前一些转录组的空间分析还达不到单细胞的分辨率水平。为了达到将基因表达置于空间环境中并划定组织内细胞类型空间分布的目的，来自瑞典的科研团队提出一种基于模型的概率方法：stereoscope，使用单细胞数据来解析空间数据中的细胞混合物。stereoscope是什么？该模型框架利用单细胞数据推断空间数据中每个捕获位置的每个细胞类型的比例估计，从而消除了对空间数据分析时对

尐尐呅·2023-07-26 03:57

如何利用单细胞测序研究乳腺发育分化

本研究利用单细胞转录测序（SinglecellRNAsequencing,scRNA-seq）确定不同发育时期MECs基因表达情况，构建MECs细胞动态图谱，为成人乳腺发育过程提供认识和见解。

基迪奥生物·2023-07-24 22:01

10X单细胞（10X空间转录组）基因调控网络分析之Pando

今天的内容是分析单细胞或者空间转录组数据的调控网络分析,这个方法需要用到scRNA和scATAC的数据进行联合分析，非常给力，我们来看看简介。

单细胞空间交响乐·2023-07-22 01:26

【R>>scRNA】单细胞交响乐2-从实验到下游分析workflow

先定个小目标，系统的学习完刘小泽老师的《单细胞交响乐1-31》两张非常重要的图scRNA-Workflow原来不用Seurat也可以做到质控、挑高变化基因：下面分析下droplet-based的视网膜数据

高大石头·2023-07-16 13:00

2022-05-10

现在，两个研究小组对免疫细胞进行了单细胞RNA测序（scRNA-seq），并将数据与自身免疫疾病相关基因变异的

图灵基因·2023-07-15 04:39

scanpy单细胞分析流程

梳理一下scanpy单细胞分析流程（处理的是scRNA-seq）。

今晚月亮有点圆·2023-06-21 13:57

NBIS系列单细胞转录组数据分析实战（七）：空间转录组分析

10XVisium平台的空间转录组数据在许多方面是类似于scRNA-seq数据的，它包含5-20个细胞而不是单个细胞的UMI计数，但仍然与scRNA-seq相同，数据非常的稀疏，同时还具有相关组织中空间位置的附加信息

Davey1220·2023-06-19 00:08

单细胞数据资源 | Nature子刊：『中性粒细胞』稳态和炎症状态下的单细胞发育和异质性图谱

2020年7月，来自中国医学科学院血液病医院（中国医学科学院血液学研究所）、哈佛大学医学院、北京大学生命科学学院等机构的研究人员在《NatureImmunology》发表了其最新研究成果，利用scRNA-seq

尐尐呅·2023-06-11 16:51

scRNA-seq | 吐血整理的单细胞入门教程（从原理到代码实操）（一）

1写在前面炙手可热的单细胞测序（scRNA-seq）大家肯定都或多或少听过一些，从今天开始陆续分享我的学习笔记，有不对的地方大家多指正~在开始前我们先思考几个问题，如下：Q1:什么是scRNA-seq，

生信漫卷·2023-06-11 16:03

SC2disease：人类疾病的单细胞转录组的人工收集数据库

单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术能够以单个细胞分辨率研究复杂生物的转录组，为科学家提供了一种新

zty2009·2023-06-08 19:07

scRNA基础分析-3：鉴定细胞类型

scRNA基础分析-1:安装包、导入数据、过滤质控-scRNA基础分析-2：降维与聚类-scRNA基础分析-3：鉴定细胞类型-scRNA基础分析-4：细胞亚类再聚类、注释-scRNA基础分析-5：伪时间分析

小贝学生信·2023-06-07 09:30

CellChat使用

根据scRNA-seq推断细胞与细胞之间的交流。

生信菜菜鸟·2023-04-21 00:06

Normalization of scRNA-seq data

本文介绍了单细胞数据分析中非常重要的一步：Normalization。为什么要进行均一化？均一化会掩盖细胞间固有的差异吗？单细胞数据均一化与其他类型的数据均一化有何不同，特别是bulkRNA？已有均一化的方法下游分析中用什么数据？特征选择的几种方法urlThislecturebyHeliPessa(UniversityofHelsinki)ispartofthecourse"SinglecellR

周运来就是我·2023-04-20 20:09

scRNA-seq+ST又“画”了个图谱！Cell发布单细胞分辨率下人体肠道发育的时空图谱

单细胞转录组（scRNA-seq）结合空间转录组（ST）技术已绘制了多个组织/器官图谱（空间转录组都绘制了哪些图谱？）。

尐尐呅·2023-04-20 19:48

单细胞谱系分析重建人类肺末梢祖细胞分化过程

单细胞谱系分析重建人类肺末梢祖细胞分化过程原创天涯清水首发于单细胞天地单细胞转录组分析综述单细胞入门-读一篇scRNA-seq综述文章信息今天要分享的文章是利用单细胞转录组揭示肺泡上皮2型细胞分化过程与轨迹

天涯清水·2023-04-20 18:05

10X单细胞（10X空间转录组）多样本基因表达动态分析之Lamian

看看简介基于单细胞RNA-seq(scRNA-seq)数据的伪时间分析已被广泛用于研究沿连续生物过程的动态基因调控程

Evil_Genius·2023-04-20 18:32

2021-05-11 scRNA基础分析：降维与聚类

寻找高变基因##寻找高变基因library(Seurat)library(tidyverse)library(patchwork)library(dplyr)rm(list=ls())#加载数据scRNA

学习生信的小兔子·2023-04-20 15:43

今天来聊聊单细胞测序：单细胞RNA-seq质量控制

单细胞RNA-seq(scRNA-seq)是一种有前途的技术，以表征和解剖细胞间的变化。然而，技术噪音和生物内在可变性的混合使得分离技术制品和真正的生物变异细胞特别具有挑战性。

伍鸿荣·2023-04-20 10:48

Seurat24式太极拳之6左右倒卷肱---使用互惠PCA（RPCA）进行快速集成

右倒卷肱稍右转体撤手托球退步卷肱虚步推掌2、左倒卷肱稍左转体撤手托球退步卷肱虚步推掌3、右倒卷肱稍右转体撤手托球退步卷肱虚步推掌4、左倒卷肱稍左转体撤手托球退步卷肱虚步推掌在此文中，我们提出了略微修改的工作流程，用于整合scRNA-seq

Seurat_·2023-04-20 00:31

单细胞36计之19釜底抽薪---使用互惠PCA（RPCA）进行快速集成

在此文中，我们提出了略微修改的工作流程，用于整合scRNA-seq数据集。与其使用典范的相关分析（'CCA'）来识别锚点，不如使用互惠的PCA（'RPCA'）。

Seurat_Satija·2023-04-19 23:39

前沿综述 | Nature子刊：空间转录组学的临床和转化价值

空间转录组（ST）和单细胞转录组（scRNA-seq）的结合作为一个关键的组成部分，将人体组织的病理表征与分子改变联系起来，确定了原位细胞间的分子通讯和时空分子医学知识。

尐尐呅·2023-04-19 22:24

零膨胀负二项模型（ZINB，10X单细胞和10X空间转录组的基础知识）

学习一点简单的基础知识单细胞RNA测序(single-cellRNA-seq，scRNA-seq)数据是非常有特点的数据，具有很高的稀疏性(highsparsity)，具体表现为0非常多(zeroinflation

Evil_Genius·2023-04-19 10:36

Seurat-Integration and Label Transfer单细胞转录组测序整合多个数据集和标签转移

在此示例工作流程中，我们演示了最近在论文中介绍的两种新方法，即单细胞数据的全面集成：将多个不同的scRNA-seq数据集组装成一个集成参考将单元格类型标签从参考数据集转移到新的查询数据集出于本示例的目的

Seurat_Satija·2023-04-17 17:13

研究思路 | 单细胞ATAC+基因表达多组学研究思路怎么破，一起来拍拍最新文章（下篇）

研究思路|单细胞ATAC+基因表达多组学研究思路怎么破，一起来拍拍最新文章（上篇）中，一起探究了scRNA-seq和scATAC-seq深度结合的文章思路，scRNA-seq和scATAC-seq“双C

贝瑞科服·2023-04-17 12:06

单细胞笔记7-scRNA-seq去除批次效应的方法总结

SeuratSeurat整合流程与原理使用CCA分析将两个数据集降维到同一个低维空间，因为CCA降维之后的空间距离不是相似性而是相关性，所以相同类型与状态的细胞可以克服技术偏倚重叠在一起。CCA降维之后细胞在低维空间有了可以度量的“距离”，MNN(mutualnearestneighbor)算法以此找到两个数据集之间互相“距离”最近的细胞，Seurat将这些相互最近邻细胞称为“锚点细胞”。我们用两

江湾青年·2023-04-16 09:06

CellChat使用简介

根据scRNA-seq推断细胞与细胞之间的交流。

Seurat_Satija·2023-04-16 05:04

Seurat4.0系列教程13：使用互惠 PCA （RPCA）快速整合数据

我们提出了一个稍微修改的工作流程，用于整合scRNA-seq数据集。我们不再使用（"CCA"）来识别锚点，而是使用互惠PCA（"RPCA"）。

Seurat_Satija·2023-04-15 03:33

学习对scRNA-seq数据注释的R包SingleR

UsingSingleRtoannotatesingle-cellRNA-seqdata参考：https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/SingleR.htmlclp21June,2020用SingleR对single-cellRNA-seq数据进行注释1前言SingleR是single-cellRNAsequencing(sc

程凉皮儿·2023-04-14 09:27

单细胞36计之14借尸还魂---细胞周期评分和回归

我们演示了如何通过基于规范性标记计算细胞周期阶段评分并在预处理过程中将其从数据中回归来减轻scRNA-seq数据中细胞周期异质性的影响。我们在

Seurat_Satija·2023-04-13 12:13

Scanorama ---整合单细胞的大数据

使用的数据集：105476cellsfrom26scRNA-seqexperimentsacross9differe

Zane_bio·2023-04-13 11:00

1.单细胞 RNA-seq：单细胞RNA测序介绍

为了更好地了解这些组织和存在的细胞类型，scRNA-seq提供了对在单个细胞水平上的基因表达image这种前沿方法可用于：探索组织中存在哪些细胞类型识别未知/稀有细胞类型或状态阐明分化过程中或跨时间或不同状态的基因表达变化识别在不同条件

denghb001·2023-04-13 11:16

王炸组合『单细胞+空间转录组』的科研应用【2】：肝脏生理学/疾病

王炸组合『单细胞+空间转录组』的科研应用【1】：心血管发育/疾病02肝脏生理学/疾病最近的技术进步使得在单个细胞中进行全基因组RNA分析成为可能，这种技术被称为单细胞转录组测序（scRNA-seq）。

尐尐呅·2023-04-12 16:30

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