蛋白质模拟小白
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【阅读笔记】分子动力学模拟理论

第一章-分子模拟概况

量子力学方法(QM)精确但十分缓慢适用于简单分子。

分子力学方法(MM)简单快速，在部分情况下也能获得和量子力学方法一致的结果。

第二章-力场

简单数学表达的势能函数被称为力场。

总势能=非键结合势能+（键收缩势能+键角弯曲势能+二面角扭曲势能+离平面震动势能）+库伦静电势

=LJ势能（van der Waals force）+键能+库伦静电势

【阅读笔记】分子动力学模拟理论_第1张图片

势能函数由常数、距离（r，Δr）、和角度（键角和二面角）组成，是距离和角度的函数。

力场的参数由理论计算、实验数据或者量子计算结果得到。

amber力场的势能函数

【阅读笔记】分子动力学模拟理论_第2张图片

前三项为键能项，第四项是范德瓦尔斯作用项，第五项是库伦项，第六项是氢键作用项。

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