单细胞转录因子分析

单细胞分析实录(9): 展示marker基因的4种图形（二）

在上一篇中，我已经讲解了展示marker基因的前两种图形，分别是tsne/umap图、热图，感兴趣的读者可以回顾一下。这一节我们继续学习堆叠小提琴图和气泡图。3.堆叠小提琴图展示marker基因相比于其他可视化形式，小提琴图可以更直观地展示某一类亚群的某一个基因的表达分布情况。我的marker基因一共选了12个，下面来画图：Seurat内置的VlnPlot函数可以直接画，library(xlsx)
TOP生物信息·2023-10-04 02:08

真实的世界——修罗地狱场

一个人从幼儿园，小学，中学，最后读到大学，考研读硕博，他的知识一直在累积，思维逻辑却是从来没有进步，反而大多都是最后步入错误的深渊，在错误的路途上渐行渐远，以至无药可救，最终蜕变到单细胞生物！
独行绝客·2023-10-03 22:37

2021-11-22

NatComm|单细胞克隆跟踪解码癌症异质性原创图灵基因图灵基因今天收录于话题#前沿分子生物学机制单个癌症患者体内的单个肿瘤细胞表现出与生长、转移和化疗反应相关的不同行为。
图灵基因·2023-10-03 21:29

纯生信分析套路：CCR系列之转录亚型对肿瘤的影响

shui）的小伙伴们，为了毕业，该啃的文献还是得啃啊，今天就向大家介绍一篇2021年1月27日刚发表在ClinicalCancerResearch杂志(IF=10.107)的文章，本文鉴定并分析了三种转录亚型
概普生信·2023-10-03 18:31

R——处理批次效应

（1）多个数据集合并在生信分析过程中，尤其是转录组分析中，经常会遇到测得数据不足，需要利用公共数据库中已有的数据，那么能将这些数据直接和测序的数据混合吗？如果贸然混合，就会存在批次效应。
找兔子的小萝卜·2023-10-03 14:50

批量差异分析 批量findmarkers

各个单细胞亚群独立在两个分组做差异分析-腾讯云开发者社区-腾讯云(tencent.com)Idents(sce)=paste0('c',sce$group)table(Idents(sce))degs=
Young.Dr·2023-10-03 06:56

Seurat24节气之1立春---merge合并多组单细胞数据

道理你都懂，还是做不好单细胞。沉下心来，再看一遍道理。
Seurat_·2023-10-03 03:19

定量分析htseq

HTSeq使用注意事项简述：HTSeq是转录组定量分析的软件，其输入文件必须有bam（sorted）和GTF文件。
小鹏_哒哒哒·2023-10-03 02:27

单细胞转录组学生物标志物和靶点挖掘的新方法

单细胞转录组学（sc-RNAseq）研究，可以更加有效的解释组织的异质性，从单个细胞分辨率来解释更多bulk水平上难以解释的生物学问题。已经广泛用于肿瘤异质性、细胞发育、免疫微环境等课题研究。
felix108·2023-10-03 00:46

qlib因子分析之alphalens源码解读

百天计划第33篇，不知不觉一个多月。"N阶行动"计划第2阶，这一阶就告诉自己要坚持，差不多可以挺过去。坚持并不容易，早上起来心情有起伏。投资说简单非常简单，就是低卖高卖；往难里说可能扯到宇宙星辰，人性善恶。在量化人的眼中，一切都是因子。技术面是因子，基本面也是因子。有点像体验里验血、尿，B超等，给出一系列量化指标，再结合你的表述，症状，有经验的医生就可以给出结果。当然总有很多信息是难以量化的，人是
AI量化投资实验室·2023-10-02 23:54

2022-05-04

2.消炎杀菌功效:多酚类化合物具有消炎的效果,再经由实验发现,儿茶素类能与单细胞的细菌结合,使蛋白质凝固沉淀,藉此抑制和消灭病原菌。
聂帅_cc72·2023-10-02 22:53

19.4.19上海交大单细胞论坛学习

刘小泽整理于2019.4.19+4.26有幸参加了4.19的上海交大单细胞论坛，下面简单记录了一下会议内容单细胞测序技术探索人类胚胎发育-汤富酬教授简介：汤老师课题组主要围绕人类早期胚胎发育、多能干细胞的自我更新能力和多能性调控的分子机理
刘小泽·2023-10-02 19:08

外泌体多组学13-EVs转录组综述：cargo内含物以及占比情况讨论

外泌体和微囊泡是几乎所有类型的细胞都能释放的细胞外囊泡(ev)的两大类，在生物液体中非常丰富，ev的分子组成和释放都被认为是受到外界刺激的严格调控的。多项研究一致表明，ev可以在不同的细胞类型之间转移蛋白质、脂质和RNA，从而介导细胞间的通信和信号转导。重要的是，ev中的小非编码rna被认为是在受体细胞中发生的分子事件的主要贡献者。此外，外泌体和微囊泡中的RNA可以作为多种疾病的非侵入性的生物标志
_十三·2023-10-02 17:20

第一次用scanpy分析单细胞数据

InMay2017,thisstartedoutasademonstrationthatScanpywouldallowtoreproducemostofSeurat’sguidedclusteringtutorial(Satijaetal.,2015).WegratefullyacknowledgeSeurat’sauthorsforthetutorial!Inthemeanwhile,weha
Seurat_Satija·2023-10-02 16:17

2018-04-20

早上打卡英语，赶着过了一个转录因子的20篇英文文献题目和摘要，但没有得到我导的传唤讨论。下午去了东区跳大绳，刚开始还没下雨。开始比赛就下起来了，而且越下越大哦。
十元希·2023-10-02 15:10

机器学习随笔13--主成分分析法

目录摘要目录一、降维1.1降维简介1.2主要降维方法1.2.1主成分分析1.2.2因子分析1.2.3独立成分分析二、主成分分析法2.1主成分分析法简介2.2主成分分析法的数学推导2.2.1数据集2.2.2
量子编程永无bug·2023-10-02 13:38

单细胞转录组数据分析课件||2. Quality control of scRNA-seq data

本文介绍了单细胞转录组数据分析非常重要的一步：数据质控。数据质控应当引起我们的注意，数据的清洁程度决定了数据挖掘的上限。数据质控的几个方向：低质量细胞、多细胞捕获、有效基因识别，细胞碎片，批次效应等。
周运来就是我·2023-10-02 09:23

转录组工具文献介绍

声明：以下内容转载自360图书馆。/>前端大法好，网页内容随意复制
wo_monic·2023-10-02 07:06

综述盘点|Nature：利用空间转录组技术探索组织结构

近日，美国纽约大学科研团队在Nature发表综述文章，回顾了常见的空间转录组技术，讨论了这些方法产生的数据的探索原则，检验了空间转录组技术在不同实验设计中的效用，并强调了该技术通过与其他数据模式的整合在生物学上的应用前景
百奥益康·2023-10-01 23:00

优化类问题概述

：以下是个人在准备数模国赛时候的一些模型算法和代码整理，有空会不断更新内容：评价模型（一）层次分析法（AHP）,熵权法，TOPSIS分析及其对应PYTHON实现代码和例题解释评价模型（二）主成分分析、因子分析
herry_drj·2023-10-01 21:32

2022-01-08

NatureCancer|时序单细胞追踪揭示抗PD-1免疫治疗在肺癌中的作用机制原创风不止步图灵基因2022-01-0813:52收录于话题#前沿分子生物学机制撰文：风不止步推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：以PD
图灵基因·2023-10-01 16:14

Nature重磅综述：单细胞测序技术在癌症免疫治疗领域的应用

本文阐述了使用以scRNA-seq为主的单细胞分析技术取得的进展，特别是在肿瘤临床治疗、免疫疗法方面，讨论了
概普生信·2023-10-01 14:54

02.认识Seurat对象

关于Seurat对象的构建请参考：01.单细胞入门-Seurat对象创建Seurat对象结构及信息存储我们使用seurat官方pbm3k数据集作为示例,强烈建议直接阅读官方文档说明，有构建-整合拆分-质控全套流程和代码
科研小徐·2023-10-01 10:13

“harmony”整合不同平台的单细胞数据之旅

LandscapandDynamicsofSingleImmuneCellsinHepatocellularCarcinoma》，为了同时整合两类数据（包括SMART-seq2和10X）（Hemberg-lab单细胞转录组数据分析
生信宝典·2023-10-01 09:09

单细胞108篇文献解读之14---A Targetable EGFR-Dependent Tumor-Initiating Program in Breast Cancer

|文章题目：ATargetableEGFR-DependentTumor-InitiatingPrograminBreastCancer中文题目：乳腺癌EGFR靶向依赖的肿瘤启动程序发表期刊：cellreports发表时间：2017.10影响因子：8.032[图片上传失败...(image-2455af-1621337002656)]前言基底细胞样型乳腺癌(basal-likesubtypebre
Seurat_Satija·2023-10-01 07:26

单细胞测序-scRNA的测序基础

单细胞测序(single-cellsequencing)，顾名思义就是能从单个细胞中获取遗传信息的测序技术。单细胞测序技术为什么近来大火，那么它能帮科研工作者能解决哪些问题？
作图丫·2023-10-01 06:00

公开数据库纯生信：铁死亡联合单细胞RNA-seq和bulk RNA-seq强势回归

之前铁死亡已经在科研界掀起过一波风浪，铁死亡常规分析的文章基本都已发表，但是铁死亡热度依然没有减退，小编也一直在寻找铁死亡新思路出，这不，FrontImmunol（Q2,IF=7.561）铁死亡bulkRNA+scRNA分析的新思路就见刊了，bulkRNA+scRNA的分析也是近来的趋势，单独分析bulkRNA毕竟太过片面。公开数据库纯生信铁死亡bulkRNA+scRNA方案铁死亡激活评分模型有助
概普生信·2023-10-01 03:30

ggplot做对角线火山图---与单细胞差异基因可视化更配哦

2、让火山图躺下来：倾斜45°的火山图3、跟着Cell学单细胞转录组分析(八):单细胞转录组差异基因分析及多组结果可视化4、ggplot做火山图---添加任意基因标签|||突出显示标记基因但是最近在做单细胞差异基因可视化火山图的时候
KS科研分享与服务·2023-10-01 02:16

DeepMind 利用无监督学习开发 AlphaMissense，预测 7100 万种基因突变

类基因组共有31.6亿个碱基对，无时无刻不在经历复制、转录和翻译，也随时有着出错突变的风险。错义突变是基因突变中的一种常见形式，然而人类目前只观察到了其中的一小部分，能够解读的更是只有0.1%。
HyperAI超神经·2023-09-30 22:13

一种诱导培养多功能干细胞产生人类卵精细胞的方法

但是，在每个细胞命运过渡的时间尺度，发育同步性以及发育同源细胞类型的信号传导，转录和代谢特性方面，存在关键的物种差异。因此，需要更多的研究来更好地了解不同物种中哺乳动物生殖细胞发育的机制。
唯问生物·2023-09-30 17:15

探索性与验证性因子分析

探索性与验证性因子分析文章目录探索性与验证性因子分析前言一、为什么叫做探索性因子分析（exploratoryfactoranalysis，EFA）？
Robert.H.Frank·2023-09-30 17:05

2022-08-13

NatureCancer|肿瘤相关成纤维细胞的单细胞分析原创骄阳似我图灵基因2022-08-1310:09发表于浙江收录于合集#前沿生物大数据分析撰文：骄阳似我IF：23.177推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：
图灵基因·2023-09-30 14:01

2022-07-20

Nature|单细胞测序揭示核染色体的位置决定了分离错误的频率原创骄阳似我图灵基因2022-07-2007:13发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学机制语音朗读本文音频：00:0009:48撰文：骄阳似我
图灵基因·2023-09-30 13:03

10X单细胞（10X空间转录组）多组学（RNA + ATAC）推断Velovyto（MultiVelo）

hello，大家好，今天我们来分享多组学数据推断RNAVelocyto，大家做velocyto的时候估计都是用RNA数据来分析的，其实，对应的ATAC数据也含有丰富的动力学信息，多组学推断更加准确一点，参考的文献在Single-cellmulti-omicvelocityinfersdynamicanddecoupledgeneregulation，非常棒的文章，我们先来分享文章，最后看看示例代码
单细胞空间交响乐·2023-09-30 11:44

GPU版scanpy (rapids)实践 | 大型单细胞数据分析利器

作者：ahworld链接：GPU版scanpy(rapids)实践|大型单细胞数据分析利器来源：微信公众号-seqyuan著作权归作者所有，任何形式的转载都请联系作者。
seqyuan·2023-09-30 10:49

发布会后，我们仍会朝着更远的未来不断前行

在这个过程中，我们得到了湖南科技大学人文学院、白屋顶诗社、大通广电还有很多媒体朋友的支持，以下转录湖南科技大学新闻网对本次发布会的报道（微改），并呈现现场的视频，为没来现场的读者们提供一个了解发布会的机会
嘉轩笔谈·2023-09-30 10:13

风是海里的鱼

它们都是自由的，明明是个单细胞得动物，却活的那么开心，你想过没有，去过自己的生活。什么生活，什么社会。心理学说，人的心理分为三种，本我自我超我。
风是海里的鱼·2023-09-30 05:34

再来日更

我一直自认为是个单细胞动物，一个时期只能专注做一件事。比如我考国考期间，基本业余时间全部都用在备考上了。现在在考证这个事情上暂告一段落。现在，重新开始参加这个活动，希望能持之以恒耕耘心情。
爱读书的冰冰·2023-09-30 05:55

转录组测序中的文件格式

FastQfastq是scRNASeq中最常见的原始数据格式。所有scRNASeq都是双端测序fastq格式BAMbam文件存储映射后reads信息，bam文件可以转换成人可以阅读的sam文件，这种转换通过samtools进行。bam/sam文件中含有样品制备信息、测序、比对、tab分割的单个read比对信息。bam文件信息某些测序设备会自动将您的reads映射到标准基因组，并提供BAM或CRAM
实验室的搬运工·2023-09-30 00:47

文献(2): 综述_癌症相关成纤维细胞(CAF)的异质性【建议收藏】

上一个单细胞课题做了一些关于CAF的工作，当时就参考了这一篇综述。细胞亚群的解读算是单细胞课题中耗时耗力的内容，非免疫细胞更是如此，因为非免疫细胞的文献比免疫细胞少多了。
TOP生物信息·2023-09-29 23:49

单细胞测序CITE-seq cell hashing

Cellhashing是一种在单细胞rna测序平台上实现样本多线程和超负载的方法，由纽约基因组中心的技术创新实验室与Satija实验室合作开发。
KK_f2d5·2023-09-29 22:08

单细胞聚类---浅析监督学习与无监督学习

单细胞转录组分析在线性降维后通常要进行聚类，使用到机器学习的常用方法，主要分为有监督学习[supervisedlearning]和无监督学习unsupervisedlearning。
云养江停·2023-09-29 08:53

深度学习中Dropout原理解析（10X单细胞和10X空间转录组）

1.Dropout简介1.1Dropout出现的原因在机器学习的模型中，如果模型的参数太多，而训练样本又太少，训练出来的模型很容易产生过拟合的现象。在训练神经网络的时候经常会遇到过拟合的问题，过拟合具体表现在：模型在训练数据上损失函数较小，预测准确率较高；但是在测试数据上损失函数比较大，预测准确率较低。过拟合是很多机器学习的通病。如果模型过拟合，那么得到的模型几乎不能用。为了解决过拟合问题，一般会
单细胞空间交响乐·2023-09-29 03:07

生物进化论与互联网商业变革

我们都知道地球上的生命，从最原始的无细胞结构状态进化为有细胞结构的原核生物，从原核生物进化为真核单细胞生物，然后按照不同方向发展，出现了真菌界、植物界和动物界。
马少的简书·2023-09-29 02:37

Paper_3: 正常输卵管上皮细胞的单细胞测序揭示了浆液性卵巢癌的非遗传异质性

Highlights利用输卵管上皮细胞（FTE）的亚型定义了浆液性卵巢癌（SOC）的分子分型FTE细胞在单细胞水平上的整体描述鉴定了6种分子亚型的细胞类群在1700个高级浆液性卵巢癌（HGSOC）的肿瘤
TOP生物信息·2023-09-29 00:06

iTALK---单细胞受配体互作分析及可视化（详细版教程）

今天我们说一说另外一种---iTALK，iTALK也在很多文章中出现过，原理是基于受配体平均表达量。它有两个优点，第一是可以比较差异受配体，第二是可视化比较好，我们可以借用借用它的函数，让自己的结果更加完美！详细版注释代码以及使用的数据已上传QQ群文件，更多精彩内容请至我的公众号---KS科研分享与服务！iTALK的文章连接如下：https://www.biorxiv.org/content/10
KS科研分享与服务·2023-09-28 23:55

SCS【1】今天开启单细胞之旅，述说单细胞测序的前世今生

点击关注，桓峰基因桓峰基因生物信息分析，SCI文章撰写及生物信息基础知识学习：R语言学习，perl基础编程，linux系统命令，Python遇见更好的你123篇原创内容-->公众号今天开启单细胞之旅，单细胞其实我也算接触较早的项目
90066456ace6·2023-09-28 20:33

2020-03-20 人心脏发育过程中全器官的基因表达和细胞图谱

image.png一句话总结：利用空间转录方法在单细胞分辨率下探索人类心脏发育的基因表达图景，以构建一个3D器官范围的图谱。
程凉皮儿·2023-09-28 18:20

单细胞多组学揭示新冠后遗症的免疫学特征

许多新冠患者会出现COVID-19相关的急性后遗症（post-acutesequelaeofCOVID-19，PASC），常见的如记忆丧失、胃肠痛、疲劳、嗅觉丧失、呼吸障碍等，甚至出现哮喘、心血管疾病等严重病症。近两年，新冠后遗症越来越受到关注，然而相关联的免疫系统的变化仍不清楚。2022年3月，由美国西雅图系统生物学研究所JamesR.Heath联合多家单位在Cell上发表题为《Multiple
中科新生命·2023-09-28 15:16

单细胞ATAC和RNA测序的结合分析

这篇文章就是采用ATAC-seq和RNA-seq的单细胞检测方法，对恩杂鲁胺(一种抗癌药物)的早期治疗反应和耐药性模型进行研究。方法RNA测序及预处理LNCaP和VCaP细胞系是
概普生信·2023-09-28 12:36
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