单细胞转录因子分析

转录组分析Day1笔记--xiaofan1991

  转录组分析之前最重要的是实验设计。严谨实验设计的目的是确保产生的实验数据能够回答我们感兴趣的生物学问题。准确的说，实验设计其实是术语转录组分析之前的步骤。
xiaofan1991·2023-09-28 08:55

5+单细胞+脂质代谢+预后模型+实验

今天给同学们分享一篇5+单细胞+脂质代谢+预后模型+实验的生信文章“Single-celltranscriptomeanalysisrevealsthemetabolicchangesandtheprognosticvalueofmalignanthepatocytesubpopulationsandpredictnewtherapeuticagentsforhepatocellularcarci
生信风暴·2023-09-28 08:36

转录组分析——如何寻找差异基因中的中枢基因（hubgene）

一、前言好久没更新过文章啦，今天我们来聊一聊怎么找hubgene。二、常见的寻找hubgene方法我们如果要研究一个疾病，通常会做一个疾病的正常和非常基因差异表达分析，而得到的这些差异基因，怎么往下缩小范围往往是一个比较头疼的问题。如果你经常阅读文献或者对生信分析了解过一段时间，就会知道我们一般会从两个方向去看①GO和KEGG富集寻找感兴趣的通路②利用Cytocape及STRING数据库进行PPI
糕糕python·2023-09-28 05:22

国自然研究热点-RNA甲基化研究指南

m6ARNA甲基化是RNA最关键的内部修饰之一，是真核生物丰富和调节遗传信息的一种保守的转录后机制。
诺禾致源·2023-09-28 04:39

scmap:单细胞RNA-seq数据跨数据集的投影

随着越来越多的scRNA-seq数据集可用，对它们进行比较是关键。主要的应用程序是比较不同实验室收集的具有相似生物学来源的数据集，以确保注释和分析是一致的。此外，随着大量的参考数据集，如人类细胞图谱(HCA)的出现，一个重要的应用将是将来自新样本(如来自疾病组织)的细胞投射到参考数据集上，以表征组成的差异，或检测新的细胞类型。scmap是一种将细胞从scRNA-seq实验投射到不同实验中识别的细胞
周运来就是我·2023-09-27 21:59

Molecular Cancer|CDK9抑制诱导表观遗传重编程，揭示了规避淋巴瘤耐药性的策略

细胞周期蛋白依赖性激酶（CDK）蛋白家族在细胞周期进程（如CDK1/2/4/6）和RNA转录（如CDK7/8/9/11）的调控中起着不可或缺的作用。
爱基百客·2023-09-27 18:53

单细胞测序+免疫，还可以这样做！

近些年，免疫治疗疗效的影响因素一直是研究热点，单细胞测序也是越来越受欢迎，这篇文章就很好的将二者进行了结合，从细胞-细胞互作的角度去分析肿瘤对抗PD-1治疗不同的应答机制。
概普生信·2023-09-27 16:30

全民创作的神器，AI 如何简化复杂的视频创作流程？

AI视频工具可以用人工智能来自动执行视频编辑中涉及的许多任务，例如转录、翻译和视频效果。最新的AI视频工具之一就是将AI助手与AI视频编辑器相结合的。
·2023-09-27 15:46

MC：RNA修饰万字综述

更多精彩文章生信人更多个性化生信分析生信意向表单表观转录组的情况非常复杂，迄今已描述了170多种不同类型的RNA化学修饰，以修饰编码和非编码RNA。
概普生信·2023-09-27 14:23

环境决定论在现实主义文学中的表现

环境决定论是有其科学依据，细胞学说，即所有的动物植物都由单细胞分裂而来；进化论提出所有的物种皆由进化而来，都是“物竞天择，适者生存”的自然环境选择的结果。
2c47874080e2·2023-09-27 12:04

转录组专题：edgeR以raw count数据为起点做差异表达分析

参考：https://www.jianshu.com/p/5f94ae79f298library(edgeR)#载入rowcount文件raw_count0.5)>=2table(keep)genelist.filted<-genelist[keep,,keep.lib.sizes=FALSE]#使用TMM算法对DGEList标准化genelist.norm<-calcNormFactors(ge
挽山·2023-09-27 07:01

读书笔记 | 在病毒中生存

细菌是单细胞微生物。虽然每个细菌只有一个细胞，但是由于细菌的数量极大，因此加起来的细胞总数也很惊人。噬菌体病毒的外形看起来像小型的阿波罗着陆舱，上面的“正舱”（即病毒的头部）
梦里依稀风铃·2023-09-27 01:59

利用不同类型数据构建系统发育树

一.数据类型（1）SNP-单核苷酸多态性（Singlenucleotidepolymorphism）利用SNP数据构建Phylogenetictree，（2）转录组数据（3）单拷贝直系同源基因（single-copyorthologousgenes
生信学习小达人·2023-09-26 21:05

Python正则表达式之re.match()

我们在面对生物数据，比如序列信息（比如碱基序列、氨基酸序列等）的时候，会时常要问，这其中是否包含着且含有多少某种已知的模式，一段DNA中是否包含转录起始特征TATAbox、一段RNA中是否包含某种lncRNA
5cb608806559·2023-09-26 21:14

SPSS中的数据分析—描述性统计分析【1】

从今天开始，小白将深入给大家带来关于数据分析工具SPSS的使用和讲解，在这段时间里我会带着大家来一起学习了解如何使用SPSS进行描述性统计分析、假设检验、相关分析、回归分析、聚类分析、主成份分析、因子分析等
小白数据营·2023-09-26 20:00

DeepMind 利用无监督学习开发 AlphaMissense，预测 7100 万种基因突变

类基因组共有31.6亿个碱基对，无时无刻不在经历复制、转录和翻译，也随时有着出错突变的风险。错义突变是基因突变中的一种常见形式，然而人类目前只观察到了其中的一小部分，能够解读的更是只有0.1%。
·2023-09-26 15:04

qq录屏快捷键大全，玩转录制就这么简单（干货）

“qq有录屏快捷键吗？有点好奇，现在用qq录制屏幕，总是得去点击屏幕录制才可以出来，太麻烦了，如果可以通过快捷键的方式打开，会轻松许多，想问问大家，知道qq录屏快捷键是多少吗？”随着科技和互联网的发展，人们对视频、图片、文字等多种信息形式的需求不断增加。电脑屏幕上的信息也同样需要被记录和保存。为了提高效率，快捷键成为了录屏软件中的重要组成部分。本文将详细介绍qq录屏快捷键，以帮助您更便捷地进行屏幕
数据蛙恢复软件·2023-09-26 12:35

10X单细胞基础+个性化合集1

昨晚还是看了世界杯，日本队确实值得尊重今天我想来一篇关于单细胞分析的合集，包括以下内容单细胞基础分析之单样本分析篇单细胞基础分析之多样本整合篇单细胞个性化分析之细胞注释篇单细胞个性化分析之轨迹分析篇单细胞个性化分析之细胞通讯篇单细胞个性化分析之
单细胞空间交响乐·2023-09-26 11:06

序幕：投票

比如此刻的外星人还是在爬行动物阶段就像一只蜥蜴或者还只是单细胞生物。在这些小朋友们中的一大部分都会选择有外星生命，只有为数不多的还在坚持外星上没有任何生物哪怕只是一个细菌。
一站博物·2023-09-26 06:23

CNS图表复现---人人都能学会的单细胞聚类分群注释

这个数据集GSE129516，就是拿到了如下所示的数据文件：图片GEO下载的我首先读取了一个文件，看了看，就是表达矩阵，所以直接CreateSeuratObject即可，都省去了3个文件的组合命令。图片表达矩阵例子首先批量读取每个10x样品的表达矩阵保证当前工作目录下面有后缀是matrices.csv.gz的文件，就是前面下载的6个文件：rm(list=ls())options(stringsAs
Seurat_·2023-09-26 06:14

SPSS软件应用回顾：5月汇总

目录1数据测量级别（标度、名义、有序）2数据降维（主成分分析、因子分析）2.1主成分分析（PCA）2.2因子分析（FactorAnalysis）2.3二者区别3二元罗吉斯回归虚拟变量生成4两个变量的相关性如何分析
@Silhouette_·2023-09-26 04:09

基于 MATLAB 的电力系统动态分析研究【IEEE9、IEEE68系节点】

可以获得时域仿真、系统线性化、模态分析、参与因子分析和可视化、控制器的优化放置、反馈信号选择、频率响应分析
长安程序猿·2023-09-26 03:05

单细胞水平胚胎发育的染色质动态

参考文章是：Thecis-regulatorydynamicsofembryonicdevelopmentatsingle-cellresolution概述单细胞水平的发育谱系调控机制：Hereweinvestigatethedynamicsofchromatinregulatorylandscapesduringembryogenesisatsingle-cellresolution
Shaoqian_Ma·2023-09-26 01:00

格创东智蝉联入选工信部工业互联网APP优秀解决方案名单

这是继“MFA多因子分析APP应用解决方案”、“基于工业互联网的设备健康管理（EHM）APP解决方案”之后，格创东智自研产品再度入选工业互联网领域最权威认证名单。2022年11月，
getech·2023-09-26 00:56

肯尼迪病专栏8：病友心路|我与KD十三年

若不是1亿年前逆转录病毒PEG10基因整合至生殖细胞，人类怎会有如今的哺乳方式并世世代代繁衍生息？若不是2亿年前制动基因的微小变化，人类也不会拥有高等智慧并
薄荷Lemon·2023-09-26 00:04

在线平台如何做单细胞测序分析全套？有它so easy!

在线工具也能追上单细胞作者：白介素2单细胞测序技术是一个越来越Popular的技术，这不前两天还有小伙伴来找白介素同学，说是老板想分析单细胞测序的数据，喜欢追热点，让他们去学R语言，然后小伙伴自然是懵逼
医科研·2023-09-25 23:24

单细胞 & 空间整合去批次方法比较（2）

作者，追风少年i开头先放一张marker表，供大家参考markerlist这一篇内容很简单接上一篇，上一篇文章单细胞&空间整合去批次方法比较介绍了以下几种方法整合去批次的代码CCAmergeSCTmerge
单细胞空间交响乐·2023-09-25 22:21

mtSC：整合多参考数据集进行单细胞亚群注释

说在前面在单细胞数据分析流程中，细胞亚群注释的准确性一直都是重中之重，生信宝库在之前的推文：一文解决单细胞亚群注释的所有问题中，已经介绍了解决单细胞亚群注释常见问题的一些方法，并且给出了Immugent
生信宝库·2023-09-25 21:57

JSTA：将空间转录组原始数据转换成单细胞水平空间表达谱的专用工具

基于RNA杂交的空间转录组方法提供了极高的RNA检测准确率。然而其需要使用图像分割算法将图像分割成细胞，将RNA检测转换为空间单细胞数据。
尐尐呅·2023-09-25 21:26

基于 MATLAB 的电力系统动态分析研究【IEEE9、IEEE68系节点】

可以获得时域仿真、系统线性化、模态分析、参与因子分析和可视化、控制器的优化放置、反馈信号选择、频率响应分析
程序猿鑫·2023-09-25 20:11

好记性不如烂笔头

所以很多笔记都不够系统，因此我想要对自己的博士课题（主要是单细胞测序方面）的学习做一个详细的记录与总结，不仅是为了分享，更重要的是记录过程中加强对方法的系统理解以及方便以后的知识回顾。
好风凭借力·2023-09-25 19:56

骨髓龛中不同细胞群体的关联及其分化途径

MappingDistinctBoneMarrowNichePopulationsandTheirDifferentiationPaths骨髓龛中不同细胞群体的关联及其分化途径MSCGeneVisualization文章信息介绍的文章利用单细胞转录组分析骨髓龛中不同细胞类群间的关联及其分化轨迹中不同的转录调控因子的功能
天涯清水·2023-09-25 13:45

医学专题-多组学在疾病发生发展过程中的研究思路

从疾病表型或某种生物现象出发，寻找影响疾病发生发展的关键因子或通路，借助高通量的技术手段，设置相应的患者组和健康组，通过转录组、蛋白质组或代谢组学分析，筛选差异表达基因、蛋白或差异代谢物。
bioyigene·2023-09-25 10:22

代码分析 | 单细胞转录组质控详解

前言NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞
生信宝典·2023-09-25 08:00

SCENIC单细胞转录因子分析原理

1.简介SCENIC（single-cellregulatorynetworkinferenceandclustering）是一个基于共表达和motif分析，计算单细胞转录组数据基因调控网络重建以及细胞状态鉴定的方法
Seurat_Satija·2023-09-25 08:51

数学建模系列笔记5：综合评价和因子分析

@[toc]5-1-1模糊综合评价模糊综合评价法使用背景对评价对象进行等级划分评价指标中有人为赋值的变量评价指标之间不相关设与被评价对象相关的因素有n个，记作：称之为因素集又设所有可能出现的评语有m个，记作：称之为评语集由于各种因素所处地位不同，作用也不一样，考虑用权重来衡量。模糊综合评价法解题步骤确定因素集确定评语集进行单因素评判得到构造综合评价矩阵综合评判，对于权重计算,并根据隶属度最大原则做
Cache_wood·2023-09-25 08:45

2021-09-07

NatBiotech|迁移学习将单细胞数据映射到参考图集原创huacishu图灵基因今天收录于话题#前沿生物大数据分析撰文：huacishuIF=54.904推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：1、研究人员介绍了一种深度学习策略
图灵基因·2023-09-25 03:55

Nature Communications | 张阳课题组：端到端深度学习实现高精度RNA结构预测

RNA分子是基因转录的主要执行者，也是细胞运作的隐形功臣。它们在基因表达调控、支架构建以及催化活性等多个生命过程中都扮演着关键角色。
weixin_4528312·2023-09-25 02:13

12月7日 星期六 晴

这就是多细胞生物和单细胞生物的不同点。图片发自App
zhangmingyang·2023-09-24 21:09

一篇2区的基因家族分析文章带你飞

BZR（BRASSINAZOLE-RESISTANT）家族基因是编码参与油菜素内酯信号转导的植物特异性转录因子，在植物生长中起着至关重要的作用。今天小编就给大家带来一篇甜菜中BZR基因家族分析的文章。
组学大讲堂·2023-09-24 17:40

王炸组合『单细胞+空间转录组』的科研应用【3】：胚胎发育/干细胞分化

王炸组合『单细胞+空间转录组』的科研应用【1】：心血管发育/疾病王炸组合『单细胞+空间转录组』的科研应用【2】：肝脏生理学/疾病03胚胎发育/干细胞分化胚胎发育和干细胞分化为理解协调细胞命运决定的分子调控和组织模式的构建提供了范例
尐尐呅·2023-09-24 06:30

scCustomize：自定义可视化你的单细胞数据（一）

简介scCustomize是一个单细胞转录组数据可视化的R包，里面集合了一些常用的数据可视化方法，可以与Seurat包进行很好的联用，支持Seurat，LIGER和SCE等常用对象的数据。
Davey1220·2023-09-24 06:59

一文读懂FastQC Report

前言：从今天开始就开始为拼装转录组做准备啦，今天听了技能树组织的生信人论坛，感觉很有意思。特此声明：本文所有代码及文件经通过本人亲自实践！绝对没有副作用！
实验狗的简书·2023-09-23 16:43

11+单基因泛癌，转录组+单细胞+机器学习+预后模型

今天给同学们分享一篇单基因泛癌+多实验的生信文章“Atranscriptomicpan-cancersignatureforsurvivalprognosticationandpredictionofimmunotherapyresponsebasedonendothelialsenescence”，这篇文章于2023年3月28日发表在JBiomedSci期刊上，影响因子为11。微血管内皮本质上控
生信风暴·2023-09-23 08:13

5+：基于单细胞测序和转录组数据构建胰腺癌中坏死性凋亡相关的预后模型

原文公众号：一起实验网对下述分析方法感兴趣或者没有研究思路的小伙伴，欢迎踊跃探讨！早！今天小编和大家分析一篇2022年10月发表在《FrontiersinImmunology》（IF:5.0）期刊上的文章《Anecroptosisrelatedprognosticmodelofpancreaticcancerbasedonsinglecellsequencinganalysisandtranscr
一起生信分析·2023-09-23 07:55

5+单基因肿瘤+自噬+细胞凋亡+单细胞+实验

今天给同学们分享一篇单基因肿瘤+自噬+细胞凋亡+单细胞+实验的生信文章“Autophagy-relatedgeneLAPTM4Bpromotestheprogressionofrenalclearcellcarcinomaandisassociatedwithimmunity
生信风暴·2023-09-23 07:18

8+孟德尔随机化+转录组，双样本和多元MR分析。

今天给同学们分享一篇孟德尔随机化+转录组的生信文章“ExploringthecausalityandpathogenesisofsystemiclupuserythematosusinbreastcancerbasedonMendelianrandomizationandtranscriptomedataanalyses
生信风暴·2023-09-23 07:48

8+单基因+细胞凋亡+WGCNA+单细胞+实验验证

今天给同学们分享一篇单基因+细胞凋亡+WGCNA+实验验证的生信文章“RASGRP2isapotentialimmune-relatedbiomarkerandregulatesmitochondrial-dependentapoptosisinlungadenocarcinoma”，这篇文章于2023年2月3日发表在FrontImmunol期刊上，影响因子为8.786。Ras鸟嘌呤核苷酸释放蛋白
生信风暴·2023-09-23 07:15

9+单细胞+实验验证，探讨单基因对癌细胞转移作用的思路方向

今天给同学们分享一篇单细胞+实验的生信文章“IdentificationofRAC1inpromotingbrainmetastasisoflungadenocarcinomausingsingle-celltranscriptomesequencing
生信风暴·2023-09-23 07:15

10X单细胞空间联合分析人类小细胞肺癌肿瘤生态系统和空间结构

今天我给大家分享一个单细胞空间联合分析的内容，文章在Single-CellTranscriptomicAnalysesofTumorEcosystemsandSpatialArchitecturesinHumanSmallCellLungCancer
单细胞空间交响乐·2023-09-23 00:01
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