单细胞转录组第10页

单细胞分析（二）——细胞注释（SingleR自动注释）

单细胞分析数据后，得到族群后，如何将族群进行细胞名称注释是重要的步骤。这里使用SingleR进行简单的自动注释。安装需要的R包需要两个包SingleR和celldexif(!

生信小鹏·2023-12-01 04:36

基因结构注释（4）：整合预测结果

参考链接如何对基因组进行注释从头预测，同源注释和转录组整合都会得到一个预测结果，相当于收集了大量证据，下一步就是通过这些证据定义出更加可靠的基因结构，这一步可以通过人工排查，也可以使用EVidenceModeler

周小钊·2023-12-01 03:57

能量是如何推动物质形成的？

“能量”是贯穿宇宙138亿年历史的关键词，从大爆炸到地球诞生，从地球上的第一个单细胞生物到人类出现，从原始部落到今天的全球化，这么漫长的138亿年，有哪些恒常不变的力量在起作用，你会想到什么？

万溪·2023-11-30 14:19

R语言rhdf5读写hdf5文件(.h5)展示文件组织结构和数据索引

在一些单细胞文献中，作者通常会将分析的数据上传到GEO数据库保存为.h5格式文件，而不是我们常见的工程文件(rds文件，表格数据等)，所以为了解析利用这些数据需要对hdf5格式的组织结构有一定的了解。

Nh_code·2023-11-30 08:19

转录组分析之韦恩图

本来是数学分支集合论中的用来表示集合的草图，在生物学中，很多时候我们都用来分析不同处理的转录组样本，中共同上调或下调的重叠基因集合。

lxmic·2023-11-30 03:08

跟着Cell学单细胞转录组分析(三):单细胞转录组数据质控（QC）及合并去除批次效应

KS科研分享与服务·2023-11-30 02:34

杂乱无章

哈哈，我是玥儿，一个假的文艺女青年，天真、善良又有点多愁善感的单细胞生物。图片发自App

浅笑玥儿·2023-11-30 00:51

单细胞测序文献解读-拟南芥根系单细胞测序揭示根系细胞发育轨迹

单细胞转录组测序作为区别于传统Bulk-RNA测序的新兴技术，更好的解决了传统研究中存在的细胞异质性问题，为细胞类型鉴定及新细胞类型发现、细胞发育轨迹和功能分析等提供了良好的解决方案，已广泛应用于人类和动物研究

felix108·2023-11-29 23:18

学习小组Day7笔记--阿星

学习小组Day7测序和组学思维导图.png测序和组学1.测序重点关注三代测序的原理和优缺点2.组学初步了解基因组学和转录组学的意义和应用场景3.七天总结这七天用最快的方法入门和学习了生信的核心内容。

阿星爱小羊·2023-11-29 23:51

GRNdb：单细胞水平的基因调控网络数据库

然而，目前还没有一个数据库在单细胞水平上为人类和小鼠的各种正常组织和疾病提供全面的GRN信息。

尐尐呅·2023-11-29 21:03

转录组学习第四弹-数据质控

数据质控将SRR转为fastq之后，我们需要对fastq进行质量检查，排除质量不好的数据1.质量检查，生成报告文件ls*fastq.gz|whilereadid;dofastqc$id;done并行处理ls*fastq.gz|xargsfastqc-t102.生成html报告文件和对应的zip压缩文件，并通过scp命令传输到本地后用浏览器打开查看。#传文件scp-iusername@server-

长腿猴子请来的救兵·2023-11-29 19:20

零基础入门转录组分析——第四章（序列比对）

零基础入门转录组分析——第四章（序列比对）目录零基础入门转录组分析——第四章（序列比对）1.之前章节结果的查看1.构建参考基因组索引2.序列比对3.压缩和排序XXX.sam文件4.构建bam文件的索引（

呆猪儿·2023-11-29 18:50

零基础入门转录组分析——第五章（表达定量）

零基础入门转录组分析——第五章（表达定量）目录零基础入门转录组分析——第五章（表达定量）1.序列比对结果的复查2.表达定量3.提取有效信息4.合并多个样本定量结果5.进一步修改基因表达矩阵（我这里使用的虚拟机是

呆猪儿·2023-11-29 18:50

转录组测序学习第二弹

安装软件前面已经安装好了conda，那么我们现在需要安装我们后续需要用到的软件1.先进入我们前面建立的虚拟环境中condaactivatemy_env2.安装软件condainstall-ysra-toolscondainstall-ytrimmomaticcondainstall-ycutadaptmultiqccondainstall-ytrim-galorecondainstall-ysta

长腿猴子请来的救兵·2023-11-29 18:50

转录组学习第三弹-下载SRR数据并转成fastq

下载数据前面已经安装好了需要的软件，那么我们现在需要下载我们练习需要用到的sra数据。从SRA数据库下载数据有多种方法。可以用ascp快速的来下载sra文件，也可以用wget或curl等传统命令从FTP服务器上下载sra文件。另外sra-tools的prefetch也支持直接下载。在此处我用的是prefetch，因为ascp我尝试了很多次都没成功，遂放弃了。说明：由于数据量大，计算量也大，此处已换

长腿猴子请来的救兵·2023-11-29 18:50

2020转录组RNA-SEQ上游分析

文章目录安装配置conda使用清华源下载sh脚本并安装设置镜像源conda环境创建激活和退出环境conda安装软件质量评估@fastQCfastq格式FsatQC软件multiqc综合所有qc结果解读单一碱基占比单碱基测序质量在150bp上的分布情况测序质量的分布图GC含量测定接头adapter统计过滤reads@trim_galore过滤标准trim_galore比对@hisat2参考基因组，g

super_qun·2023-11-29 18:20

不用linux转录组数据分析,无参考基因组的转录组测序分析流程

下边上干货.1.分析流程：2.分析步骤2.1数据预处理，质控过程，与有参考的转录组分析一致2.2UniGene拼接目的：将预处理后reads进行拼接，得到拼接结果。

师敬超·2023-11-29 18:49

C语言基因序列比对,转录组入门（5）：序列比对

比对软件很多，首先大家去收集一下，因为我们是带大家入门，请统一用hisat2，并且搞懂它的用法。直接去hisat2的主页下载index文件即可，然后把fastq格式的reads比对上去得到sam文件。接着用samtools把它转为bam文件，并且排序(注意N和P两种排序区别)索引好，载入IGV，再截图几个基因看看！顺便对bam文件进行简单QC，参考直播我的基因组系列。前面四篇基本都算是准备工作，从

Valkla·2023-11-29 18:49

Cufflinks --转录组组装有参考基因组

一.简介Cufflinks下主要包含cufflinks,cuffmerge,cuffcompare和cuffdiff等几支主要的程序。主要用于基因表达量的计算和差异表达基因的寻找。二.安装Cufflinks下载网页。1.为了安装Cufflinks，必须有BoostC++libraries。下载Boost并安装。默认安装在/usr/local。$tarjxvfboost_1_53_0.tar.bz2

g863402758·2023-11-29 18:45

转录组学习第5弹-比对参考基因组

包括基因组比对和转录组比对目前比对的工具有很多，这里用的是hisat2。1.HISAT2官网下载indexhisat2和其他比对软件一样，需要先建立索引，建立索引

长腿猴子请来的救兵·2023-11-29 18:12

10X空间转录组数据分析之Pattern recognition and clustering

hello，我们接上一篇，10X空间转录组空间高变基因分析之SPARK，上一篇我们利用一些方法，找到了很多显著性的空间高变基因，那么这些基因在我们分析数据的时候起到了什么作用呢？

单细胞空间交响乐·2023-11-29 03:27

2021-09-09

Nature|从体细胞突变推断胚胎克隆动力学原创存在一棵树图灵基因今天收录于话题#前沿生物大数据分析撰文：存在一棵树IF=49.963推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：探索了334个单细胞集落的全基因组，并针对379

图灵基因·2023-11-29 03:29

精选知识点精华版“高中生物”核心资料——高考生物核心必背知识

★原核生物、真核生物中已混的单细胞生物区分记忆：a、原核生物：一（衣原体）支（支原体）细（细菌）蓝（蓝藻）子b、真核生物：一（衣藻）团（藻）酵母（菌）发霉（菌）了c、原核生物中有唯一的细胞器：原（原核生物

橙老师学堂·2023-11-29 01:22

10X单细胞空间研究揭示单核细胞 - 巨噬细胞空间动力学促进早期肥胖的前冠状生态位

开心的话，点个赞呗~~~今天我们继续单细胞空间的分析内容，参考文章在Monocyte-macrophagespatialdynamicspromotepre-crown-likenichesinearlyobesity

单细胞空间交响乐·2023-11-28 07:22

使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第五章)

本文首发于我的个人博客，http://xuzhougeng.top/往期回顾:使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第一章)使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第二章)使用ArchR分析单细胞

xuzhougeng·2023-11-28 03:00

单细胞数据分析||Statistical analysis for scRNAseq data

参考CathyMAUGIS-RABUSSEAUAndrews,T.S.andHemberg,M.(2018).Identifyingcellpopulationswithscrnaseq.Molecularaspectsofmedicine,59:114–122.Brennecke,P.,Anders,S.,Kim,J.K.,Kołodziejczyk,A.A.,Zhang,X.,Proserpi

周运来就是我·2023-11-28 00:02

RNA-Seq raw2fpkm pipeline (snakemake)

前几天，帮师妹分析转录组数据，由于她只需要FPKM，并且我刚好在学snakemake，就试着用snakemake写了一个简单的从rawdata到FPKM的流程。

李诚0921·2023-11-27 23:29

单细胞表达矩阵文件转换

先附上学习连接https://mp.weixin.qq.com/s/NaZ5kz3ew2O01cFEnK8sXg这个问题之前也遇到过，在此搬个小板凳来学习学习数据下载由于工作站暂时连接不上，所以打算利用Windows来下载，但是传统方法下载的gz结尾的csv文件貌似有损坏我是利用powershell来下载的首先在cmd输入startpowershell然后回车，进入powershell的界面在这个

小潤澤·2023-11-27 08:07

超全总结 | 用于空间分辨转录组数据分析的统计和机器学习方法

今天小编分享的这篇paper是来自《Genomebiology》的综述，其回顾了空间转录组学中统计和机器学习方法的最新发展，总结了有用的资源。

尐尐呅·2023-11-27 08:24

单细胞转录组中 UMAP的安装

InstallingUMAPdependsuponscikit-learn,andthusscikit-learn'sdependenciessuchasnumpyandscipy.UMAPaddsarequirementfornumbaforperformancereasons.TheoriginalversionusedCython,buttheimprovedcodeclarity,simp

常在心Vane·2023-11-27 06:33

基因组与转录组，深入挖掘基因表达信息--03

案例6研究背景性二态(Sexualdimorphism)一直是进化生物学家关注的热点问题。两栖动物具有丰富的性二态特征，繁殖期的雄性雷山髭蟾在上颌的皮肤形成角质刺，而雌性则没有这种特征。除性染色体上的基因外，大多数的基因组在雄性和雌性之间是共享的，所以性二态往往是由基因在性别间差异性表达引起的。由于缺乏参考基因组，很少有研究能够将性别差异表达模式与特定的性二态特征联系起来，与性二态性状相关的重要生

百迈客生物·2023-11-27 03:40

单细胞seurat入门—— 从原始数据到表达矩阵

根据所使用的建库方法，单细胞的RNA序列（也称为读取（reads）或标签（tags））将从转录本的3'端（或5'端）（10XGenomics，CEL-seq2，Drop-seq，inDrops）或全长转录本

生信小博士·2023-11-27 02:06

茶学文献2020-12-09

MetabolitesandTranscriptionalProfilingAnalysisRevealtheMolecularMechanismsoftheAnthocyaninMetabolisminthe“Zijuan”TeaPlant(Camelliasinensisvar.assamica)通过代谢物和转录组揭示

茶与生信2021·2023-11-26 10:12

2022-11-10

NatMeth|AI通过单细胞数据发现组织显微解剖结构原创存在一棵树图灵基因2022-11-1010:53发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学技术撰文：存在一棵树IF=47.990推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点

图灵基因·2023-11-26 08:22

这篇11分文章还留了个宝藏给你

：11.878)的一篇文章，“Anatlasoftheaginglungmappedbysinglecelltranscriptomicsanddeeptissueproteomics”，本文通过联合单细胞转录组测序技术和蛋白质谱去分析了衰老对小鼠肺组织细胞活性的影响

科研菌·2023-11-26 06:41

10X空间转录组学定义肝脏分区和结构成分的转录模式

hello，大家好，又是周一，新一周的开始，今天我们要继续分析我们的空间转录组的个性化分析，文章在SpatialTranscriptomicstodefinetranscriptionalpatternsofzonationandstructuralcomponentsintheliver

单细胞空间交响乐·2023-11-25 22:07

qRT-PCR相对定量计算详解qPCR相对定量计算方式——2^-(∆∆Ct) deta t

做完转录组分析之后，一般都要求做qRT-PCR来验证二代测序得到的转录本表达是否可靠。

生信小博士·2023-11-25 15:01

scDrug：从scRNA-seq到药物反应预测

scRNA-seq技术允许在转录组水平上对数千个细胞进行测量。scRNA-seq正在成为研究肿瘤微环境中细胞成分及其相互作用的重要工具。

tzc_fly·2023-11-25 14:38

10X单细胞（10X空间转录组）通讯分析之总结Nichenet生态位通讯比较分析

作者，追风少年i系统总结nichenet多条件通讯差异分析通讯软件nichenet的原理大家可以参考文章10X单细胞（10X空间转录组）通讯分析之NicheNet，10X单细胞（10X空间转录组）空间相关性分析和

单细胞空间交响乐·2023-11-25 11:56

科研“出圈”必备——空间组学技术

2020年5月，来自美国的研究人员在《MatrixBiology》发表综述论文，概述了目前可用的空间转录组学和空间蛋白质组学方法，并进一步描述了应用这些方法来提高对细胞外基质（ECM）和成纤维细胞生物学的理解的最新研究

尐尐呅·2023-11-25 09:50

NC：樊嘉/杨欣荣合作团队等报道单细胞测序解析肝癌循环肿瘤细胞的时空异质性和免疫逃逸新机制

论文通过单细胞

尐尐呅·2023-11-25 07:54

单细胞转录组数据分析课件||6. Dimensionality reduction of scRNA-seq data

本课件介绍了单细胞数据分析过程中的降维分析。为什么要降维？在单细胞分析中两种降维方式的区别？

周运来就是我·2023-11-25 07:27

文献解读 | 单细胞转录组图谱揭示了茶叶中儿茶素酯的发育轨迹和新的代谢途径

题目：Single-celltranscriptomeatlasrevealsdevelopmentaltrajectoriesandanovelmetabolicpathwayofcatechinestersintealeaves发表日期：2022年7月发表期刊：PlantBiotechnologyJournal影响因子：13.263实验方法：10xGenomics、LC-MS、BulkRNA-

爱基百客·2023-11-24 23:58

文献解读 | 单细胞转录组助力解析水稻早期花序的发育轨迹机制

作者利用单细胞转录组对水稻花序进行分

爱基百客·2023-11-24 23:27

单细胞专题 | 带你“走近”单细胞转录组测序

◆单细胞测序的概念◆上节我们讲到转录组测序相关内容，这期将继续学习单细胞转录组测序。