单细胞转录组第11页

公司如何像城市一样更好地生存？

从能量守恒，到星系星罗棋布，我们的宇宙是如此复杂；从单细胞的细菌，到高智商的人类，我们的生命是如此多样。世间万事万物几乎任何可量化的特点都与“规模”存

熊熊Eva·2023-11-24 13:12

单细胞多样本整合之harmony

GSE1175701.下载和读取数据rm(list=ls())library(stringr)library(Seurat)library(dplyr)f=dir("GSE117570_RAW/");f##[1]"GSM3304007_P1_Tumor_processed_data.txt.gz"##[2]"GSM3304011_P3_Tumor_processed_data.txt.gz"##[

小洁忘了怎么分身·2023-11-24 09:46

高中生物知识31个顺口溜+35个重要概念！速记，学霸必备

2.细胞的结构中有关细胞膜的记忆线叶双(线粒体、叶绿体有双层膜)无心糖(没有膜结构的是中心体和核糖体)3.原核生物、真核生物中易混的单细胞生物区分记忆a.原核生物：一(衣原体)支(支原体)细(细菌)蓝(

豪爵吸金ing·2023-11-24 09:06

空间转录组技术在肿瘤免疫治疗中的应用潜力

为了提高免疫疗法的疗效，研究人员已经使用空间转录组技术来识别并随后阻断肿瘤异质性的来源。原位杂交原位杂交(ISH)是一种使细胞或组织中特定DNA或RNA分子

尐尐呅·2023-11-24 07:08

NBIS系列单细胞转录组数据分析实战（二）：数据降维可视化

第二节：数据降维可视化加载所需的R包和质控过滤后的数据首先，我们加载分析所需的R包和上一节中质控过滤后的数据集。#加载所需的R包suppressPackageStartupMessages({library(Seurat)library(cowplot)library(ggplot2)library(scran)})#加载质控过滤后的数据alldata<-readRDS("data/results

Davey1220·2023-11-24 01:30

等位基因特异性表达(ASE)及顺反式调控研究的相关分析整理

在对动植物杂交种（或F1子代）的基因组和转录组的关联研究中，要回答这么一个问题：基因组变异到底与基因表达有什么关系？这个问题很难，因为涉及影响基因表达调控的因素可太多了！

生物信息与育种·2023-11-23 22:43

神奇的小球藻（功效篇）

来源：《绿藻食疗网》之前跟大家介绍了有“营养之王”和“排毒圣品”的单细胞植物—小球藻，或许有人会问小球藻真的有这么神奇吗？

jocelyn_wing·2023-11-23 14:57

胶质母细胞瘤免疫亚型分析+免疫组化发8+分SCI

本研究作者对单细胞转录组和bulk转录组数据集进行分析，鉴定到了一个新的GBM细胞亚型，随后构建的11-基因分类器有助于将GBM划分为对预后和抗PD-1治疗效果不同的亚组。

JUpter_·2023-11-23 13:59

非因解读 | Multiplex immunofluorescnece-多重免疫荧光结合单细胞蛋白组技术探索肿瘤微环境

Multipleximmunofluorescence-多重免疫荧光结合单细胞蛋白组技术探索肿瘤微环境技术背景：解析组织原位蛋白表达谱信息，并在单细胞层面进行深入的全方位数据解读已经成为了肿瘤微环境研究的下一个热门领域

FynnBio·2023-11-23 09:22

为什么受伤的总是你？因为你“单蠢”了啊！

单，就是简单，就像单细胞动物，伤到头了抱头，伤到脚了抱脚，只有动物的本能反应。

何初见·2023-11-23 07:24

单细胞36计之18擒贼擒王---单细胞与空间转录组整合

与scRNA-seq参考整合为了促进Slide-seq数据集的细胞类型注释，我们利用了由Saunders*，Macosko*等人制作的现有小鼠单细胞RNA-seq海马数据集。2018。

Seurat_Satija·2023-11-23 05:41

转录组+代谢组联合分析，经典思路永不过时

期刊：《PLOSONE》影响因子：3.24文章题目：Integrativeanalysesofmetabolomeandtranscriptomerevealsmetabolomicvariationsandcandidategenesinvolvedinsweetcherry(PrunusaviumL.)fruitqualityduringdevelopmentandripening发表期刊：《

felix108·2023-11-22 22:48

跟着Cell学单细胞转录组分析(四):单细胞转录组测序UMAP降维聚类

KS科研分享与服务·2023-11-22 15:15

膜翅目—递弱代偿

膜翅目：蜂、蚂蚁（就差看电视了）粒子-原子-分子-大分子-亚细胞（单细胞）-多细胞-人类晚级生物存态弱演变量（道）-感知失真（假象）-伪在危在代偿位相分化藕合中级生物社会：亲缘社会（性）-体质残化社会（

上下_求索·2023-11-22 09:02

单细胞测序分析肺部分实性结节的细胞生态系统

2022年2月，北京大学人民医院王俊院士团队在ClinicalandTranslationalMedicine发表了题为“Single-cellRNAsequencingrevealsthemulti-cellularecosystemindifferentradiologicalcomponentsofpulmonarypart-solidnodules”的研究成果。通过比较肺腺癌早期患者部分实

晶典教你玩转科研·2023-11-22 08:15

论文阅读“ZINB-based Graph Embedding Autoencoder for Single-cell RNA-seq Interpretations”

LuY,WangY,etal.ZINB-basedGraphEmbeddingAutoencoderforSingle-cellRNA-seqInterpretations.AAAI2022.摘要导读单细胞

掉了西红柿皮_Kee·2023-11-22 03:22

1130转录组分析（三）--王通老师讲解

1130RNAseq生物信息分析（王通老师）01课程介绍[if!supportLists]1.[endif]RNAseq测序定义[if!supportLists]2.[endif]为什么要进行RNA测序机体DNA是一个相对静态的过程，RNA是一个动态变化的过程，其在生理病理或者外在条件下，会发生相应变化，影响调控疾病发生。所以解释RNA变化在生命科学中是非常重要而这时候就需要RNAseq了。DNA

不如好好学生信吧·2023-11-22 01:36

成人、猕猴和猪海马和内嗅细胞的转录组学分类和神经源性轨迹（5/6）

Primateage-andcell-type-specificMETTL7Bexpression：灵长类年龄和细胞类型特异性METTL7B表达在从异皮质到新皮质过渡的海马ExN特异性基因中，我们将CHRNA1和METTL7B鉴定为两个基因，与发育过程中的其他大脑区域相比，在成年海马中显示出时间特异性（图5C）。METTL7B已被描述为主要在肝脏中酶促和代谢活跃的细胞中表达（Uhlén等人，20

科研菜鸟·2023-11-22 00:03

单细胞EB病毒基因检测技术助力鼻咽癌感染机制研究

鼻咽癌（Nasopharyngealcarcinoma,NPC）是一种发生于鼻咽黏膜柱状上皮的恶性肿瘤，绝大多数为鳞状细胞癌。常见临床症状为鼻塞、涕中带血、耳闷堵感、听力下降、复视及头痛等。全球80%鼻咽癌发生在中国，60%发生在南方特别是广东，故称作“中国癌“又叫“广东癌“。鼻咽解剖结构罹患鼻咽癌的名人罹患鼻咽癌的名人香港著名导演陈木胜，以执导警匪片著称，知名的作品包括《双雄》《新警察故

生物医学小站·2023-11-21 22:29

单细胞测序+免疫，还可以这样做！

近些年，免疫治疗疗效的影响因素一直是研究热点，单细胞测序也是越来越受欢迎，这篇文章就很好的将二者进行了结合，从细胞-细胞互作的角度去分析肿瘤对抗PD-1治疗不同的应答机制。

概普生信·2023-11-21 21:50

空间组数据和单细胞数据的相关性分析（Seurat）2022-05-20

黄甫一·2023-11-21 19:47

文献笔记八十四：Rsubread R语言里转录组表达定量工具

论文链接https://academic.oup.com/nar/article/47/8/e47/5345150本地文件gkz114.pdf

小明的数据分析笔记本·2023-11-21 13:42

Samtools的一个小实例

最近在学习利用转录组数据进行变异检测的相关分析方法，找到了一篇关于samtools的教程SAMtools-Primer/Tutorial，原文提供分析过程用到的数据，非常好的学习素材，简单记录自己的重复过程

小明的数据分析笔记本·2023-11-20 18:33

1128 转录组分析 B站up主天马行空的坦克兵（讲解清晰易懂）

1128转录组分析B站up主天马行空的坦克兵（讲解清晰易懂）09删除conda下的某一款软件删除名为rnaseq1环境下的比对软件STAR：remove-nrnaseqSTARCtrl+C停止运行程序（

不如好好学生信吧·2023-11-20 16:43

平庸者伟岸-《知鱼之乐》随笔

首先，变异者一旦得逞，总是翻脸不认祖宗，甚至摇身化作让老前辈全然无法应对的天敌，这种情形最早见于作为后续一切生物之鼻祖的原始蓝绿藻，它们的进化变种，就是专为收割蓝绿藻为食的真核单细胞浮游生物，结果把老佛爷弄得

静无波·2023-11-20 09:56

硅藻科普 | 可养殖的是硅藻，不是硅藻泥

它是一类单细胞植物，大小在0.

virusko·2023-11-20 04:12

单细胞分析最佳实践

单细胞RNA-seq数据分析最佳实践（上）单细胞RNA-seq数据分析最佳实践（中）单细胞RNA-s

FionaMoon·2023-11-20 03:02

【现学现卖】真菌宏转录组分析以寻找病毒

排版相对好一些的原文链接如下（微信公众号）https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI4MzU2Mjc1OA==&mid=2247484670&idx=1&sn=f4807aa5c5b4b79ec3c75416a4aeecf2&chksm=eb898297dcfe0b81a2113e2e22c6548eba7d3b5e0678541a8e8a7e161810d6b9a7

乔伊nikkie·2023-11-20 01:23

利用codon神器10倍提升我的python代码效率

下面是我的过滤单细胞reads数据的python脚本#coding=utf-8importsys,osimportgzipimportrandomfq1_file=sys.argv[1]fq2_file

awk_bioinfo·2023-11-19 23:18

基因组重测序与转录组联合分析简介

基因组重测序是挖掘候选基因的重要手段，转录组测序则是研究基因表达量差异的主要方法。通过基因组重测序中的全基因组关联分析（GWAS）、数量性状基因座（QTL）等方式可以挖掘到重要性状的关键候选基因。

花生学生信·2023-11-19 20:29

单细胞分析文献分享《Orchestrating single-cell analysis with Bioconductor》

《Orchestratingsingle-cellanalysiswithBioconductor》这篇文章时2019年发表在naturemethod上的一篇单细胞分析流程方法类文章，主要介绍的利用Bioconductor

小潤澤·2023-11-19 20:14

如何利用clusterProfiler进行基因集的KEGG富集分析？

NGS测序项目，不管是基因组测序，还是转录组测序，通常会得到一个基因列表，记录了基因突变，或者高/低表达量。

简说基因-专业生信合作伙伴·2023-11-19 15:52

一文看懂植物单细胞测序怎么做？

作者：椰子糖审稿：童蒙编辑：amethyst随着单细胞测序技术的突破，单细胞测序的时代已然到来。

生信阿拉丁·2023-11-19 02:36

给男友发：“我来大姨妈了，难受想哭！”男友的回复哭笑不得！

但很多直男完全是不解风情的单细胞动物，当女友跟他倾诉来大姨妈的无助时，他们的反应常常让女生失望。给男友发：“我来大姨妈了，难受想哭！”男友的回复哭笑不得！女生给男友发：“我来大姨妈了，难受想哭！”

莫名其妙的大风·2023-11-19 01:59

火山图——直观的特征差异可视化

Volcanoplots）是散点图的一种，根据变化幅度（FC，FoldChange）和变化幅度的显著性（Pvalue）进行绘制，其中标准化后的FC值作为横坐标，P值作为纵坐标，可直观的反应高变的数据点，常用于基因组学分析（转录组学

Odd_guy·2023-11-15 22:44

知名流量女星（花花）居然爱吃这个！？

实验设计思路：01、Illumina+Nanopore宏基因组测序：构建大熊猫肠道微生物基因组（MAGs）数据集；02、宏转录组测序：利用宏基因组和宏转录组测序技术，比较大熊猫肠道微生物与肉食动物、草食动物和杂食动物的消化道微生物

SHANGHAILINGEN·2023-11-15 15:31

SeuratData包里pbmc3k数据集下载老失败的解决方案

pbmc3k是单细胞经典数据集，SeuratData包里包含了pbmc3k等各种数据集供下载。但是因为网络原因，在R里直接下载很容易失败。

慎终君·2023-11-15 05:58

ggThemeAssist｜鼠标调整主题，并返回代码

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、高颜值在线绘图和分析、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析

生信宝典·2023-11-14 22:57

数据分析：转录组差异分析总结（DESeq2+limma+edgeR+t-test/wilcox-test）

前言差异分析是转录组数据分析的必需技能之一，但众多的转录组分析R包如DESeq2，limma和edgeR等让分析人员不知如何选择，还有它们之间的优劣如何？

十三画者·2023-11-14 15:27

CoSTA：用于空间转录组分析的无监督卷积神经网络学习方法

空间转录组学技术的兴起使人们

wen05054105·2023-11-14 05:28

【学习笔记】生物信息学基础知识+序列比对初步了解（一）

文章目录DNA和RNA的组成基因蛋白质中心法则DNA的复制DNA到mRNA转录蛋白质的剪接蛋白质的折叠突变与多态性组学转录组蛋白质组代谢组组学数据简介表观遗传复杂生物网络影像组主要研究内容介绍多序列比对全局序列比对动态规划算法

Dumbledore‘s wand·2023-11-14 00:40

转录组学习之序列比对（Hisat2）[学习笔记通俗易懂版]

转录组学习之序列比对（hisat2）[学习笔记通俗易懂版]data:2023.7.25recorder:CYH-BI特别注意：本文为我自己学习的学习记录，没有任何权威，只能仅供初学者提供思路与参考。

CYH-BI·2023-11-14 00:39

多个10x单细胞转录组每个样品的3个文件如何归纳到同一个文件夹里面

多个10x单细胞转录组每个样品的3个文件如何归纳到同一个文件夹里面（看到曾老师收费不能白嫖我就写个脚本）首先我下载了一个10x的文件集合哈我的理想是整成这个样打开后是这个样式如何实现呢我提供了py的脚本

sayhello1025·2023-11-13 16:06

知识分享| 转录组个性化分析(6）——WGCNA

近年来，很多SCI高分文章中都使用了WGCNA，那么WGCNA是什么，它可以应用于哪些研究方向，又如何进行WGCNA分析，其分析结果如何看？现在就带着这些问题，跟着小易一起学习探讨吧！1WGCNA介绍WGCNA（weightedgeneco-expressionnetworkanalysis，权重基因共表达网络分析）是一种分析多个样本基因表达模式的分析方法，可将表达模式相似的基因进行聚类，并分析模

bioyigene·2023-11-13 16:02

研究前沿 | Science：单细胞测序助力绘制迄今最完善的灵长类动物前大脑发育图谱

引言大脑发育的关键分子机制在啮齿动物中已有所了解，但在灵长类动物中仍然不清楚，这限制了研究者对高级认知能力起源和功能障碍的理解。此外，在包括人类在内的灵长类动物中，关于轴突投射路径上的丘脑区域和皮层区域多样化的早期分子事件的信息匮乏，尤其是在神经干细胞生成神经元和胶质细胞的过程中。2023年10月12日Science在线发表了题为Molecularprogramsofregionalspecifi

bioyigene·2023-11-13 16:59

非肿瘤+WGCNA+单细胞，快来抄作业

今天给同学们分享一篇生信文章“m6ARegulatorsIsDifferentlyExpressedandCorrelatedWithImmuneResponseofEsophagealCancer”，这篇文章发表在DisMarkers期刊上，影响因子为3.464。结果解读：食道癌中差异表达基因（DEGs）的鉴定和功能注释作者进行了整体分析，并绘制了箱线图、数据密度图和主成分分析（PCA）图（图1

生信风暴·2023-11-10 19:47

生物学重复好不好--看看样本相关性

以转录组数据为例，一般会设置3-5个生物学重复，如何确认生物学重复的效果好坏呢，方法有很多，可以计算两两样本之间的相关性，可以进行样本的PCA分析，或者绘制聚类热图，这里首先介绍样本相关性方法。

Neptuneyut·2023-11-10 03:53

手把手教学差异表达基因分析

文章目录引言安装并导入DESeq2包数据要求制作dds对象，进行差异分析筛选差异基因完整代码其他问题引言对于组学分析来说，常常会寻找组间的差异，例如差异基因（转录组）、差异菌（宏基因组）以及差异通路（宏基因组