单细胞转录组第2页

SLICER：从单细胞RNA-seq数据推断分支的非线性细胞轨迹

image.pngSLICER是一种构建轨迹的算法，该轨迹描述了某些生物学过程中基因表达的变化。SLICER可以捕获高度非线性的基因表达变化，自动选择与该过程相关的基因，并检测轨迹中的多个分支和loopfeatures。SLICER（SelectiveLocallyLinearInferenceofCellularExpressionRelationships），是一种使用局部线性嵌入（LLE）重

生信编程日常·2024-02-14 00:51

单细胞注释

单细胞-注释-2022-01-17多个样本单细胞分析流程-(jianshu.com)一、人工注释人工注释需要借助文献检索marker或者结合常用的注释数据库，例如两个常用的数据库：CellMarker（

刘综一·2024-02-13 23:57

CyTOF 质谱流式技术在CAR-T治疗中取得的最新成果

CyTOF技术作为最前沿的单细胞蛋白检测技术在CAR-T细胞治疗中具有不可替代的关键性作用，接下来分享三篇近期CAR-T细

普罗亭·2024-02-13 22:29

转录组文章 | 2022《Journal of Hazardous Materials》细胞壁多糖在水稻钒解毒中的作用及其转录组机制

一、导读细胞壁多糖在重金属结合方面起着至关重要的作用，这有助于植物体内重金属的解毒。然而，目前有关于钒（V）与植物根系细胞壁结合的分子机制的研究目前还没有，尤其是有关于对水稻（OryzasativaL.）的研究。本研究以两个不同V耐受程度的水稻品种为研究对象，探究了不同V浓度对V的亚细胞分布的影响，揭示了细胞壁多糖对V暴露的调控机制。结果表明，水稻根系抑制了V的向上迁移，V在根系细胞壁中的积累量达

生信师姐·2024-02-13 19:17

【算法详解】STitch3D：空间转录组数据和单细胞RNA测序数据共同建模的空转数据对齐和整合算法，实现更高分辨率的3D结构重建

目录0参考文献1模型特色2算法解析2.1模型概述2.2获得隐空间表示2.3获得细胞类型比例2.4处理批次效应0参考文献STitch3D原论文：Constructionofa3Dwholeorganismspatialatlasbyjointmodellingofmultiplesliceswithdeepneuralnetworks1模型特色生物体器官具有复杂的三维结构，生理过程的进行也很少在二维

yaoyao255·2024-02-13 18:32

R、python读取空间转录组的8种方式

“空间转录组测序主要包括5个步骤，我们着重下游分析部分：空转数据分析和可视化。

生信小博士·2024-02-13 18:01

单细胞测序生信分析1-Seurat

单细胞分析的经典包——Seurat包有自己的官方教程，跟着教程过一遍可以get大致过程（https://satijalab.org/seurat/archive/v3.1/pbmc3k_tutorial.html

18b79e7933ad·2024-02-13 08:46

10.单细胞 RNA-seq：聚类分析

学习目标：评估是否存在聚类过程产生的技术误差使用PCA和UMAP图确定聚类质量，并了解何时重新聚类评估已知的细胞类型标记与假设簇的细胞类型同一性单细胞RNA-seq聚类分析现在我们已经进行了整合，我们想知道我们的细胞群中存在哪些不同细胞类型

denghb001·2024-02-13 01:02

Smart seq2 2014

需要单细胞分辨率来增加我们对细胞间变异性的理解。我们的团队最近证明了Smart-seq

韧_7e6f·2024-02-12 23:08

分析流程||scanpy单细胞分析流程2-降维聚类及差异基因鉴定

gzh：BBio，欢迎关注scanpy软件由TheisLab实验室开发，和Seurat相同都是常用的单细胞数据分析工具。

BBio·2024-02-12 20:44

2022-09-20

NatComm|肝母细胞瘤单细胞分析预测化疗敏感性原创图灵基因图灵基因2022-09-2010:39发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学机制肝母细胞瘤是儿童最常见的肝癌形式。

图灵基因·2024-02-12 16:51

2022-07-28

CancerDiscov|8万个单细胞测序揭示肿瘤浸润淋巴细胞分化动态原创huacishu图灵基因2022-07-2811:47发表于江苏收录于合集#前沿生物大数据分析撰文：huacishuIF=38.272

图灵基因·2024-02-12 13:17

10X空间转录组的文献思路简单分析

这一篇我们简单回顾10X空间转录组的分析思路和过程，上一篇说到，ST需要对基因表达、空间位置和组织学信息进行更全面和综合的考虑，所以难度上，比单细胞需要更高，对人的

单细胞空间交响乐·2024-02-12 12:59

应用Cellpose进行细胞核分割

在这个教程中，我们将展示如何应用组织结构的细胞分割算法Cellpose（包含在squidpy.im.segment)进行空间转录组数据图像的细胞核分割。

JUpter_·2024-02-12 10:39

小鼠嗅球的单细胞rna-seq揭示了细胞的异质性和成体神经元活性依赖的分子普查

Single-CellRNA-SeqofMouseOlfactoryBulbRevealsCellularHeterogeneityandActivity-DependentMolecularCensusofAdult-BornNeurons题目：小鼠嗅球的单细胞

猫姐Lily·2024-02-12 06:26

从10X单细胞bam文件中提取某一个细胞类型的bam

我们之前简单做了一下cellranger的上游分析单细胞上游软件cellranger从头说，得到的结果文件如下：如果我们要做下游分析，那么三个文件matrix.mtx，barcodes.tsv和genes.tsv

小潤澤·2024-02-12 00:57

UCSC Cell Browser：可视化你的单细胞数据 | 单细胞分析工具

随着单细胞技术应用的增长，对探索这些大型、复杂数据集工具的需求也越来越大。自2010年以来，单细胞转录组文章数量呈指数级增长。

尐尐呅·2024-02-11 17:03

种出个地球观后感

这让我很惊讶，我原以为现在的一切起因都是因为细菌的诞生，它们不断的进化，从单细胞生物进化成复杂的生物，而植物只是一个意外。但当我看完后我才发现植物才是第一个登上陆地的王者。

张静怡9460·2024-02-11 14:36

单细胞scRNA-seq学习笔记5-单细胞异质性和批次效应

今天继续搬砖主要学习了一下内容：单细胞转录组学习笔记-5-熟悉文献作者提供的两个表达矩阵-https://www.jianshu.com/p/33a7eb26bd31单细胞转录组学习笔记-6-得到表达矩阵后看内部异质性

天涯清水·2024-02-11 14:47

跟着Cell Research学单细胞分析：以小提琴图、热图为例

涉及到的知识点包括且不限于：小提琴图，添加均值标记，拼图ggplot2绘制聚类热图，数据框长宽转换单细胞分析如何使用特定的基因聚类使用每个cluster的均值画热图，分组统计

TOP生物信息·2024-02-11 08:57

lncRNA转录组分析泌乳母猪热应激机制

热应激(Heatstress,HS)严重影响母猪泌乳性能，然而，关于HS通过下丘脑-垂体-乳腺轴(HPMA)影响雌性动物泌乳性能的机制，信息有限。长链非编码RNA(Longnon-codingRNAs,lncRNAs)在转录和转录后调控中发挥重要作用。但是，lncRNA在母猪下丘脑-垂体-乳腺轴上表达影响泌乳性能的机制尚不清楚。因此，本研究对热应激和热舒适条件下哺乳母猪的下丘脑、垂体和乳腺组织进行

felix108·2024-02-11 06:37

单细胞分析之细胞注释工具Garnett

本文摘自公众号【生信诊断所】原文链接：https://mp.weixin.qq.com/s/eV0m1H6a9gyf4FMZjqQnzA摘要Garnett是一个单细胞自动注释软件包，输入数据包括一个单细胞数据集和细胞类型定义文件

11的雾·2024-02-10 19:00

芯周刊·第15期 | 代谢组+转录组+单细胞转录组揭示肠道菌群代谢衍生物的抗肿瘤免疫反应

01代谢组+转录组+单细胞转录组揭示肠道菌群代谢衍生物的抗肿瘤免疫反应肠道微生物可以调控固有免疫和适应性免疫应答，参与免疫检查点阻断治疗，但其影响肿瘤生长的机制仍不清楚，胰腺导管腺癌(PDAC)临床特征发现其具有显著的免疫浸润

生物芯时空·2024-02-10 15:23

2022-05-31

NatBiotech|北大高歌组利用GLUE算法实现单细胞多组学数据的集成整合原创苏安图灵基因2022-05-3107:03发表于江苏收录于合集#前沿生物大数据分析撰文：苏安IF：54.908推荐度：⭐

图灵基因·2024-02-10 09:25

IOBR:一个R包带你走进数据挖掘的殿堂

鉴于前一段时间有小伙伴私聊Immugent说生信宝库是不是专门只写单细胞相关的推文呀，其实，这只是凑巧最近发的都是单细胞相关的。

生信宝库·2024-02-10 08:36

单细胞数据挖掘(10a)-基于FPKM标准化的单细胞差异分析

本笔记来源于B站@生信技能树-jimmy；学习视频链接:「生信技能树」单细胞数据挖掘以下内容是我拷贝自学习资料里的markdown文件，作者信息如文件所示。本人在学习的过程中做了一些注释、删减和改动。

北欧森林·2024-02-10 06:08

单细胞转录组测序---多样本整合分析完整代码

最近做了天然胸腺单细胞测序结果的分析，我在GEO数据库中下载了10个样本（GSE182135），完整的的代码如下，做一个记录，还在摸索阶段，如果有不对的地方也请大佬们指正。

生信小白花·2024-02-10 03:19

scanpy官方教程2022||05-空间转录组数据分析

scanpy-tutorials.readthedocs.io/en/latest/spatial/basic-analysis.html【注意教程有两个版本，这里是latest版本的学习笔记】这篇教程主要介绍怎么使用scanppy进行空间转录组数据分析

信你个鬼·2024-02-10 02:55

岐黄趣谈

歧伯答曰：生不是为了活着等死，生命应该有它的方向，从单细胞走向更加高等的生命形态。而不仅仅为了生存而生存。皇帝问曰：！！！！

三夫之·2024-02-10 01:34

TCGA新版数据库表达矩阵提取

现在使用TCGAbiolinks下载转录组数据后，直接是一个SummarizedExperiment对象，这个对象非常重要且好用。

医学和生信笔记·2024-02-10 00:22

三代转录组系列：使用Cogent重建基因组编码区

尽管目前已测序的物种已经很多了，但是对于一些动辄几个G的复杂基因组，还没有某个课题组有那么大的经费去测序，所以仍旧缺少高质量的完整基因组，那么这个时候一个高质量的转录组还是能够凑合用的。

xuzhougeng·2024-02-09 23:06

Seurat - 聚类教程 (1)

在IlluminaNextSeq500上对2,700个单细胞进行了测序。可以在此处[2]找到原始数据。我们首先读取数据。

冷冻工厂·2024-02-09 09:38

蛀牙

下面我就给大家介绍一下细菌:细菌是一种单细胞的生物。他们通过你吃的食物和你所吸入的空气，进入你的身体。很多种细菌，当它们抵达你的嘴巴时，就被杀死了。

平凡一生123·2024-02-09 09:24

单细胞：CEL-Seq2 数据分析（劝退篇）

参考文献：CEL-Seq2:sensitivehighly-multiplexedsingle-cellRNA-Seqgithub：GitHub-yanailab/CEL-Seq-pipeline下载：wgethttps://github.com/yanailab/CEL-Seq-pipeline/archive/refs/tags/v1.0.tar.gz解压后只有这些文件CEL-Seq-pipe

11的雾·2024-02-09 04:42

单细胞: 将meta.data plot 到UMAP图上的几种方法

这里准备了一个文件，是要将这个文件中的信息plot到umap图上，文件有3列image-20230222064141508.png今天的目标就是:将第一列barcodeplot到umap上将第二列clonotypeidplot到UMAP上将第三列countsplot到umap上用count的大小表示clonotype的大小，且每个clonotype分别用不同的颜色。首先要有一个seuratobj,

11的雾·2024-02-09 03:20

单细胞转录组|Seurat 4.0 使用指南

正好前段时间刚做过单细胞转录组分析，今天就给大家介绍一下常用工具Seurat的用法。

木舟笔记·2024-02-09 01:56

单细胞转录组之Seurat包全流程-数据过滤、降维分群及可视化

1.Seurat包的安装及数据的准备1.1加载需要的包和数据if(!requireNamespace("BiocManager",quietly=TRUE))install.packages("BiocManager")BiocManager::install("Seurat")library(Seurat)#devtools::install_github('satijalab/seurat-d

青青青山·2024-02-08 23:32

「转录组」从环境配置之conda

image.png什么是condaconda：开源包管理系统和环境管理系统，用于安装多个版本的软件包及其依赖关系，并在它们之间轻松切换。系统：适用Linux，OSX和Windows。For：为Python程序创建的，但可以打包和分发任何软件。【生物信息学频道bioconda】Anaconda是一个开源的Python发行版本，包含了conda、python等180多个科学包及其依赖项。因为包含了大量

旮旯蜗牛_c299·2024-02-08 21:35

Gut Microbes+ Microbiome | 揭示太空环境对微生物的影响

借助16S扩增子、宏基因组、转录组等生物学技术，我们一起来探究在太空环境下，微生物所发生的变化。航天飞行期间，小鼠肠道微生物和宿主代谢的变化[1]肠道微生物通

ee00dc6faab7·2024-02-08 05:16

R统计绘图 - 柱状图

39个转录组分析工具，120种组合评估(转录组分析工具哪家强-导读版)中提到了较多堆积柱状图的

生信宝典·2024-02-08 01:35

Q30与Phred值

转录组测序数据中，经常会出现Q30或Phred值，它们究竟是什么含义？Q30表示一个碱基的质量值，也表示该碱基错误率百分比。Q30指碱基质量值为30，错误率为0.1%，正确率为99.99%。

新欣enjoy·2024-02-07 10:57

2021-12-10

2021-12-1007:02收录于话题#前沿分子生物学机制撰文：楠烟不可言IF=53.242推荐度：⭐⭐⭐⭐亮点：这篇文章介绍了诱导多能干细胞(iPSC)存在线粒体单核苷酸变异(mtSNV)，近年来的单细胞分析表明

图灵基因·2024-02-07 08:30

前沿Perspective | 空间转录组数据分析方法最新进展

空间转录组学是一个迅速发展的领域，有望以单细胞或亚细胞分辨率全面表征组织结构。

尐尐呅·2024-02-07 08:31

单细胞分析——深入理解 AnnData 数据结构

新手，纯搬运工【内容出自https://cloud.tencent.com/developer/article/1817039】一、环境准备：搭建Python高效开发环境：Pycharm+Anaconda二、安装scanpypipinstallscanpy三、AnnData1、AnnData介绍与结构AnnData是用于存储数据的对象，一般作为scanpy的数据存储格式。image.png下面我们

春娃赛如花·2024-02-07 05:15

scanpy 教程 1：预处理和聚类 3k PBMCs

Tiger Z·2024-02-07 03:02

【单细胞】Python单细胞分析数据结构AnnData

1AnnData数据结构参考文献[1][2]Python单细胞分析数据结构——AnnData[3]scanpy单细胞分析包图文详解01|深入理解AnnData数据结构[4]Scanpy(一)AnnData

一穷二白到年薪百万·2024-02-07 03:32

Seurat 单细胞转录组测序数据分析教程（三）——python(scanpy)

Seurat单细胞转录组测序数据分析教程（二）——python(scanpy)文章参考至scanpy官网，做了一个更详细的解读。

coffeeii·2024-02-07 03:31

python小白入门单细胞分析scanpy

Scanpy和Seurat基本上完全一样，Scanpy构建的对象叫做AnnData对象，他的数据存储是以4个模块存储（如下图）如果你不理解scanpy这种数据结构的话，可以对比学习一下seurat中数据结构单细胞直播三

生信小博士·2024-02-07 03:01

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