单细胞转录组第8页

成人、猕猴和猪海马和内嗅细胞的转录组学分类和神经源性轨迹

Transcriptomictaxonomyandneurogenictrajectoriesofadulthuman,macaque,andpighippocampalandentorhinalcells成人、猕猴和猪海马和内嗅细胞的转录组学分类和神经源性轨迹发表时间

科研菜鸟·2023-12-25 16:41

喜讯连连捷报传，文章累累创佳绩，平均IF 18分!!!

爱基百客专注于提供领先的表观组学服务，目前已在表观组学、单细胞时空组学和高通量测序等方向积累了大量的项目经验。

爱基百客·2023-12-25 15:34

单细胞分析实录(18): 基于CellPhoneDB的细胞通讯分析及可视化 (上篇)

细胞通讯分析可以给我们一些细胞类群之间相互调控/交流的信息，这种细胞之间的调控主要是通过受配体结合，传递信号来实现的。不同的分化、疾病过程，可能存在特异的细胞通讯关系，因此阐明这些通讯关系至关重要。CellPhoneDB配有详实的受配体数据库，其整合了此前的公共数据库，还会手动矫正，以得到更加准确的受配体注释。此外，针对受配体有多个亚基的情况，也进行了注释。下面这张图显示了CellPhoneDB配

TOP生物信息·2023-12-25 13:00

sc-RNA-seq数据分析|| UMAP与t-NSE的区别

一样作为高纬数据可视化的利器，并且优于tsne.UMAP与t-SNE均是非线性降维，多用于数据可视化UMAP结构与t-SNE一致UMAP计算更快UMAP能更好地反映高纬结构，比t-SNE有着更好的连续性这种连续性反映到单细胞分析中就是能更好滴可视化细胞的分化状态

周运来就是我·2023-12-25 07:59

2022-04-28

MolCell|单细胞分析转录组和组蛋白修饰细化表达调控研究图灵基因图灵基因2022-04-2813:44收录于合集#前沿生物大数据分析单细胞技术的进步不仅使分析单个细胞中的多个分子家族成为可能，而且还使科学家能够解析由于测量参数的细胞间多样性引起的数据分析的局限性

图灵基因·2023-12-25 01:00

Trinity软件对转录组进行无参比对教程

写在前面2023年将结束，小杜的生信笔记分享个人学习笔记也有2年的时间。在这2年的时间中，分享算是成为工作、学习和生活中的一部分。自己为了运行和维护社群也算花费大量的时间和精力，自己认为还算满意吧。对于个人来说，自己一直的目的都是分享自己的学习笔记，以及多多少少可以帮助解决一下需要帮助的同学。我们这里所说的是需要帮助的人，而不是大部分人。自己的能力和精力自己清楚，自己研究的方向也是比较局限，我们并

小杜的生信筆記·2023-12-24 17:46

转录组无参比对教程

写在前面2023年将结束，小杜的生信笔记分享个人学习笔记也有2年的时间。在这2年的时间中，分享算是成为工作、学习和生活中的一部分。自己为了运行和维护社群也算花费大量的时间和精力，自己认为还算满意吧。对于个人来说，自己一直的目的都是分享自己的学习笔记，以及多多少少可以帮助解决一下需要帮助的同学。我们这里所说的是需要帮助的人，而不是大部分人。自己的能力和精力自己清楚，自己研究的方向也是比较局限，我们并

小杜的生信筆記·2023-12-24 17:45

组学无参比对教程

转录组无参比对教程当作物是没有参考基因组时，需要无参进行比对。Trinity是现在使用最广泛的转录组Denovo组装软件。

小杜的生信筆記·2023-12-24 17:43

空间转录组

空转写在前面一些概念下载数据三级目录写在前面尝试尝试理解空转参考：1.Seurat空间转录组分析（一）数据读入：https://mp.weixin.qq.com/s/06qiP4_yE8UOvXt4eP6org

愿航·2023-12-24 17:37

教程 | 规模化物种同源基因分析 - orthofinder [上篇]

相比于几年前火爆的通过转录组测序挖掘生物学问题策略，通过基因组，尤其是比较基因组分析，往往可以给我们带来更多确定性结果，如相比于近源物种A为何物种B的果皮更红？这完全有可能是特定家族成员扩张导致。

生信石头·2023-12-24 17:22

RNA-seq数据库（ChatGPT）

截至我最后更新知识的时间（2022年1月），存在许多RNA测序（RNA-seq）数据库，这些数据库提供了大量的基因表达和转录组学数据。

素材积累·2023-12-24 07:11

2021-12-15

NatBiotech|深度数据融合得到超分辨率空间转录组学原创huacishu图灵基因2021-12-1509:00收录于话题#前沿生物大数据分析撰文：huacishuIF=54.900推荐度：⭐⭐⭐⭐

图灵基因·2023-12-24 02:22

论“水”的神秘性

地球是从水里，孕育出来单细胞生物，暗涵水相生的情况，逐渐生成其他五行。就连生物进化到人类这种高级动物的时候，也自然离不开水。胎儿在母体中孕育的时候，周围由羊水包裹，也代表在水中孕育形成生命。

胡承元·2023-12-24 02:31

2022-04-13

NatBioEng|光标记与单细胞测序快速识别侵袭性癌细胞原创图灵基因图灵基因2022-04-1307:03收录于话题#前沿分子生物学机制即使在肿瘤被手术切除或用药物缩小后，一些残留的侵袭性癌细胞也会刺激新肿瘤的生长和扩散

图灵基因·2023-12-23 21:49

汇总 | 转录本表达矩阵到基因表达矩阵

写在前面前天，我写了一个TBtools插件，意在让所有人都能自主分析转录组测序数据，进而获得基因表达量矩阵（TPM）和基因读段计数矩阵（Count）。

生信石头·2023-12-23 09:13

知识分享 | 转录组个性化分析(4)——蛋白互作分析

蛋白质-蛋白质相互作用（protein-proteininteraction,PPI）是指两个或两个以上的蛋白质分子通过非共价键形成蛋白质复合体（proteincomplex）的过程。在进行数据挖掘的时候往往会得到很多的差异表达的基因，当你对着一堆基因毫无头绪时，此时PPI数据库对你的数据挖掘起了很大的助攻作用。接下来，跟着小编一起来学习下PPI分析吧！文中附详细代码，小伙伴们可以使用自己项目数据

百易汇能生物·2023-12-23 07:57

单细胞从理论到实践-这一本书就够了

生信交流平台·2023-12-23 03:13

单细胞分析流程之Cell Ranger

单细胞分析流程之CellRanger图片大家好，我是新加入的小编Immujent，很高兴能够在这里和大家一起学习很分享单细胞的分析流程，以后就请大家多多关注啦~话不多说，直接上干货！

生信宝库·2023-12-23 00:10

项目文章丨单细胞多组学联合揭示神经元发育的进化调控网络

2022年3月，来自中科院遗传发育所许执恒团队和吴青峰教授在CellResearch杂志上合作发表了题名为“Evolutionarilyconservativeandnon-conservativeregulatorynetworksduringprimateinterneurondevelopmentrevealedbysingle-cellRNAandATACsequencing”的研究论文，

晶典教你玩转科研·2023-12-22 22:02

恐龙

距今38亿年前，地球上开始出现了生命，那是生活在海涪的一种单细胞动物——草履虫；经过了数亿年的变化，草履虫演变成了爬行动物，生活在海洋、陆地和天空中心；又经过了时代的漫长变迁，世界上的第一只恐龙出现了。

小杰g·2023-12-22 19:58

10X单细胞（10X空间转录组）利用轨迹分析推断细胞间的实时通讯（TraSig）

hello，大家好，今天我们来分享一个新的内容，利用我们的轨迹分析的结果来推断细胞之间的通讯交流。文章在Inferringcell-cellinteractionsfrompseudotimeorderingofscRNA-Seqdata.这个方法对于有分化关系的细胞类型来说，是一个新的角度解读细胞间的通讯，个人认为更加的重要。我们先来看看文献，最后分享示例代码。Abstract1、Amajora

单细胞空间交响乐·2023-12-22 08:11

裁员滚滚财源滚滚

幸福本是璀璨之星空，如今却比个单细胞动物还不如。这也一点都不奇怪，伟

蘑菇洒脱·2023-12-22 06:46

10X空间转录组数据分析之降噪和imputation处理（SPCS）

hello，大家好，今天给大家带来一个新的内容，针对10X空间转录组的降噪和imputation分析，这两部分的分析内容大家在10X单细胞的分析上应该是经常用到的，大家可以找一找我的公开课，专门讲过这一部分的内容

单细胞空间交响乐·2023-12-21 16:41

芯周刊·第29期 | 单细胞+转录组测序：揭示GABA信号调控神经发生

为了探究复发CRC的细胞来源，本文研究者首先在单细胞水平分析了预后不良CRC患者的转录组特征，共确定了2530个预测复发的基因，然后在两个单细胞转录组数据中发现这些预后不良基因在CAF、

生物芯时空·2023-12-21 08:56

多切片联合构建3D生物空间图谱

空间转录组（ST，Spatialtranscriptomics）技术正在革新探索组织空间结构的方式。目前，ST数据分析通常仅限于单个2D组织切片，限制了我们理解3D空间中发生的生物过程。

tzc_fly·2023-12-21 07:47

2021-10-15

单细胞RNA测序显示微生物群的缺失使TME倾向于促肿瘤巨噬细胞。2.从机制上讲，本文发现微生物群衍生的干扰素基因刺激因子（STI

图灵基因·2023-12-21 06:47

Seurat用自定义的 cell type 做差异表达

通常情况下，按照Seurat的流程，对于研究单细胞数据差异表达会用“聚类”的结果，再利用FindMarkers函数找到不同类别的差异表达基因。

Janine_1991·2023-12-21 01:19

单细胞转录组学习笔记-7-重复平均表达量和变异系数相关性散点图

转载来自：刘小泽链接：https://www.jianshu.com/p/e659a2f164f7刘小泽写于19.7.4-第二单元第五讲：重复平均表达量和变异系数相关性散点图笔记目的：根据生信技能树的单细胞转录组课程探索

夕颜00·2023-12-21 01:39

酵母培养物行业分析：到2026 年将达到61亿美元

酵母是一种单细胞真菌，常用于烘焙、酿造和发酵。酵母是一种用途广泛的成分，几个世纪以来一直用于生产各种产品，例如面包、啤酒、葡萄酒和生物燃料。

QY调研所·2023-12-20 20:21

我们活了38亿年

浩渺的生物进化史中，从原核生物到真核生物，从单细胞生物到多细胞生物，从五次大灭绝到两栖类动物、哺乳动物的进化，再到远古人类的出现，那些曾经的弱势生物群体如何克服环境挑战生存下来，并开拓新的生命时代，作者稻垣荣洋坚持

三三在此·2023-12-20 20:06

生信分析代谢通路可视化分析R工具包ggkegg的使用案例

可视化DESeq2中的数值属性通过提供通常用于转录组分析的DESeq2软件包的结果，可以在图形的节点中反映数值结果。该函数可用于此目的。

小果运维·2023-12-20 14:22

多组学文章思路解析3-蛋白组与转录组联合分析讨论

老师们经常做的是蛋白组与转录组的多组学实验及联合分析，我们经常找蛋白组与转录组一致变化的基因。而转录组有变化，蛋白没有变化，或者转录组没有变化而蛋白有变化的情况是什么原因引起的。

纪伟讲测序·2023-12-20 10:03

UMAP图上同时展示多个marker基因

最近有小伙伴问道一个问题，如何在一个单细胞UMAP/TSNE图上展示多个marker基因的表达，乍一看挺简单的，后来也是思考了一些时间，慢慢解决了这个问题。

KS科研分享与服务·2023-12-19 21:26

2021-05-11 转录组分析学习笔记：关于ENSEMBL 转换 ENTREZID的一点心得

两年来，参加了无数线上和线下的生信学习班，但是一直都没能学明白。这次参加完生信技能树举办的为期一个月的线上生信入门班课程，仿佛醍醐灌顶一样，瞬间打通了我的任督二脉，在此由衷的感谢生信技能书的各位老师们。因工作太忙的缘故，上完课都一个多月了，才有时间来分析自己的RNAseq测序数据。凭着从生信技能树各位老师那里学来的技能，很快就顺利完成从数据质控和过滤、比对到参考基因组、到基因表达定量的全套上游分析

范旭_d6fc·2023-12-19 21:07

《生物信息学生R入门教程》读书笔记 Chapter 1

的初学者使用，这里我仅做我个人的读书笔记使用本书分为八个章节：1.R/Bioconductor简介2.基因芯片的数据分析3.RNA-seq数据分析4.Chip-seq数据分析5.ATAC-seq数据分析6.单细胞

小潤澤·2023-12-19 19:08

转录组分析(11) - GO/KEGG富集分析(3)

对于没有Org.Db的非模式生物，由于某些原因不制作Org.Db，然后利用clusterProfiler做富集数据格式##Annotation_GO.xlsxGene.IDBiological.PathwayBP.DescriptionMolecular.FunctionMF.DescriptionCellular.ComponentCC.Descriptiongene_1GO:0007283sp

半夜一更·2023-12-19 07:15

10X空间转录组数据分析之细胞单元

hello，大家好，今天我们来分享一个新的、很有意思的内容，细胞单元，在我之前分享的文章里面10X空间转录组的位点注释和临近通讯，提到过这个内容，但是不够系统，今天我们就来详细分析一下什么是细胞单元。

单细胞空间交响乐·2023-12-19 00:16

2021-04-10单细胞测序了解1

分类由于是单细胞测序，所以得到的DNA量很小，但又要构建文库来测序，所以需要对起始核酸进行数十万倍的扩增，如何避免核酸丢失、扩增偏差、提高技术的灵敏度和可重复性是技术上

八段锦1134·2023-12-18 16:17

生信数据挖掘单细胞测序

单细胞RNAseq揭示存在EGFR突变的早期肺腺癌中的肿瘤异质性和免疫细胞群今天解读的这篇9+的文章也是刊登在《Oncogene》杂志上，该期刊是生化与分子生物学”子行业的优秀级杂志，居于一线期刊。

概普生信·2023-12-18 10:06

【R画图学习2.1】火山图-plot篇

今天学习画，分析转录组等数据时，最常见的火山图，其实就是优化的散点图而已，今天测试用plot实现，其实ggplot实现更方面，下篇测试如何用ggplot实现。

jjjscuedu·2023-12-18 06:47

生信步骤|转录组mRNA数据的有参组装

转录组的组装能够提供丰富的组学信息，是生物信息学中重要的基础步骤。测序的下机数据经过过滤，比对，排序，组装，最终得到转录本的全部序列信息。

学术程稻属·2023-12-18 03:56

绘制大型细胞图谱，推动人体机制功能研究

单细胞测序技术的出现为深入“阅读”细胞带来了前所未有的机会。2009年，北京大学生科院汤富酬教授在博士后期间即发表了世界上第一篇单细胞mRNA测序的文章，实现了“从0到1”的跨越。

生物医学小站·2023-12-18 00:36

在线作图|2分钟绘制一张精美的火山图（Volcano Plot）

在生物信息分析中，火山图常用于转录组、基因组，蛋白质组，代谢组等统计数据。im

维凡生物·2023-12-17 22:49

Nat. Mach. Intell. | 通过深度神经网络联合建模多个切片来构建一个三维全生物体空间图谱

空间转录组学（ST）技术正在革新探索组织空间结构的方式。目前，ST数据分析通常局限于单个二维（2D）组织切片，这限制了我们理解在三维（3D）空间中发生的生物过程的能力。

DrugAI·2023-12-17 19:06

OSCA单细胞数据分析笔记-9、Clustering

对应原版教程第10章http://bioconductor.org/books/release/OSCA/overview.html“物以类聚，人以群分”分群步骤即将基因表达（降维结果）相似的细胞归为同一个群体，往往对应一种特定的细胞类型或者细胞轨迹状态。从一步开始，就可以开始叙述我们的生物学故事了~源网，侵删~笔记要点1、clustering是一个显微镜2、基于图聚类的分群3、其它分群算法（k均

小贝学生信·2023-12-17 13:12

生命起源到人类发展之生命的旅途

我看到很多普通的小分子，后来由于特殊的环境，他们进化成了细胞，后来又不断进化，很多变成了化石，而后来的生命经历了优胜劣汰后跟人类越来越像……一.论一个分子成为一个原始单细胞生物的自述分子是特别小但是也是非常重要的

琥珀王奕·2023-12-17 09:40

10X单细胞空间联合分析表征Ureter的形态和相互作用

hello，又到周五，一周的收官之战，我们要继续我们的单细胞空间联合分析的大业，今天的参考文献在Uretersingle-cellandspatialmappingrevealcelltypes,architecture

单细胞空间交响乐·2023-12-17 05:27

NBIS系列单细胞转录组数据分析实战（七）：空间转录组分析

第七节：空间转录组分析在本节教程中，我们将学习空间转录组的一些分析方法。

夕颜00·2023-12-17 01:04

PySCENIC（三）：pyscenic单细胞转录因子分析可视化

KS科研分享与服务·2023-12-17 00:23

转录组入门学习（五）

表达定量1.处理原始比对文件利用picard/samtools将sam格式转换为bam格式对bam文件进行排序去除比对得分较低的序列如果需要，可以去除重复reads2.STAR+RSEM（先比对，再定量，耗时长）输出结果可以选择转录本定量或者基因定量定量单位包括featurecount,FPKM,TPM操作相对复杂3.STAR+HTSeq（先比对，再定量，耗时长）输出结果为原始readcount结

杨亮_SAAS·2023-12-16 19:45

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