单细胞转录组

2022-08-30

TrendsBiotechnol|单细胞分析循环肿瘤细胞原创huacishu图灵基因2022-08-3011:43发表于江苏收录于合集#前沿生物大数据分析撰文：huacishuIF=21.942推荐度：
图灵基因·2024-01-02 02:55

转录组分析实战第一节：Rawdata的质量控制与清理

在转录组数据拿到后，公司一般会给我们一个Rawdata和Cleandata如果喜欢折腾的可以直接拿着Rawdata进行一下数据清理后再进行后期的数据分析我们今天就对我们之前获得的一个Rawdata进行分析和质量控制为后期做数据分析做准备需要安装的软件是
Yeyuntian·2024-01-02 02:41

GO注释和富集分析概念介绍

当我们获得了一批生物数据时，例如转录组的数据，蛋白质组的数据，其中必然要做不同样本之间的差异基因分析这一步，例如空白对照组与实验组的差异基因或蛋白分析。
斗战胜佛oh·2024-01-02 01:05

10X单细胞（10X空间转录组）数据分析之基于代谢物介导的细胞间通讯

六一到了，遥想自己上小学，还是课间操的队长，我在的地方是长治市壶关县北大安村，六一就回去店上镇参加体操比赛，人生如梦，转眼马上就要进入而立之年，小时候的梦想实现了么？这么多年，有没有让自己觉得难忘的事情？今天我们来分享一个通讯分析的内容，当然，方法都在不断的更新升级，考虑的也更加全面，参考文章在MEBOCOST:MetabolicCell-CellCommunicationModelingbySi
单细胞空间交响乐·2024-01-01 03:21

【Acta Neuropathol ，IF=14.25】 揭开重症肌无力疾病面纱—如何通过单细胞蛋白组发现潜在免疫治疗靶点

✎文章导读文章导读：Single-cellprofilingofmyastheniagravisidentifiesapathogenicTcellsignature发表期刊/影响因子：ActaNeuropathol/2021-03/14.251研究样本：外周血、胸腺组织研究内容：1）CyTOF挖掘确定MG致病关键细胞亚群，且与疾病严重程度相关；2）大规模研究验证，该信号可作为监测疾病严重程度和指
普罗亭·2024-01-01 02:05

【基因组预测】braker2基因结构注释要点记录

流程使用braker2有很多流程，根据你的数据：组装的基因组、转录组、蛋白（同源，包括近缘或远缘）选择不同流程，官网有说明：https://github.com/Gaius-Augustus/BRAKER
生物信息与育种·2024-01-01 01:00

ggplot2 | 单细胞类间比较的火山图 - 经典效果

1.定义画图函数定义函数。VolcanoPlot=function(dif,log2FC=log2(1.5),padj=0.05,label.symbols=NULL,label.max=30,cols=c("#497aa2","#ae3137"),title=""){if(all(!c("log2FoldChange","padj","symbol")%in%colnames(dif))){st
biomooc·2024-01-01 00:06

单细胞 拟时序分析 | diffusionMap

1.简介DiffusionMap（扩散映射）是一款R软件，通过高斯模型和马尔科夫模型，把单细胞（scRNA）表达矩阵的非线性结构映射为连续性结构，并关联至对应细胞分组。
biomooc·2024-01-01 00:02

外泌体多组学14-血浆外泌体不同建库试剂盒和比对方法和稳定性测试

我们使用血浆RNA评估了六种长RNA测序方法在两个不同位点的性能，并报告了它们在基因组/转录组的reads（%）、检测到的基因数量、长RNA转录本多样性和可重复性方面的差异。使用最佳的方法
_十三·2023-12-31 20:13

测序深度和测序覆盖度，怎么估算？

下面就给大家解释下这两个概念：（图片来源于知乎余功旺）测序深度（depths）测序深度（depths）指测序得到的总碱基数与待测基因组大小的比值，简单的说就是测序的数据量大小比上参考基因组/转录组的大小
朱渠成·2023-12-31 17:09

Analysis of single cell RNA-seq data 学习笔记(七)

这个包的用法QC首先我们先介绍下UMI这个概念，UMI其实就是区分每个测序分子片段的barcode，这么做可以区分每个分子是哪一个cell表达的我们还是采用deng这个数据做例子首先我们构造Seurat的单细胞对象
小潤澤·2023-12-31 13:27

癌症基因组重测序第一讲

一、基本组学结构A,T,C,G所构成的人类基因组信息可经过修饰，由一套DNA遗传基因组延伸至带有甲基化、乙酰化等修饰的表观遗传组，同时基因组也可以按照中心法则衍生出RNA和protein，即分别为转录组和蛋白组
不想透明的小透明·2023-12-31 08:25

Day5+7组53号瓶小喵Yolanda+《学习力》第七-八章读书笔记

slash青年是如今热门话题，想想自己总是和他人开玩笑时，自嘲自己是个单细胞生物，八抓鱼
黄金屋中的小逗姑娘·2023-12-31 08:47

点成案例 | 如何利用细胞计数仪在单细胞测序中评估细胞

一、概述单细胞测序技术能够用来表征异常细胞群，分析稀有细胞和细胞图谱网络，发现异质性等。由于单细胞测序巨大的应用潜力，目前此技术正在经历爆炸性增长。然而，单细胞测序需要成本和时间的大量投资。
点成生物科技·2023-12-30 19:42

2020-11-24: 文献阅读: 压力超负荷驱动的心衰小鼠免疫浸润的单细胞转录组测序揭示了免疫激活程度

论文信息Title:Single-CellSequencingofMouseHeartImmuneInfiltrateinPressureOverload-DrivenHeartFailureRevealsExtentofImmuneActivationJournal:CirculationIF:23.603Publishdate:2019Author:Martini,Elisa;Kunderfr
辛晓红·2023-12-30 16:47

单细胞转录组及空间转录组学习资源

(1).单细胞上游软件cellranger：单细胞上游软件cellranger从头说(2).singleR操作说明：singleR(3).seurat操作说明：seurat官网；seurat官方教程：seurat
小潤澤·2023-12-30 15:23

AUCell:单细胞转录组中识别每一个细胞对某个通路的富集程度

AUCell：能够看出某个通路在细胞中的激活情况，在文章中可以用于差异比较，即这个通路多数在巨噬细胞中激活，而在其他细胞群中不激活8f37c46e064b71c7fc55ec17806e6e2.png1.R包的下载if(!requireNamespace("BiocManager",quietly=TRUE))install.packages("BiocManager")#Tosupportpar
汪汪队队长_莱德·2023-12-30 13:57

既想学生物学，又想学计算机？——生物信息学了解一下

在这里，您将学习到3大板块的课程内容——生命科学、信息技术及生物信息学，让您轻松玩转职场，把同龄人按在地上使劲摩擦，基因组、转录组、蛋白组、代谢组等等各种复杂数据可以
Yolanda_44ad·2023-12-30 09:59

2022-07-18

CommBio|TAS-Seq提高单细胞测序准确性原创图灵基因图灵基因2022-07-1809:04发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学技术日本科学家开发了一种新的DNA扩增和测序方法，可提高单细胞RNA
图灵基因·2023-12-30 00:53

单细胞转录组数据分析课件||7. Clustering of scRNA-seq data

单细胞分析的一个亮点就是可以找出细胞的异质性，也就是可以对细胞进行分群，找出有意思的亚群。所以这节课很重要：数据聚类。
周运来就是我·2023-12-29 23:49

使用immunarch包进行单细胞免疫组库数据分析（四）：Basic analysis and clonality

基本分析在本节中，我们将使用immunarch包中的基本函数对免疫组库数据进行常规分析。常用函数如下：repExplore-计算基本统计数据，例如克隆数或长度和计数的分布。要探索它们，您需要将统计信息如“count”传递给.method参数.repClonality-计算TCR/BCR库的克隆性。repOverlap-计算不同TCR/BCR库的重叠性。repOverlapAnalysis-分析TC
Davey1220·2023-12-29 08:34

2021-09-03

Cell|37万单细胞测序揭示人类结直肠癌中的多细胞免疫中心原创存在一棵树图灵基因今天收录于话题#前沿生物大数据分析撰文：存在一棵树IF=41.582推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：1、开发了一种基于scRNA-seq
图灵基因·2023-12-28 23:50

2022-03-05

NatComm|高级别卵巢癌单细胞肿瘤免疫微环境原创图灵基因图灵基因收录于话题#前沿分子生物学机制研究人员已经揭示了卵巢癌中肿瘤细胞与免疫系统的相互作用。
图灵基因·2023-12-28 20:28

细胞发育-胰岛类器官_Cell

获取单细胞领域最新研究动态，可关注微信公众号2019年共推荐81篇单细胞领域高分文章（81篇速递文章汇总)。
安哥生个信·2023-12-28 16:44

〖书评〗 八一八《肠道的小心思》 ——我们都是管状的培养皿

要知道，很久很久以前，地球首先在水中有了单细胞生物，或藻类、或细菌，这个阶段持续了几十亿年才演化出略微复杂的多细胞生物。由各类细胞各司其职而组合成的生物，为维持存在就必须靠有规律的新陈代
拜伊良·2023-12-28 15:00

敬畏万千规律

如果要简单，你为什么不做单细胞生物呢？单细胞生物多简单？人类可能是最复杂的生命之一，消化系统，呼吸系统，眼球，更别说是大脑了。人类怎么可能简单！那到底什么是简单？规律是简单的。
李宗员·2023-12-28 10:50

GRNdb：解码不同人类和小鼠条件下的基因调控网络

然而，现有的数据库还没有提供单细胞水平上各种人类和小鼠正常组织和疾病的全面GRN信息。基于已知的TF-靶点关系和从公共数据库收集的大规模单细胞RNAseq数据以及癌症
生信小鹏·2023-12-28 09:14

单细胞分析（二）——细胞注释（SingleR自动注释）

单细胞分析数据后，得到族群后，如何将族群进行细胞名称注释是重要的步骤。这里使用SingleR进行简单的自动注释。安装需要的R包需要两个包SingleR和celldexif(!
生信小鹏·2023-12-28 09:43

基因调控网络重建：利用单细胞多组学数据

基因调控网络重建：利用单细胞多组学数据摘要IntroductionGRN推理的方法论基础Correlation-basedapproaches（基于相关性的方法）Regressionmodels（回归模型
生信小鹏·2023-12-28 09:43

用于单细胞基因调控网络分析（GRN）的SCENIC 工作流程

用于单细胞基因调控网络分析（GRN）的SCENIC工作流程摘要WorkflowPre-processing(Steps1–4)Networkinference(Step5)网络推理Modulegeneration
生信小鹏·2023-12-28 09:43

单细胞分析（五）——使用Harmony进行数据整合和去批次

单细胞分析（五）——数据整合和去批次为什么要进行数据去批次数据分次读入多个数据整合数据去批次处理数据质控去批次后数据分析后续分析参考文章为什么要进行数据去批次进行样本去批次（batchcorrection
生信小鹏·2023-12-28 09:13

scenic：单细胞调控网络推理和聚类

摘要我们提出了scenery，一种用于从单细胞rna-seq数据中同时进行基因调控网络重建和细胞状态识别的计算方法(http://scenic.aertslab.org)。根据肿瘤和大
生信小鹏·2023-12-28 09:42

基于神经网络的浮游植物种类图像分类

然而，最近的研究表明，水中的细菌存在，特别是称为浮游植物的单细胞生物的存在，可以帮助我们了解海洋活动和生态系统。由于浮游生物位于水生食物链的底部，这些细菌的不同物种可能对水下系统产生深远影响，并且
woshicver·2023-12-28 09:04

sc-RNA数据分析教材 || Computational Methods for Single-Cell Data Analysis

这本详细的书提供了最先进的计算方法，以进一步探索由单细胞技术带来的令人兴奋的机会。
周运来就是我·2023-12-28 08:31

成人、猕猴和猪海马和内嗅细胞的转录组学分类和神经源性轨迹（1/2）

CR细胞：Cajal-Retzius细胞是发现的一类瞬态神经元哺乳动物发育中的大脑皮层的表面。它们以SantiagoRamónyCajal和GustafRetzius的名字命名，他们在19世纪末首次描述了它们。这些“特殊细胞”，正如Cajal最初所说的那样，从发育的早期阶段就占据了皮层的边缘区域（图1），因此具有影响其组织的战略地位。Cajal-Retzius细胞具有独特的形态和独特的水平树突，它
科研菜鸟·2023-12-27 18:37

scVelo||通过动力学建模产生瞬时细胞状态的RNA速度

在单细胞中引入RNA速率开辟了研究细胞分化的新方法。最初提出的RNAvelocity是通过计算推断的稳态剪接和未剪接的mRNA的比率。
生信编程日常·2023-12-27 17:31

【Amazing brain】之基于空间转录组揭秘ALS分子病理时空变化

空间转录组经典重磅编辑：ANIMUS校对：ANIMUS编者按：2014年开始风靡全球的“冰桶挑战”，让ALS(肌萎缩侧索硬化症，俗称“渐冻人症”)为普通大众知晓。
ANIMUS爱丽慕斯·2023-12-27 12:10

R语言ggplot2做柱形图展示富集分析的结果

做完转录组差异表达或者其他的一些分析拿到一些基因名称之后下一步通常是做一些注释，比如GO或者KEGG的注释，注释好以后通常是富集分析。
小明的数据分析笔记本·2023-12-27 11:01

单细胞质控和标准化

1.单细胞转录组主要应用于：深入了解组织中的细胞异质性。鉴定未知的细胞类型。鉴定已知细胞类型的亚型，原理是在感兴趣的细胞群中寻找差异基因表达模式。
maliming·2023-12-27 08:54

哺乳动物临产期睾丸发育中的单细胞表观遗传调控

今天和大家分享一篇预印版的文献，一句话概括为：小鼠睾丸4个发育阶段的染色质开放图谱题目：Thesingle-cellepigeneticregulatorylandscapeinmammalianperinataltestisdevelopment期刊：预印版bioRixv预印时间：2021-5-17物种：小鼠时间点：E18.5；P0.5，P2.5，P5.5样本数：4只小鼠技术：scATAC-se
科研菜鸟·2023-12-27 07:21

2019汇总之从4个关键词看单细胞与肝癌文献

image文献汇总|2019的单细胞与病毒感染在讲单细胞与肝癌之前，我们先去看一下单细胞揭示正常肝脏细胞特征的分析，该文章于2019年7月发表于Nature，研究团队对来自9位人类供体的正常肝脏组织中的大约
生信宝典·2023-12-27 07:53

2021-03-01文献阅读

DefiningtheTeratomaasaModelforMulti-lineageHumanDevelopment数据：179,632cellsacross23teratomasfrom4celllines细胞类型：approximately20celltypesacrossall3germlayers观点：单细胞实验
Zane_bio·2023-12-27 00:05

10X单细胞空间联合分析揭示慢性Trypanosoma brucei感染期间小鼠大脑中的相互小胶质细胞-浆细胞crosstalk

周三了，又是新的一周的最黄金的时间，不知道为什么，29岁的自己如此的焦虑，可能自己是个loser吧，又到了我们单细胞空间联合分析的内容了，今天分享的文章在Integrativesinglecellandspatialtranscriptomicanalysisrevealreciprocalmicroglia-plasmacellcrosstalkinthemousebrainduringchro
单细胞空间交响乐·2023-12-26 20:13

外泌体多组学04-外泌体sRNA转录组数据饱和度评估

文章信息文献标题：SmallRNASequencingacrossDiverseBiofluidsIdentifiesOptimalMethodsforexRNAIsolationDoi：https://doi.org/10.1016/j.cell.2019.03.024发表时间：2019,Cell作者：[email protected]关注重点用什么方法进行数据评估？评估参数是什么？文章结论如何
_十三·2023-12-26 19:07

10X空间转录组之组织区域临近通讯实现方法

作者，追风少年i周五了，我就不整那些难以理解的了，给大家分享一个简易的空间转录组通讯的分析的方法，其实原理跟下面的一样，但是具体的细节我们要探讨一下。
单细胞空间交响乐·2023-12-26 19:23

单细胞转录组数据挖掘推荐

数据挖掘推荐单细胞转录组测序（Single-cellRNASequencing）通过在单个细胞水平上进行测序，解决了用组织样本无法获得不同细胞间的异质性信息或样本量太少无法进行常规测序的难题，为科学家研究动植物单个细胞的行为
周运来就是我·2023-12-26 14:25

cellranger更新到6.0啦（全新使用教程）

cellranger是10XGENOMICS单细胞上游分析的软件，主要有4个流程mkfastq、定量count、组合aggr、reanalyze。
Seurat_Satija·2023-12-26 08:27

2021-10-23

从无到有当然这是质的飞跃，比如产生单细胞生物，这是奇迹有了动物，从此地球繁荣。可是研究草履虫无法了解人类。
尘尘肥妈·2023-12-26 02:56

发展心理学第二章读书笔记

一、最早的发育：人类个体最早始于单细胞，这些细胞被称为“配子”每个配子含有大量的遗传信息，当男女的生殖细胞相遇，精子进入卵子约一个小时后，两者融合会变成受精卵，两者的遗传最终结合在一起。
e50396cab161·2023-12-26 02:17

人类为什么要吃盐

是因为所有生物体内，包括单细胞体内全都含有一个原始盐分，也就是我们通常所说的生理盐水的那个含盐量0.9%。它是因为原始海洋，海洋实际上是不含任何物的纯净水，覆盖在地球表面，然后溶
姜地主·2023-12-26 02:26
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