单细胞转录组第6页

全长转录组-结构分析

作者：Arno审稿：童蒙编辑：angelica引言Iso-seq测序经初步分析获得高质量的转录本之后（全长转录本鉴定，全长转录本比对），便可以对转录本的结构进行精确鉴定、注释。本次小编通过结合一个全长转录本后续分析的工具集Cupcake的使用方法，来给大家介绍一下Iso-seq测序得到高质量转录本之后的一些分析。1.Cupcake安装在介绍Iso-seq后续分析之前，先来看一下Cupcake如何安

生信阿拉丁·2024-01-11 17:46

10X空间转录组空间依赖性基因共表达表征分析之SpaceX

hello，大家好，其实之前已经给大家已经分享过很多空间基因共表达模式的文章，今天给大家介绍一个新的方法，用于评断在组织中不同空间位置或细胞类型的基因-基因共表达的表征能够描绘空间共调节模式，而不是标准的差异单基因分析，参考文章在SpaceX:GeneCo-expressionNetworkEstimationforSpatialTranscriptomics，非常棒的文章，很适合用于分析空间转录

单细胞空间交响乐·2024-01-11 15:06

这个工具让你５分钟搞定GSEA分析！还不来看看？

在某一项研究中，我们通过转录组或者蛋白组学研究了干预组和对照组的表达谱，获得了数千个基因的变化信息，如何从这些表达谱中发掘有用的信息？

科研小行星·2024-01-11 15:56

单细胞基础教程：跨条件整合分析

导读撰写本文的主要目的是：整合处理与对照后的PBMC（Humanperipheralbloodmononuclearcell，人外周血单个核细胞）数据集以了解细胞类型特异性反应和整合的作用。本教程介绍了来自Kang等人，2017年的两组PBMC的比对情况。在这个实验中，PBMCs被分成处理组（刺激组）和对照组，处理组使用干扰素β处理。对干扰素的应激导致细胞类型特异性基因表达发生变化，这使得对所有数

冷冻工厂·2024-01-11 14:26

单细胞测序文献阅读及补充

Single-cellRNAsequencing:Technicaladvancementsandbiologicalapplications[1]Abstract：单个细胞是生物的基本构件，并且每个细胞都是唯一的，单细胞

瞌睡斋主人·2024-01-11 06:33

评估LLM在细胞数据上的实用性(1)-基本概述

tzc_fly·2024-01-11 03:01

生命的演化5——真核生物的繁荣

除了病毒，单细胞便可以构成最简单的生命体。生命可以分为由细胞构成和非细胞构成两大类。非细胞构成的生命即病毒，它只有一条DNA（或RNA）长链，外面包裹着一层蛋白质。

数元·2024-01-11 01:34

从单细胞数据分析的最佳实践看R与Python两个阵营的博弈

许多生信分析，两个阵营都发展出了自己的方法，比如单细胞数据分析，R有Seurat，Python就有Scanpy。这些层出不穷的方法不断地吸引着吃瓜群众的眼球，同时也让人患上了选择困难症。到底谁优谁劣？

简说基因-专业生信合作伙伴·2024-01-10 16:22

ee00dc6faab7·2024-01-10 09:38

10X单细胞（10X空间转录组）基因调控网络分析之DeepSEM

今天给大家分享一个新的内容，基因调控网络分析，文章在Modelinggeneregulatorynetworksusingneuralnetworkarchitectures，文章中提出的DeepSEM，可以针对单细胞转录组数据

单细胞空间交响乐·2024-01-10 06:11

10X空间转录组数据分析之功能信号网络（Ligand---receptor----downstream genes network）

今天我们要继续空间转录组的分析内容，还是主要研究细胞在空间位置上的相互作用，参考文章在Decodingfunctionalcel

单细胞空间交响乐·2024-01-10 01:29

10X单细胞（10X空间转录组）数据分析之图神经网络框架

hello，大家好，随着我们认识的深入，分享的内容也越来越“高大上”，这次要分享的内容就是神经网络运用到我们的单细胞或者空间的数据分析。

单细胞空间交响乐·2024-01-09 22:25

单细胞测序探索小鼠胚胎时期脑组织的发育

单细胞转录组和空间转录组揭示复杂组织分子异质性的能力，特别适合在大脑发育的整个时空范围内对细胞状态进行系统地研究。本文提供了小鼠胚胎从

felix108·2024-01-09 16:54

单细胞转录组数据分析||界面版数据分析工具简介

随着单细胞转录技术以及分析方法的成熟，人们基于已经成熟的命令行或编程工具陆陆续续来发出了在线分析平台和Windows（界面）工具。今天，卑微小王为大家介绍几款单细胞转录组界面在线工具，以飨读者。

周运来就是我·2024-01-09 03:13

circRNA测序及机制全面讨论

纪伟讲测序，每周一讲，讨论组学，包括基因组，转录组，蛋白组，代谢组等相关实验数据分析及分子机制挖掘思路。

纪伟讲测序·2024-01-08 16:46

RNA_seq:将修剪后的序列比对到参考基因组

ccb.jhu.edu/software/hisat2/manual.shtmlhisat2官网下载官方索引通过hisat2-build构建基因组索引：（不推荐）2、关于hisat2：Hisat2主要是用来进行转录组数据的比对

javen_spring·2024-01-08 15:16

海贼王，我当定了

单细胞的船长面对着大海许下了诺言，孩子气的笑脸在阳光的照射下显得那样灿烂。或许最初的原因已经忘记了，不过不要紧，因为现在有了新的理由，戴在头上的草帽并不只是虚无的存在，那是我与你诺言的见证，杰克。

流氓也丶可爱_cdec·2024-01-07 20:27

2021-11-14

NatMed|空间转录组学分析单细胞分辨率图谱原创存在一棵树图灵基因今天收录于话题#前沿分子生物学技术撰文：存在一棵树IF=28.547推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：开发了SpaGCN，一种图卷积网络方法，其可通过图卷积从相邻点聚合每个点的基因表达

图灵基因·2024-01-07 16:58

10X单细胞 && 10X空间转录组分析之cellphoneDB可视化进阶

10X单细胞（10X空间转录组）细胞通讯的一个小小的细节考虑空间位置的通讯分析手段---

单细胞空间交响乐·2024-01-07 15:22

2022-07-17

NatBiotech|单细胞全长转录组分析新方法：实现廉价和高通量原创huacishu图灵基因2022-07-1608:36发表于江苏收录于合集#前沿生物大数据分析撰文：huacishuIF=68.164

图灵基因·2024-01-07 07:25

【Amazing brain】之人脑前额叶背外侧皮质空间基因表达谱

10XGenomicsVisium空间转录组的初探索编辑：陆瑶校对：ANIMUS编者按：脑科学是最迷人的学科之一，也是最可能取得重大突破的学科，一直是全世界科学研究热点。

ANIMUS爱丽慕斯·2024-01-06 19:23

各种组织的marker gene

最近做单细胞分群，总结一下我自己查文献查到的各种组织有哪些细胞，这些细胞的markergene是什么。注意这些都是mice中的哦！

微光**·2024-01-06 14:11

cellranger处理单细胞数据的一些错误记录

cellranger处理单细胞数据的一些错误记录1、由于fastq不完整报错报错信息原因解决方案2、化学版本选择错误报错信息原因解决方案1、由于fastq不完整报错报错信息[error]Pipestancefailed.Errorlogat

微光**·2024-01-06 14:11

空间转录组分析流程（使用Seurat对空间数据集进行分析）

空间转录组分析流程（使用Seurat对空间数据集进行分析）因为每次打开这个网页都非常慢，所以我讲这个网页进行一个翻译，方便学习。

微光**·2024-01-06 14:41

论文图鉴14：多组学2

多组学1在这里论文日鉴7--单细胞数据整合-(jianshu.com)MOGONEMOGONETintegratesmulti-omicsdatausinggraphconvolutionalnetworksallowingpatientclassificationandbiomarkeridentification

可能性之兽·2024-01-06 01:37

单细胞基因可视化之热图改造修饰1

单细胞基因可视化中热图也是比较受欢迎的，在分析完每群的marker基因之后，可以挑选显著的gene用seurat自带函数DoHeatmap可视化。当然也可以选任意自己想展示的基因进行可视化。

KS科研分享与服务·2024-01-05 23:58

10X空间转录组----空间临近通讯的实现方法

EstimatingMicroenvironmentfromSpatialDataNICHESisatoolsetwhichtransformssingle-cellatlasesintosingle-cell-signalingatlases.Itisengineeredtobecomputationallyefficientandveryeasytorun.Itinterfacesdirect

单细胞空间交响乐·2024-01-05 23:03

仓鼠日记

在最近，我发现了一个重磅消息：我们人类的基因竟然有95%和仓鼠一样，我觉得有可能人类和仓鼠是同一种单细胞生物进化出来的，现在也只不过是一种外形上的区别而已，但内部在发生着一种我们无法想象的变化，而且，仓鼠不管是灵活性还是生育能力和独自生存能力都强于人类

王卓骁·2024-01-05 20:27

CCAT：SCENT的形象代言者，干性分析新秀

前言在前不久的一篇推文中：SCENT：单细胞层面干性评估的扛把子,Immugent就给大家介绍了SCENT软件的第一版，今天我们来进一步介绍它的升级版--CCAT。

生信宝库·2024-01-05 17:48

【单细胞组学】scCITE-seq（单细胞转录组+细胞表面蛋白表达）

单细胞水平的测序技术发展的越来越快，目前应用最多的是集中于mRNA表达的scRNA-seq和结合了空间信息的空间转录组。

SciNote·2024-01-05 13:43

pySCENIC的转录因子分析及数据可视化（三）

参考生信技能树：pyscenic的转录因子分析结果展示之5种可视化、pyscenic的转录因子分析结果展示之各个单细胞亚群特异性激活转录因子上一篇见：pySCENIC的转录因子分析及数据可视化（一）pySCENIC

小熊_wh·2024-01-05 07:17

基因组联合代谢组与转录组锁定关键通路--03

案例三研究背景构树（Broussonetiapapyrifera,2n=2x=26)属于桑科(Moraceae)构属(Broussonetia)多年生乔木，是我国乡土树种和先锋植物，有悠久的历史和文化，因为蔡伦用它造纸而世界闻名。构树的树皮和树干是造纸的优质原料，树叶还可以作为蛋白饲料，其根、茎、叶、果实及种子均可入药，富含黄酮类化合物；还是尾矿处理、生态绿化的理想树种。然而，全基因组测序工作还未

百迈客生物·2024-01-04 20:37

表达矩阵的归一化和标准化，去除极端值，异常值

表达矩阵的归一化和标准化，去除极端值，异常值今天在学习转录组知识，在进行做表达量热图时候发现表达量差值很大，于是上网查资料看到关于解决问题的方法，就赶紧转存记下了。

天明豆豆·2024-01-04 14:44

使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第十三章)

本文首发于我的个人博客，http://xuzhougeng.top/往期回顾:使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第一章)使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第二章)使用ArchR分析单细胞

xuzhougeng·2024-01-04 14:17

10X空间转录组之共定位分析（细胞类型和配受体基因）

hello，大家好，今天我们来深入分析一下有关10X空间转录组的共定位分析问题，其实有关共定位问题呢，之前的一些文章也都分享过，文章在空间转录组细胞类型的spotdistance-basedanalyses

单细胞空间交响乐·2024-01-04 13:24

植物空间||拟南芥单细胞空间转录组图谱文献解析

在经过一段时间对单细胞转录组和空间转录组相关技术的了解，我认为对两项技术在生物领域的应用有了一定的认知。

畅背书·2024-01-04 07:58

生信数据类型

生信在基因组学、转录组学、蛋白质组学和代谢组学等方面有广泛应用，可以帮助科学家们理解生物体内的基本生物过程和疾病发生机制，为疾病的诊断和治疗提供新的思路和方法。生信领域中常见的数据类型包括：基因组学

m1chiru·2024-01-03 23:39

【包】seurat-2 多组学联合

有哪些单细胞多组学联用技术呢？CITE-seq：Simultaneousepitopeandtranscriptomemeasur

JamesMori·2024-01-03 21:33

【单细胞测序】数据格式转换loomR

背景seurat分析无法应付指数级增长的单细胞数据集计算需求。Linnarson实验室开发的基于hdf5的数据结构loom，可以方便地存储单细胞基因组数据集和元数据。

森尼啊·2024-01-03 20:18

Paper 1：转录组+miRNA+降解组相关文章

Paper1：转录组+miRNA+降解组相关文章标题：Transcriptome-wideidentificationofmiRNAtargetsandaTAS3-homologousgeneinPopulus

催催莎·2024-01-03 19:02

M3406-ADJ 1.5MHz 800mA DCDC同步降压转换器航天民芯

它是理想的动力便携式设备运行的单细胞锂离子(Li)电池。输出电压可调节低至0.6V。该M3406还可以在100%的占空比下运行，用于低损耗操作，延长便携式系统中的电池寿命。

深圳市润泽芯电子有限公司·2024-01-03 14:59

“集成多组学数据的机器学习在生物医学中的应用”

种数据类型是远远不够的，随着高通量测序和多组学的快速发展，生物医学研究开始采取多组学技术结合的方法，传统的信息数据处理算法不能满足大数据的处理要求，机器学习作为从数据中进行学习的算法，可以对不同组学来源（如基因组学、转录组学

20220705·2024-01-03 12:07

听说你的单细胞对象需要一个思维导图？

在我们分析单细胞数据的时候，需要想象力的一点就是要理解数据结构，基于此有位老几还写了一篇为什么要以数据库的思维来理解单细胞数据。里面列出了常见的单细胞数据对象的结构。平时我们都是如何看数据结构的呢？

周运来就是我·2024-01-03 10:52

单细胞类型鉴定总结

细胞类型鉴定细胞类型鉴定分两种思路一种是基于Markergene，看某个亚群的差异基因（onetoothers）与数据库中哪种细胞类型的markergene比较一致，结合其表达量来鉴定细胞类型。常见markergene数据库有：CellMarker、MouseCellAtlas、cd_marker_handbook、PanglaoDB等。另外一种是基于表达谱，用未知细胞类型的表达谱与已知细胞类型的

Seurat_Satija·2024-01-02 23:11

Science子刊：单细胞分析揭示靶向CD19的CAR-T疗法复发的机制

靶向CD19的嵌合抗原受体T细胞（CAR-T）免疫疗法已经在复发/难治性急性淋巴白血病（ALL）等恶性血液肿瘤的治疗中取得了令人惊喜的效果，多中心临床试验数据表明患者接受CAR-T治疗后的完全响应率可达70-90%。目前，美国FDA已经批准了6款自体CAR-T细胞产品上市，用于治疗白血病、淋巴瘤和多发性骨髓瘤等血液类癌症。大量的临床应用结果证明了这种个性化的疗法极具抗癌潜力，没有免疫排斥的风险，安

454c5c7ac3a8·2024-01-02 19:52

2022-10-20

NatMethods|单细胞分类比赛:获奖模型可深入注释亚细胞组学原创存在一棵树图灵基因2022-10-2013:23发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学技术撰文：存在一棵树IF=47.990推荐度：⭐

图灵基因·2024-01-02 17:23

RNA-seq最强综述名词解释&思维导图|关于RNA-seq，你想知道的都在这（续）

前言NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞

生信宝典·2024-01-02 16:05

SCENIC+：增强子和基因调控网络的单细胞多组学推理

SCENIC+：增强子和基因调控网络的单细胞多组学推理摘要IntroductionSCENIC+使用超过30,000个TF基序来预测eGRNSCENIC+在PBMC多组数据上的图示SCENIC+prioritizesfunctionalenhancers

生信小鹏·2024-01-02 14:04

单细胞RNA速率（RNA velocity）

单细胞RNA测序可以以高定量精度、灵敏度和通量揭示RNA丰度。然而，这种方法仅捕获某个时间点的静态快照，这对分析胚胎发生或组织再生等时间分辨现象提出了挑战。

生信小鹏·2024-01-02 14:33

OSCA单细胞数据分析笔记-14、Empty/Doublet droplet

对应原版教程第15、16章http://bioconductor.org/books/release/OSCA/overview.html现行主流的Droplet-based单细胞测序技术主要思路是一个磁珠捕获一个细胞置于油包水的腔室里完成添加标签

小贝学生信·2024-01-02 14:31

推荐频道

单细胞转录组