单细胞转录组第3页

最全的Scanpy教程笔记 Preprocessing and clustering 3k PBMCs

最全的Scanpy教程笔记代码来源scanpy的官方教程代码的解释来源web本人也在学习scanpy分析单细胞数据，但是网络上对于scanpy的流程并没有太多详细的解释。

Pandora qiu·2024-02-07 03:01

10X单细胞（10X空间转录组）多种通讯软件联合分析之liana

hello，今天我们分享一个简单的，将最近流行的细胞通讯分析软件整合在一起，分析我们的单细胞数据，直接看看代码部分注意一个名词，cell-cellcommunication(CCC)，细胞通讯的软件方法很多了

单细胞空间交响乐·2024-02-06 21:15

2021-11-02

CancerCell|单细胞测序检测揭示CAR-T脱靶效应（2）原创风不止步图灵基因今天收录于话题#前沿生物大数据分析撰文：风不止步IF=31.743推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：研究利用单细胞分析报告了CAR

图灵基因·2024-02-06 20:51

PCA图

首先，要准备好要分析的转录组数据。

呼啦啦可爱的Sherry雪莉·2024-02-06 17:39

2022-08-14

我想完善一下，会使用Linux，会使用R语言，学了转录组分析的流程和

佳奥·2024-02-06 09:00

谈谈数次生信线下活动的收获和体会

http://blog.genesino.com/2018/03/ampliconseqsumamry/从2017年11月份到2018年3月份，共进行了5次培训研讨活动，内容依次为转录组高级分析、生物信息作图系列

生信宝典·2024-02-06 08:48

六个样本+转录组标准分析=IF5.81——最新项目文章：氟苯尼考抑制P19干细胞增殖和分化的分子机制

近些年，转录组测序凭借其周期短，价格低，普适性高等优势，备受科研人员的青睐。

ee00dc6faab7·2024-02-06 02:30

Paper_7: Natural killer/T cell淋巴瘤的基因组、转录组特征

HighlightsIntegratedanalysisprovidesinsightintothemolecularclassificationinNKTCLEBVlyticgenesplayanimportantroleonNKTCLpathogenesisGenomicalteration-basedmolecularsubtypesassociatewithclinicaloutcomes

TOP生物信息·2024-02-05 23:47

单细胞 CUT&Tag 分析复杂组织中的组蛋白修饰和转录因子

单细胞CUT&Tag分析随着10X、BD等平台技术的推进，单细胞层面解析表达和开放染色质水平的研究方法已经得到很好的建立，并且在动植物种中都得到了很好的尝试。

felix108·2024-02-05 19:17

RNA-seq转录组数据分析

B站：RNA-seq转录组数据分析入门实战1linux常用命令touchtext.txt#新建文件rm-rf/var/log/httpd/access#将会删除/var/log/httpd/access

医学小白学生信·2024-02-05 15:35

单细胞分析常用包

安装基础包install.packages("devtools",dependencies=T)install.packages("BiocManager",dependencies=T)install.packages("tidyverse",dependencies=T)install.packages('Seurat',dependencies=T)设置国内镜像options(BioC_mi

Drgexy·2024-02-05 10:18

20200814（287）生存空间

从单细胞生物到多细胞生物，从无脊椎动物到脊椎动物，从鱼类到爬行动物到我们的祖先猿人，所能存活的生存空间越来越小。

Larus_317b·2024-02-05 01:55

2021-10-14

NatGenet|单细胞表观遗传组学研究肿瘤细胞异质性和可塑性原创楠烟不可言图灵基因今天收录于话题#前沿生物大数据分析撰文：楠烟不可言IF=38.33推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：本文分析了近期两项表征了神经胶质瘤的单细胞

图灵基因·2024-02-05 01:12

2022-08-25

细胞级表达图谱匹配测序和病理图像，发现更多结构细节原创骄阳似我图灵基因2022-08-2513:19发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学技术撰文：骄阳似我IF：47.99推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：①空间分辨转录组学

图灵基因·2024-02-04 23:21

借助NMF的力量对单细胞RNA和单细胞ATAC进行联合分析

hello，大家好，礼拜天了，明天又要上班了，但是很想写一点东西，留下点足迹，但是又不想太动脑子，所以分享一篇代码文，分享给大家，单细胞转录组和ATAC的联合分析。

单细胞空间交响乐·2024-02-03 20:19

scRNA-seq | Windows下的R、RStudio下载和安装

2020/5/25，下定决心用R语言了，Python虽然顺手但是生物信息学尤其是单细胞测序领域主要还是R的天下。（发现一篇Naturecommunication居然用R调用了Tensorflow！

切瓜少年·2024-02-03 20:37

200826 Circ之旅3-构建人类基因组索引

RNA-seq(5):序列比对：Hisat2人类基因组hg19、hg38构建bwa索引生物信息学习——bowtie2使用手册bwabowtie2salmonsubreadhisat2建索引和比对史上最快的转录组流程

dicklim·2024-02-03 15:13

单细胞scRNA-seq测序基础知识笔记

单细胞scRNA-seq测序基础知识笔记scRNA-seq技术scRNA-seq分析流程数据预处理聚类标准化数据筛选有用的数据数据降维聚类Clustering注释细胞类型scRNA数据分析结尾该笔记来源于

是土豆大叔啊！·2024-02-03 05:38

单细胞scATAC-seq测序基础知识笔记

单细胞scATAC-seq测序基础知识笔记单细胞ATAC测序前言scATAC-seq数据怎么得出的？

是土豆大叔啊！·2024-02-03 05:36

scATAC文献：人类大脑皮质单细胞水平染色质和基因调控的动态发育图谱---方法

文献名：Chromatinandgene-regulatorydynamicsofthedevelopinghumancerebralcortexatsingle-cellresolutionsingularvalue:一scATACprocessing使用“cellrangeratacmkfastq”（10x基因组学，v.1.2.0）将原始测序数据转换为fastq格式。scATAC-seqrea

科研菜鸟·2024-02-03 05:20

学习小组Day7——宣Xuanan

因为课题就是做转录组测序的，所以基础知识有一些了解，接下来从数据处理部分开始进行笔记。数据初步分析：使用fastqc进行质量分析，这是一款Java软件，支持多线程。

宣Xuanan·2024-02-03 05:04

EVM 对预测结果进行整合

从头预测，同源注释和转录组整合都会得到一个预测结果，EVidenceModeler(EVM)可以对上述结果进整合软件安装wget-4https://github.com/EVidenceModeler/

斩毛毛·2024-02-03 03:52

2023-04-10

NatRev|单细胞和空间多组学的方法和应用原创夏天图灵基因2023-04-1011:52发表于江苏收录于合集#前沿生物大数据分析撰文：夏天IF=59.581推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：1、文章主要介绍了单细胞和空间多组学技术

图灵基因·2024-02-03 02:37

答读者问(1)：非模式物种找marker；如何根据marker定义细胞类型

第一位读者做的是非模式物种的单细胞。

TOP生物信息·2024-02-03 00:42

了解和绘制火山图

首先，什么是火山图火山图是转录组分析中经常能够见到的一类统计图，常用于反映差异表达基因概况。例如肿瘤组织与正常组织相比，那些基因存在过表达或被抑制，可以是编码基因、蛋白表达水平，也可以

纪伟讲测序·2024-02-02 21:39

AnnData：单细胞和空间组学分析的数据基石

AnnData：单细胞和空间组学分析的数据基石今天我们来系统学习一下单细胞分析的标准数据类型——AnnData！AnnData就是有注释的数据，全称是AnnotatedData。

Dream of Grass·2024-02-02 18:31

病原菌共感染研究思路

随着测序的发展，应用高通量转录组测序对于感染多种病原菌的研究也不断深入，今天跟大家分享两篇病原菌共培养研究共感染过程的相互作用，希望能给研究共感染的老师一些样本准备设计的思路的参考

爱基百客·2024-02-02 15:43

生物竞赛系列---细胞生物学Chap.15细胞分化与胚胎发育

管家基因一般在s期早期复制，奢侈基因在表达它的细胞中早期复制，不表达则晚期复制管家基因数量少，起始部位没有TATAbox，仅有CpG岛，内含子短单细胞甚至原核生物也有细胞分化(如芽殖酵母有3种细胞:二倍体

生竞圣剑·2024-02-02 07:49

10X空间转录组数据分析之方法小结

今天我们来提炼一下10X空间转录组在文章中一些新的运用，文献在Thecellulararchitectureoftheantimicrobialresponsenetworkinhumanleprosygranulomas

单细胞空间交响乐·2024-02-01 20:59

单细胞转录组数据分析||用10X软件分析已发表的10X数据

---大师大师，我想学单细胞转录组数据分···要不先下载一个示例数据挖掘一下？单细胞是生命科学的一个里程碑事件，而单细胞转录组是这个里程碑的上冠花。

周运来就是我·2024-02-01 20:03

《生物信息学：导论与方法》--新一代测序NGS：转录组分析RNA-Seq--听课笔记（十四）

第八章新一代测序NGS：转录组分析RNA-Seq8.1转录组介绍Atranscriptomeisacollectionofallthetranscriptspresentinagivencell.所谓转录组

盲人骑瞎马5555·2024-02-01 12:52

单细胞转录组测序技术及各类数据分析方法总结

自从2009年**单细胞转录组测序（single-cellRNA-seq，scRNA-seq）**技术首次问世，至今已经有几十种不同的scRNA-seq技术相继被开发出来。

AIPuFu·2024-02-01 09:22

单细胞转录组数据分析的10大软件/流程

单细胞数据分析现在已经有上千个软件工具可供使用了，这为用户带来便利的同时也造成了选择困难。就像时间一样，一个表，没问题，但如果有两个表，时间还不一样，该信谁的呢？

简说基因-专业生信合作伙伴·2024-02-01 09:21

10X空间转录组基因相关性分析之schex（寻找空间细胞单元）

hello，今天分享一个重要的内容，在空间上寻求基因的相关性，当然，也可以利用这个方法寻找我们的空间细胞“单元”，我们来看看详细的分析。我们知道，空间分析中常见的是解析每个spot中的细胞数，这是往细了做。而临近的细胞放到一个bin中获得概览，不仅是在可视化方面，在数据集大了之后，这种分箱的操作可以减少维度。这种分析方法或可叫做spotbinning抑或是pseudospot。之所以产生这个联想是

单细胞空间交响乐·2024-01-31 17:35

单细胞转录组数据分析课件||9. Cell type identification in scRNA-seq data

本课件介绍了单细胞转录组数据分析的一个分析点：细胞类型识别。

周运来就是我·2024-01-31 16:32

挑战单板滑雪

因为单细胞的老公觉得这个运动很显帅，而他和我都没有玩过，可以一起起步。没想到我这个公认的女版郭靖竟然还能学会一招半式，真是可喜可贺。我俩报了一个团队教练，7个人的小队。

獭獭斯基·2024-01-31 11:44

【细胞通讯】CellTalk

单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术的发展可有效帮助研究人员认识细胞表型的异质性和复杂组织的细胞类型组成，促进了单细胞分辨率下对细胞间通讯的系统研究。

jjjscuedu·2024-01-31 10:13

精选推文 | 基于三代转录组的基因注释踩坑经历以及GSAman使用

邀请并收到一位「GSAman」用户的稿件，非常详尽且实在。相信这份推文可以为一些做功能基因组方面工作的朋友，提供实用参考。--CJ-陈程杰前言随着测序技术的进步和普及，现如今已经步入到“功能基因组学”（functionalgenomics)的时代。基因组注释是各种基因功能研究的基础，在之前的《生信石头》推文中，CJ大佬已经多次强调一个准确可靠的基因注释的重要性。基因注释可以分为结构注释和功能注释，

生信石头·2024-01-31 04:39

【文献简报】-空间转录组学和原位测序研究联合研究阿尔兹海默症

空间转录组文章逐步进入爆发期，单细胞方向的未来是单细胞空间组学，这篇文章利用空间转录组（ST）和原位杂交测序（ISS）研究阿尔茨海默症。

六博说·2024-01-30 22:07

基因组联合代谢组与转录组锁定关键通路--01

转录组和代谢组可以从大量转录组信息中发掘差异基因，快速判断核心调控网络和关键候选基因，阐述生物学机理。基因组结合转录组及代谢组，将系统的锁定关键通路中的基因和代谢物。

百迈客生物·2024-01-30 13:58

评估LLM在细胞数据上的实用性(4)-插补，模拟生成，涌现

由于看不见或无法测量的基因，对空间转录组数据进行插补。当前的空间插补方法在不同的数据集上没有表现出很强的性能（Optimizingxeniuminsitudatautility

tzc_fly·2024-01-30 13:27

超过1000种工具揭示了单细胞RNA数据分析的趋势

Over1000toolsrevealtrendsinthesingle-cellRNA-seqanalysislandscape杂志：GenomeBiology年份：2021从2016年开始，scRNA-tools数据库（https://www.scrna-tools.org/）不断收集单细胞转录组数据分析软件

简说基因-专业生信合作伙伴·2024-01-30 10:16

跟着Cell学单细胞转录组分析(十一):单细胞基因评分|AUCell评分

KS科研分享与服务·2024-01-30 09:57

干货分享| 多组学助力中国科学家发表多篇CNS

多组学联合研究从多分子层次出发，通过整合生物系统中基因组、转录组、蛋白质组、

ee00dc6faab7·2024-01-30 00:10

StatQuest学习笔记16——t-SNE

系列视频的第46节，它的主要内容是t-SNE，t-SNE是一种对复杂数据的降维分类方法，我最初知道这种方法是在接触质谱流式细胞仪CytoTOF的时候，当时的很多文献对细胞的分类方法都是采用t-SNE，现在很多单细胞测序类文章也会使用

backup备份·2024-01-29 19:33

Seurat4.0：空间转录组与scRNA-seq参考整合

与scRNA-seq参考整合为了促进Slide-seq数据集的细胞类型注释，我们利用了由Saunders*，Macosko*等人制作的现有小鼠单细胞RNA-seq海马数据集。

Seurat_·2024-01-29 14:33

传统文化的时空价值与局限

图片发自App放眼整个环宇的绵延物演，从宇宙大爆炸的奇点到基本粒子，从基本粒子到原子，从原子到分子，从分子到有机大分子…再到单细胞生物、多细胞生物、软体海生动物…脊椎动物、哺乳动物，最后是我们人类。

空明山人·2024-01-28 15:51

10X单细胞（10X空间转录组）数据分析迁移之scGCN

图片.png单细胞组学数据，例如转录组（scRNA-seq），表观组（scATAC-seq）记录了细胞间的分子水平的差异性和相互作用，使生物学家得以深入了解复杂生物生态系统的单个细胞组成部分。

单细胞空间交响乐·2024-01-27 21:29

使用OSCA进行eQTL分析

OSCA发表文献OSCA主要可以做以下几个事情：计算表观标记(或者基因表达)数据个体之间的表观组（转录组）的亲缘关系基于混合线性模型的方法检测DNA甲基化（或者基因表达）标记与复杂性状之间的关联(使用MOA

只看不写_nathan·2024-01-27 14:03

文献简报-发育中的小鼠大脑分子结构

这篇文章报道了从原肠胚形成到小鼠出生的全面单细胞转录图谱。确定了近一千种不同的细胞状态，包括神经上皮的最初出现，一组丰富的区域的听的耳机组织者及大脑周围膜的功能原件发育程

六博说·2024-01-27 04:58

推荐频道

单细胞转录组