单细胞转录组第5页

2021-04-14小白安装单细胞软件iTALK安不上，报错v8没有，一步步解决

背景介绍我们课题组是租用的公司的共享服务器，当然也就没有管理员权限（他们说的root权限，所以用conda建小环境，conda安软件很重要，后面会提到）。第一步安装报错，排除网络问题（下载不下来软件）我直接在R上安装iTALK，2种方式都尝试了：方法1,直接从github上去下载安装，代码是devtools::install_github("Coolgenome/iTALK",build_vign

八段锦1134·2024-01-19 03:54

不做WB或免疫组化，也能轻松完成蛋白验证 | 蛋白组数据库推荐

其利用转录组学和蛋白质组学技术，从RNA和蛋白水平研究人类不同组织和器官中的蛋白表达

尐尐呅·2024-01-19 00:30

使用immunarch包进行单细胞免疫组库数据分析（二）：数据加载

输入/输出Immunarch包提供了以下函数进行数据的读取和保存：repLoad-toloadtherepertoires,havingcompatibleformat.repSave-tosavechangesandtowritetherepertoiredatatoafileinaspecificformat(immunarch,VDJtools).其中，repLoad函数可以自动检测输入文件

Davey1220·2024-01-18 18:05

10X单细胞（10X空间转录组）画图操作之二维colorbar

之前一些同学一直问一个问题，如何在一张TSNE或者UMAP展示两个基因的表达情况，但是最直观的思考就是一个点（cell）如果展示两个基因的表达量，那必将填充两种颜色，这明显是不可行的，结果将是两种颜色的叠加，当然这种情况又是必须的，因为我们在做细胞通讯的时候希望一张图上直接展示配体和受体的分布及表达情况，那么今天就给大家带来一种方法，设置二维colorbar，以下图为例：图片.png图上展示的就是

单细胞空间交响乐·2024-01-18 17:16

文献阅读：单细胞 RNA 测序揭示分子定义的肌间神经元类别的多样化

文献介绍「文献题目」Diversificationofmolecularlydefinedmyentericneuronclassesrevealedbysingle-cellRNAsequencing「研究团队」UlrikaMarklund（KarolinskaInstitutet）「发表时间」2020-12-07「发表期刊」NatureNeuroscience「影响因子」25.0「DOI」10

Tiger Z·2024-01-18 12:30

第一篇新冠单细胞文献！|解读

我们之前也发表过有关新冠病毒受体ACE2组织分布的解读，基本上是利用公共数据库对其分布及特异性进行分析，而这篇文章是研究团队利用新冠病毒感染进行的单细胞转录组分析，是第一篇报道新冠肺部免疫微环境的单细胞文献

生信宝典·2024-01-18 07:04

无参转录组起步

刘小泽写于19.2.1发觉好久没写了，果然临近过年事情比较多，最近重新开始无参转录组。

刘小泽·2024-01-18 06:46

伴你称王

单细胞的船长面对着大海许下了诺言，孩子气的笑脸在阳光的照射下显得那样灿烂。或许最初的原因已经忘记了，不过不要紧，因为现在有了新的理由，戴在头上的草帽并不只是虚无的存在，那是我与你诺言的见证，杰克。

MyPrayer_·2024-01-18 06:26

如何用转录组数据定量肿瘤浸润免疫细胞

有哪些方法可以用于评判肿瘤免疫浸润ToolTypeMethodCelltypesCodeavailabilityCellMixReferencesTIminerMPrerankedGSEADifferentgenesetswith31[10],28[11],and64celltypes[12]http://icbi.i-med.ac.at/software/timiner/timiner.shtm

王子狐·2024-01-18 01:06

一文带你读懂单细胞测序

本文首发于“生信大碗”公众号，转载请注明出处单细胞测序技术自2009年汤富酬老师发表单细胞文献后被广泛了解，2013年被NatureMethods评为年度技术，至此越来越多地被应用在科研领域。

生信大碗·2024-01-18 00:53

生物信息百Jia软件（21）：hisat2

基因学苑Q群：32798724编者按现在的软件更新实在太快了，光是转录组用来比对的软件就有很多，bowtie，tophat，star，现在又有hisat以及hisat2，这款软件居然不叫tophat3。

基因学苑·2024-01-17 21:53

生命的进化与演进

地球上的生命，从最原始的无细胞结构状态进化为有细胞结构的原核生物，从原核生物进化为真核单细胞生物，然后按照不同方向发展，出现了真菌界、植物界和动物界。

海阔天空下的农民·2024-01-17 15:14

社区游戏｜元宇宙里的我

我是一只生活在6000米深海的单细胞多孔动物，俗称海绵，不是海绵宝宝哦，我也没有像派大星那样的伙伴陪伴在身边。在阳光照不到的深海，我孤独的活着，活了五亿年了。

潇子雯·2024-01-17 15:08

Celaref | 单细胞测序细胞类型注释工具

我导再也不用担心我不认识marker啦我们在进行单细胞测序的时候，通常情况下是通过高变genes来辨别细胞类型（于是一大堆不认识的），除了免疫细胞可能容易分析出来，其他的细胞我是两眼一抹黑。

生信宝典·2024-01-17 09:34

一只草履虫的故事

有这么一只草履虫，从来不愿意承认自己是单细胞的生物，总是刻意装出有别于它们族群的样子，渐渐的，也忘记了自己的本质。它把自己当成一只猫去生活，去成长。

愿有加一碗饭的幸福·2024-01-17 03:01

单细胞转录组学对代谢功能障碍相关脂肪变性肝病的类器官模型进行分析

前言最近接触比较多肝纤维化项目，包括空转、单细胞和普通的BULK转录组，本文是肝脏疾病类器官构建，所以结果是比较确定的，只是对比不同处理和培养哪种效果更好，适合了解纤维化进展和哪些分子和细胞参与，以及其机制

恩喜玛生物·2024-01-16 23:07

2022cancercell FOXA2在神经内分泌前列腺癌中驱动谱系可塑性和KIT通路激活

在这里，我们使用单细胞多组学分析，从107,201细胞中研究了细胞异质性、转录组调控和微环境因素的动态变化，这些细胞来自基因工程小鼠前列腺癌样本，这些样本具有患者肿瘤演变的完整时间序列。

一只小脑斧·2024-01-16 20:43

易基因：表观遗传学和表观转录组修饰在植物金属和准金属暴露中的作用 | 抗逆综述

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。非必需金属（non-essentialmetal）和准金属（metalloid，也称类金属）对土壤的污染是全球许多地区面临的严重问题。这些非必需金属和准金属对影响作物产量和人类健康的所有生物体均有毒性。作物暴露于高浓度的这些金属中会导致矿物质稳态失调、光合作用效率降低、细胞分裂抑制、氧化应激、基因毒性影响，以及随后的生长阻碍。植物可以激

易基因科技·2024-01-16 13:53

易基因：DNA甲基化和转录组分析揭示番茄黄化曲叶病毒感染过程中的转录和表观遗传学变化

然而尚未对双生病毒感染期间宿主转录组、sRNA谱

易基因科技·2024-01-16 13:21

锐意进取，蓬勃发展｜爱基百客2023全景图

前面我们盘点了表观产品和单细胞产品，今天再邀您回顾我们的2023全景图！

爱基百客·2024-01-16 12:40

利用igraph包可视化基于KNN的单细胞聚类关系

0、背景（1）在Seurat等包中，在进行挑选高变基因，PCA分析后，多使用SNN(sharednearestneighbor)算法进行单细胞聚类，然后进行TSNE或者UMAP二维可视化。

小贝学生信·2024-01-16 11:55

根瘤固氮单细胞核转录还能这么用！

实验设计单细胞核转录组（snRNA-seq）：使用根瘤菌接种大豆幼苗，14天后取样，取样分为N组（包含根瘤和根）和R组（

SHANGHAILINGEN·2024-01-16 10:14

#植物单细胞核转录组利用单细胞核转录组挑战非模式生物-荔枝花芽发育分化过程

近期，发表于《JournalofExperimentalBotany》的植物单细胞核转录组文献，以荔枝成花过程中关键发育时期的三种不同状态的芽为研究对象，首次建立荔枝芽样本的单细胞核测序体系，完成了首例荔枝单细胞图谱构建

SHANGHAILINGEN·2024-01-16 09:40

10X空间转录组速率分析（Velocyto）之SIRV

hello，大家好，今天我们来分享Velocyto如何在空间上的运用，10X单细胞数据做RNAVelocyto大家应该都已经不陌生了吧，相信很多人都做过，大家也应该很了解RNAVelocyto了，那么今天我们分享一个内容

单细胞空间交响乐·2024-01-16 07:56

文献集锦 | 学术爆款“空间转录组”最新研究与应用

文献一Spatiotemporalanalysisofhumanintestinaldevelopmentatsingle-cellresolution标题：单细胞分辨率下人类肠道发育的时空分析发表期刊

ee00dc6faab7·2024-01-16 00:03

生信步骤|转录组测序上游分析：hisat2+samtools+stringtie

转录组分析在当下研究功能基因组领域十分常用。相关软件组合种类也十分丰富，本文采用了hisat2+samtools+stringtie策略从转录组数据中挖掘差异表达基因。

学术程稻属·2024-01-15 20:34

科学彩虹堂——在自然世界探索对称的奥秘

知乎达人、中科院遗传学博士李雷曾在知乎上回答了这么一个问题，“为什么生物从单细胞进化到现在，所有动物几乎都是左右对称的？”

神奇小瘪斯·2024-01-15 18:22

pyscenic生成auc.loom文件却缺失regulon信息

pyscenic在通过loom文件读入单细胞数据运行，最后会生成所有的文件，包括最后一步AUCell的结果，但是实际提取时会发现regulon信息的缺失，Theattribute'Regulons'isnotavailableinthisloomfile.Theloomdoesn'tcontainreguloninformation

纷纷不可诉·2024-01-15 17:59

单细胞转录组测序揭示了动脉粥样硬化免疫细胞的异质性

单细胞转录组测序（scRNA-seq）技术的进展使我们对免疫细胞亚群的认识更加完善。

晶典教你玩转科研·2024-01-15 16:01

10X单细胞（10X空间转录组）聚类算法之leiden

hello，大家好，今天我们来分享一下最新常用的聚类算法----leiden，其实大家在看Seurat的函数FindClusters可能会观察到，其中有一个参数algorithm，有4个可选项，我们列举出来1=originalLouvainalgorithm（原始Louvain算法）2=Louvainalgorithmwithmultilevelrefinement（具有多级细化的Louvain算

单细胞空间交响乐·2024-01-15 15:08

如何鉴定数据的建库方式（链特异性或非链特异性）

来自SRA的转录组数据，很多文章方法描述简单，无法判断是否为链特异性数据，导致在mapping和rawreadscount时参数不知如何选择。

生信助手·2024-01-15 07:29

哺乳动物器官中基因表达水平的进化

在这里，为了了解哺乳动物转录组进化的动态，我们报道了来自10种主要哺乳动物谱系(胎盘类、有袋类和单孔类)和鸟类(进化外群)的6个器官的多聚腺苷化RNA的测序。我们发现，由于选择压力的

亦是旅人呐·2024-01-15 04:33

13.时间序列数据分析

利用implut时间序列数据分析的部分综述https://www.jianshu.com/p/94520ce07c95转录组时间序列数据处理（软件中利用的一些模型和计算差异基因的方法）https://www.jianshu.com

夏大希·2024-01-14 21:17

呼和吸那回事

作为单细胞生物很明显就是直接通过和外界互换氧气来达到的，可是人类并不是一个单细胞生物，而是一个有着复杂结构的多细胞生物，那么人类的呼吸又是靠着哪一些结构配合而完成的呢？

Ryanta·2024-01-14 01:08

单细胞组学 | 人脑类器官中的细胞命运调控组

Inferringandperturbingcellfateregulomesinhumanbrainorganoids——————————————————————————单位：ETH时间：2022年8月杂志：Nature今天分享一篇前两天发表在Nature杂志上的利用单细胞组学技术研究人脑类器官的细胞命运调控的文献

防秃基因挖掘机·2024-01-14 00:18

用一个简单的例子说明单细胞分析中的dgCMatrix数据的结构

dgCMatrix用来存储矩阵的一种数据格式，这种数据格式很适合存储稀疏矩阵（即矩阵中大部分值为0）。dgCMatrix使用三个数组（分别是i，p，x）来存储矩阵。怎么存的呢？先举一个普通矩阵的例子：300040805060如果要把它转换成dgCMatrix格式，搞清楚对应的i，p，x值就行了。x是存储矩阵中所有的非零值按从上到下，从左往右的顺序的排列。对于上面这个例子：x=3,8,4,6,5i则

我是胡锦州·2024-01-13 15:13

10X空间转录组Visium || 空间位置校准

SpaceRanger10X公司提供两款空间转录组软件，和单细胞对应的软件很相似，最大区别在于增加了空间信息的可视化。那么，如何将空间信息准确定位以及如何将基因表达量准确mapping到空间信息中呢？

周运来就是我·2024-01-13 13:38

单细胞实战(1)：原始测序数据下载

前言目前的课题是10X单细胞测序(植物方面)，之前已经把所有的流程基本走过一遍，现在就将自己的学习过程整理成笔记给大家分享一下，我在学习单细胞分析的时候主要跟着单细胞天地的公众号和jimmy老师在B站上上传的单细胞分析视频进行学习的

周小钊·2024-01-13 11:09

基因组编码区的注释

UTR区准确性较低同源预测(homology-basedprediction)：有一些基因蛋白在相近物种间的保守型搞，所以可以使用已有的高质量近缘物种注释信息通过序列联配的方式确定外显子边界和剪切位点基于转录组预测

loooop·2024-01-13 03:18

转录组分析6——GO/KEGG富集分析

莎莎写于2020.5.2这是5月坚持的第2天，要一直坚持写啊，加油!image.png差异基因的功能注释和富集分析:•GO和KEGG富集分析•基因集富集分析MsigDB数据库GSEA分析GSVA分析1.GO数据库官网：http://geneontology.org/GO(geneontology)是基因本体联合会(GeneOnotologyConsortium)所建立的数据库，旨在建立一个适

猪莎爱学习·2024-01-12 22:14

10X单细胞空间联合分析方法论

hello，又是一周，周二了，最近事情很多，所以祝大家生活快乐，我们来继续看一下10X单细胞空间联合分析的内容，参考文献在Benchmarkingspatialandsingle-celltranscriptomicsintegrationmethodsfortranscriptdistributionpredictionandcelltypedeconvolution

单细胞空间交响乐·2024-01-12 18:01

评估LLM在细胞数据上的实用性(2)-细胞层面的评估

在细胞数据上的实用性(1)-基本概述目录定义参数和任务批次整合多模态整合细胞类型注释细胞层面的评估批次整合多模态整合细胞类型注释定义我们考虑一个预训练LLM表示为M(x,θ)M(x,\theta)M(x,θ)，其基于单细胞数据集

tzc_fly·2024-01-12 17:27

对人的全面了解(五)

达尔文的《物种起源》推翻了欧洲文明中的物种神创论和物种不变论，提出了物种变异伦和生物进化论，说明所有生物伴随着地球的演化进程而形成，所有的生物之间有着密切联系，地球上的无机物合成有机物，有机物组成单细胞生物

张老大186·2024-01-12 13:40

空间转录组文章精析-第一期黑色素瘤遗传异质性

本期，我们一起来分析一下2018年发表在CancerResearch（2019年该杂志最新影响因子为8.378）上的一篇由瑞典皇家理工学院发表的关于皮肤恶性黑色素瘤的文章。文章题目：SpatiallyResolvedTranscriptomicsEnablesDissectionofGeneticHeterogeneityinStageIIICutaneousMalignantMelanoma空间

我爱工作_工作使我快乐·2024-01-12 10:02

100个GEO基因表达芯片或转录组数据处理之GSE126848（003）

等数据库储存并公开大量的基因表达芯片数据，还是会有大量的需求去处理芯片数据，并且建模或验证自己所研究基因的表达情况，芯片数据的处理也可能是大部分刚学生信的道友入门R语言数据处理的第一次实战，因此准备更新100个基因表达芯片或转录组高通量数据的处理

恩喜玛生物·2024-01-12 08:26

100个GEO基因表达芯片或转录组数据处理之GSE159676（002）