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基因组学
【生信】
基因组学
中的统计学应用
【生信】
基因组学
中的统计学应用本文图片来源网络或学术论文,文字部分来源网络与学术论文,仅供学习使用。
朝荣
·
2022-02-07 07:51
生物信息学
生物信息学
统计学
基因组中的统计学分析
【
基因组学
】从基因组中提取基因序列,一段序列及相应的注释文件
写在前面要让从基因组中获取信息变得像喝水那样简单。--byzhougengxu预先准备我以水稻基因组为例,像大家介绍如何提取序列。基因组文件:水稻基因组,水稻注释文件,水稻CDS文件(用作检验)工具:samtools,bedtools,awk1.下载文件wgethttps://rapdb.dna.affrc.go.jp/download/archive/irgsp1/IRGSP-1.0_genom
巩翔宇Ibrahimovic
·
2022-02-05 21:31
学习小组Day7笔记--纸心
各代测序各代测序原理介绍以下引自美格基因第一代测序(Sanger测序)第二代测序第三代测序各代测序对比以下引自生信星球生信星球最后是各组学的介绍(引自生信星球)1.
基因组学
(核酸序列分析)(1)全基因组测序
纸心_67f1
·
2022-02-05 06:57
宏基因组(mNGS)简介(一)——临床领域的应用场景
迄今为止,临床宏
基因组学
的应用场景包括以下几个方面:1、各种综合征和样本类型的传染病诊断2、患病和健康状态下的微生物组特征分析3、宿主转录学分析确定人类宿主对感染的反应特征4、肿瘤领域的应用包括鉴定肿瘤相关病毒及鉴定基因组整合位点
生信小书童
·
2022-01-29 18:29
未来已来?单细胞代谢
前言
基因组学
揭示了细胞的潜能,转录组学提供了细胞的蓝图。然而,要弄清楚一个细胞到底在做什么,就需要蛋白质组学和代谢组学。
概普生信
·
2022-01-10 17:43
Top5 -2021年度单细胞
基因组学
论文
博文名称:Top5Single-cellGenomicsPapersof2021博文链接:https://towardsdatascience.com/top-5-single-cell-genomics-papers-of-2021-d9c8cfcda643发表时间:Dec24,2021回顾今年大数据时代下一些激动人心的论文image.png在生物学大数据时代,数据科学和机器学习的蓬勃发展,得益
whitebird
·
2021-12-26 15:26
代谢组学细胞样本收集
代谢组学是
基因组学
、转录组学和蛋白质组学的下游补充,提供生物系统生理状态的总体评估。它代表了遗传调节的终点及其对细胞中酶活性和内源性生化反应变化的影响。
Seurat_Satija
·
2021-12-02 11:19
微生物
基因组学
及比较
基因组学
分析管道PGCGAP的安装及使用详细教程
PGCGAP是用于原核生物
基因组学
和比较
基因组学
分析管道,该管道包含12个模块,可以接受Illumina双端reads、Oxfordreads或PacBioreads作为输入,可以完成基因组组装、基因预测和注释
了尘兰若
·
2021-11-22 09:40
2021-09-14 【文献】从基因组角度对芥菜起源、驯化和多样化的研究
从基因组角度对芥菜起源、驯化和多样化的研究通讯作者:刘忠松机构:湖南农业大学杂志:NGIF/分区:38.3/Q1发表时间:2021.9研究意义:全面介绍异源四倍体荠菜起源、进化以及驯化的的过程,并为荠菜的
基因组学
育种奠定基础
Wei_Sun
·
2021-11-17 14:16
用ANNOVAR自建数据库注释基因组
annovar简介在我们做重测序,或者比较
基因组学
分析的时候,我们往往在callsnp或者indel的时候,需要对我们的变异位点进行注释,而annovar官网提供的注释库往往是人类的居多,但是我们所研究的物种却不仅限于人类
云养江停
·
2021-11-16 08:18
海洋生物
基因组学
白皮书
海洋
基因组学
白皮书(2021/11/03)/////////////////////获取全球生物遗传信息可以加深我们对生命的理解。
尐尐呅
·
2021-11-09 10:25
病毒序列识别工具
导读开始有关病毒的
基因组学
研究。
小白菜学生信
·
2021-10-08 09:02
ilus: 这是我写的一个轻量级全基因组(WGS)和全外显子(WES)最佳实践分析流程生成器
在后来的日子里,我又合作完成了多个大规模的人类
基因组学
科研项目,在这个过程中关于大规模的WGS数据分析(数量从数千到十万、乃至百万级别)已经是家常便饭。我自己也积累了更多属于大数据
基因组学
研究的分析
黄树嘉
·
2021-07-29 20:06
我爱细胞告诉你 什么是生物护肤品?
21世纪最具有发展前景和活力的科学,随着科学研究的发展与进步,这项科技被越来越广泛应用到我们生活中的各个领域,在临床医学、食品工业、生态农业、制药、环保等行业,我们所知的种种生物信息技术、生物芯片技术、
基因组学
技术
MEMO_99f2
·
2021-06-22 17:14
2019-01-08
另外
基因组学
的很多基础也很松,看到DNA水平的东西就头大。这么比起来之前研究的RNAseq真是个弟弟,说白了就是上下调和差异表达。总之好好加油吧。今天王老师还拜托了吴老师送了我葱姜,非常高兴。
T_3a4b
·
2021-06-19 04:55
R语言宏
基因组学
统计分析(第四章)笔记
R、RStudio和ggplot2简介4.1R和RStudio简介citation("ggplo2")取包引用信息,RStudio.Version()可以获取RStudio引用信息。4.1.1安装R、RStudio和R包R提供一个基于命令行的统计框架,RStudio作为IDE,所有统计分析和图形可以使用它进行。4.1.2设置工作目录(略)4.1.3RStudio进行数据分析4.1.3.1RStud
zd200572
·
2021-06-13 13:56
R语言ggplot2科研数据可视化 ~ 推文合集
小明的数据分析笔记本公众号主要分享:1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子;2、园艺植物相关转录组学、
基因组学
、群体遗传学文献阅读笔记;3、生物信息学入门学习资料及自己的学习笔记!
小明的数据分析笔记本
·
2021-06-10 11:37
2020年进化生物学和生态学领域会议预告
相信关注我们公众号的许多朋友是以
基因组学
、进化生物学为背景的。
montreal_sxr
·
2021-06-08 19:53
「摸鱼快报002」一个系统发育和系统
基因组学
分析的教程合集
https://github.com/mmatschiner/tutorials在github上看到一个关于phylogeneticandphylogenomicanalyses的教材合集(这两个词是这么翻译不?还请业内朋友批评指正)写得非常详细且系统,涉及内容非常丰富:系统发生推断(Phylogeneticinference)物种树推断(Species-treeinference)基因渗入分析(
卖萌哥
·
2021-06-08 04:18
基因功能注释方法
基因组注释(Genomeannotation)是利用生物信息学方法和工具,对基因组所有基因的生物学功能进行高通量注释,是当前功能
基因组学
研究的一个热点。
xiaosine
·
2021-06-06 16:40
比较
基因组学
利器之OrthoVenn2-转载
在线工具OrthoVenn2使用笔记文字转自:https://www.sohu.com/a/338678088_652735全基因组直系同源基因簇(Orthologousclusters)的分析是比较
基因组学
研究的重要步骤
Miss_Jiang
·
2021-05-31 11:29
2017财年孟山都公司种子与
基因组学
业务部门销售额和毛利润创新高
•全年每股收益实现两位数的强劲增长•2017财年每股收益为5.09美元、持续经营业务调整后每股收益为5.50美元•与拜耳的合并朝着完成交易的目标持续取得进展•INTACTARR2PROTM大豆在南美的种植面积超过3亿亩(5000万英亩);RoundupReady2Xtend®大豆在美国的种植面积超1.2亿亩(2000万英亩),预期2018年种植季供应量将翻倍,种植面积预计将超2.4亿亩(4000万
嘛哩嘛哩哄_1b5e
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2021-05-18 13:38
2017-10-07
这是一个使用现代
基因组学
和细胞生物学中最强大的工具来单独捕获和端详数百万个细胞的计划。这个项目的目标是构建第一个全面的细胞分类系统——“细胞图谱”或者“人类细胞地图”。
恍恍惚惚233
·
2021-05-05 00:52
如何有效使用CMDB基因频率数据库
我想不少读者朋友已经知道在今年十月初,我们在Cell主刊上发表了第一个大规模中国人
基因组学
研究文章。
黄树嘉
·
2021-05-01 02:14
NVIDIA深度架构
此类密集型应用程序包括AI深度学习(DL)训练和推理,数据分析,科学计算,
基因组学
,边缘视频分析和5G服务,图形渲染,云游戏等。
wujianming_110117
·
2021-04-30 11:43
智能推理
人工智能
智能芯片
中国哪个行业最为中国公司争气?
2015年,中国
基因组学
公司华大基因联合创始人王俊离职创办一家名为碳云智能iCarbonX的新医疗技术公司之时,数位知名中国风险投资家向他展开追逐,希望他提供投资机会。
南秀木
·
2021-04-30 08:22
浅谈生物信息学
==研究什么粗略的分为三块,一是基于测序的,
基因组学
、元
基因组学
、转录组学、修饰组学等等。二是结构生
正直少女鹿衔草
·
2021-04-29 17:01
HUMAnN2 宏基因组分析 | 小白版
导读使用HUMAnN2(TheHMPUnifiedMetabolicAnalysisNetwork2)进行宏
基因组学
分析。
小白菜学生信
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2021-04-25 11:55
哥斯拉2抢先看
哥斯拉2:怪兽之王电影将延续上一部的故事,动物
基因组学
(帝王计划)研究机构将会有更繁重的研究任务,因为一大堆大小不一的怪物要登场,而哥斯拉也要与摩斯拉、拉顿以及它的强敌基多拉相遇。
段友影视Y30点CC
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2021-04-20 03:01
宏基因组shotgun入门笔记
目录背景知识1.1.根据分析对象的分类1.2.三个基本数据处理问题1.3.一般分析流程1.4.比较宏
基因组学
的应用1.5.目前存在的技术问题实验设计2.1.几点指导意见2.2.测序平台的选择Metagenomeassembly
UnderStorm
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2021-04-19 21:04
纯生信分析套路:10+肿瘤基因组分组上新
文章很有创新的将深度学习模型、泛癌
基因组学
以及肿瘤免疫相结合,利用不同肿瘤基因组的层面之间的差异对肿瘤进行分型,并揭示其具有独特的免疫基因状况和对免疫疗法的反应。
呆呆聊生信
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2021-04-19 19:35
maftools : 总结、分析、可视化-汇总分析
maftools_2clp02June,2020maftools:总结、分析、可视化MAF文件maftools:总结、分析、可视化MAF文件1简介随着肿瘤
基因组学
的发展,突变注释格式(MAF)正被广泛接受并用于存储检测到的体细胞变异
程凉皮儿
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2021-04-18 14:12
利用orthofinder寻找单拷贝基因构建系统发育树
1.orthofinder介绍OrthoFinder是一种快速、准确和全面的比较
基因组学
分析工具。它可以找到直系和正群,为所有的正群推断基因树,并为所分析的物种推断一个有根的物种树。
周小钊
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2021-04-18 02:48
利用系统
基因组学
方法进行多
基因组学
数据复合与分析:在动物生产,健康和增益中的方法和应用
Multi-omicdataintegrationandanalysisusingsystemsgenomicsapproaches:methodsandapplicationsinanimalproduction,healthandwelfare阅读者:李冬艳摘要在过去的几年里,高通量组学技术(HTO)例如整个生物学各个方面的
基因组学
虾里巴人
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2021-04-18 00:11
Kachroo2019 群体
基因组学
,转录组学和毒力的综合分析为化脓性链球菌发病机制
群体
基因组学
,转
董八七
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2021-04-15 06:01
2020-03-27Unix, R 和python工具和资源
转载自:https://github.com/crazyhottommy/getting-started-with-genomics-tools-and-resources
基因组学
和数据科学用的Unix
iColors
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2021-04-15 02:56
2020-12-07 从叶绿体基因组序列到ASTRAL物种树
和直系同源基因介绍生信基因功能分析工具:Orthofinder使用教程OrthoFinder寻找同源基因并建树(1)OrthoFinder寻找同源基因并建树(2)物种进化树构建OrthoFinder寻找同源基因并建树「
基因组学
云若蓝
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2021-03-23 14:22
Extensive heterogeneity in somatic mutation and selection in the human bladder
在分子生物学,生物信息学和进化
基因组学
背景下,他的研究集中理解作为体细胞突变和选择的结果的癌症进展。在过
花生米yangyang
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2021-03-16 19:07
2019-11-11
“是该学习了,
基因组学
10级后天就得考试了”。我打开冰箱,拿出学习面包,便自顾自的吃了起来。现在的学习面包可了不起,换句话说学习面包就是生物面包。里面富含多种高效的酶,
创新第四组谢普林
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2021-03-11 18:15
精选| 2019年11月R新包推荐(第36期)
此次整理了8个类别,分别为计算方法、数据获取、
基因组学
、机器学习、统计学、时间序列、效率工具和可视化工具。以下是本期(总第36期)
黄小伟_数据分析圈儿
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2021-03-11 13:52
影像
基因组学
综述
BrainImagingGenomics:IntegratedAnalysisandMachineLearning,PROCEEDINGSOFTHEIEEEintro这篇文章是2020年发表的一篇综述,主要是记录了近几年影像
基因组学
的研究进展
kimu_4819
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2021-03-04 23:02
关于深度学习在生物学领域的应用分析Applications of Deep Learning in Biomedicine
我们首先回顾了生物标志物开发的重要领域,包括
基因组学
,转录组学,蛋白质组学,结构生物学和
hello~bye~
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2021-03-01 19:00
生物信息学
人工智能
论文
深度学习
生物领域应用
肺炎克雷伯菌的群体
基因组学
研究 | Nature reviews microbiology
背景知识:肺炎克雷伯菌(Klebsiellapneumoniae)属于肠杆菌科,其中包括著名的沙门氏菌属(Salmonella)和埃希氏菌属(Escherichia)。肺炎克雷伯菌是世界上最常见的医院病原体之一,也是新生儿败血症的主要原因。世界卫生组织认识到产生广谱β-内酰胺(ESBL)和耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(CRKp)是一种严重的公共卫生威胁。据报道,仅在欧洲,此类菌株每年就有90,000例
f70420f979c3
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2021-02-23 11:08
2021-01-02使用vcftools根据vcf文件计算种群核苷酸多样性
找到了一份种群
基因组学
数据分析的教程,原文用的数据是2015年发表在science上的一篇论文GenomicislandsofspeciationseparatecichlidecomorphsinanEastAfricancraterlake
麦冬花儿
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2021-01-03 21:24
药物
基因组学
_个体化实验分析_实验报告
文章目录一、实验目的1、(学会)收集特定癌种特定药物的包含药物响应与否相关的基因表达谱数据(TCGA/GEO)2、(掌握)根据响应信息将样本划分为耐药或者敏感两类3、(掌握)构建分类器4、(学会)利用构建的分类器实现个体化耐药预测二、实验流程(1)搜集数据【数据使用的是平时研究的癌型】(2)根据响应信息将样本划分为耐药或者敏感两类(3)构建分类器【以下使用的分类器是weka软件中所构建的】①筛选差
唯有学习才能拯救世人
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2021-01-02 15:37
生物学
生物信息学
宏基因组公众号4年精华文章目录,收藏贴(2021.1更新)
宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强宏
基因组学
技术和成果交流传播,推动全球华人微生物组领域发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,联合海内外同行共同打造本领域纯干货技术及思想交流平台
刘永鑫Adam
·
2021-01-01 07:00
可视化
scipy
makefile
relativelayout
workflow
论文小结——影像学和
基因组学
多模态数据融合在肺癌复发预测中的应用
系列文章目录基于多模态成像遗传学数据来预测帕金森病相关基因和大脑区域的新型GERNNE方法基于聚类演化随机森林的阿尔兹海默症的多模态数据分析影像学和
基因组学
多模态数据融合在肺癌复发预测中的应用系列文章目录前言一
闲看庭前雪
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2020-12-30 17:18
论文小结
神经网络
机器学习
2020.12.13【读书笔记】丨生物信息学与功能
基因组学
(第三章 双序列比对 全局与局部算法)
全局序列比对:Needleman-Wunsch算法该算法的结果是最优化的,但并不是所有可能的比对情况都需要被评估。执行一个穷尽的双序列比对算法需要太多计算资源算法三步骤step1:设置一个矩阵在二维矩阵中比较两条序列X,Y轴分别为第一条,第二条序列两条一致的序列的最佳比对可简单地用从左上角到右下角的对角线表示错配仍然在对角线上,但评分会变低空位在这个矩阵中用水平或垂直路径表示step2:给矩阵打分
穆易青
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2020-12-13 23:53
读书笔记
生物信息学与功能基因组学
盛普国际药物发现网络联盟IDDNU基于表型筛选的全新药物发现
随着分子生物学和
基因组学
的进步,基于细胞的表型筛选的技术有了飞速发展,包括诱导多能干细胞(iPS)技术,基因编辑工具CRISPR–Cas等,由于药物筛选是对未知的探索和发现过程,尽可能地扩大筛选对象和筛选范围
盛普生命科技
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2020-12-07 09:20
盛普健康与环境研究中心
人工智能
你想要的宏基因组-微生物组知识全在这(2020.11)
宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强宏
基因组学
技术和成果交流传播,推动全球华人微生物组领域发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,联合海内外同行共同打造本领域纯干货技术及思想交流平台
刘永鑫Adam
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2020-11-05 07:00
可视化
relativelayout
sharepoint
大数据
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