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基因组学
基因组学
重点整理
生物五界:动物、植物、真菌、原生生物和原核生物;生物三界:真细菌、古细菌、真核生物具有催化活性的RNA分子称为核酶(ribozyme)核酶催化的生化反应有:自我剪接、催化切断其它RNA、合成多肽键、催化核苷酸的合成大学课程资料中转群新基因的产生:基因与基因组加倍1)整个基因组加倍;2)单条或部分染色体加倍;3)单个或成群基因加倍。DNA水平转移:原核生物中的DNA水平转移可通过接合转移,噬菌体转染
Kyle942
·
2022-12-06 11:28
人工智能
深度学习-LeCun、Bengio和Hinton的联合综述-Deep Learning一篇nature综述论文
这些方法在许多方面都带来了显著的改善,包括最先进的语音识别、视觉对象识别、对象检测和许多其它领域,例如药物发现和
基因组学
等。深度学习能够发现大数据中的复杂结构。它是利用BP算法来完成这个发现过程的。
GarfieldEr007
·
2022-12-04 14:13
Deep
Learning
深度学习
综述论文
Deep
Learning
LeCun
Bengio
Hinton
基因组学
课件整理
1.什么是SNP和SSLP?SNP:即单核苷酸多态性,是由于基因组中等位位点上单个核苷酸改变而导致的核酸序列多态性(Polymorphism)。SSLP:简单序列长度多态性,是一系列不同长度的重复序列,包括卫星DNA,小卫星,微卫星(STR)。2.知识整理:一.基因组介绍1,Gene:ADNAsegmentcontainingbiologicalinformationandhencecodingf
Kyle942
·
2022-12-03 14:50
人工智能
基因组学
整理试题
基因组学
整理试题填空题:1.位置效应的两种类型:稳定型,花斑型2.细胞器基因组:线粒体基因组,叶绿体基因组3.基因组进化的分子基础:突变,重组,转座4.RNA聚合酶的三种类型:pol1(RNA聚合酶1)
Kyle942
·
2022-12-03 14:50
人工智能
基因组学
考试-名词解释
基因组学
考试名词解释名词解释基因=由不同的DNA片段共同组成的一个完整的表达单元,有一个特定的表达产物,表达产物可以是RNA分子,亦可为多肽分子。
Kyle942
·
2022-12-03 14:20
人工智能
集成多组学数据的机器学习在生物医学中的应用专题
明确机器学习方法的适用性,优势,以及局限性等什么是机器学习机器学习的应用实例生物组学简介(
基因组学
,转录组学,蛋白组学,代谢组学)机器学习在在多组学数据分析的应用:机器学习主流实现是python
lixuegaoyunfeng
·
2022-12-01 04:44
机器学习
人工智能
Nature Plants|植物基因组测序20年回顾与展望:三代HiFi基因组时代
NaturePlants》期刊在线发表题为“Representationandparticipationacross20yearsofplantgenomesequencing”综述,系统阐述了在过去的20年间,对陆地植物
基因组学
组装质量
SHANGHAILINGEN
·
2022-11-29 07:26
PacBio
三代测序
扩增子测序
其他
科技
本周开课 | 第 5 期全基因组/外显子组家系分析理论和实战
福利公告:前4期《临床
基因组学
数据分析实战》线上/线下课程已圆满结束。现于2022年4月22-24,安排第五期课程在北京。
生信宝典
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2022-11-28 18:55
可视化
大数据
编程语言
人工智能
数据分析
爆款入门 | 第 14 期微生物组-扩增子16S分析和可视化(线上/线下同时开课,2022.4)...
目前课程安排:临床
基因组学
线上/线下开课时间:2022/02/25-2022/02/27宏基因组线上/线下开课时间:2022/3/25-2022/3/27转录组线上/线下开课时间:2
生信宝典
·
2022-11-28 18:25
大数据
编程语言
python
机器学习
人工智能
AlphaGo Zero:从头开始学习
更多深度文章,请关注云计算频道:https://yq.aliyun.com/cloud人工智能研究在语音识别和图像分类再到
基因组学
和药物发现等各个领域都取得了快速进展。
weixin_34406086
·
2022-11-24 21:33
人工智能
大数据
使用北鲲云在AWS上运行基因分析HPC任务
基因组学
是这一趋势的一个主要例子,其中高通量下一代测序(NGS)设备被用于对DNA、mRNA、调控区域、肠道微生物组等进行测序。计算工作流程也在快速开发和标准化,并且支持动态进行扩展。
北鲲云_beikun
·
2022-11-24 19:09
云计算
aws
云计算
基因分析
新鲜出炉 | 临床
基因组学
数据分析实战将于2021年11月12-14开课!!!
福利公告:为了响应学员的学习需求,经过易生信培训团队的讨论筹备,现安排《临床
基因组学
数据分析实战》于2021年11月12-14线上/线下课程(线上课是通过腾讯会议实时直播线下课,实时互动,并录制有视频回放
生信宝典
·
2022-11-24 18:28
大数据
人工智能
编程语言
数据分析
机器学习
腾讯云计算型GPU云服务器使用场景以及选型推荐!
适用场景适用于AI计算、高性能计算场景,例如:AI计算深度学习推理深度学习训练科学计算/高性能计算流体动力学分子建模气象工程地震分析
基因组学
等说明:若您的GPU实例用于3D图形渲染任
有头发程序猿
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2022-11-20 16:44
云服务器
GPU云服务器
腾讯云服务器
云服务器
腾讯云
WordPress
umap算法_生命科学中的 UMAP(降维算法)
今天,我们将深入探讨一种令人兴奋的降维技术,称为UMAP,它主导了当今的单细胞
基因组学
。在这里,我将尝试质疑UMAP作为一种过于数学化的方法的神话,并使用简单的语言来解释它。
张个个
·
2022-11-20 09:53
umap算法
2021SC@SDUSC软件工程应用与实践----项目综述
此外,处理来自
基因组学
、蛋白质组学、微阵列和临床试验的大量复杂数据也存在挑战。人工智能和机器学习技术使制药领域实现了现代化,基于人工智能,多肽药物的药物开发,测试都能更加便捷。
见到我请过去学习
·
2022-11-20 03:40
软件工程应用于实践
python
机器学习
病毒宏
基因组学
(Meta-virome)
宏
基因组学
(Meta-virome)是在宏
基因组学
理论的基础上,结合现有的病毒分子生物学检测技术而兴起的一个新的学科分支,是某类样本中所有病毒(virus)或病毒类似物(virus-like-particle
易基因科技
·
2022-11-19 10:52
病毒宏基因组学
ANI-平均核苷酸一致性
但是,现在的
基因组学
时代,DDH显得有点过时了。两个基因组间ANI(averagenucleotideidentity)由于最能反映DDH,是一
songyi10
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2022-11-19 01:45
生信基础概念
生信软件使用
深度学习——综述(LeCun、Bengio和Hinton)
这些方法在许多方面都带来了显著的改善,包括最先进的语音识别、视觉对象识别、对象检测和许多其它领域,例如药物发现和
基因组学
等。深度学习能够发现大数据中的复杂结构。它是利用BP算法来
zchang81
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2022-11-15 09:38
深度学习
深度学习
LeCun
Bengio
Hinton
北鲲云超算平台对于
基因组学
研究能够提供哪些帮助?
随着众多生物基因组测序项目的完成,生物学数据正在加速度增长。从高通量/多组学,到单分子/单细胞;从多倍体/单倍型到宏基因组/环境基因组;从精准医疗到系统医学等等,后基因组时代的基因组技术正在颠覆传统生物学和医学的方式。因此如何科学地分析和注释这些高通量数据,已成为生物学工作者急需学习和解决的问题。北鲲云超算平台作为一家致力于帮助生命科学用户快速上云,简化开发、测试、部署流程提升企业运维效率的云超算
北鲲云_beikun
·
2022-11-11 11:11
big
data
云计算
运维
php 生存分析,HPA数据库08.做生存分析
ONCOMINE从全景、亚型两个维度做表达差异分析;临床标本从蛋白水平确认(或HPA数据库),很重要;Kaplan-MeierPlotter从临床意义的角度阐明其重要性;cBio-portal数据库做
基因组学
的分析
是那个Tina
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2022-11-02 11:24
php
生存分析
微生物组-扩增子16S分析和可视化(2022.10)
目前可以通报的信息:临床
基因组学
线上/线下开课时间:2022/8/26-2022/8/28
生信宝典
·
2022-10-30 18:14
大数据
编程语言
python
机器学习
人工智能
Nature子刊|“二代+三代”宏
基因组学
揭示肠道微生物群的个性化结构变异
2022年,《Naturecommunications》期刊发表的“Short-andlong-readmetagenomicsexpandindividualizedstructuralvariationsingutmicrobiomes”研究论文中,通过建立了ONT三代测序和Illumina二代测序数据混合组装的新方法,表征了来自健康人类的数百个肠道微生物组中结构变异(SV)的精细遗传变异。研
SHANGHAILINGEN
·
2022-10-22 07:34
微生物
三代测序
PacBio
其他
科技
易基因|宏病毒组测序技术介绍
病毒宏
基因组学
(Meta-virome)是在宏
基因组学
理论的基础上,结合现有的病毒分子生物学检测技术而兴起的一个新的学科分支,是某类样本中所有病毒(virus)或病毒类似物(virus-like-particle
易基因科技
·
2022-10-10 19:18
技术推介
生物学
生物信息学
经验分享
数据挖掘
人工智能
纳米孔测序高错误区域恢复率高达99%,肖传乐/刘奕志/王建新等在Nature子刊发表新校正组装算法
纳米孔测序高错误区域恢复率高达99%,肖传乐/刘奕志/王建新等在Nature子刊发表新校正组装算法2021-01-0715:54新基因组组装是
基因组学
最重要的任务之一。
wangchuang2017
·
2022-10-07 13:33
PacBio
long
read
比较
基因组学
的研究内容
定义:在基因组序列信息已知的基础上,对已知基因和基因的结构进行比较,了解基因的功能,表达调控机制和物种进化过程(简单来说就是拿组装好的基因组做比对,挖掘物种特异信息)研究内容一、基因家族聚类,共有、特有基因家族的统计基因家族中的基因是来源于同一个祖先,由一个基因通过基因重复所形成的两个或多个拷贝而构成的一组基因。他们在结构和功能上具有明显的相似性,并且编码相似的蛋白产物。同一基因家族的基因可以紧密
懒猪曼达
·
2022-08-28 19:38
单细胞表观
基因组学
Single-cell epigenomics (一)
基于单细胞表观
基因组学
表征顺式调控元件几个概念顺式调控元件[Cis-regulatoryelements(CREs)]:调控同一染色体上的基因转录的非编码DNA序列。
Ss_y
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2022-07-21 15:33
论文解读:《功能
基因组学
transformer模型的可解释性》
·@[TOC](论文解读:《Explainabilityintransformermodelsforfunctionalgenomics》)文章地址:https://academic.oup.com/bib/advance-article/doi/10.1093/bib/bbab060/6214646?login=trueDOI:https://doi.org/10.1093/bib/bbab06
风灬陌
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2022-07-13 07:48
生物信息学
算法
transformer
生物信息学
算法
【
基因组学
】好用的
基因组学
工具jcvi的安装及无root权限安装latex
写在前面jcvi是福建农林大学的唐海宝老师开发的一款针对基因组处理的高效工具,学好这一个工具可以解决80%以上遇到的
基因组学
上的问题。
巩翔宇Ibrahimovic
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2022-07-02 13:22
Nat.Rev.Genet丨十二位分子遗传学家万字长文,烛照遗传学和
基因组学
的未来
生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、在线绘图、转录组分析(Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这)、ChIP-seq分析(ChIP-seq基本分析流程)、单细胞测序分析(重磅综述:三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程)、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘(典型医学设计实验GEO数据分析(step-by-step))、批次效应处理等内容。文丨张
生信宝典
·
2022-06-22 12:46
weex
base64
hierarchy
dbcp
微软
如何进行基因组注释
定义基因组注释:是利用生物信息学方法和工具,对基因组所有基因的生物学功能进行高通量注释,是当前功能
基因组学
研究的一个热点。
生信技术
·
2022-05-28 01:23
数据库
java
python
大数据
机器学习
【
基因组学
】使用StringTie+gffread鉴定基因的新转录本
写在前面 转录组通常被用来寻找差异基因,但是有的时候我们想看一下已报道的基因是否存在可变剪切现象,即新转录本的挖掘,这个时候就需要利用StringTie+gffread来挖掘基因的新转录本。StringTie StringTie用于转录本的组装和转录组数据的量化。它使用一种新的网络流算法和可选的从头组装步骤来组装和量化代表每个基因位点的多个剪接变体的全长转录本。它的输入不仅可以包括其他
巩翔宇Ibrahimovic
·
2022-05-26 20:11
共线性分析 | MCscanX
MCScanX是另外一个检测基因共线性和进化分析的常用工具之一,2012发表至今引用数已经有好几百了,作者之一的唐海宝老师是国内植物
基因组学
生信分析、软件开发领域的大拿,在学习使用MCScanx之前推荐先看看他
生信师姐
·
2022-05-06 07:48
hadoop的python框架指南_Hadoop中的Python框架的使用指南
Hadoop最近,我加入了Cloudera,在这之前,我在计算生物学/
基因组学
上已经工作了差不多10年。我的分析工作主要是利用Python语言和它很棒的科学计算栈来进行的。
weixin_39632293
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2022-04-20 07:18
Nature重磅:Hinton、LeCun、Bengio三巨头权威科普深度学习
这些方法显著推动了语音识别、视觉识别、目标检测以及许多其他领域(比如,药物发现以及
基因组学
)的技术发展。
weixin_30666753
·
2022-04-07 14:41
Nature:Hinton、LeCun、Bengio图灵奖得主权威科普深度学习
这些方法显著推动了语音识别、视觉识别、目标检测以及许多其他领域(比如,药物发现以及
基因组学
)的技术发展。
liqiang12689
·
2022-04-07 14:40
链接
深度学习
编程模板-R语言脚本写作:最简单的统计与绘图,包安装、命令行参数解析、文件读取、表格和矢量图输出
2014年在中科院遗传发育所获生物信息学博士学位,2016年博士后出站留所工作,任宏
基因组学
实验室工程师,目前主要研究方向为宏
基因组学
数据分析方法、培养组学方法优化。
R语言中文社区
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2022-03-27 07:51
2021-10-23
基因组学
与植物育种
实际上,最近几年我已经参与了若干物种的
基因组学
项目。我一直在思考:除了提供一批数据之外,我们的研究还能对实际生产产生怎样的推动作用?基因组组装和基因注释在整个育种研究中处于什么阶段?
阿乜太帅
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2022-03-21 10:51
Science发布基因组比对革新技术:泛
基因组学
映射工具Giraffe
目前,基因测序普遍使用的DNA测序仪主要基于短读长测序技术,在获得基因组序列片段后,将其映射到参考基因组序列中来确定染色体位置,识别出其与基因组参照的差异。但完全依赖单一参考序列来鉴别具有遗传多样性的人类亚群中的遗传变异时,不可避免会出现对不同基因组参照序列的错误映射。近年来,随着参考基因组的不断发布以及基因组间的相互比较,人们逐渐认识到单一参考基因组不能代表物种内的多样性,由此,泛基因组(Pan
生信宝典
·
2022-03-18 10:54
人工智能
机器学习
大数据
深度学习
算法
RNA速率:细胞内部的指南针
rna-velocity-the-cells-internal-compass-cf8d75bb2f89发表时间:Sep1,2021单细胞RNA测序(scRNA-seq)在过去十年中彻底改变了我们研究细胞生物学的方式,单细胞
基因组学
领域迎来了快速
whitebird
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2022-03-07 16:35
暑期实践之四
其研究重点主要体现在
基因组学
(Genomics)和蛋白质组学(Proteomics)两方面,具体说就是从核酸和蛋白质序列出发,分析序列中表
二三狗子
·
2022-02-21 01:30
扩增子培训小结
扩增子分析扩增子分析,指的是对生物高度保守的DNA序列进行分析,鉴定生物的种类与含量的方法,是宏
基因组学
的研究方法之一。amplicon.jpg注:以下扩增子均指微生物16SrDNA片段。
见龙在田007er2770
·
2022-02-20 11:33
Nature|SARS-CoV-2的病毒拯救
该研究团队此次报道了一个基于酵母(Saccharomycescerevisiae)的合成
基因组学
平台,能够根据已知病毒基因组,在合成基因片段(来源:病毒中提取、对病毒DNA的克隆、临床的样品或是人工合成的
RealXuanyi
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2022-02-20 10:41
植物
基因组学
-fastp进行高通量测序数据的质控
对于各位小伙伴来说,无论是自己独立进行高通量测序数据分析,还是解读公司的测序结果,一个必须要面对的情况就是高通量测序数据的质量控制,又称QualityControl。照顾到有些不会代码的同学,今天我们不仅将会介绍一个具体软件的使用说明,还会给大家附图解读。希望各位小伙伴多多点赞和关注。今天我们要推荐的软件是fastp,一个包含了质控,过滤,校正以及预处理的fastq文件处理软件。相比于传统的Fas
blue_unique
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2022-02-19 19:31
每周文献 2021-05-05
PopulationgenomicsprovidesinsightsintotheevolutionandadaptationtohumansofthewaterbornepathogenMycobacteriumkansasii(群体
基因组学
揭示了水传病原体堪萨斯分枝杆菌的进化和对人类适
杨博士聊生信
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2022-02-19 13:45
OrthoFinder比较基因组确定基因家族
简介OrthoFinder是用于比较
基因组学
的快速,准确和全面的平台。它查找直系群和直系同源物,推断所有直系群的根源基因树,并识别这些基因树中的所有基因重复事件。
小白菜学生信
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2022-02-18 23:18
『珍藏版』单细胞转录组技术在病毒(COVID-19)方面的应用
更多精彩文章生信人第一篇:单细胞技术的进展近年来,下一代测序(next-generationsequencing,NGS)技术的迅速发展,为从癌症
基因组学
到各种微生物群的复杂生物系统,都提供了许多有价值的见解
概普生信
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2022-02-17 21:47
HiC-Pro实战 #3D基因组 #表观遗传
首先在此感谢jimmy非常详尽的教程HiC数据分析实战之HiC-Pro本文为三维
基因组学
习笔记的第二篇,主要记录HiC-pro的安装遇到的问题及部分实战。
土豆_leah
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2022-02-16 06:40
2019年9月bioRxiv生信好文:基因编辑婴儿事件再发酵
今年六月,来自加州大学伯克利分校的XinzhuWei和著名计算生物学家RasmusNielsen于naturemedicine杂志发文,通过群体
基因组学
分析表
montreal_sxr
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2022-02-12 02:40
『比较
基因组学
』直系同源基因寻找和基因家族扩张收缩分析
定义直系同源基因-Orthologousgenes(ororthologs)areaparticularclassofhomologousgenes.Theyarefoundindifferentspeciesandhavedivergedfollowingthespeciationofthespecieshostingthem.Therefore,orthologousgenesindiffer
ShawnMagic
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2022-02-11 17:24
【
基因组学
】提取基因的启动子序列
写在前面通常我们碰到的是,根据gff文件提取cDNA序列,这个比较容易满足,但是有时候我们需要构建nativepromoter载体的时候,就需要提取cDNA前面的序列,真核生物大约是3k,原核大约是0.5k。这个时候就需要稍微绕一下弯,但是思路还是基本一致的。1.准备的东西工具:samtools,bedtools,bedops,都可以通过conda一键安装。序列文件:基因组文件fasta,注释文件
巩翔宇Ibrahimovic
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2022-02-09 02:34
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