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基因组学
基因组学
中的深度学习
这一篇文章的主题是深度学习在
基因组学
中的应用情况的。
黄树嘉
·
2023-03-12 09:57
专家:感染新冠病毒半年后 康复者体内仍稳定存在抗体
为明确新冠病毒感染后抗体能否在人体内长期存在,上海交通大学医学院附属瑞金医院国家转化医学中心、上海血液学研究所、医学
基因组学
国家重点实验室与上海市公共卫生临床中心对新
刘仁永励志
·
2023-03-12 05:08
基因家族分析(0):概念明晰
由于对
基因组学
只是刚刚入门,还存在很多不熟悉的东西,因此若存在理解错误的地方,欢迎交流讨论。基因家族:在这里,我就按照教科书标准体系去阐述这一专题,仅仅谈谈自己的理解。
逐鸿
·
2023-03-12 00:25
生信软件的使用:fastacmd的提取较大基因组序列
写在前面:最近要将参考基因组(4.1G,粗山羊草)的每一条染色体单独提取出来,之前我写过一个使用faSomeRecords的帖子
基因组学
5-利用faSomeRecords根据基因ID提取基因序列-,本想使用那种方法进行染色体的提取
blue_unique
·
2023-03-11 02:19
R语言宏
基因组学
统计分析学习笔记
3.4微生物数据组成分析早在1897年,皮尔逊就警告说,在器官测量中使用两个绝对测量值的比值,可能会形成“伪相关”。自1920s以来,地质学的研究人员已经知道,使用标准的统计方法来分析成分数据可能会使结果无法解释。Aitchison认识到关于组成成分的每一个陈述都可以用成分的比率来表述,并开发出一套基本原理、各种方法、操作和工具来进行成分数据分析。其中,对数比变换方法被地质学、生态学等领域的统计学
斗战胜佛oh
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2023-03-09 23:30
基因组学
揭示人工除草促使稗草进化出类似稻米的外观
提示:欢迎点击上方「PaperRss」↑关注我们!研究人员得出结论,人工除草促使稗草进化出类似稻米的外观自从20世纪80年代在国内学者樊龙江教授读本科时就了解到前苏联植物生物学家尼古拉·瓦维洛夫。瓦维洛夫的科学思想既重要又新颖。浙大农学院的樊龙江教解释说。即使在20世纪40年代面临死刑判决的时候,瓦维洛夫也拒绝放弃这些想法,因为他在遗传学和遗传方面的研究与约瑟夫·斯大林支持的拉马克思主义背道而驰。
PaperRSS
·
2023-03-09 10:31
基因组学
总结
基因组学
的定义:
基因组学
的目的是对一个生物体所有基因进行集体表征和量化,并研究它们之间的相互关系及对生物体的影响。
花生学生信
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2023-03-09 00:33
GWAS流程知多少-Hail
官网hail.isHail是一个用于可扩展数据探索和分析的开源库,特别是
基因组学
,为各种规模的基因组分析提供强劲支持,云原生的基因组数据框架和批处理计算。
zd200572
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2023-02-19 00:02
20211031读书笔记Applying the latest advances in genomics and phenomics for trait discovery in polyplo...
然而,在过去几年里,由于
基因组学
的发展和可利用资源的增加,小麦相关研究领域的困难或许有所降低。概要文章旨在讨论最新的研究进展如何应用
饮浮觞zyq
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2023-02-18 19:17
R 数据可视化 —— circlize 基因组初始化
前言圆形可视化广泛应用于基因组及其相关的组学领域中,能够有效地展示高维
基因组学
数据。
名本无名
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2023-02-18 05:07
全国计算机信息高新技术考试生物信息分析(中级)考试大纲
全国计算机信息高新技术考试生物信息分析(中级)考试大纲第一单元
基因组学
相关基础知识(8分)1、人类基因组组成与遗传规律:DNA的分子结构、DNA复制方式、人类基因组DNA序列特征(2分);2、基因及其表达与调控
天明豆豆
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2023-02-18 03:31
影像数据分析策略
有些是比较特殊的,比如有些数据的处理是重复化与批量化的,这些方法在一些领域中尤其突出,比如
基因组学
。这里我们介绍医学影像数据处理过程中可能会遇到的一些陷阱与并给出一些有价值的分析策略,包括数据的标
小蜜蜂Stats
·
2023-02-18 01:23
应用于基因组的人工智能识别出一个未知的人类祖先
应用于基因组的人工智能识别出一个未知的人类祖先通过结合深度学习算法和统计方法,调查人员进化生物学研究所(IBE),CentroNacionalde分析Genomico(CNAG-CRG)基因组中心的监管(点)和
基因组学
研究所的塔尔图大学发现
wumingzhi111
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2023-02-17 11:58
基因组学
发展历史-前奏
1665年,英国的物理学家胡克发现细胞,从此人们观察到了缤纷的微观世界。1859年,达尔文发表《物种起源》,并提出物种会因适应环境变化的特征而产生变化,最终适应环境的个体将会获得生存机会而拥有更多的后代,从而将种群扩大,物种得到延续。达尔文(1809-1882)格雷戈尔·孟德尔(GregorJohannMendel,1822年7月20日-1884年1月6日),奥地利帝国生物学家。出生于奥地利帝国西
花生学生信
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2023-02-17 11:50
细菌基因组框架图
介绍细菌基因组研究,是通过基因组测序和组装,获得细菌全基因组序列,并对基因组开展结构预测,功能注释、比较
基因组学
及泛基因组研究。
微基生物
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2023-02-07 11:52
细菌基因组
二代测序
16S高通量检测
细菌基因组框架图
细菌完成图
宏基因组生信分析方法介绍
随着高通量技术的发展,宏
基因组学
(metagenomics)已经成为研究微生物群落物种及功能的前沿科学,在肠道微生物、环境微生物等研究领域具有广泛应用。
微基生物
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2023-02-07 11:21
宏基因组分析
生信分析
生信分析方法
宏基因组测序
组学工具合集
组学工具合集整理了一些目前知道的与组学相关的工具,可能不全面,欢迎补充
基因组学
一代组装CeleraAssembler:最具代表性的工具二代组装MiniaSPAdes:细菌基因组常用ALLPaths-LGSOAPdenovo2
Chipcui
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2023-02-04 07:46
mNGS病原检测是什么?
mNGS:宏
基因组学
二代测序技术应用:病原微生物高通量基因检测定义:mNGS是一种不需培养就可以深入快速鉴定感染病原体的新技术,相比传统培养方法拥有更高敏感性的同时又与“精准诊疗”的理念相契合。
老白杂谈
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2023-01-31 03:00
Nature Reviews Genetics | 在
基因组学
中应用机器学习的常见陷阱
NatureReviewsGenetics|在
基因组学
中应用机器学习的常见陷阱Whalen,S.,Schreiber,J.,Noble,W.S.etal.Navigatingthepitfallsofapplyingmachinelearningingenomics.NatRevGenet
木舟笔记
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2023-01-30 08:12
大数据
python
计算机视觉
机器学习
人工智能
Nat Commun | 利用机器学习准确分析FFPE样本的
基因组学
特征,解锁临床癌症样本的遗传密码...
导读目前,世界各地的病理实验室对患者标本大多进行常规的福尔马林固定和石蜡包埋(FormalinFixationandParaffinEmbedding,FFPE)处理。FFPE保留了组织形态,可用于临床诊断的免疫组化分析。但与新鲜冷冻样本相比,FFPE样本来源的DNA质量和数量均有负面影响,并可能引入人工突变,严重限制了对FFPE样本的突变特征分析。很多大型医院的病理科都拥有数以万计的FFPE样本
生信宝典
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2023-01-30 08:11
基因组学
中的深度学习 (转载)
转载说明:本文转载至‘碱基矿工’公众号这一篇文章的主题是深度学习在
基因组学
中的应用情况的。
是Billy呐~
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2023-01-30 08:41
好文转载
深度学习
深度学习研究
基因组学
一、什么是深度学习?深度学习是表示学习的一种。上图能够看到数据经过不同的隐藏层,数据的表示形式不断的改变,直到线性可分或者变成具体的可能性。1、主要策略监督学习:预测样本的标签无监督学习:学习数据固有模式(转化数据)2、数据集的划分训练集:得到最佳模型参数(机器学习学的就是超参数的选择)验证集:挑选最佳模型测试集:保证泛化性能3、如何保证深度学习高效?1、合适的训练集例如样本平衡,这就像有99个女
hello~bye~
·
2023-01-30 08:41
生物信息学
论文
人工智能
人工智能
深度学习
基因组学
Science经典综述:转化
基因组学
和精准医学:从实验室走向临床
原文链接:https://science.sciencemag.org/content/365/6460/1409转化
基因组学
和精准医学:从实验室走向临床TranslationalgenomicsandprecisionmedicineMovingfromthelabtotheclinic
AIPuFu
·
2023-01-30 08:40
生物信息学
医学
生物学
生物信息学
生物学
医学
临床
转化医学
Nat. Rev. Genet. | 通过可解释人工智能从深度学习中获得遗传学见解
今天为大家介绍的是来自MaxwellW.Libbrecht,WyethW.Wasserman和SaraMostafavi的一篇关于人工智能对于
基因组学
的可解释性的研究的综述。
DrugAI
·
2023-01-30 08:39
DrugAI
神经网络
大数据
算法
python
计算机视觉
精选| 2019年12月R新包推荐(第37期)
此次整理了十个类别,分别为数据获取、
基因组学
、机器学习、数学、医学、科学、统计学、时间序列、效率工具和可视化工具。以下是本期(总第37期)R新包的核心功能介绍:一.数
黄小伟Yeah
·
2023-01-30 07:28
好用分享--华人
基因组学
在线沙龙
偶然间发现了一个非常实用无私的网站:https://cgmonline.co/,真的是各位
基因组学
研究者的福音。
假装_学霸
·
2023-01-29 18:54
基因组学
——(一)简介
我是Honglei,欢迎大家来到
基因组学
专栏!今天我们将对
基因组学
进行介绍。什么是
基因组学
?
基因组学
(Geonomics)是一门研究基因组(Genome)的科学。什么是基因组?
宇宙独一无二的我
·
2023-01-28 12:14
偏最小二乘法 Partial Least Squares
诸如
基因组学
、转录组学、蛋白组学及代谢组学等高通量数据分析,由于自变量数目大于病例数(未知数大于方程个数),无法直接使用传统的统计分析模型。
FarmerJohn
·
2023-01-24 11:18
统计学
生物信息学
PLS
偏最小二乘法
Partial
Least
Squares
PLSR
生信&数据挖掘——人工神经网络篇(2)GEO数据下载及注释
目录序言GEO数据下载GEO数据注释序言
基因组学
是一门研究基因组的科学,它涉及到基因组的结构,功能,表达,进化和疾病相关性等方面。
基因组学
的研究需要大量的基因数据,而这些数据可以从公共数据库中获得。
heart_6662
·
2023-01-21 10:05
生物信息学
数据库
数据挖掘
一致性聚类的最佳K值如何选,你真的搞清楚了吗?
本文要介绍的一致性聚类,就是这样的一种聚类算法,这种方法在癌症
基因组学
中广受欢迎,主要用于发现
生信修炼手册
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2023-01-15 19:53
算法
聚类
python
机器学习
java
gWQS包的使用
介绍加权量化和(WQS)回归是一种统计模型,用于环境暴露、表观/
基因组学
和代谢组学研究等常见的高维数据集的多变量回归。
一个人旅行*-*
·
2023-01-08 13:28
R语言
统计分析
r语言
Convolutional neural network architectures for predicting DNA–protein binding
CNN用于
基因组学
研究的最大优势之一是,它可以探测某一motif(指蛋白质分子具有特定功能的或者作为一个独立结构域一部分相近的二级结构聚合体)是否在指定序列窗口内,这种探测能力非常有利于motif的鉴定
hello~bye~
·
2023-01-06 16:57
本周开课 | 第15期高级转录组分析和R数据可视化培训
转录组线上/线下开课时间:2021/10/29-2021/10/31临床
基因组学
开课
生信宝典
·
2022-12-31 16:17
可视化
大数据
编程语言
人工智能
机器学习
肠道菌群失调是II型糖尿病和炎症性肠病的标志物
多组学数据的综合分析,包括宏
基因组学
和代谢组学以及宿主指标的检测和细菌物种的分类,已经确定了许多与疾病相关的细菌和细菌产物。然而,深入了解微生物影响肠道健康的机制需要从关联拓展到因果关系。
谷禾牛博
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2022-12-30 04:14
肠道菌群
python
生活
健康医疗
整合
基因组学
和蛋白质结构的致病机制分析
在单基因疾病研究中,对致病突变的发现和论证是最核心的工作。一般而言,大部分的文章仅仅局限于“样本-测序-信息分析-致病突变发现”之模式。相对于这种以样本和测序为核心的工作,“样本-测序-信息分析-致病突变发现-整合公共数据库挖掘突变和表型关系”的模式则在一定程度上可以增加文章的广度和深度。本文以TheDecipheringDevelopmentalDisorders(DDD)study发表的三篇文
生信宝典
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2022-12-29 15:25
蛋白质组学技术与药物作用新靶点研究进展
基因组学
研究表明,人体中全部药靶蛋白为1万~2万种,而在过去100年中发现的靶点,仅约有500种。因此,自1994年Wilkins等提出蛋白质组(pro-teome)和蛋白质
hdpai2018
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2022-12-29 15:22
关于胶质母细胞瘤的影像组学和影像
基因组学
影像组学和影像
基因组学
有望提供精确诊断、预测预后,并评估肿瘤对现代化疗、免疫治疗和影像治疗的反应。这是通过形态学、纹理和功能特征的三位一体实现的,这些定量体素级的高通量特征来自对MR图像提取。
思影科技
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2022-12-29 15:49
脑科学
易基因|动物发育过程中顺式调控区域的活性DNA去甲基化早于脊椎动物起源:重磅研究
2022年12月02日,澳大利亚悉尼加尔文医学研究所
基因组学
和表观遗传学系OzrenBogdanovic研究团队在《SCIENCEADVANCES》杂志发表了题为“ActiveDNAdemethylationofdevelopmentalcis-regulatoryregionspredatesvertebrateorigins
易基因科技
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2022-12-28 23:23
高分文章
人工智能
生物学
生物信息学
经验分享
亚马逊云科技re:lnvent推出云上创新计算实例
当前,众多客户如阿斯利康、F1一级方程式赛车、MaxarTechnologies等在亚马逊云科技上借助其提供的卓越的安全性、可扩展性和弹性,运行传统的高性能计算工作负载,包括
基因组学
处理、计算流体动力学和天气预报模拟等
m0_75092401
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2022-12-24 08:21
科技
亚马逊云科技推进云原生数据战略全面服务化,普惠150万企业数据创新
客户正在存储和分析来自各种来源的数据,包括来自数字媒体与社交网络的数据,来自物联网的数据,以及在线交易、财务分析、
基因组学
研究的数据等。
大数网
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2022-12-24 08:18
云原生
科技
基因组学
中的深度学习 (转载)
转载说明:本文转载至‘碱基矿工’公众号这一篇文章的主题是深度学习在
基因组学
中的应用情况的。
hello~bye~
·
2022-12-22 14:27
人工智能
生物信息学
基因组学
深度学习
基因组学
中的深度学习
这一篇文章的主题是深度学习在
基因组学
中的应用情况的。
生信宝典
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2022-12-22 14:57
神经网络
算法
大数据
数据挖掘
编程语言
生信分析新技术加持!单细胞技术如何应用到肿瘤免疫领域
深度学习已经被广泛应用于
基因组学
研究中,利用已知的训练集对数据的类型和应答结果进行预测,深度学习,可以进行预测和降维分析。
木舟笔记
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2022-12-21 06:03
人工智能
深度学习
国外生物信息学软件公司综述
现在
基因组学
最热门的是有关基因表达的研究,寻找生物信息学与基因表达的理想结合也相应成为热门专业。本文章基于HealthtechInst
nilescc
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2022-12-19 13:22
生物
制造
IDEA
Nature重磅综述|2022年最新生物信息学,你想知道的都在这里!
培训背景四大专业课程助您发顶刊课程一:深度学习
基因组学
专题线上培训班课程二:机器学习单细胞分析应用专题线上培训班课程三:单细胞空间转录组应用专题线上培训班课程四:CADD计算机辅助药物设计专题线上培训班深度学习已经被广泛应用于
基因组学
研究中
生信宝典
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2022-12-19 08:10
人工智能
深度学习
KAGGLE比赛分享-细胞赛(一)
比赛地址赛题背景在过去的十年中,单细胞
基因组学
的出现使得能够测量单细胞中的DNA、RNA和蛋白质成为可能。这些技术允许以前所未有的规模和分辨率研究生物学。
丰。。
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2022-12-09 10:24
kaggle
机器学习笔记
数据分析
知识图谱
分类
回归
聚类
一、肿瘤全基因组分析概况(Pan-cancer analysis of whole genomes,PCAWG)
在线工具及原文链接Onlineresourcesfordataaccess,visualizationandanalysis数据及可视化、分析工具DirectdownloadofPCAWGdata肿瘤
基因组学
数据下载
dr_yingli
·
2022-12-08 16:52
肿瘤全基因组学
四、肿瘤全
基因组学
体细胞点突变特征(The repertoire of mutational signatures in human cancer)
全文链接一、肿瘤突变特征:碱基置换及插入、缺失突变单碱基置换(49种特征类型,single-base-substitution,SBS)双碱基置换(11种特征类型,doublet-base-substitution,DBS)多碱基置换(4种特征类型,clustered-base-substitution,CBS)小的插入、缺失突变(17种特征类型,smallinsertion-and-deleti
dr_yingli
·
2022-12-08 16:52
肿瘤全基因组学
影像组学训练营 第三天(共三天)
MRI影像数据获取及分析感兴趣体积VOI分割图像预处理特征提取特征一致性评价第七步特征选择数据库一,数据库简介:四,相关研究ResearchActivities问答环节1.老师好现在有什么方法做影像组学于
基因组学
的联合分析么老师
鱼与钰遇雨
·
2022-12-06 11:03
生物信息学
影像组学
测序组学助力新的酶发现
宏
基因组学
产生的大量测序数据,让人们得已窥见未经培养的微生物的生物合成潜力。与初级代谢途径相比,参与次级代谢的酶往往催化不同底物的特殊反应,这些途径为发现新的酶学提供了丰富的资源。
谷禾牛博
·
2022-12-06 11:00
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