基因组第22页

基因组数据可预测患病风险的新模式！

纽约斯坦福大学医学院的研究人员近期开发了一个机器学习框架，该框架整合了基因组和电子健康记录数据，以预测个人患腹主动脉瘤(AAA)的风险，并提高科学家对该疾病的生物学结构的了解。

南博屹生物医学·2023-08-30 07:20

代谢组学和宏基因组学研究不同添加剂对青贮品质的影响

microbialcommunitiesandantibioticresistancegenesinhigh-moisturesweetcornkernelsilage发表期刊：BioresourceTechnology影响因子：9.642百趣生物提供服务：代谢组学+宏基因组研究背景人口增长

09eb862dd2cf·2023-08-30 00:17

2019-01-13

1.个人对CRISPR-Cas9筛选的理解：CRISPR-Cas9筛选：使用阴性筛选，阳性筛选和对照筛选，以文章中使用全基因组gRNA文库筛选使黑色素瘤对细胞毒性T细胞介导的杀伤具有抗性的基因为例。

Mingyan_C·2023-08-29 23:24

【珍藏版】热点综述 | 单细胞多组学研究怎么做？

大量的多组学分析，如多维基因组学和蛋白质基因组学分析，已被证明有利于获得对细胞事件的全面了解。这一优势促进了单细胞多组学分析的发展，使细胞类型特异性基因调控得以检测。单细胞多组学研究怎么做？

尐尐呅·2023-08-29 17:00

易基因：全基因组DNA甲基化测序（WGBS）揭示儿童哮喘增强子区域的整体低甲基化｜科研速递

先前研究利用850K芯片对哮喘的DNA甲基化变化的靶点特异性分析或DNA甲基化微阵列进行了描述，覆盖人类基因组约28MCpG中的27

易基因科技·2023-08-29 13:40

易基因：5mC DNA甲基化介导茶树组织功能分化和重要风味物质合成调控｜植物研究

在植物中，5mCDNA甲基化修饰（简称5mC甲基化）是一个重要而保守的表观基因标记，参与基因组稳定性、基因转录调控、发育调控、非生物胁迫响应、代谢物合成等多种调控。

易基因科技·2023-08-29 13:08

算法文献阅读13：MUMmer3 (第三代版本)

Versatileandopensoftwareforcomparinglargegenomes用于比较大型基因组的多功能开放软件AbstractThenewestversionofMUMmereasilyhandlescomparisonsoflargeeukaryoticgenomesatvaryingevolutionarydistances

龙star180·2023-08-29 03:38

本周最新文献速递20210411

Functionalandstructuralbasisofextremeconservationinvertebrate5′untranslatedregions不想看英文题目：脊椎动物极端保守5'非翻译区的功能和结构基础杂志和影响因子：NatGenet（27.6031区）研究意义：脊椎动物基因组非编码区存在极端保守性序列

橙子牛奶糖·2023-08-28 21:40

遗传背景分析（群体结构10个样品以上）

2020.11.9【GWAS/WGS流程】丨全基因组关联分析绘图全流程_穆易青的博客-CSDN博客_gwas全基因组关联分析一、数据筛选及格式转换！！！

琴酒martini·2023-08-28 21:35

NATURE:基因-环境协同诱导的表观遗传程序起始肿瘤发生

Agene–environment-inducedepigeneticprograminitiatestumorigenesis杂志：Nature这篇文章利用了胰腺上皮细胞的不同状态作为模型（normal,injury,Krasmutation,Krasmutation+injury）以及小鼠模型，整合了基因组

生信start_site·2023-08-28 13:24

python生信小练习（四）

生信编程直播第一题：人类基因组的外显子区域到底有多长方法1：分别以外显子坐标的起始、终止坐标作为字典的键值对#计算人基因组的外显子长度f5=r'E:\Bioinformatics\data\human\

杨亮_SAAS·2023-08-28 13:39

2021-12-12转录组分析（四）--王通老师讲解

[endif]过滤啥（1）非“基因组”本身序列（自身加的4个，adapter接头；测序引物；barcode;index等）1.1去adapter反向互补，adapter一般在0.1以下；1.2去除含N碱基过多的

不如好好学生信吧·2023-08-28 11:21

我们的DNA是如何与我们的性格和外表联系在一起的?

我们的DNA是由20,000多个基因组成的。你可以把基因看作是一种指令，帮助决定我们的长相，我们的身体如何工作，甚至我们的性格。我们一半的基因来自生母，另一半来自父亲。

睿邸管家·2023-08-28 02:25

2022-10-31

大数据指导下的早期乳腺癌系统疗法原创huacishu图灵基因2022-10-3113:54发表于江苏收录于合集#前沿生物大数据分析撰文：huacishuIF=65.011推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：1、作者总结了（新）辅助试验从前基因组时代到后基因组时代的演变

图灵基因·2023-08-27 19:38

为什么宏基因组数据分析比较难？

生物数据分析包括很多种类，比如人基因组，植物，动物，微生物，还有RNA，单细胞RNA等等，其中宏基因组数据分析是比较难的部分，为什么呢？这里总结了以下10点原因。

基因学苑·2023-08-27 08:44

encode eclip 数据分析流程

#准备：测序数据：fastq格式；RBFOX2HepG2测序数据-RBFOX2STAR的基因组索引：UCSC下载fasta格式STAR的重复元件索引：RepBase下载fasta格式barcodes文件

JeremyL·2023-08-27 01:03

2021-01-06GWAS全基因组关联分析流程

转载自：https://blog.csdn.net/yangl7/article/details/109202042一、BWA比对1.构建索引bwaindex-aisexample.fasta#构建索引-ais算法（BWT构造算法：bwtsw、is或rb2）2.进行比对bwamem-t6-R'@RG\tID:foo\tPL:Illumina\tSM:example'example.fastaexa

麦冬花儿·2023-08-26 22:39

python中两个数据框之间的遍历

1.输入文件1文件1：第一列是基因名字，列2：外显子起始位置，列3：外显子终止位置，列4：外显子的序号2.输入文件2：备注：列1：基因id；列2：snp在基因组上的位置3.输出文件：干货：#判断snp的位置是位于外显子还是内含子

R语言爱好者·2023-08-26 19:27

正向遗传学和反向遗传学

即通过生物个体或细胞的基因组的自发突变或人工诱变，寻找相关的表型或性状改变，然后从这些特定性状变化的个体或细胞中找到对应的突变基因，并揭示其功能。

一抹_暖光·2023-08-26 19:18

2022-04-04

NatBiotech|超快速纳米孔基因组测序加速致病变异鉴定原创huacishu图灵基因2022-04-0323:27收录于话题#前沿生物大数据分析撰文：huacishuIF=54.908推荐度：⭐⭐⭐

图灵基因·2023-08-26 19:28

宏基因组之基因组装

背景宏基因组组装，即把短的reads拼装成连续的序列contig，再根据PE等关系将contig拼装成scaffold。

凯凯何_Boy·2023-08-26 15:05

突变位点注释软件snpEff 使用详解

通常在获得SNP位点以后，我们肯定想知道这些突变位点在基因组上出现的位置、突变的类型以及危害程度。在此，小编给大家推荐一种变异位点注释软件--snpEff。

bioyigene·2023-08-26 12:57

百趣代谢组学资讯:“二代和三代宏基因组+代谢组”三剑合璧，揭秘健康个体间的肠道菌群SV突变

近日，中国科学院微生物研究所研究员王军团队在NatureCommunications（IF=14.919）上发表了题为"Short-andlong-readmetagenomicsexpandindividualizedstructuralvariationsingutmicrobiomes"的论文。中国科学院微生物研究所王军研究员和动物所宋默识研究员为共同通讯作者；中国科学院微生物研究所助理研究

09eb862dd2cf·2023-08-26 09:26

研究生方向高性能并行计算推荐入行吗？

从气候模拟到基因组学研究，从金融分析到人工智能应用，高性能并行计算在各个领域都发挥着重要作用。因此，有相关技能和知识的专业人士将受到市场的青睐。技术发展：高性能并行计算领域正处于快速发

猿代码科技·2023-08-26 05:27

打开黑箱之后，看到的依旧是一团乱麻……

认知科学打开了心智的黑箱，神经科学打开了大脑的黑箱，遗传学家解开了DNA密码，胚胎学家打开了胚胎发育的黑箱，而阿瑟打开了技术的黑箱……然而，打开之后，科学家们发现，实际上还是没法解答他们的问题，人类基因组已经完全破译

格列柯南·2023-08-26 01:30

什么叫“纳米孔测序”？

纳米孔测序正在被大量应用于基因组组装、全长转录本检测和碱基突变检测，以及快速临床诊断和疫情监测等更专门的领域，今天小编带来2021年11月发表在NATUREBIOTECHNOLOGY上的高分综述（

概普生信·2023-08-25 14:36

基因组|测序数据质控篇

前言：一般测序下机数据会存在含N比例过大、测序质量较低的碱基数占比过高、含有duplication、序列污染等低质量reads,这些不合格的reads会影响后续的分析，所以，我们拿到测序数据首先要了解测序数据的质量情况，具体内容包括含N比例、GC含量、duplication情况、序列长度分布情况、碱基平衡情况等。今天，我们将一起通过数据格式和质量体系、数据质控步骤、Fastqc结果解读及异常处理三

天蓝色的星空_ffc7·2023-08-25 14:10

文章拆解:基因组+免疫浸润+干预=6分SCI？

大家好，今天和大家分享的是四月份发表在Cancers(Basel)(IF：6.162)杂志上的一篇文章，“GeneticandImmuneChangesAssociatedwithDiseaseProgressionunderthePressureofOncolyticTherapyinANeuroblastomaOutlierPatient”，文章中作者通过对一个采用了病毒溶瘤治疗后的难治性神经

科研菌·2023-08-25 09:12

宏基因组单样品vamb分箱，gtdb物种注释与建树

个人记录，其实很多文件夹的设置并不是那么合理。存放已有序列的文件夹./qc质控后的双端测序文件.fq.gz./当前文件夹，放.fa后缀的contig文件我的文件名编码是S1-1，S1-2这样的。文件夹./concatenate整理好的序列长度大于2000的./map放.mmi的索引文件./bam放.bam的比对文件./sort排序后的.bam文件./bins把所有的bin的.fa文件放在一个文件夹

江有枫xx·2023-08-25 07:57

2022.03.24【基因组组装】|获取比对到参考基因组的contig序列

文章目录摘要工具与方法操作方法step.1构建参考基因组数据库step.2比对序列step.3获取query_idstep.4获取比对序列结果展示摘要很久没有整理工作笔记了，一方面个人有些倦怠，另一方面国内国际发生的事都牵动着许多人

穆易青·2023-08-25 07:27

linux比对nt数据库,linux BLAST序列比对（nt/nr库）

安装本地blast序列比对软件，我们可以搜索一个查询序列定制数据库，例如想研究一个新测序的基因组，或者感兴趣的一组蛋白质序列。

城北增暮寒·2023-08-25 07:56

跟着Nature Genetics学二代测序数据分析：使用NOVOPlasty组装生菜的叶绿体基因组

Whole-genomeresequencingof445Lactucaaccessionsrevealsthedomesticationhistoryofcultivatedlettuceimage.png这篇论文的数据是公开的，代码也公开了一部分，那我们就可以按照他的代码来学二代测序的数据分析啦今天我们来试着使用NOVOplasty这个软件来组装生菜的叶绿体基因组论文的方法部分写道

小明的数据分析笔记本·2023-08-25 07:55

根据基因组gff文件提取cds以及翻译成蛋白序列

condainstallgffreadgffreadtest.gff3-ggenome.fa-xcds.fa-yprotein.fa

17号小行星·2023-08-25 01:55

蛋白序列的查找比对和同源性分析

1.找到目的蛋白质序列和所在家族中不同subfamily的代表蛋白的序列因为现在只比较人类基因组中的情况。所以只要在人类基因组数据库中搜索Arl8b就能找到了。

苏柏亚是金·2023-08-25 00:31

Best practices for analysing microbiomes

比如对近期快速发展的精确序列变异(exactsequencevariants/ESV，详者注：目前更多使用ASV的名称)的方法替代传统基于聚类的OTU分析，整合宏基因组学和代谢组学的方法，组成型数据分析问题等方面的近期突破性的进展开展探讨

超人快飞·2023-08-24 21:18

植物重测序---变异位点分析(GATK篇)

基因组变异的类型有很多，譬如：单核苷酸多态性（singlenucleotidepolymorphism,SNP）、单核苷酸位点变异（singlenucleotidevariant,SNV）、插入/缺失（

LiuYueRR·2023-08-24 12:52

融合遗传算法与XGBoost的玉米百粒重相关基因挖掘

转录组分析是一种快速有效的基因组调查、大规模功能基因和分子标记鉴定的方法[1]。

罗伯特之技术屋·2023-08-24 09:46

Slide-tags

Slide-tags:scalable,single-nucleusbarcodingformulti-modalspatialgenomics(Slide-tags：可扩展的、用于多模态空间基因组学的单核条形码技术

阿May ♬·2023-08-23 16:01

怎么去进行基因组的组装

有很多伙伴，都在进行基因组的组装，但是具体需要干什么，从什么地方开始，下一步又应该做什么?并不是很了解。我用下面一份流程图来简单的说一下，整个基因组组装应该做些什么。

GenomeMaster·2023-08-22 19:37

植物育种中全基因组选择是成熟的方法么?

https://academic.oup.com/aob/article/110/6/1303/110713摘要背景基因组选择(GS)是代替分子标记辅助选择(MAS)的有效方法,GS可以考虑微小的效应,

育种数据分析之放飞自我·2023-08-22 18:52

用mecat2组装基因组

背景介绍mecat2可以说是比较早的一批可以用于三代测序平台的基因组组装软件了，2017年刚上硕士的时候就有接触到过。当然还有WTDBG2也是差不多同时期的软件。

卖萌哥·2023-08-22 12:42

批量可视化fastp输出结果

fastp是一个非常方便的基因组数据处理软件，之前在质控的环节就有用到它。这个软件比较方便的地方就是对于处理前后的数据情况会输出一个可视化的网页报告，可以直接查看，报告内容也十分的简单易懂。

十三而舍·2023-08-22 01:16

宏基因组CAG、MGS、MLG以及Bin、MAG、Draft genome

宏基因组的Binning主要针对Contig进行聚类，旨在得到潜在的单菌基因组信息。除了Contig，宏基因组中还有一类序列信息，即Gene。

笺牒九州的怪咖·2023-08-21 22:03

全长转录本结构分析（下）

新转录本鉴定通过将去除冗余后的unique转录本与参考基因组进行比较，可以对转录本进行结构注释，从而可以发现新的未知的转录本。MatchAnnot软件是一款可

生信阿拉丁·2023-08-21 19:43

2020-09-15

JournalClub-2020.9.15Bioinformatics-2020,Volume36,Issue12-141可获得的基因组数据的指数级增长有望在未来十年达到100万个基因组的全测序。

Boowean·2023-08-21 11:57

基因组Circos图绘制

刘总的项目历经千辛万苦终于要开始了，因为测了一个基因组，当然不可避免的要做一个Circos图展现基因组的一些信息。

Morriyaty·2023-08-21 08:44

不同版本基因组注释转移工具

https://github.com/agshumate/LiftoffLiftoffisatoolthataccuratelymapsannotationsinGFForGTFbetweenassembliesofthesame,orclosely-relatedspecies.Unlikecurrentcoordinatelift-overtoolswhichrequireapre-gener

wangsb_2020·2023-08-21 02:08

学习小组Day4笔记--素还真

二代测序流程图image.png组学分类：基因组学：image.png转录组：image.png蛋白组学：image.png代谢组学：image.png

素还真_cf26·2023-08-20 19:12

真核生物基因组转座子寄生策略的多样性

TransposableelementsemploydistinctintegrationstrategieswithrespecttotranscriptionallandscapesineukaryoticgenomesXinyanZhang,MeixiaZhao,DonaldR.McCartyandDamonLisch挺多地方机译的，懒得改小细节了ABSTRACTTEs在真核生物基因组中的现

ytbao·2023-08-20 14:36

11.利用小麦（Triticum aestivum）重组自交系的籽粒进行代谢组学分析和代谢物-农艺性状关联

通过连锁分析，发现1005个代谢数量性状位点（mQTLs）在基因组中分布不均。24个候选基因被发现调节不同代谢

wangsb_2020·2023-08-20 13:01

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