基因组第25页

通过统计精准定位从全基因组关联到候选的因果变异（下)

将个研究与meta-analyses相结合将多个研究的数据结合可以有效的提高精确定位的准确性，上述的策略可以用于当个人水平的数据结合在一起。但是个人水平的数据并不是那么好从多个研究中获取。因此，可以使用与SNP的性状关联仅需汇总统计。这种策略越来越popular，因为它简化了数据共享和计算问题。选择适当的汇总统计数据时，与使用个体级别数据相比，这方法更加不容易丢失关键的信息。（当原始数据用于估计S

lakeseafly·2023-07-30 20:13

基因组比对及T2T kmer可视化软件---RAviz功能介绍

基因组比对paf格式文件：基因组比对paf格式文件当同学们需要进行基因组层面的序列比较时，通常要面对如上所示的比对结果文件，这个文件可能有几十万甚至几百万行，那么想要从如此大量的数据中筛选出所需要的信息将成为一个无比繁琐且耗时的过程

许东·2023-07-30 18:47

放弃读博的心路历程(一)

首先先说一下我的情况，我本科是四川大学，读的生态学，后保送到中科院某研究所读研，读的专业是植物基因组。总而言之，如果我想要在本专业就业，读博应该是我最好甚至是必要的选择。

袅川留云·2023-07-30 16:47

生命密码 ▏遗传基因对你的影响超乎想象

基因组学、生命科学为何包含无穷魅力？“无病人生”离我们有多久？我们该教给孩子哪些关于生命科学知识，以应对未来的挑战……重温国宝熊猫“堕落”史，是什么基因作祟，让凶猛的上古神兽“沦为”呆萌的代表；踏

深圳读书会·2023-07-30 11:01

bowtie2使用记录

wgethttp://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/mm10/bigZips/chromFa.tar.gz下载参考基因组tar-zxvfchromFa.tar.gz

shine_9457·2023-07-29 19:53

生物信息学

生物信息学是内容丰富的学科，其核心是基因组学信息学，包括基因组信息的获取、处理、存储、分配和解释。

纵横生长·2023-07-29 08:00

小麦参考基因组下载及相关文件说明

小麦基因组下载地址ftp://ftp.ensemblgenomes.org/pub/plants/release-44/fasta/triticum_aestivum/dna/其他植物基因组下载地址http

张志勇_zzy·2023-07-29 06:55

2021-08-02 M6A 相关生物信息学分析表明 HNRNPC 通过 EMT 促进 OSCC 的进展

首先，从癌症基因组图谱（TCGA）下载表达谱，然后提取m6A相关基因。然后，使用聚类分析和主成分分析（PCA）分析m6A相关基因。差异表达分析在R软件中进行。

卅衣·2023-07-28 22:14

本周最新文献速递20210718

橙子牛奶糖·2023-07-28 21:40

EnhancerAtlas:人和小鼠的增强子数据库

EnhancerAtlas结合三种高通量数据的分析结果来预测人和小鼠中的增强子，该数据库最新版本为v2.0,网址如下http://www.enhanceratlas.org/index2.php对于人类增强子，基于hg19基因组版本进行预测

生信修炼手册·2023-07-28 20:26

用比较基因组数据进行动物分类学

在由LMU地球与环境科学及地球生物中心的GertWorheide教授领导的研究小组中，他们发现从香港近海水域采集的胎盘动物标本在基因组成上明显不同，事实上，两者之间的差异是如此惊人，以至于不仅代表了一个新物种

wumingzhi111·2023-07-28 19:02

学习小组Day7笔记--大羽

文字版的原理,总结的比较全图片版原理视频版原理密码：bxsry43.测序类型（根据组学分类）信息流各个阶段：总结-来自生信星球公众号基因组→转录组→蛋白组→代谢组4.测序相关的概念高通量测序、基因组测序

海岛眠·2023-07-28 08:23

单细胞DNA测序揭示胃食管交界处癌的基因组异质性和克隆进化

天津医科大学肿瘤医院副院长徐波发表在FrontiersinOncology的文章GenomicHeterogeneityandClonalEvolutioninGastroesophagealJunctionCancerRevealedbySingleCellDNASequencing摘要胃食管交界（GEJ）癌是一种发生在胃和食管交界处的肿瘤。GEJ癌经常转移到淋巴结，但其异质性和克隆进化过程尚不

亦是旅人呐·2023-07-28 07:21

宏基因组学是什么？16S 测序和宏基因组测序分析有哪些？

宏基因组学宏基因组学（Metagenomics）又叫微生物环境基因组学、元基因组学。

Seurat_Satija·2023-07-28 05:05

细菌基因组下载

最近需要尽可能的下载细菌基因组，ncbiftp站点（ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes）里面"all"这个目录可以下载，不过"all"目录还有古细菌之类的哈。

涤生生·2023-07-28 00:53

精准医疗是谁都要独一无二的治疗方法？共识分子分型了解一下！

随着基因组学、转录组学及高通量测序等技术的发展，从2012年起，基于不同基因表达谱分

唯问生物·2023-07-27 19:37

两个物种及多个物种共线性分析——TBtools

————奋斗没有终点，任何时候都是起点（来源于网络）物种间共线性文件，只需要用TBtools就可以完美解决1.下载好物种的基因组文件与gff注释文件打开OneStepMCscanX，但是这个很慢，于是去

墨白的生信学习笔记·2023-07-27 19:53

【豆科基因组】鹰嘴豆Chickpea (Cicer arietinum L.)429个自然群体重测序2019NG

一、来源Resequencingof429chickpeaaccessionsfrom45countriesprovidesinsightsintogenomediversity,domesticationandagronomictraits.NatGenet.2019May;51(5):857-864.doi:10.1038/s41588-019-0401-3.Epub2019Apr29.单位：

米源MY·2023-07-27 19:43

【不确定非线性动力系统的优化算法】【动态集成系统优化与参数估计（DISOPE）技术】DISOPE + MOMENTUM + PARTAN 算法提高非线性动态系统的收敛性研究（Matlab代码实现）

代码实现1概述【不确定非线性动力系统的优化算法】【动态集成系统优化与参数估计（DISOPE）技术】DISOPE+MOMENTUM+PARTAN算法提高非线性动态系统的收敛性研究研究涵盖化学加工工业、机器人、基因组学等应用

然哥依旧·2023-07-27 17:25

TWAS分析与GWAS分析有什么不同

GWAS主要关注基因组上的单核苷酸多态性（SNP）与疾病或其他复杂特征之间的关联。通过对大量基因组和表型数据的关联分析，可以帮助我们找到与疾病或特

木得感情的程序员·2023-07-27 12:06

CCLE数据库概要（第一节）

CCLE（CancerCellLineEncyclopedia）,是由BroadInstitute研究所牵头的一项肿瘤基因组学研究项目，涵盖了三十多种组织来源上千种细胞系基因表达情况、突变、拷贝数、甲基化等

翾格格·2023-07-27 07:52

生信课程笔记3-序列搜索算法

其应用包括：研究全基因组（genome-wide）、RNA转录本（RNA-seq）、DNA甲基化（Methyl-seq）、蛋白质-DNA相互作用（ChIP-se

果蝇饲养员的生信笔记·2023-07-27 02:56

每周文献 2021-05-25

文章题目：GenomicinsightsintopopulationhistoryandbiologicaladaptationinOceania（太平洋地区人类历史和生物适应的基因组研究）期刊：Nature

杨博士聊生信·2023-07-26 22:31

IGV-基因组浏览器-改造记录（一）

写在前面在前述的推文，我已经分享了《任何人，如何改造IGV基因组浏览器》。但是似乎，并没有太多人感兴趣。当然，这个也并不值得Care，毕竟不是

生信石头·2023-07-26 20:32

【动植物研究动态】20220327文献解读

揭示了穗粒数基因玉米KRN2与水稻OsKRN2趋同进化从而增加玉米与水稻产量的机制，而且在全基因组层面阐明了趋同进化的规律。分析思路：图位克隆RIL定

米源MY·2023-07-26 20:27

2023.07.05【bug笔记】|bwa比对报错：Segmentation fault

项目场景：通过BWA对单端测序的小片段序列（710bp）进行基因组分析，寻找突变位点。

穆易青·2023-07-26 19:43

基因测序之常见测序类型整理

,一次对几十万到几百万条核酸分子进行序列测定,因此在有些文献中称其为下一代测序技术(nextgenerationsequencing，NGS)足见其划时代的改变,同时高通量测序使得对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌的分析成为可能

生信包工头·2023-07-26 18:46

基因组时代-2

《基因传》是普利策奖得主悉达多·穆克吉继医学普及畅销书《众病之王：癌症传》后的又一医学科普专著，讲述了基因理论的起源、发展与未来，对科学史上最具挑战与危险的概念进行了诠释。《基因传》可以看作一部反映基因发展史的传记，全书按照时间顺序展开故事情节，没有医学或生物学背景的读者不妨将其内容分为两个部分看，前一部分是基因的发现史，后一部分是基因技术的应用史。

中信书院·2023-07-26 06:33

生物信息学_玉泉路_课堂笔记_05 第五章从头基因组组装与注释

课程：生物信息学_玉泉路_课堂笔记中科院_2022秋季课第一学期个人笔记使用2023/7/20上周回顾从头基因组组装与注释第一节基因组调查最左边的error-peak是测序错误导致的杂合导致的峰重复序列在纯和峰值的右边

rookie_coder_996·2023-07-25 22:20

生物信息学_玉泉路_课堂笔记_06 第六章基因组学：遗传变异分析以及FGWAS

课程：生物信息学_玉泉路_课堂笔记中科院_2022秋季课第一学期个人笔记使用2023/7/21课程回顾第六章基因组学：遗传变异分析以及FGWAS第一节SNP与Indel的鉴定与分析基本概念参考基因组和基因组变异基本概念胚系突变与体细胞突变基本概念纯合杂合常见的遗传变异的类型为什么研究遗传变异

rookie_coder_996·2023-07-25 22:20

5+纯生信m6A lncRNA预后分析

概普生信·2023-07-25 20:36

分子生物学复习重点

一、真核基因组的结构特点1.编码序列所占比例远小于非编码序列2.高等真核生物基因组含有大量的重复序列3.存在多基因家族和假基因4.基因通过可变前接能改变蛋白质的序列5.真核基因组DNA与蛋白质结合形成染色体二

宇宙顶级嗑学家·2023-07-25 18:47

数据库

https://academic.oup.com/nar/issuesanger英broadinstitue美UCSC美1.核酸数据库DNA数据库基因组数据库基因变异数据库基因表达数据库RNA数据库病毒数据库

洛洛洛洛洛啊·2023-07-25 02:20

2022-01-10

#1reads比对##############20220108######################################################################基因组文件

bettermaan·2023-07-25 01:37

Docker封装生物信息学甲基化流程

Bismark运行原理：Bisulfite将序列正负链的C全部转换为T，所以也要将基因组序列进行转换。基因组正负链转换很特别。基因组的正链C->T，才能匹配原正链的reads

儒雅随和王小板·2023-07-24 14:08

2022-03-29

Nature丨基因组筛选T细胞增殖驱动因子原创珍奇图灵基因2022-03-2909:48收录于话题#前沿分子生物学机制撰文：珍奇IF：49.962推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：本研究通过将带条形码的人类开放阅读框

图灵基因·2023-07-24 08:24

非同源染色体配对:序列相似性还是遗传控制?

我们还强调了伴侣的可用性和基因组结构等因素可能会影响交叉形成所需的序列相似性。image.png

Bioture·2023-07-24 08:07

人类不同版本参考基因组的坐标转换

这方面的应用场景不多，之前偶尔遇到，使用的是网页工具：http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgLiftOver一直没有出现什么问题，今天突然看到这个错误，暂时没有深究是什么导致的，想着换个命令行工具试试（网页工具体验一般不好）在谷歌上搜索“genomecoordinatesconversion”，可以看到一个biostars上面的回答：https://www.biosta

TOP生物信息·2023-07-24 00:04

通过EndoV‒seq对腺嘌呤单碱基编辑器进行全基因组范围的特异性分析

Genome-wideprofilingofadeninebaseeditorspecificitybyEndoV-seq](Genome-wideprofilingofadeninebaseeditorspecificitybyEndoV-seq)题目：通过EndoV‒seq对腺嘌呤单碱基编辑器进行全基因组范围的特异性分析作者及单位

猫姐Lily·2023-07-23 20:33

阿ll·2023-07-23 16:05

斑马鱼CUT&tag分析，全自动脚本

#注意修改filenames文件，改文件内容为本次实验分析的样本名##bowtie2tozebrafish#用bowtie2构建斑马鱼基因组索引#下载基因组在UCSC一定要在UCSC下载基因组信息，因为最后注释时用的

DrLyo·2023-07-23 12:24

2022-01-01

0107:03收录于话题#前沿生物大数据分析撰文：楠烟不可言Nature新子刊推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：本研究全面识别和注释编码细胞表面蛋白（SPs）的泛癌基因（GESPs），并描述了GESP表达模式、复发性基因组改变

图灵基因·2023-07-23 12:20

通过Docker安装GATK分析工具包

GATK设计之初是用于分析人类的全外显子和全基因组数据，随着不断发展，现在也可以用于其他的物种，还支持CNV和SV变异信息的检测。

虾里巴人·2023-07-23 09:10

Dynamics and function of DNA methylation in plants

AbstractDNA甲基化是非常保守的表观修饰，对于基因调控及基因组稳定性十分重要异常的DNA甲基化模式会导致植物的发育缺陷。

黄粱一梦贰十年·2023-07-22 15:31

宏转录组方法_Cell：基因表达的改变和群落的更替塑造了全球海洋宏转录组

尽管最近在理解海洋微生物的物种和基因组组成方面取得了进展，但对其转录组在全球范围内的变化知之甚少。

weixin_39917811·2023-07-22 12:01

宏基因组分析步骤Linux,为什么宏基因组数据分析比较难？

生物数据分析包括很多种类，比如人基因组，植物，动物，微生物，还有RNA，单细胞RNA等等，其中宏基因组数据分析是比较难的部分，为什么呢？这里总结了以下10点原因。

南哥塔罗占卜师·2023-07-22 12:30

DNA loop是什么——Loop结构

学习摸索了很久，在中文网没有找到很理想的带领小白入门三维基因组学的专题内容，因此在学习的过程中想把这写内容记录下来，希望对后来的像我这样的学生能够得到一些帮助。

基因组学研究生·2023-07-22 06:42

单细胞CNV分析--CopyKAT

CNV(Copynumbervariation,拷贝数变异)，也称CNP(copy—numberpolymorphism，拷贝数目多态)，是由于基因组发生重排而导致的大小介于1kb至3Mb的DNA片段的变异

七哥就是我·2023-07-22 04:51

CRISPR-Cas9基因编辑5--不可或缺的sgRNA活性预实验

还是那句话，同样的目的有很多不同的方案，我了解到的有：使用sgRNA靶点筛选试剂盒，优点快速、工作量小且可以大批量进行；将sgRNA-pSpCas9转入293细胞中，提取293细胞基因组DNA，PCR扩增目的

冻春卷·2023-07-22 01:30

解析基因影响：孟德尔随机化的创新思维

孟德尔随机化是一种基于自然突变和基因重新组合的实验设计，通过利用随机分配的基因组合，帮助我们确定基因与个体差异之间的因果

笑不语·2023-07-21 21:31

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