基因组第23页

怎么去进行基因组的组装

有很多伙伴，都在进行基因组的组装，但是具体需要干什么，从什么地方开始，下一步又应该做什么?并不是很了解。我用下面一份流程图来简单的说一下，整个基因组组装应该做些什么。

GenomeMaster·2023-08-22 19:37

植物育种中全基因组选择是成熟的方法么?

https://academic.oup.com/aob/article/110/6/1303/110713摘要背景基因组选择(GS)是代替分子标记辅助选择(MAS)的有效方法,GS可以考虑微小的效应,

育种数据分析之放飞自我·2023-08-22 18:52

用mecat2组装基因组

背景介绍mecat2可以说是比较早的一批可以用于三代测序平台的基因组组装软件了，2017年刚上硕士的时候就有接触到过。当然还有WTDBG2也是差不多同时期的软件。

卖萌哥·2023-08-22 12:42

批量可视化fastp输出结果

fastp是一个非常方便的基因组数据处理软件，之前在质控的环节就有用到它。这个软件比较方便的地方就是对于处理前后的数据情况会输出一个可视化的网页报告，可以直接查看，报告内容也十分的简单易懂。

十三而舍·2023-08-22 01:16

宏基因组CAG、MGS、MLG以及Bin、MAG、Draft genome

宏基因组的Binning主要针对Contig进行聚类，旨在得到潜在的单菌基因组信息。除了Contig，宏基因组中还有一类序列信息，即Gene。

笺牒九州的怪咖·2023-08-21 22:03

全长转录本结构分析（下）

新转录本鉴定通过将去除冗余后的unique转录本与参考基因组进行比较，可以对转录本进行结构注释，从而可以发现新的未知的转录本。MatchAnnot软件是一款可

生信阿拉丁·2023-08-21 19:43

2020-09-15

JournalClub-2020.9.15Bioinformatics-2020,Volume36,Issue12-141可获得的基因组数据的指数级增长有望在未来十年达到100万个基因组的全测序。

Boowean·2023-08-21 11:57

基因组Circos图绘制

刘总的项目历经千辛万苦终于要开始了，因为测了一个基因组，当然不可避免的要做一个Circos图展现基因组的一些信息。

Morriyaty·2023-08-21 08:44

不同版本基因组注释转移工具

https://github.com/agshumate/LiftoffLiftoffisatoolthataccuratelymapsannotationsinGFForGTFbetweenassembliesofthesame,orclosely-relatedspecies.Unlikecurrentcoordinatelift-overtoolswhichrequireapre-gener

wangsb_2020·2023-08-21 02:08

学习小组Day4笔记--素还真

二代测序流程图image.png组学分类：基因组学：image.png转录组：image.png蛋白组学：image.png代谢组学：image.png

素还真_cf26·2023-08-20 19:12

真核生物基因组转座子寄生策略的多样性

TransposableelementsemploydistinctintegrationstrategieswithrespecttotranscriptionallandscapesineukaryoticgenomesXinyanZhang,MeixiaZhao,DonaldR.McCartyandDamonLisch挺多地方机译的，懒得改小细节了ABSTRACTTEs在真核生物基因组中的现

ytbao·2023-08-20 14:36

11.利用小麦（Triticum aestivum）重组自交系的籽粒进行代谢组学分析和代谢物-农艺性状关联

通过连锁分析，发现1005个代谢数量性状位点（mQTLs）在基因组中分布不均。24个候选基因被发现调节不同代谢

wangsb_2020·2023-08-20 13:01

基因组浏览器、BAM文件可视化工具（2）--- IGV

整合基因组浏览器(IGV)是一种高性能的可视化工具，用来交互式地探索大型综合基因组数据。它支持各种数据类型，包括array-based的和下一代测序的数据和基因注释。

笺牒九州的怪咖·2023-08-19 23:27

肿瘤生物信息学数据库

一、综合性肿瘤数据库1、TCGATheCancerGenomeAtlas(TCGA)TCGA是由美国国立癌症研究所（NCI）和国家人类基因组研究所资助，关注与癌症的发生和发展相关的分子突变图谱。

笺牒九州的怪咖·2023-08-19 22:53

易基因 | DNA甲基化经CTCF和黏连蛋白复合体调节RNA可变剪切 — 技术解读

本研究作者通过比较DNA甲基化转移酶正常细胞（HCT116）和双缺陷型细胞（DKO）全基因组甲基化和聚腺苷化位点使用情况，发现了DNA甲基化调控APA的机制。

E_GENE·2023-08-19 17:36

Illumina测序原理

公司开发的HiSeq和MiSeq高通量测序步骤1librarypreparation（文库制备）：用于测序的样本可以是打断的基因组DNA、逆转录生成的CDNA或PCR扩增产物等片段。

医学小咖成长之路·2023-08-19 12:08

Seurat24式太极拳之7左揽雀尾---将Seurat与多组学数据结合使用

七、左揽雀尾转体撤手收脚抱球转体上步弓步掤臂摆臂后捋转体搭手弓下前挤转腕分手后坐引手弓步前按载入数据同时测量来自同一细胞的多种数据类型的能力（称为多峰分析）代表了单细胞基因组学的一个令人兴奋的新领域。

Seurat_·2023-08-18 20:35

五大数据库全方位注释，抗性宏基因组分析项目再次升级！

基于宏基因组测序的抗性基因分析是目前ARGs分析的重要手段，五大数据库全面注释分析，一网打尽ARGs、MRGs、BRGs、MGEs、致病菌注释。

SHANGHAILINGEN·2023-08-18 15:42

MIT 6.047 | 基因组学机器学习(2020·完整版)2022-11-28-1-intro

图片.pngmotif是什么？PreviousresearchinComputationalBiology在这门课上之前的一些项目topic题目AnalyzedRNAseqdataforthePseudomonasdiversityincysticfibrosissputumvs.lungsamples分析了囊性纤维化痰vs肺样本中假单胞菌多样性的RNA序列数据Functionalclusteri

八段锦1134·2023-08-18 14:25

TBtools绘制基因组特征圈图circos

b站视频你值得拥有：https://www.bilibili.com/video/av970102784

山竹山竹px·2023-08-18 14:55

单细胞测序的设计与分析

.2015.10.039缩略词表：fluorescence-activatedcellsorting(FACS)——流式细胞荧光分选技术whole-genomeamplification(WGA)——全基因组扩增技术

FionaMoon·2023-08-18 09:53

【动植物研究动态】20220515文献解读

SunUpandSunsetgenomesrevealedimpactofparticlebombardmentmediatedtransformationanddomesticationhistoryinpapaya该研究破译了番木瓜转基因品种SunUp与非转基因品种Sunset高质量的基因组图谱

米源MY·2023-08-18 09:15

motif分析——从实战到原理（Homer篇）

wgethttp://homer.salk.edu/homer/configureHomer.pl#使用配置文件进行软件配置perlconfigureHomer.pl-install#下载hg19人的参考基因组

鹿无为·2023-08-18 01:22

细菌基因组分析软件--Bactopia

一、软件介绍：1、文章信息：PetitIIIRA,ReadTD,Bactopia:aflexiblepipelineforcompleteanalysisofbacterialgenomes.mSystems.5(2020),https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20.2、软件相关介绍：https://github.com/bactopia/bactopia

yilunanxia·2023-08-17 22:05

ROH、近交系数、亲缘系数、IBD、IBS

连续纯合片段（runsofhomozygosity,ROH）是亲代将同源相同的单倍型传递给子代而形成的，基于ROH计算的基因组近交系数是个体真实的近交系数，它比传统系谱计算的期望近交系数更加准确，而且不再依赖于系谱记录的准确性和完整性

琴酒martini·2023-08-17 21:22

R语言circos绘制

介绍circos可以作为数据展示的一种手段，主要用于基因组数据的可视化，比如甲基化，组蛋白修饰，snp，indel，sv，以及常见的基因表达水平的展示，一般的circos都是基于perl语言的，数量繁多的配置文件总是很难按照我们想要的方式展示最终结果

nnlrl·2023-08-17 20:43

文献导读:真菌和陆栖藻类水平基因转移

这篇文献于2014年12月30日发表在OrganismDiversity&Evolution,主要描述了在地衣中，地衣真菌可以向藻类捐赠基因,该文献对藻类进行测序，探究真菌基因进入藻类基因组的HGT证据

周小钊·2023-08-17 15:50

学习小组Day7笔记--何小娜

二代测序（循环阵列合成测序法）：将基因组DNA的随机片段附着到光学透明的玻璃表面（Flowcell），这些DNA片段经过延伸和桥式扩增后，在Flow

爱睡觉的秋刀鱼·2023-08-17 08:47

葡萄风味有奥秘，农科院用机器学习揭示基因渐渗过程

先前研究揭示了欧洲栽培葡萄中，野生葡萄基因渐渗的基因组信号，但尚未深入研究这些渐渗事件发生的时间、方式、基因组模式和生物学效应。

·2023-08-17 00:47

[文献分享]泛基因组学揭示宿主和病原菌互作的全景图

年情人节发在science上的paper,"Thepan-genomeeffector-triggeredimmunitylandscapeofahost-pathogeninteraction"，文章利用泛基因组学的方法揭示了宿主和动态变化的效应子之间互作全景图

巩翔宇Ibrahimovic·2023-08-16 22:10

机器学习帮助识别乳腺癌诊断和分子分型的生物标记物

诸如癌症基因组图谱之类的多种多样的癌症数据集的

RNA流浪者·2023-08-16 21:58

DNA甲基化检测方法

其次，DNA甲基化参与一系列重要生物学过程，包括早期胚胎发育、基因组印记、X染色体失活、重复序列的沉默以及癌症的发生发展转移，DNA甲基化也有助于阐明这些重要的生命过程背后隐藏的奥秘。此外，DNA甲基

weixinsuoxian·2023-08-16 18:38

DNNGP模型解读-early stopping 和 batch normalization的使用

一、考虑的因素（仅代表个人观点）1.首先我们看到他的这篇文章所考虑的不同方面从而做出的不同改进，首先考虑到了对于基因组预测的深度学习方法的设计，我们设计出来这个方法就是为了基因组预测而使用，这也是主要目的

talentsta·2023-08-16 18:26

使用GetOrganelle软件组装叶绿体基因组

今天的推文简单介绍一下使用GeOrganelle这款软件利用全基因组重测序数据组装叶绿体基因组的过程现在做植物的叶绿体基因组基本上都是直接以新鲜叶片做材料，提取总DNA测序，构建二代测序文库，然后利用现成的软件组装叶绿体基因组

小明的数据分析笔记本·2023-08-16 17:36

【比较基因组学】基因家族扩张与收缩分析

前言：因为最近陆陆续续接手了几个物种的基因组项目，这也是生信分析中很大的一块。其中最基础的是组装和注释（当然我们实验室也做组装方法学的研究）。

jjjscuedu·2023-08-16 12:03

生物信息百Jia软件（九）：Mummer

mummer的出现，让我们第一次能够比较到不同物种两个完整基因组之间的差别。mummer里面的小工具比较多，有很多非常好用的小工具，例如dnadiff，但这同时也增加了学习成本。mummer的比对

基因学苑·2023-08-16 09:53

2022《Molecular Plant》同源四倍体马铃薯单倍型分型和四倍体遗传

大多数商业化的马铃薯栽培品种为同源四倍体，具有高度杂合的基因组，严重阻碍了遗传分析和改良。

生信师姐·2023-08-16 09:06

复习linux基础指令及python处理基因组数据

原本应该是学习的时候记录的，但是各种原因耽误了，只能想起来了就记一点比对可以使⽤用bowtie2软件⾃自带的测试数据⽣生成sam/bam⽂文件，代码如下:mkdir-p~/biosoftcd~/biosoft#针对不不同系统下载不不同的版本#优先下载最新版wgethttps://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.3.4.3/bo

程凉皮儿·2023-08-15 13:06

二代测序结果比较：Hiseq Xten VS NovaSeq 6000

虽然三代测序在蓬勃发展，并在基因组和转录组测序等领域展现出前所未有的优势，但限于成本问题，其应用范围尚不及二代测序。二代测序技术以其短读长、高通量、准确性高的特点，仍在

牧牧牧之·2023-08-15 13:34

我对生命科学的理解

我一开始就是奔着生物信息学来的，最初对这个领域仅仅只有考研目标的概念，其研究重点主要体现在基因组学和蛋白质组学，主要研究方向有基因序列比对、蛋白质比对、基因识别分析、分子进化、序列重叠群装配、遗传密码、

凛然说笑·2023-08-15 03:58

单细胞在临床上的应用

第一点单细胞测序技术包含单细胞转录组测序，单细胞基因组测序，单细胞染色质可及性测序，单细胞蛋白组，单细胞免疫组学，单细胞甲基化等等不仅限于以上技术，每种技术都可以了解单细胞的某一个方面，包括基因的转录水平

周六周六·2023-08-15 01:15

突变分析神器: 有一堆基因变异位点SNP，你可以分析点什么

如果你做了全基因组、全外显子组或者targetedsequencing，拿到了一堆基因变异位点（SNP），下一步你该分析点什么？

生信频道·2023-08-14 11:59

群体遗传学习专题一

群体遗传学习专题一之群体遗传所用技术简化基因组技术说明：简单来说，简化基因组就是利用某种方式，获取基因组上的部分片段，进行标记开发的技术。

Jessica_7·2023-08-14 06:22

探针寻找之旅（9）——BWA-aln比对短序列探针到基因组

BWA-aln简介BWA（Burrow-WheelerAligner），是一款将DNA序列mapping到参考基因组上的软件，能够将差异度较小的序列比对到一个较大的参考基因组上。

嗒嘀嗒嗒嘀嗒嘀嘀·2023-08-14 04:31

不完全谱系分选(Incomplete lineage sorting; ILS)及其分析方法

不完全谱系分选（Analysisofincompletelineagesorting;ILS)指的是由于基因组中不同片段的进化速率和保守性不同，通过不同片段构建的系统发育关系可能与真实系统发育关系差别较大

杨康chin·2023-08-14 03:57

微生物组-扩增子16S分析和可视化(2023.2)

课程改为长直播模式，报名后就可以学习，时间更充裕，练习更充分具体见：易生信培训改为长周期模式福利公告：为了响应学员的学习需求，经过易生信培训团队的讨论筹备，现决定安排扩增子16S分析、宏基因组、转录组的线上

生信宝典·2023-08-13 05:47

可视化基因组结构重排的工具~plotsr

论文https://academic.oup.com/bioinformatics/advance-article/doi/10.1093/bioinformatics/btac196/6569079?login=falseplotsr:visualizingstructuralsimilaritiesandrearrangementsbetweenmultiplegenomesgithub主页h

小明的数据分析笔记本·2023-08-13 03:34

从头组装基因组实践

一般需要8步骤：![ME(}JV]M(16}157JQ6TIMWH.png](https://upload-images.jianshu.io/upload_images/24959989-adbdf01af82f0283.png?imageMogr2/auto-orient/strip%7CimageView2/2/w/1240)使用的原始文件测序者会提供两个文件：一个是fastq文件（每个样本

Hello育种·2023-08-12 23:09

这个Nature推荐的代码海洋竟然有文章作者上传的所有可重现性脚本，涉及单细胞、微生物组、转录组分析、机器学习等相关

计算分析类型的研究，是能够比较容易实现可重复性的-只要分享代码和数据就可以（当然配置运行环境也需要一定的功底），如使用Rmarkdown或Bookdown或者Jupyternotebook等，像宏基因组主编刘永鑫老师的植物根系菌群分析的

生信宝典·2023-08-12 23:49

cBioPortal 数据库 API 使用

前言虽然cBioPortal数据库提供了很多交互式可视化图表来展示和探索不同组学癌症数据集中的基因组信息。

名本无名·2023-08-12 17:48

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