基因组第24页

BSA分析-实战笔记(一)软件安装

以水稻为例教你如何使用BSA方法进行遗传定位（上篇）-(jianshu.com)seqkit：序列处理软件condainstallseqkitfastp：数据质控condainstallfastpbwa：数据比对到参考基因组

Akuooo·2023-08-09 09:28

这个自带作图功能的数据库，还能帮你理清研究思路 | 肿瘤免疫研究数据库推荐

对此，肿瘤免疫基因组学(immunogenomics)上的大数据挖掘作为解决该问题的突破口，现已成为肿瘤免疫领域的重要热点。

尐尐呅·2023-08-09 06:09

15-IF12+:纯生信探索甲基化水平的缺失和免疫治疗反应的关系

其中，部分甲基化结构域（PMD）是基因组的一个延伸区域，在该区域表现出了降低的平均DNA甲基化水平，PMD主要集中在那些

AAA肿瘤信息学王协·2023-08-09 01:35

谈谈基因编辑技术

目录1.基因编辑的概念2.基因编辑技术的发展3.基因编辑技术给人类带来的福利1.基因编辑的概念基因编辑是指通过人为干预，对生物个体的基因组进行特定的修改。

嵌入式小李·2023-08-08 14:08

PX30在医用PCR分析仪的应用

这项技术能在短时间内获得大量DNA片段的技术，在法医学、DNA克隆、基因组分析遗传病和传染病诊断中发挥着巨大作用。PCR分析仪框图产品特点采用国产瑞芯微高性能四核Cort

Industio_触觉智能·2023-08-08 09:32

研究新热点：eccDNA

环状DNA是自然界普遍存在的一种DNA分子形式，例如细菌或酵母等微生物的基因组DNA、细菌质粒、线粒体DNA等等都是环状DNA分子。真核生物中还有一类特殊的环状DNA分子，它

笺牒九州的怪咖·2023-08-08 06:04

染色体结构变异SV

SV(结构变异)指基因组水平上大片段的插入、缺失、倒置、易位等序列。详细的生物学解释，还有图文并茂的讲述大家可以自行阅读下面的课件和综述。

YX_Andrew·2023-08-08 05:54

序列比对BWA（Docker篇）

BWA是一种能够将差异度较小的序列比对到一个较大的参考基因组上的软件包。

组学大讲堂·2023-08-07 23:54

Cell Host & Microbe | Lachnospiraceae分离株种间种内多样性

FunctionalandGenomicVariationbetweenHuman-DerivedIsolatesofLachnospiraceaeRevealsInter-andIntra-SpeciesDiversity中文：人源Lachnospiraceae分离株之间的功能和基因组变异揭示了种间和种内多样性杂志

小白菜学生信·2023-08-07 20:08

生物信息学与功能基因组学（2）

最讨厌周一轮休了，首图不开门，在家里果然不能有效率的学习！该如何保持学习的热情呢？二代测序数据的分析二代测序数据的分析.png

顺昕如意·2023-08-07 13:43

宏基因组分析笔记之binning

一、宏基因组简介：reads→（根据overlap组装）→contig重叠群→（构建454paired-end库或illuminameta-paired库，组装）→scaffold→（binning）→

小王的学习杂记·2023-08-07 06:21

三维和空间基因组学时代（下篇）

摘要十多年前，高通量染色质构象捕获(Hi-C)技术的出现开启了三维基因组学的新纪元。

Davey1220·2023-08-07 04:48

植物重测序---变异检测（samtools+bcftools篇）

植物基因组重测序除了GATK的方法进行变异检测以外，还有samtools+bcftools去进行变异检测。

LiuYueRR·2023-08-07 00:24

多方面评估肾透明细胞癌中TME相关的预后标志物

ComprehensiveGenomicCharacterizationofTumorMicroenvironmentandRelevantSignatureinClearCellRenalCellCarcinoma肿瘤微环境的综合基因组特征和透明细胞肾细胞癌的相关特征发表期刊

生信学霸·2023-08-06 16:03

GEO数据库

/geo/),是由美国国立生物技术信息中心于2000年创建并维护至今的高通量量基因表达数据库2.GEO是一个国际公共数据库，收录并整理了全球范围内研究工作者上传的微阵列芯片、二代测序及其他形式的高通量基因组数据

数据控的迷妹·2023-08-06 11:57

量子运动基本形式

苍穹是个放大了的原子，太阳系是个放大了的原子，地球是个放大了的原子，人类胚胎是个放大了的原子，人体细胞组织是个放大了的原子，人体基因组织是个放大了的原子。

春秋遗民·2023-08-06 10:17

【库学科技】最伟大的 25 个 Java-甲骨文

摘要：从太空根究到基因组学，从反向编译器到机器人控制器，Java都是当今世界的中心。下面将介绍几个从许多Java运用程序中锋芒毕露的优异运用。

库学科技·2023-08-06 02:57

斯坦福大学机器学习中文笔记被公开，让无数自学党留下了感动泪水拿走不谢

是使计算机具有智能的根本途径，其应用遍及人工智能的各个领域，它主要使用归纳、综合而不是演译，所有内容均为全彩在过去的十年中，机器学习帮助我们自动驾驶汽车，有效的语音识别，有效的网络搜索，并极大地提高了人类基因组的认识

编程蓉毓·2023-08-06 02:04

转座子的十件你不得不知的事

转座因子（TEs）是真核基因组的主要组成部分。然而，它们对基因组进化，功能和疾病的影响程度仍然是一个激烈的问题。

南之绿桑·2023-08-05 23:03

血液RNA可直接提取高质量的基因组RNA吗？

本试剂盒采用独特的裂解液配方，可直接从新鲜、冷冻或陈旧的全血中提取高质量的基因组RNA，也可以直接提取得到血液中感染的微生物或转移的肿瘤细胞RNA

清风拂面vv·2023-08-05 23:28

一文看懂病原微生物检测（下篇）

基本步骤如下：1.数据质控2.去除人基因组3.与数据库比对，鉴定病原微生物4.生成报告01数据质控数据质控主要包括去除低质量的re

生信阿拉丁·2023-08-05 18:55

NGS018 微卫星不稳定性

微卫星序列以1-6bp为一个重复单元，重复次数不超过60次，人类基因组中有数以万计的微卫星位点，这些微卫星位点近似均匀的分布在各个染色体上，所有的微卫星序列约占整个基因组的3%，微卫星序列按照

caoqiansheng·2023-08-05 16:37

NTT DATA利用相干伊辛机模拟基因组组装和疾病治疗的潜力

（图片来源：网络）7月20日，日本领先的IT服务提供商和行业咨询公司NTTDATA宣布完成了一个使用量子计算优化基因组组装过程的项目。这是量子计算应用于医疗保健和生命科学行业中的一个里程碑。

Qforepost·2023-08-05 11:55

亚马逊云科技HPC解决方案，帮助浙江大学实现成本和科研任务的双丰收

AmazonWebServicesCloudCreditsforResearch）的多次支持下，运用亚马逊云科技的高性能计算和专属行业解决方案，浙江大学土壤学科研团队整体在2个月内，成功完成了土壤微生物宏基因组数据自动化处理

Discovering_·2023-08-04 12:44

2021-10-01

为了更好地了解PDAC背景下肿瘤发生的这些分子触发因素，由来自圣路易斯华盛顿大学、休斯顿贝勒医学院，和巴尔的摩约翰霍普金斯大学的科学家们领导的大型国际合作团队，分析了140例胰腺癌的蛋白质组和基因组，并

图灵基因·2023-08-04 11:44

PGCGAP v1.0.35版本更新

PGCGAP是用于原核生物基因组学和比较基因组学分析管道，目前该管道包含12个模块，可以接受Illumina双端reads、Oxfordreads或PacBioreads作为输入，可以完成基因组组装、基因预测和注释

了尘兰若·2023-08-04 10:39

基因组测序在细菌基因组中的应用（一）

比较基因组在微生物领域的应用微生物基因组研究文章解读-1微生物基因组研究文章解读-21.判断物种是什么？

上海唯那生物·2023-08-04 04:11

叶绿体基因组组装软件NOVOPlasty使用简介

NOVOPlasty是一个perl脚本，没有依赖任何其他软件，下载好以后直接可以使用。下载链接https://github.com/ndierckx/NOVOPlasty其基本使用方法是perlNOVOPlasty3.7.2.pl-cconfig.txtconfig.txt文件是需要我们自己准备的，软件包里提供了这个文件，我们需要对应着改里面的内容，文件的内容如下：Project:--------

小明的数据分析笔记本·2023-08-04 02:41

samtools Bam文件常用操作

值的序列-F不含有某个flag值得序列-b输出BAM格式samtoolsview-Stest.sam-b>test.bam#比对到负链的readssamtoolsview-f16test.bam#比对到参考基因组的序列

像鸟一样飞过你的高山·2023-08-03 13:34

全基因组关联分析（GWAS）的计算原理

前言关于全基因组关联分析（GWAS）原理的资料，网上有很多。这也是我写了这么多GWAS的软件教程，却从来没有写过GWAS计算原理的原因。恰巧之前微博上某位小可爱提问能否写一下GWAS的计算原理。

橙子牛奶糖·2023-08-03 06:37

2019-12-05

在大约8000年的驯化历史中，棉属共有4个物种：分布在美洲的具有AADD基因组的异源四倍体——陆地棉(G.hirsutumL.)和海岛棉(G.barbadenseL.)

Amyinn·2023-08-02 23:43

GWAS 总体流程理解版

自己找了一些文章和视频，先总结了一部分，后面再做补充和实操一.相关概念理解（1）GWAS：全称“全基因组关联分析”，使用统计模型找到与性状关联的位点，用于分子标记选择（MAS）或者基因定位（2）GWAS

wt12138·2023-08-02 14:57

gwas snp 和_GWAS | 原理和流程 | 全基因组关联分析

weixin_39978101·2023-08-02 14:54

GWAS 基本概念

全基因组关联分析GWAS(Genome-wideassociationstudy)应用基因组中数以百万计的单核苷酸多态；SNP为分子遗传标记，进行全基因组水平上的对照分析或相关性分析，通过比较发现影响复杂性状的基因变异的一种新策略

wangchuang2017·2023-08-02 14:24

linux系统 gwas分析,GWAS真的只有关联分析这么简单？

近年来，全基因组关联分析(Genomewideassociationstudy，GWAS)在筛查和鉴定动植物重要经济性状的主效基因方面得到了广泛应用。

谢幺·2023-08-02 14:24

GWAs——全基因组关联分析流程

GWAs（GenomeWideAssociationstudies，全基因组关联分析），即通过对群体的SNPs数据（geneticmarker）和表型间的关联分析，目前常用于遗传病学研究、基因功能验证、

Odd_guy·2023-08-02 14:50

gwas简介

全基因组关联分析（Genomewideassociationstudy，GWAS）是对多个个体在全基因组范围的遗传变异（标记）多态性进行检测，获得基因型（ca

生信学习小达人·2023-08-02 14:47

微生物菌群多样性研究—原始数据质控

菌群多样性分析是通过测序技术对微生物基因组中的marker基因（细菌为16S序列，真菌为18S或ITS序列）全长区段或部分区段进行测序从而得到环境样本中微生物种类和丰度信息的，基于现在的基因测序技术和菌群多样性的研究目的

上海唯那生物·2023-08-02 11:16

copyKAT从单细胞RNASeq数据推断人类肿瘤的基因组拷贝数CNV

2021年一月初了新的推断肿瘤细胞CNV的方法：copyKAT。也是通过单细胞转录组数据来推断细胞的染色体倍数，进而推断是正常细胞（diploid）还是肿瘤细胞（aneuploid）。它还可以进一步对肿瘤细胞进行聚类，找出不同的亚群。首先看一下原理及工作流程图。首先对基因表达量做标准化并稳定其方差（a）。相较于inferCNV（见我之前的分享：https://www.jianshu.com/p/1

Seurat_Satija·2023-08-02 09:08

【比较基因组】共线性分析（MCscanX）

MCScanX是另外一个检测基因共线性和进化分析的常用工具之一，2012发表至今引用数已经有好几百了，作者之一的唐海宝老师是国内植物基因组学生信分析、软件开发领域的大拿，在学习使用MCScanx之前推荐先看看他

jjjscuedu·2023-08-02 04:34

植物基因组-基因组分析中的“地图”文件(gff3和gtf文件介绍)

常见的生物信息分析中，基因组的注释文件和参考基因组具有相同重要的功能，如果说参考基因组是一个蕴含着所有资源的宝岛，那么基因组的注释文件就是航海路线图。

blue_unique·2023-08-02 04:01

生信软件 | bowtie2（测序序列与参考序列比对）

1.介绍Bowtie2是将测序reads与长参考序列比对工具(适用于将长度大约为50到100或1000字符的reads与相对较长的基因组,如哺乳动物,进行比对)。

白墨石·2023-08-02 01:13

微生物基因组下载神器推荐：ncbi-genome-download

今天向大家推介一个实用的工具，用来从NCBI的ftp直接下载指定物种范围的微生物基因组。

概普生信·2023-08-01 14:39

2021-09-02

huacishu图灵基因今天收录于话题#前沿分子生物学技术撰文：huacishuIF=14.132推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：1、DeepDEP模型使用突变、基因表达、DNA甲基化和DNA拷贝数变化的综合基因组谱来预测癌症依赖性

图灵基因·2023-08-01 11:20

GATK-变异流程2

一、使用GATK前须知事项：对GATK的测试主要使用的是人类全基因组和外显子组的测序数据，而且全部是基于illumina数据格式，目前还没有提供其他格式文件（如IonTorrent）或者实验设计（RNA-Seq

家和建材广场·2023-07-31 19:47

科研实用技能 | 运用软件分析snp，indel等之后如何设计引物进行验证呢

最近在做一批样本，是基于大规模基因组测序寻找新的疾病相关突变位点（snv）和indel等的。软件给出的结果一般都是以下形式，给出的只有突变所在基因组位置或者区间信息。

不想透明的小透明·2023-07-31 17:55

FG12组装注释全过程

100Xnanopore：80Xresequence：30X质控：使用fastp对RNAseq和Resequence测序数据进行质控ResequenceQ20，Q30皆为100%RNAseqQ20，90%Q30，89%基因组

马连洼小法师·2023-07-31 16:10

医学博士需要掌握的10万个为什么之3---假基因

[1]假基因可视为基因组中与编码基因序列非常相似的非功能性基因组DNA拷贝，一般情况都不被转录，且没有明确生理意义。

Seurat_·2023-07-31 13:07

Augustus

在基因组注释中，预测基因结构是最核心的一环，在众多的从头预测软件中，augustus应用较广。但是由于安装过程依赖软件较多，如果没有管理员权限一般不要轻易尝试，有兴趣可以参考基因预测软件中的奥古斯都。

陈洪瑜·2023-07-31 10:47

计算机和医学的交叉融合到底有多强呢？

目录简介人工智能在医学诊断中的应用计算机辅助药物研发计算机技术在基因组学研究中的应用数字病理学穿戴式医疗设备虚拟现实（VR）和增强现实（AR）技术在医学教育中的应用机器人手术区块链技术在医学领域的应用遥控医疗注参考文献简介自

一路向东_·2023-07-30 21:29

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