基因组

2021-03-19佛手瓜组学研究

为了加强对它的遗传研究，我们使用纳米孔第三代测序结合Hi-C数据组装了一个chayote基因组草图。
八段锦1134·2023-09-05 13:10

【现学现卖·文献】病毒宏基因组分析相关文献（1）

一、污水中病毒组最近在看一些病毒宏基因组的论文。前几篇可能看得认真和全面一点，写得也会多，后面的论文方法什么的应该大同小异，就只总结流程图和“小异”。
乔伊nikkie·2023-09-05 04:47

病毒是不是越来越弱？

它的突变在其基因组很多地方，不互相关系完全不能用突变之间是父子、也不能用突变之间是兄弟的关系来描述，而是各种交错纵横。人类生产了多种疫苗，新冠病毒突变株也基本
趙崇文·2023-09-04 21:42

注释 bed 文件中 feature 的基因名

解决方案方法1.使用UCSCTablebrowser以人类为例，依次设定以下选项：clade:Mammalgenome:Humanassembly:GRch37/hg19#基因组版本group:GenesandGenePredictionTrackstrack
子诚之·2023-09-04 19:28

wise2的安装

在做基因组注释的时候可能会用到genewise这个工具，属于wise2工具包的一项。因为这个软件太老了，安装的时候遇到的些麻烦，最近终于解决了，记录一下。
野生拟南芥·2023-09-04 17:14

顺式元件热图+柱状图

方法1.数据准备及整理1、ref#基因组：如果有多
小杜的生信筆記·2023-09-04 16:42

植物根系基因组与数据分析

1.背景这段内容主要是关于植物对干旱胁迫的反应，并介绍了生活在植物体内外以及根际的真菌和细菌的作用。然而，目前对这些真菌和细菌的稳定性了解甚少。作者通过调查微生物群落组成和微生物相关性的方法，对农业系统中真菌和细菌对干旱的抗性和恢复力进行了研究。研究结果显示，在微生物群落组成层面上，真菌比细菌更抗旱，但在重新灌溉缓解干旱压力后，真菌的恢复能力较低。然而，在所有相关性和共存网络方面，结果更加复杂。总
python-码博士·2023-09-04 09:22

ChIP专题 | 如何进行ChIP-qPCR富集验证

这项技术能够帮助研究者判断在细胞核中基因组的某一特定位置会出现何种组蛋白修饰或转录因子结合。目前也是众多学者研究蛋白-DNA互作的主流技术。
爱基百客·2023-09-04 06:34

重测序专题（一）| 一文了解测序技术的发展

全基因组重测序（Whole-genomere-sequencing），就是对已有参考基因组的物种个体进行再次测序。它可以对单独个体，也可以对群体进行研究。
爱基百客·2023-09-04 06:34

国自然热点 | CUT&Tag解析组蛋白乳酸化H3K18la修饰在小鼠和人组织中的全基因组分布特征

此前，在推文《组蛋白ChIP-seq研究思路及应用案例分享》中我们分享了组蛋白ChIP-seq的一些研究思路。文章中提到了几种新型组蛋白修饰：丙酰化、丁酰化、琥珀酰化、丙二酰化、戊二酰化、巴豆酰化和乳酸化等，其中组蛋白乳酸化修饰是2019年新发现的，一经发表就登上了Nature[1]，该研究将细胞代谢与表观遗传调控联系起来了。Warburg效应|MatthewG.VanderHeidenetal.
爱基百客·2023-09-04 06:34

组蛋白ChIP-seq研究思路及应用案例分享

ChIP-seq技术将染色质免疫共沉淀与二代测序结合，高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA序列。
爱基百客·2023-09-04 06:34

好书推荐——病毒宏基因组学：方法和指南

今天给大家介绍一部病毒宏基因组学方法与指南，该书详细介绍了不同类型样
SYSU星空·2023-09-04 01:55

10X单细胞个性化分析之CNV篇

其中对于肿瘤样本的分析，在基因组研究中CNV的分析占了很重要的一部分，CNV(Copynumbervariation,拷贝数变异)是由基因组发生重排而导致的,一般指长度为1
单细胞空间交响乐·2023-09-03 12:17

生物数据库之专项数据库

一、京都基因与基因组百科全书KEGGKEGG，全称京都基因与基因组百科全书（http://www.genome.jp/kegg）。它是关于基因、蛋白质、生化反应以及通路的综合生物信息数据库。
yhh_hygge·2023-09-03 11:30

精准医学： 应用脑脊液游离DNA全基因组甲基化测序筛选小儿髓母细 胞瘤早期诊断与预后监测的可靠生物标志物｜液体活检专题

易点评本文是液体活检DNA甲基化标志物发现的典型研究案例。儿童脑恶性肿瘤如髓母细胞瘤(MB)致癌基因突变频率较低，但DNA甲基化改变明显，根据MB的这一特点作者使用了WGBS和CMS-IP-seq技术分别进行甲基化与羟甲基化监测，并将实验结果与大型公共数据库（IlluminaHumanMethylation450K芯片数据、已发表的儿童MB患者WGBS数据）相结合，针对MB肿瘤脑脊液(CSF)中的
易基因科技·2023-09-03 00:03

轰动学界的Nature重磅进展：生信研究迎来史诗级大爆发

年度人物均授予了CRISPR相关技术的突破，2020年CRISPR技术获得诺贝奖，短短不到十年时间CRISPR技术荣获最高学术荣誉随着高通量生物技术的发展，已经开发了多种组学技术来表征不同但互补的生物信息，包括基因组学
生信宝典·2023-09-02 19:30

m6A甲基化

前沿表观遗传学，包括组蛋白共价修饰(covalenthistonemodification)、DNA甲基化修饰(DNAmethylation)、RNA甲基化修饰(RNAmethylation)、基因组印记
Seurat_Satija·2023-09-02 19:14

全基因组选择：LightGBM通过提升GWAS敏感性促进基因挖掘

GWAS是识别性状相关基因和理解性状背后的遗传结构的有效方法，随着下一代测序技术的快速发展，基因分型费用显著降低，而在大规模人群的情况下，表型已成为GWAS的瓶颈。由于测序技术的快速发展，获取基因的成本已经显著降低，但是获取表型的成本并未降低，因为获取表型的话需要经过种子的种植培育等过程，所需时间较长，不如基因可以直接通过基因分型获取那么简单，进行GWAS分析的话需要同时用到基因型和表型，所以此时
talentsta·2023-09-02 18:04

2021-12-04 肿瘤新抗原

肿瘤新抗原大部分来源于CNVcopynumbervariance主要来源是肿瘤细胞基因组的点突变（约占95%）、基因插入敲除以及移码和结构突变（后两者约占5%）拷贝数变异：拷贝数变异(Copynumbervariation
一去二三·2023-09-02 18:03

甲基化水平计算方法

一、单个位点甲基化水平：单个位点的甲基化水平＝支持甲基化C的reads数/总的reads数对于参考基因组上的C位点，有些reads（reads上此位置处是C）支持此位点是甲基化的C位点，有些reads不支持
笺牒九州的怪咖·2023-09-02 16:20

2018-06-20

转自小伙伴总结三．论述题：1、论述三种人基因组测序产品各自的优势和局限。答：全基因组重测序的优势：整个基因组范围内检测变异位点；可检测CNV、SV类型变异；对疾病先验知识要求不高。
caelynmin·2023-09-02 13:22

ARTS-DB: 抗生素抗性靶标数据库

随着公开测序基因组数量的指数级增长和BGC预测工具的进步，基因组挖掘算法已经发现了数百万
小白菜学生信·2023-09-02 09:13

基于Echarts的大数据可视化模板：大数据医疗服务平台

目录引言大数据在医疗领域的应用ECharts在医疗服务中的作用医疗大数据的应用方向临床决策支持药物研发与安全性监测健康管理与预防流行病监测与公共卫生基因组学与个性化医疗医疗保险与费用管理Echarts与大数据可视化
摔跤猫子·2023-09-02 03:59

全基因组选择的定义

定义基因组选择的最基本思路：在基因组中存在大量遗传标记(SNP)，影响性状的所有基因都至少与一个标记紧密连锁。因此通过对所有标记效应的估计，实现对全基因组所有基因效应的估计。
育种数据分析之放飞自我·2023-09-01 20:09

Cell | 超深度宏基因组！复原消失的肠道微生物

为了理解工业化生活方式引起的微生物组变化，需要结合高深度的宏基因组测序来研究原始人(Hadza)微生物功能、生长动力学和扩散模式。
SHANGHAILINGEN·2023-09-01 18:05

《TCGA数据下载的终极篇》

TheCancerGenomeAtlas)是由NationalCancerInstitute(NCI,美国国家癌症研究所)和NationalHumanGenomeResearchInstitute(NHGRI,国家人类基因组研究所
生信学霸·2023-09-01 17:56

Nature| 论2023年最新“ 颠覆性 ”技术，人工智能在基因组学与单细胞直线开挂

机器学习技术能利用复杂的算法在大规模、异质性数据集中进行运行,在生物医学方面、人类基因组项目、癌症全基因组项目、等项目上都表现出了巨大的潜力，收集并分析与医学疗法和患者预后相关的大量数据集或能将医学转化称为一种数据驱动
秀材·2023-09-01 16:32

新药研发开始“狂飙”，生物制药行业机遇再现。

机器学习技术能利用复杂的算法在大规模、异质性数据集中进行运行,在生物医学方面、人类基因组项目、癌症全基因组项目、等项目上都表现出了巨大的潜力，收集并分析与医学疗法和患者预后相关的大量数据集或能将医学转化称为一种数据驱动
秀材·2023-09-01 16:32

重磅综述！2023最热门“颠覆性”技术，用它发高质量文章游刃有余！

机器学习技术能利用复杂的算法在大规模、异质性数据集中进行运行,在生物医学方面、人类基因组项目、癌症全基因组项目、等项目上都表现出了巨大的潜力，收集并分析与医学疗法和患者预后相关的大量数据集或能将医学转化称为一种数据驱动
mzxcasfnws·2023-09-01 16:31

全基因组关联分析 (GWAS) - 简介

在硕士就读期间，就已经做过GWAS相关的分析。当时标记量非常少，windows系统分析就足够了，作图方面涉及的脚本也基本是蔡师兄帮写的。后来，随着高通量测序成本的降低，标记数量越来越多，不得不进入linux和脚本操作的时代，因此我也陆陆续续的学习了R和Python等编程语言，但是在编程的世界里，只是一个小菜鸟，大部分的脚本都是“借来的”。而此次GWAS方面的相关内容基本取材于百迈客云课堂。1、基本
Zhigang_Han·2023-09-01 13:00

GATK4重测序数据怎么分析？上游分析标准流程

GATK4×WGS今天分享一篇笔记，主要内容是WGS重测序下机数据fq.gz文件到变异位点信息vcf文件的操作过程，包括序列质控过滤、基因组比对、检测变异、合并VCF等步骤。
生信分析笔记·2023-09-01 10:35

全基因组关联分析GWAS结果批量整理方法

GWAS（全基因组关联分析）是一种常用的遗传学研究方法，用于探索基因与表型之间的关联。它通过对大规模样本集合进行基因组广泛扫描，寻找与特定表型（如疾病、性状等）相关的遗传变异。
生信分析笔记·2023-09-01 10:05

基因家族分析三把刀：hmmsearch＆blast&orthofinder

我只是个搬运工，侵权请私信，速删方法一：blast数据准备：下载NCBI中相关蛋白序列，将所有的fa序列放在一起成all.pep下载相关基因组的蛋白序列，eg：genome1.fa，genome2.fa
一直想要成为大牛的科研狗·2023-09-01 07:42

植保院庄伟建科研团队的花生研究获新进展

邓烨2017年12月24日，由我院庄伟建教授率领的花生抗病逆分子育种研究团队联合武汉未来组生物科技有限公司，山东、广西、河南、广东和中国农科院花生研究科学家及台湾成功大学等单位共同完成的“花生栽培种全基因组序列破译
毓木·2023-09-01 06:56

关于祈祷和清零的顿悟

因为最近在看《平行的世界》，遗传和DNA经常被提到，一瞬间顿悟：每个人都是由远古时代人类一代一代的遗传基因组合起来的，DNA中包含很多人的遗传基因，这些基因都存在于一个人身体里，遗传基因中有“好人”的，
晨晖暮雪·2023-09-01 03:45

借助基因组编辑器，可以实现对毒药的抗药性

基因组编辑器如何处理毒药的作用？根据《自然》杂志的编辑委员会，在CRISPR/Cas9的帮助下，科学家在果蝇
天于·2023-08-31 22:59

单细胞空间宏基因组揭秘微生物群对癌症空间和细胞异质性的作用

作者，EvilGenius新的一周，主要这周开始世界杯开赛了，看比赛的时间多了一点，个人喜欢德国队，不知道大家对世界杯有没有兴趣。今天的文章我们来分享一点新的内容。文章在Effectoftheintratumoralmicrobiotaonspatialandcellularheterogeneityincancer导读：肿瘤相关菌群是人类癌症类型肿瘤微环境的固有组成部分。迄今为止，肿瘤内宿主-微
单细胞空间交响乐·2023-08-31 21:21

基因长度并不是end-start

其中的基因长度依据的参考基因组是hg19，我想要的是从gtf文件开始计算，在曾老板的代码基础上改吧一下就行
小洁忘了怎么分身·2023-08-31 20:47

Ensembl 简介及其参考基因组

网址https://asia.ensembl.org/index.htmlEnsembl是一个脊椎动物基因组的基因组浏览器，支持比较基因组学、进化、序列变异和转录调控的研究。
花色匆匆·2023-08-31 14:06

【动植物研究动态】20220313文献摘选

HorticRes|中国医科院药植所卢善发：药用植物北马兜铃染色体水平的基因组图谱Chromosome-levelgenomeassemblyofAristolochiacontortaprovidesinsightsintothebiosynthesisofbenzylisoquinolinealkaloidsandaristolochicacidsIllumina
米源MY·2023-08-31 13:17

单体型基因组的组装分类

目前热门的单体型基因组组装，以下内容来源于安诺的单体型基因组组装新品发布会单体型也称为单倍型。二倍体有两套染色体单体，一套来自父本，一套来自母本。在父本和母本之间会存在一些差异。
wo_monic·2023-08-31 06:55

实验篇——基因组共线性分析

实验篇——基因组共线性分析文章目录前言一、名词解释二、实操1.文件准备2.共线性分析3.共线性可视化4.多个物种共线性可视化总结前言本文主要介绍了使用TBtools软件来进行基因组间的共线性分析，并进行可视化
星石传说·2023-08-30 21:10

生物笔记——暑期学习笔记（三）

——暑期学习笔记（三）文章目录前言一、R篇1.数据筛选2.字符串处理3.练习二、生信篇1.blast基因家族鉴定2.hmm鉴定3.理化性质与亚细胞定位4.基因重复类型分析5.家族成员染色体位置分析6.基因组共线性分析
星石传说·2023-08-30 21:08

在真核生物中，基因组DNA会压缩形成复杂的染色质结构，请简述染色质结构及其生物学功能和作用机制。

答：染色质结构由低级到高级一共有4级结构：（1）一级结构为10nm核小体串珠纤维：由H2A、H2B、H3和H4组成的组蛋白八聚体，在外部缠绕147bp的DNA序列形成核小体结构，两个核小体之间经过DNA连接，形成外径10nm的纤维状串珠结构；（2）二级结构为螺线管结构：外径10nm的核小体串珠结构螺旋缠绕，每圈6个核小体，形成左旋的30nm染色质纤维螺线管，由中间结构“四核小体”扭曲形成。组蛋白H
一口亅·2023-08-30 21:36

Microbiol Spect | 仔猪肠道细菌培养组

文章信息标题：ABacterialGenomeandCultureCollectionofGutMicrobialinWeanlingPiglet译文：仔猪肠道细菌基因组和培养的菌株收集期刊：MicrobiologySpectrum
小白菜学生信·2023-08-30 21:55

重测序分析（5）使用lumpy进行结构变异检测

结构变异结构变异是指在物种中遗传和多态性的基因组DNA中的大规模结构差异。它们是染色体重排的结果（缺失，复制，插入，倒置）。如果这些多态性在细胞遗传学上可见，则称为异态。
Bioinfor生信云·2023-08-30 18:56

人类首个Y染色体完整序列问世！补齐最后一块基因拼图｜Nature

这意味着，人类泛基因组的最后一块拼图被拼上。这项重磅研究刊登在最新一期Nature之上。该序列提供了人类Y染色体完整的62,460,029个碱基对。
QbitAl·2023-08-30 14:10

首例基因编辑婴儿诞生是创造新希望，还是打开了潘多拉之盒？

图片发自App0111月26日，来自中国深圳的科学家贺建奎在第二届国际人类基因组编辑峰会召开前一天宣布，一对名为娜娜和露露的基因编辑婴儿诞生。这对婴儿的基因经过修改，使他们能够天然抵抗艾滋病。
二三马尾·2023-08-30 14:19

科研文献|通过宏基因组组装和装箱方法解读抗生素选择压力下抗生素耐药性基因的迁移率和细菌宿主

ecipheringthemobilityandbacterialhostsofantibioticresistancegenesunderantibioticselectionpressurebymetagenomicassemblyandbinningapproaches****译名：通过宏基因组组装和装箱方法解读抗生素选择压力下抗生素耐药性基因的迁移率和
维凡生物·2023-08-30 11:14

【比较基因组】基因家族扩张与收缩---CAFE篇

====环境和测试数据准备=====需要先安装OrthoFinder，这个参考前面一个帖子。然后今天我们主要来测试CAFE。安装也比较简单：下载安装包之后https://github.com/hahnlab/CAFE/releases/download/v4.2.1/CAFE-4.2.1.tar.gzcdCAFE./configuremakemakeinstallprefix=文件夹注：在rele
jjjscuedu·2023-08-30 10:51
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