基因组第18页

宏基因组数据资源 | Nature子刊发表来自人类肠道微生物组的204,938个参考基因组数据集

年7月，由欧洲分子生物学实验室欧洲生物信息学研究所（EMBL-EBI）领导的国际合作研究团队在《NatureBiotechnology》发表了迄今为止最全面的人类肠道微生物组序列资源：统一的人类胃肠道基因组

尐尐呅·2023-09-29 17:14

2021-11-01

该站点包含有人类、小鼠和大鼠等多个物种的基因组草图，并提供一系列的网页分析工具。站点

人字拖拖不下来·2023-09-29 14:18

IGV-基因组浏览器-改造记录（六）

写在前面经过了前面的五次IGV改造，我以为这个系列可能就到此为止了。然而在近期的数据分析过程中，我们仍然发现了一个新的需求：在展示sRNAreads的时候，只看某个长度的reads，比如植物的miRNA大多是21nt，常见的phasiRNAs，或者全都是21nt，或者全都是24nt在IGV中，一个不错的选项是GroupAlignment。使用整个选项，可以做很多事情，如下：从选项中，我们可以看到，

生信石头·2023-09-29 14:28

跟着Nature Genetics学画图：R语言ggplot2画曼哈顿图展示XP-CLR score

Whole-genomeresequencingof445Lactucaaccessionsrevealsthedomesticationhistoryofcultivatedlettuceimage.png今天试着重复的图片对应着的是论文中的Figure3a,，曼哈顿图展示的是XP-CLRscore，这个分支具体是什么含义还得仔细学习，群体基因组类的论文通常都有这个数据

小明的数据分析笔记本·2023-09-29 10:27

代谢组学常用分析方法

代谢组学是效仿基因组学和蛋白质组学的研究思想，对生物体内所有代谢物进行定量分析，并寻找代谢物与生理病理变化的相对关系的研究。

Seurat_Satija·2023-09-29 09:40

分子标记（包括基因测序）

背景在最开头，我们来说下两种遗传模式：1核基因组是双亲遗传的（一条染色体来自母本，一条来自父本），只有性染色体是单亲遗传的，但不是所有生物都有性染色体。

xiaoxianyu·2023-09-29 08:44

singlem,一款可以使用marker基因进行宏基因组reads分类的软件

最近偶然从一篇PNAs的文章，看到作者不仅进行了16SrRNA测序，而且通过marker基因和宏基因组bins同时计算了群落结构，对比三者发现，菌群结构相似。

谷流觞·2023-09-29 07:02

如何把网上直播的视频录制下来？

这种生物武器的制造方法是：安布雷拉将其发现的一种叫做“mutamycete”的菌类的基因组注入第四阶段前的人类胚胎，在受控环

贪婪之轮·2023-09-29 04:42

原来基因功能富集分析这么简单

但需注意的是不同的基因组合在不同生物背景下可能具有不同的生物学功能。因此，需要根据实际情况对相

在打豆豆的小潘学长·2023-09-28 23:40

基因富集分析 GSEA for time-course

基因富集分析（GeneSetEnrichmentAnalysis，GSEA）是一种针对全基因组表达谱芯片数据的分析方法，将基因与预定义的基因集进行比较。

易易欢欢·2023-09-28 23:10

KEGG 通路富集分析图解

KEGG通路富集分析KEGG数据库KEGG（京都基因和基因组百科全书）数据库是日本京都大学生物信息学中心的Kanehisa实验室于1995年建立了的生物信息学数据库。

荞麦agan·2023-09-28 23:05

Reporter Score 微生物功能富集分析

Introduction功能富集分析是一种用于分析基因集合或基因组数据中功能模式富集程度的计算方法。它可以帮助揭示在特定生物学背景下，哪些功能模块、代谢通路、基因家族等在统计上富集或显著过表示。

Asa12138·2023-09-28 23:04

MACS2学习笔记

macs2callpeak-ttreatment.bam-ccontrol.bam-ghs-B-fBAM-nprefix-q0.00001macs2callpeak-ttreatment.bam-ccontrol.bam-ghs-B-fBAMPE-nprefix-q0.00001参数解读：-g基因组的选择

面面的徐爷·2023-09-28 21:06

SCS【1】今天开启单细胞之旅，述说单细胞测序的前世今生

公众号今天开启单细胞之旅，单细胞其实我也算接触较早的项目，之前在老东家参与开发单细胞测序的实验开发以及后期生信流程的搭建，那时开发的技术还真的就是单个细胞的，搞了几项发明专利：201610701005.6用于单细胞全基因组中亚

90066456ace6·2023-09-28 20:33

从fastq到群体结构分析软件及命令行实现

RG\tID:saample\tLB:sample\tSM:sample"fafq_R1.fq.gzfq_R2.fq.gz|samtoolsview-b-S->sample.bam#bwaindex进行基因组建

点滴生信·2023-09-28 11:22

Mash: 使用MinHash快速估算基因距离

混搭将大序列和序列集还原为较小的代表性草图，进而可以快速估计基因组之前全局突变距离。

lakeseafly·2023-09-27 23:41

连锁不平衡以及连锁不平衡衰减

而连锁不平衡衰减是指在基因组上，随着物理距离的增大，两个连锁的的等位基因的连锁程度不断减小。]LD衰减图，在重测序类的文章中会经常出现群体遗传、GWAS等的文章里面。

云养江停·2023-09-27 22:15

Nature | 国际半干旱热带作物研究中心携手华大等机构，完成鹰嘴豆大规模基因组研究

北京时间11月11日，国际顶级学术期刊《自然》（Nature）在线发表了题为《全球3,366份鹰嘴豆种质的遗传变异图谱》的研究，通过对鹰嘴豆全球种质资源开展大规模基因组测序和分析，加深了我们对于鹰嘴豆的认识

尐尐呅·2023-09-27 22:44

如何从基因组水平检测分子趋同进化信号

Fig1Fig2趋同表型进化，为研究基因组如何编码表型以及量化进化的可重复性提供了独特的机会。解决这个问题通常会对具有共享相似表型的物种进行基因组测序，然后与不同表型的物种进行比较基因

Mr_我爱读文献·2023-09-27 21:34

Aspera 上传基因组数据到NCBI

完成基因组后，需上传数据，比如到NCBI，这一步可以选择Aspera进行操作上传基因组或者原始数据一般流程如下1、注册NCBI账号https://www.ncbi.nlm.nih.gov/account

斩毛毛·2023-09-27 18:48

samtools 序列比对率计算（samtools flagstat）

结果解释从第一行至第十一行分别表示：QCpass的reads的数量为2499971，未通过QC的reads数量为0，意味着一共有2499971条reads；重复reads的数量，QCpass和failed比对到参考基因组上的

奔跑的Forrest·2023-09-27 08:44

【R画图学习11.3】富集圈图---circlize

circlize包提供了一些专门的基因组绘图函数，让基因组分析更加简单方便，如：circos.genomicTrack():添加轨迹和图形circos.genomicPoints():添加点circos.genomicL

jjjscuedu·2023-09-27 07:16

基因组共线visualization

文献：TheCGViewServer:acomparativegenomicstoolforcirculargenomes中文：比较环状基因组工具，CGView服务器杂志：NucleicAcidsResearch

小白菜学生信·2023-09-27 04:18

生信教程：使用全基因组SNP数据进行ABBA-BABA分析

因此，它们经常用于使用基因组规模的SNP数据（例如来自全基因组测序或RADseq）来测试基因渗入。在本次实践中，我们将结合使用可用软件和一些用R从头编写的代码来执行ABBABABA分析。

·2023-09-27 00:07

基因组注释（Annotation）

基因组组装完成后，或者是完成了草图，就不可避免遇到一个问题，需要对基因组序列进行注释。

生信学习小达人·2023-09-26 21:35

群体遗传学-选择消除分析

群体进化选择消除分析：简单的说就是基因组某区域由于受到了选择而消除多态性。选择消除分析是正向选择在物种基因组上留下的印迹。

生信学习小达人·2023-09-26 21:35

基于宏基因组的功能挖掘：碳水化合物活性酶（CAZymes）注释

基于宏基因组数据，可以通过NR数据库进行物种注释，还可以进行功能挖掘，比如通过KEGG数据库来挖掘代谢通路、根据COG注释结果对蛋白进行功能归类，通过CAzyme可以得到碳化合物合成、代谢、转运等酶的分类和相关信息

SHANGHAILINGEN·2023-09-26 18:59

Nature子刊｜Binning宏基因组+单菌验证

题目：ISME｜宏基因组binning研究揭示土壤微生物群协同互作二甲基砷脱甲基机制期刊：TheISMEJournal影响

SHANGHAILINGEN·2023-09-26 18:28

基于R的linkET包qcorrplot可视化Mantel test相关性网络热图分析correlation heatmap

写在前面需求是对瘤胃宏基因组结果鉴定到的差异菌株与表观指标、瘤胃代谢组、血清代谢组、牛奶代谢组中有差异的部分进行关联分析，效果图如下：数据准备逗号分隔的csv格式文件，两个表格，一个是每个样本对应的表观指标数据

twocanis·2023-09-26 17:41

DeepMind 利用无监督学习开发 AlphaMissense，预测 7100 万种基因突变

类基因组共有31.6亿个碱基对，无时无刻不在经历复制、转录和翻译，也随时有着出错突变的风险。错义突变是基因突变中的一种常见形式，然而人类目前只观察到了其中的一小部分，能够解读的更是只有0.1%。

·2023-09-26 15:04

2021-08-03有用的网站

(1)NCBI上下载物种的参考基因组https://www.ncbi.nlm.nih.gov/datasets/genomes/

bcl_hx·2023-09-26 03:51

ras基因及信号通路

ras基因首先在Harvery鼠肉瘤病毒（Ha-MSV）和Kirsten鼠肉瘤病毒（Ki-MSV）的子代基因中被发现，在这种子代病毒中发现含有来源于宿主细胞的基因组的新基因序列，此后人们将这种宿主细胞基因称为

Seurat_Satija·2023-09-26 00:00

RNAvelocity系列教程8：# scVelo实战-齿状回数据集

数据在Hochgerneretal.(2018)，它使用10XGenomicsChromium测量，这些数据由2，930个细胞，25，919个基因组成，形成多个谱系。

Seurat_·2023-09-25 14:02

2022-07-24

SciAdv|Cas9/Nickase通过同源染色体模板修复诱导治疗遗传病原创图灵基因图灵基因2022-07-2411:04发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学机制在果蝇中开发的一种新的基因组编辑系统，

图灵基因·2023-09-25 14:10

人类全基因组分析提速10倍的背后：TCS服务垂直行业的探索

腾讯云开发者·2023-09-25 10:24

基因组大小查询（二）|基因组组装结果查询

基因组大小（sizeofgenome）是指单倍体细胞核中的所含的DNA的总量。在进行基因组测序之前，生物学家是用质量来衡量不同生物之间基因组的大小。

bioyigene·2023-09-25 10:23

物种基因组大小查询之流式结果查询

基因组大小（sizeofgenome）是指单倍体细胞核中所含的DNA的总量。在进行基因组测序之前，生物学家是用质量来衡量不同生物之间基因组的大小。

bioyigene·2023-09-25 10:23

干货|10种重要作物基因组数据库

上期给大家介绍了NCBI、Ensembl这2个主流的查找基因组的数据库，其中收录的物种广泛（植物、动物、微生物），是我们查找物种基因组最常用数据库。

bioyigene·2023-09-25 10:52

17-思路清奇：纯生信分析表观基因组学和形态学ITH的比较空间分析

在分子层面上，ADC的特征是具有复杂的基因组格局。最近的研究集中在深入了解基因组和表观基因组改变的后果以及肿瘤异质性在治疗反应和治疗抵抗中的作用。

AAA肿瘤信息学王协·2023-09-25 08:27

线粒体基因组的组装和注释（MitoFinder ）

之前有过用二代测序的数据组装植物叶绿体基因组昆虫线粒体的经历，用的是单位的超算（Linux系统）。

xiaoxianyu·2023-09-24 22:37

柿子基因组测序与其性别决定系统的进化分析

生信石头·2023-09-24 21:08

用Beagle做基因型填充（Imputation）

在学习基因型填充之前需要了解一下什么是Phasing（基因定相、单倍体分型），主要是参考公众号碱基矿工中的一篇文章：人类基因组的Phasing原理是什么。

TOP生物信息·2023-09-24 20:01

基于R做宏基因组进化树+丰度柱状图TreeBar带聚类树的堆叠柱形图

写在前面同之前一样，重分析需要所以自己找了各路代码借鉴学习，详情请参考R语言绘制带聚类树的堆叠柱形图，实操效果如下：步骤表格预处理选取不同样本属水平的物种丰度图（绝对和相对水平都可以，相对画出来是齐的，绝对的bar是不齐的）。Top10丰度外的类群合并为Others。这里注意，用本篇代码时，表格选择csv/txt等格式文件一定要是制表符分隔的，不然会报错重复名或者没有多出的行分组信息代码演示#装包

twocanis·2023-09-24 11:45

宏基因组做在线组间差异Anosim分析与结果解读

写在前面需求是返回的结果每组样本数量比较多，但组间差异不明显，挑出来重分析。详情请参考[组间差异分析：Anosim]([组间差异分析：Anosim-知乎(zhihu.com))，当然亲测更简便的方法可以借助云平台工具：步骤表格准备不同样本属水平的丰度表分组信息表云平台分析上传云平台结果分析与下载，这个很快调整：pdf格式拖进AI里改色结果解读**图形解读：**盒型图纵轴表示距离排名，横轴betwe

twocanis·2023-09-24 11:13

WildCARD_data数据预处理时报错：'utf-8' codec can't decode byte 0x8b in position 1

在使用CARD数据库时，针对宏基因组数据，需要另外下载WildCARD_data，下载完成后需对数据进行预处理，才可以使用。

轻枫柳曳1208·2023-09-24 07:20

生信技巧 | GNU 并行操作

数据并行情况当文件的每一行都可以单独处理时基因组的每条染色体都可以单独处理组件的每个脚手架都可以单独处理处理并行压缩或解压缩10到100个文件计算大文件中的行数将许多样本的原始测序数据文件与基因组进行比对不能并行的情况基因组组装并不是简单的可并行化

冷冻工厂·2023-09-24 06:07

从一则12年前的提问中学习:从配对序列联配到多序列联配

最近学习多基因组比对时，看到一则12年前在Biostars发布的提问,ProgrammingChallange:PairwiseAlignmentsToMultipleAlignment,收获颇多，这里记录下

xuzhougeng·2023-09-23 09:09

微生物测序该怎么选，16S or 宏基因组?

基本简介一、16SrRNA16SrRNA为核糖体的RNA的一个亚基，16SrDNA就是编码该亚基的基因。细菌rRNA（核糖体RNA）按沉降系数分为3种，分别为5S、16S和23SrRNA。16SrDNA是细菌染色体上编码rRNA相对应的DNA序列，存在于所有细菌染色体基因中。该序列包含9个高变区和10个保守区，通过对某一段高变区序列（V4区或V3-V4区）进行PCR扩增后进行测序，得到1500bp

唯问生物·2023-09-23 07:53

计算技术与生物学：应用、挑战与未来

计算生物学在基因组学、蛋白质组学、代谢组学等领域有着广泛的应用，对于揭示生物体的复杂性、研究生物系统的运行机

a谷雨c·2023-09-23 01:02

计算生物学：理解生命过程的强大工具

计算生物学在基因组学、蛋白质组学、代谢组学等多个生命科学领域有着广泛的应用，对于我