基因组

BWA比对及Samtools提取目标序列

今天想看一下自己的序列里面会不会有某细菌基因组存在，主要使用BWA和Samtools：bwa主要用于将低差异度的短序列与参考基因组进行比对。
鲸鱼不是鱼592·2023-09-16 11:14

Nature Plants：一种新型植物基因工程CRISPR-Cas12b编辑工具问世

图片来源：国立卫生研究院在新出版的《NaturePlants》的中马里兰大学植物科学系助理教授YipingQi首次建立了一种在植物中可行的新CRISPR基因组工程系统：CRIS
PaperRSS·2023-09-16 06:28

斑马鱼基因敲除常规流程及关键步骤质控标准及注释

二、CRISPR活性验证2.1分析并确认基因组序列设计Genotyping引物，确认实
南京尧顺禹生物·2023-09-16 01:36

16S测序分析（六）用PICRUSt预测菌群KEGG代谢通路

导读PICRUSt(PhylogeneticInvestigationofCommunitiesbyReconstructionofUnobservedStates)的原理基于已测细菌基因组的16SrRNA
小白菜学生信·2023-09-16 01:41

Inspector--准确的长读从头组装评估

长读从头基因组组装继续快速发展。然而，缺乏有效的工具来准确评估装配结果，特别是结构误差。我们提出Inspector，一个无参考的长读从头组装评估器，它忠实地报告错误的类型和它们的精确位置。
Bioture·2023-09-15 03:50

GWAS基因型文件介绍——VCF文件

基因型数据的获取方式有很多，例如基因芯片、简化基因组测序、全基因组重测序等。在人类中通过基因芯片获取的测序数据往往需要依靠千人基因组等参考进行填补，以形成全基因组覆盖性的位点密度。
李路飞·2023-09-15 01:14

2022-05-24如何快速从基因组中提取基因、转录本、蛋白、启动子、非编码序列？

NGS基础-参考基因组和基因注释文件提到了如何下载对应的基因组序列和基因注释文件。假如我们已经拿到了基因组序列文件GRCh38.fa和基因注释文件GRCh38.gtf，也可从文后链接获取。
麦冬花儿·2023-09-15 00:55

Science adv | 转录因子SPIC连接胚胎干细胞中的细胞代谢与表观调控

反应的中间体被用作各种表观基因组修饰酶的底物和辅助因子，因此代谢与表观遗传密切相关。代谢结合表观遗传涉及疾病，癌症和发育等多方面。
爱基百客·2023-09-14 20:39

2019-09-25

20世纪人类科学最重要的三大突破之一：人类基因组计划。1990年，由美、英、法、德、日本和中国政府主导，六国顶尖科学家共同参与的人类基因组计划，正式启动。
6bbc4a31e2f3·2023-09-14 20:17

使用BWGS进行基因型数据预测

标题：小麦基因组选择育种通道方法描述：专门为小麦全基因组选择育种设计的包编码方式：UTF-8URL：GitHub-byzheng/BWGS:2021BreedWheatGenomicSelectionpipelineBugReports
talentsta·2023-09-14 18:27

ATAC-seq数据可视化——超简单教程

大家好这里是有时候季更，有时候月更的基因组学研究生。上一期记录了ATAC数据从Fastq数据到bam文件的处理脚本。
基因组学研究生·2023-09-14 10:55

秘籍 | 计算基因组的有效大小（effective genome size）

写在前面最近在ATAC-Seq中callpeaks的时候发现需要用到基因组的有效大小（effectivegenomesize）方法一自己编写脚本#coding=utf-8importsysaList=[
生信卷王·2023-09-14 08:25

精选| 2020年2月R新包推荐(第39期）

此次整理了十一个类别，分别为数据、计算方法、基因组学、机器学习、数学、医学、科学、统计学、时间序列、效率工具
黄小伟Yeah·2023-09-14 07:16

RepeatModeler2.0安装及使用

RepeatModeler已更新，拥有了一些新的功能，可以识别LTR的结构在基因组注释中第一步就是重复序列的屏蔽，目前常用的从头注释pipeline就是RepeatModeler+RepeatMasker
东风008·2023-09-14 07:34

单细胞数据整合鉴定肿瘤细胞

LIGER（LinkedInferenceofGenomicExperimentalRelationships）基因组实验关系关联推断,用一种整合非负矩阵分解算法。
11的雾·2023-09-14 06:21

3行代码基于python的matplotlib绘制桑基图

比如：在基因组学领域，有研究利用桑基图来表示生物分子之间的调控关系。目前多数桑基图软件包(如plotly等)大多数调用了d3.js，它允许提供一些可交互操作，但安装和使用的参数设定有一定不便利。
ProbSimplex·2023-09-14 03:12

改写生命密码

是以表彰她们在“凭借开发基因组编辑方法”方面作出的贡献。此条新闻勾起了我对“基因编
潇湘夜雨西·2023-09-14 02:35

生物学英文缩写

由于cDNA文库的复杂性和测序的随机性，有时多个EST代表同一基因或基因组，将其归类形成EST簇（ESTcluster)SS
kekoukele777·2023-09-14 00:16

The Breast | UCAD技术揭秘转移性乳腺癌

之前，大多数研究集中在探索原发性乳腺癌的基因组特征，只有少数几项小规模研究关注了MBC的基因组特征[4-7]。而MBC患者同样需要检测方法用以提供新的治疗思路和策略。组织活检是目前临
张晓刚CIN·2023-09-13 23:38

转载：tcga压缩包提取合并_《TCGA数据下载的终极篇》

TheCancerGenomeAtlas)是由NationalCancerInstitute(NCI,美国国家癌症研究所)和NationalHumanGenomeResearchInstitute(NHGRI,国家人类基因组研究所
ZZM2020·2023-09-13 22:50

地球生物基因组计划开启新阶段：从试点项目转向全面生产测序

一项绘制地球上所有植物、动物、真菌和其他微生物生命基因组图谱的全球计划正在进入一个新阶段：从试点项目转向全面生产测序。
尐尐呅·2023-09-13 18:22

2021-12-04 肿瘤新抗原

定义如何获取Cbioportal中的拷贝数变异就是新抗原新抗原的来源：肿瘤新抗原，英文单词“tumorneoantigen”，是一类肿瘤细胞特有的“抗原”，其主要来源是肿瘤细胞基因组的点突变（约占95%
一去二三·2023-09-13 17:27

Plasticity of ether lipids promotes ferroptosis susceptibility and evasion

在这里，我们使用全基因组CRISPR-Cas9抑制剂筛选来鉴定过氧化物酶体氧化细胞器
一个没有感情的文献阅读机·2023-09-13 12:40

通过FTP高速下载几百G数据

基因组下载(FTP)常见问题解答基因组FTP站点有哪些亮点？下载多个基因组组装数据的最简单方法是什么？下载大型数据集的最佳协议是什么？为什么NCBI基因组FTP站点要重组？
qq_21478261·2023-09-13 12:58

综述：人类对作物驯化基因组变异的影响

Title：Demographyanditseffectsongenomicvariationincropdomestication原文链接背景：超过两千种植物被驯化;也就是说，它们通过人类培养在形态和遗传上进行了修饰。与驯化相关的修饰包括一系列形态变化，例如增强的稳健性，产生较少但较大的果实（或谷粒），以及改变的种子休眠和扩散等。然而，形态变化并不会在驯化后停止，因为初期作物通常会分散到新的位置
lakeseafly·2023-09-13 04:05

genome threader手册

内含子切除技术：内含子切除技术对核心动态规划算法进行扩展，克服了处理长内含子基因组算法的空间和时间限制。高度参数化：有很多参数1.组成：genomethreader由几个基因预测工具组成。
扇子和杯子·2023-09-12 23:25

2023年基因编辑行业研究报告

第一章行业发展概况1.1定义基因编辑（GeneEditing），又称基因组编辑（GenomeEditing）或基因组工程（GenomeEngineering），是一项精确的科学技术，可以对含有遗传信息的基因序列进行插入
资产信息网·2023-09-12 22:54

人鼠同源基因列表转换

、进入Ensemble官网http://asia.ensembl.org/index.html2、点击BioMart进入选择人类基因组，如图所示3、点击Attribute，右边选择homologues下方选择需要的类别
胡小姜·2023-09-12 22:49

深度学习在医疗保健领域的应用：从图像识别到疾病预测

文章目录深度学习在医学影像识别中的应用1.癌症检测2.病理学图像分析3.医学图像分割深度学习在疾病预测中的应用1.疾病风险预测2.疾病诊断辅助3.药物研发深度学习在个性化治疗中的应用1.基因组学分析2.
IT·陈寒·2023-09-12 13:50

R语言发送邮件丨blastula包使用教程

生信分析实际操作过程中，可能会偶尔会遇到耗时比较久的计算，比如基因组上游分析GATK标准流程往往耗时几天时间。
生信分析笔记·2023-09-12 08:06

单细胞数据科学的十一个重大挑战

随着单细胞技术的成熟，人们得以在单细胞水平观摩生命现象了，在这波技术浪潮中似乎要把自人类基因组积累的生命科学技术都在单细胞水平上应用一遍，其中最常见的就是测序技术。
周运来就是我·2023-09-12 08:24

厉害的CEO什么样

叫“CEO基因组计划(CEOGenomeProject)”。这个研究是用数据的方法，看看CEO身上有哪些成功素质。
UncleColor·2023-09-12 00:24

如何提升自己的大潜能

生物的基因组成越多样，应对疾病和其他自然抗力的能力就越强。同理，你的社会支持网络越多样，你应对困难和挑战的能力
星月5233·2023-09-11 23:23

RNA甲基化修饰m6A检测热门技术—MeRIP-seq

MeRIP-seq（高通量测序法）作为m6A修饰的检测方法，其具有针对全基因组范围内检测m6A的存在；能够明确每个基因的修饰水平，进行组与组之间比较等优势。
felix108·2023-09-11 06:20

TBtools | 全基因组特征标记可视化 - 太简单！

写在前面全基因组层面可视化特征标记（如基因位点），从文字标签到图形标签。文字标签应该是三四年前实现的。图形标签，Emmm，事实上，这个功能已经实现了太久，以至于我自己只记得可以实现，而不记得如何使用。
生信石头·2023-09-11 04:14

repeat注释---EDTA

以前做基因组的repeat注释的时候，我一般都是采用repeatmasker/model的，在注释大点的基因组，尤其是烟草的时候，总觉得速度让人捉急。
jjjscuedu·2023-09-11 03:19

2022《Cell》 作物驯化与育种中的整合基因组学

作物基因组图谱的构建和众多性状控制基因的功能解析为科研提供了基础信息。在许多植物的研究中都正在应用读取、解读和改造复杂遗传信息的方法来高效地从头设计物种或对野生种进行重新驯化。
生信师姐·2023-09-10 21:03

2020-09-29 使用Aspera从EBI或NCBI下载基因组数据

来源：https://www.plob.org/article/3013.html做基因组数据分析，可能经常从NCBI的GEO/SRA或者EBI的ENA数据库下载高通量的数据，动辄几十G的数据用wget
__一蓑烟雨__·2023-09-10 14:41

Nature Plants：将节节麦基因组导入小麦作为谷物改良的基础

2021年5月，河南大学作物逆境适应与改良国家重点实验室等多家机构的科研团队开发了一个快速渐渗技术平台，利用该技术体系可将A.tauschii（节节麦）丰富的遗传变异转入小麦基因组。
尐尐呅·2023-09-10 04:01

基因类型

-基因有三类：第一类编码序列，编码蛋白【转录+翻译功能】；第二类只有转录没有翻译功能【tRNA+rRNA】；第三类不转录基因，调控基因表达【启动子、操纵子】-基因组：单倍体细胞中包含编码序列和非编码序列的全部
YX_Andrew·2023-09-10 02:28

人类参考基因组

一、人类参考基因组的来源1、人类基因组计划1）2001年草图，绘制人类基因组图谱2、数据库的名称1）UCSC：hg19，hg382）NCBI：GRCH19，GRCH38二、如何下载参考基因组在linux
eating2020·2023-09-09 15:40

群体遗传学习笔记：NGS结构变异检测原理

结构变异的定义与其研究的重要性变异是导致基因组差异的最重要因素，
天明豆豆·2023-09-09 12:56

克隆技术

克隆是利用生物技术由无性生殖产生与原个体有完全相同基因组织后代的过程。科学家把人工遗传操作动物繁殖的过程叫克隆，这门生物技术叫克隆技术，含义是无性繁殖。克隆的出现时间是1963年，别称为复制或转职。
米米_f69f·2023-09-09 07:37

病原宏基因组测序技术（有点乱）

病原宏基因组二代测序（mNGS），是不基于培养，直接从环境/临床样品中提取全部微生物的DNA，利用基因组学的研究策略研究环境样品中所包含的全部微生物的遗传组成及其群落功能，可广泛分析
晓佥·2023-09-09 01:50

转录组测序数据分析

#materials进行bulkRNA-seq数据分析首先进行原始数据的下载，当然因为文章中已经有了链接进行数据的下载，因此直接使用wget命令就能完成所需数据的下载，但是也要学会基本的测序数据、参考基因组
柴本·2023-09-08 20:26

肿瘤拷贝数+甲基化分型预后分析方案

Integrativeanalysisofgenomicandepigeneticregulationofendometrialcancer子宫内膜癌的基因组和表观遗传调控的综合分析首先让我们通过摘要了解一下这篇文章的主要内容
概普生信·2023-09-08 19:37

nmpa www.cmde.org.cn/flfg/zdyz/

www.cmde.org.cn/flfg/zdyz/https://www.cmde.org.cn/flfg/zdyz/flmlbzh/flmltwsy/index.html专家共识-检验科Ⅲ-9与流式技术相关的试剂IGV基因组浏览器玩转基因组浏览器之初识
mingyangdede·2023-09-08 14:27

听《跨越不可能》

史蒂芬.科特勒，是全球心流体验专家、表现专家、“心流基因组计划”研究创始人。同时，他也是《纽约时报》超级畅销书作家，资深记者，曾两次获得普利策奖提名，作品被翻译为40多种语言在全球出版。
馨雨_032e·2023-09-08 10:15

Seurat4.0系列教程18：Weighted Nearest Neighbor Analysis（WNN)）

同时测量多种模式的数据，也称为多模式分析，代表了单细胞基因组学的一个令人兴奋的前沿，迫切需要新的算法来定义基于多种数据类型的细胞状态。
Seurat_Satija·2023-09-08 07:53

【基因组学】使用IGV可视化查看基因组重测序比对结果

写在前面IGV能够将基因组的变异情况可视化，因此广泛应用于基因组学的研究中。下面我以windows下的IGV为例，介绍一下IGV在查看基因组变异方面的应用。
巩翔宇Ibrahimovic·2023-09-08 06:32
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