基因组第20页

全基因组选择的工具（转载）

前面我们已经介绍了基因组选择的各类模型，今天主要来了解一下做GS有哪些可用的软件和工具。

Hello育种·2023-09-17 23:46

R语言绘制染色体变异位置分布图，RIdeogram包

在遗传学研究中，通过测序等方式获得了基因组上某些位置的基因型信息。如下表，第一列是变异位点的ID，第二列是染色体，第三列是物理位置，最后两列是两个样品的基因型。

生信分析笔记·2023-09-17 15:55

三代SV检测软件之cuteSV

作者：大行山审稿：童蒙编辑：angelica三代测序在检测基因组结构变异方面有着很大的优势，但是由于数据分析算法、软件还处于不断开发更新中，当前还没有公认推荐的软件。

生信阿拉丁·2023-09-17 12:48

单细胞分析实录(11): inferCNV的基本用法

基本思路是在整个基因组范围内，将每个肿瘤细胞基因表达与平均表达或“正常”参考细胞基因表达对比，确定其表达强度。

TOP生物信息·2023-09-17 08:29

学习小组Day6笔记--王英芳

Bioconductor提供了基因组大数据分析的工具，是开源的持续更新的项目。每年会有2次更新。由于Bioconductor包的更新

一万万万万·2023-09-17 01:29

9月13日，每日信息差

今天是2023年09月13日，以下是为您准备的20条信息差第一、我国发布荷斯坦牛中高密度基因组选择育种芯片。

今日信息差·2023-09-17 00:32

16S rDNA测序和宏基因组测序区别

16S测序和宏基因组测序区别测序原理不同16SrDNA基因存在于所有细菌的基因组中，具有高度的保守性。

有梦想的阿杨·2023-09-16 22:24

微生物测序应该用16S 还是宏基因组？

基本简介一、16SrRNA16SrRNA为核糖体的RNA的一个亚基，16SrDNA就是编码该亚基的基因。细菌rRNA（核糖体RNA）按沉降系数分为3种，分别为5S、16S和23SrRNA。16SrDNA是细菌染色体上编码rRNA相对应的DNA序列，存在于所有细菌染色体基因中。该序列包含9个高变区和10个保守区，通过对某一段高变区序列（V4区或V3-V4区）进行PCR扩增后进行测序，得到1500bp

科研小行星·2023-09-16 22:53

基因组的那些事儿--基础

偶然间翻出来了18年学习jimmy的”直播我的基因组系列“所做的一些理解，文章写于18.7.30，因为当时感觉工程浩大，所以迟迟没有发出来，但现在我想，“攒着攒着就烂了”，好的内容不能浪费，不踏出第一步

刘小泽·2023-09-16 21:57

DisGeNET：整合了与人类疾病相关基因和突变信息的综合数据库

DisGeNET是一个多功能平台，可用于不同的研究目的，包括研究特定人类疾病及其合并症的分子基础，疾病基因的特性分析，2##介绍人类基因组的

silenceboy_74ce·2023-09-16 13:20

新冠病毒检测qRT-PCR引物设计注意事项

新冠病毒基因组中，经常被选择作为引物设计靶点的基因，就是E，

Shaoqian_Ma·2023-09-16 12:35

BWA比对及Samtools提取目标序列

今天想看一下自己的序列里面会不会有某细菌基因组存在，主要使用BWA和Samtools：bwa主要用于将低差异度的短序列与参考基因组进行比对。

鲸鱼不是鱼592·2023-09-16 11:14

Nature Plants：一种新型植物基因工程CRISPR-Cas12b编辑工具问世

图片来源：国立卫生研究院在新出版的《NaturePlants》的中马里兰大学植物科学系助理教授YipingQi首次建立了一种在植物中可行的新CRISPR基因组工程系统：CRIS

PaperRSS·2023-09-16 06:28

斑马鱼基因敲除常规流程及关键步骤质控标准及注释

二、CRISPR活性验证2.1分析并确认基因组序列设计Genotyping引物，确认实

南京尧顺禹生物·2023-09-16 01:36

16S测序分析（六）用PICRUSt预测菌群KEGG代谢通路

导读PICRUSt(PhylogeneticInvestigationofCommunitiesbyReconstructionofUnobservedStates)的原理基于已测细菌基因组的16SrRNA

小白菜学生信·2023-09-16 01:41

Inspector--准确的长读从头组装评估

长读从头基因组组装继续快速发展。然而，缺乏有效的工具来准确评估装配结果，特别是结构误差。我们提出Inspector，一个无参考的长读从头组装评估器，它忠实地报告错误的类型和它们的精确位置。

Bioture·2023-09-15 03:50

GWAS基因型文件介绍——VCF文件

基因型数据的获取方式有很多，例如基因芯片、简化基因组测序、全基因组重测序等。在人类中通过基因芯片获取的测序数据往往需要依靠千人基因组等参考进行填补，以形成全基因组覆盖性的位点密度。

李路飞·2023-09-15 01:14

2022-05-24如何快速从基因组中提取基因、转录本、蛋白、启动子、非编码序列？

NGS基础-参考基因组和基因注释文件提到了如何下载对应的基因组序列和基因注释文件。假如我们已经拿到了基因组序列文件GRCh38.fa和基因注释文件GRCh38.gtf，也可从文后链接获取。

麦冬花儿·2023-09-15 00:55

Science adv | 转录因子SPIC连接胚胎干细胞中的细胞代谢与表观调控

反应的中间体被用作各种表观基因组修饰酶的底物和辅助因子，因此代谢与表观遗传密切相关。代谢结合表观遗传涉及疾病，癌症和发育等多方面。

爱基百客·2023-09-14 20:39

2019-09-25

20世纪人类科学最重要的三大突破之一：人类基因组计划。1990年，由美、英、法、德、日本和中国政府主导，六国顶尖科学家共同参与的人类基因组计划，正式启动。

6bbc4a31e2f3·2023-09-14 20:17

使用BWGS进行基因型数据预测

标题：小麦基因组选择育种通道方法描述：专门为小麦全基因组选择育种设计的包编码方式：UTF-8URL：GitHub-byzheng/BWGS:2021BreedWheatGenomicSelectionpipelineBugReports

talentsta·2023-09-14 18:27

ATAC-seq数据可视化——超简单教程

大家好这里是有时候季更，有时候月更的基因组学研究生。上一期记录了ATAC数据从Fastq数据到bam文件的处理脚本。

基因组学研究生·2023-09-14 10:55

秘籍 | 计算基因组的有效大小（effective genome size）

写在前面最近在ATAC-Seq中callpeaks的时候发现需要用到基因组的有效大小（effectivegenomesize）方法一自己编写脚本#coding=utf-8importsysaList=[

生信卷王·2023-09-14 08:25

精选| 2020年2月R新包推荐(第39期）

此次整理了十一个类别，分别为数据、计算方法、基因组学、机器学习、数学、医学、科学、统计学、时间序列、效率工具

黄小伟Yeah·2023-09-14 07:16

RepeatModeler2.0安装及使用

RepeatModeler已更新，拥有了一些新的功能，可以识别LTR的结构在基因组注释中第一步就是重复序列的屏蔽，目前常用的从头注释pipeline就是RepeatModeler+RepeatMasker

东风008·2023-09-14 07:34

单细胞数据整合鉴定肿瘤细胞

LIGER（LinkedInferenceofGenomicExperimentalRelationships）基因组实验关系关联推断,用一种整合非负矩阵分解算法。

11的雾·2023-09-14 06:21

3行代码基于python的matplotlib绘制桑基图

比如：在基因组学领域，有研究利用桑基图来表示生物分子之间的调控关系。目前多数桑基图软件包(如plotly等)大多数调用了d3.js，它允许提供一些可交互操作，但安装和使用的参数设定有一定不便利。

ProbSimplex·2023-09-14 03:12

改写生命密码

是以表彰她们在“凭借开发基因组编辑方法”方面作出的贡献。此条新闻勾起了我对“基因编

潇湘夜雨西·2023-09-14 02:35

生物学英文缩写

由于cDNA文库的复杂性和测序的随机性，有时多个EST代表同一基因或基因组，将其归类形成EST簇（ESTcluster)SS

kekoukele777·2023-09-14 00:16

The Breast | UCAD技术揭秘转移性乳腺癌

之前，大多数研究集中在探索原发性乳腺癌的基因组特征，只有少数几项小规模研究关注了MBC的基因组特征[4-7]。而MBC患者同样需要检测方法用以提供新的治疗思路和策略。组织活检是目前临

张晓刚CIN·2023-09-13 23:38

转载：tcga压缩包提取合并_《TCGA数据下载的终极篇》

TheCancerGenomeAtlas)是由NationalCancerInstitute(NCI,美国国家癌症研究所)和NationalHumanGenomeResearchInstitute(NHGRI,国家人类基因组研究所

ZZM2020·2023-09-13 22:50

地球生物基因组计划开启新阶段：从试点项目转向全面生产测序

一项绘制地球上所有植物、动物、真菌和其他微生物生命基因组图谱的全球计划正在进入一个新阶段：从试点项目转向全面生产测序。

尐尐呅·2023-09-13 18:22

2021-12-04 肿瘤新抗原

定义如何获取Cbioportal中的拷贝数变异就是新抗原新抗原的来源：肿瘤新抗原，英文单词“tumorneoantigen”，是一类肿瘤细胞特有的“抗原”，其主要来源是肿瘤细胞基因组的点突变（约占95%

一去二三·2023-09-13 17:27

Plasticity of ether lipids promotes ferroptosis susceptibility and evasion

在这里，我们使用全基因组CRISPR-Cas9抑制剂筛选来鉴定过氧化物酶体氧化细胞器

一个没有感情的文献阅读机·2023-09-13 12:40

通过FTP高速下载几百G数据

基因组下载(FTP)常见问题解答基因组FTP站点有哪些亮点？下载多个基因组组装数据的最简单方法是什么？下载大型数据集的最佳协议是什么？为什么NCBI基因组FTP站点要重组？

qq_21478261·2023-09-13 12:58

综述：人类对作物驯化基因组变异的影响

Title：Demographyanditseffectsongenomicvariationincropdomestication原文链接背景：超过两千种植物被驯化;也就是说，它们通过人类培养在形态和遗传上进行了修饰。与驯化相关的修饰包括一系列形态变化，例如增强的稳健性，产生较少但较大的果实（或谷粒），以及改变的种子休眠和扩散等。然而，形态变化并不会在驯化后停止，因为初期作物通常会分散到新的位置

lakeseafly·2023-09-13 04:05

genome threader手册

内含子切除技术：内含子切除技术对核心动态规划算法进行扩展，克服了处理长内含子基因组算法的空间和时间限制。高度参数化：有很多参数1.组成：genomethreader由几个基因预测工具组成。

扇子和杯子·2023-09-12 23:25

2023年基因编辑行业研究报告

第一章行业发展概况1.1定义基因编辑（GeneEditing），又称基因组编辑（GenomeEditing）或基因组工程（GenomeEngineering），是一项精确的科学技术，可以对含有遗传信息的基因序列进行插入

资产信息网·2023-09-12 22:54

人鼠同源基因列表转换

、进入Ensemble官网http://asia.ensembl.org/index.html2、点击BioMart进入选择人类基因组，如图所示3、点击Attribute，右边选择homologues下方选择需要的类别

胡小姜·2023-09-12 22:49

深度学习在医疗保健领域的应用：从图像识别到疾病预测

文章目录深度学习在医学影像识别中的应用1.癌症检测2.病理学图像分析3.医学图像分割深度学习在疾病预测中的应用1.疾病风险预测2.疾病诊断辅助3.药物研发深度学习在个性化治疗中的应用1.基因组学分析2.

IT·陈寒·2023-09-12 13:50

R语言发送邮件丨blastula包使用教程

生信分析实际操作过程中，可能会偶尔会遇到耗时比较久的计算，比如基因组上游分析GATK标准流程往往耗时几天时间。

生信分析笔记·2023-09-12 08:06

单细胞数据科学的十一个重大挑战

随着单细胞技术的成熟，人们得以在单细胞水平观摩生命现象了，在这波技术浪潮中似乎要把自人类基因组积累的生命科学技术都在单细胞水平上应用一遍，其中最常见的就是测序技术。

周运来就是我·2023-09-12 08:24

厉害的CEO什么样

叫“CEO基因组计划(CEOGenomeProject)”。这个研究是用数据的方法，看看CEO身上有哪些成功素质。

UncleColor·2023-09-12 00:24

如何提升自己的大潜能

生物的基因组成越多样，应对疾病和其他自然抗力的能力就越强。同理，你的社会支持网络越多样，你应对困难和挑战的能力

星月5233·2023-09-11 23:23

RNA甲基化修饰m6A检测热门技术—MeRIP-seq

MeRIP-seq（高通量测序法）作为m6A修饰的检测方法，其具有针对全基因组范围内检测m6A的存在；能够明确每个基因的修饰水平，进行组与组之间比较等优势。

felix108·2023-09-11 06:20

TBtools | 全基因组特征标记可视化 - 太简单！

写在前面全基因组层面可视化特征标记（如基因位点），从文字标签到图形标签。文字标签应该是三四年前实现的。图形标签，Emmm，事实上，这个功能已经实现了太久，以至于我自己只记得可以实现，而不记得如何使用。

生信石头·2023-09-11 04:14

repeat注释---EDTA

以前做基因组的repeat注释的时候，我一般都是采用repeatmasker/model的，在注释大点的基因组，尤其是烟草的时候，总觉得速度让人捉急。

jjjscuedu·2023-09-11 03:19

2022《Cell》作物驯化与育种中的整合基因组学

作物基因组图谱的构建和众多性状控制基因的功能解析为科研提供了基础信息。在许多植物的研究中都正在应用读取、解读和改造复杂遗传信息的方法来高效地从头设计物种或对野生种进行重新驯化。

生信师姐·2023-09-10 21:03

2020-09-29 使用Aspera从EBI或NCBI下载基因组数据

来源：https://www.plob.org/article/3013.html做基因组数据分析，可能经常从NCBI的GEO/SRA或者EBI的ENA数据库下载高通量的数据，动辄几十G的数据用wget

__一蓑烟雨__·2023-09-10 14:41

Nature Plants：将节节麦基因组导入小麦作为谷物改良的基础

2021年5月，河南大学作物逆境适应与改良国家重点实验室等多家机构的科研团队开发了一个快速渐渗技术平台，利用该技术体系可将A.tauschii（节节麦）丰富的遗传变异转入小麦基因组。

尐尐呅·2023-09-10 04:01

推荐频道

基因组