基因组

一个逆天的small RNA-seq数据挖掘神器

随着高通量测序技术的不断发展完善，大批量的基因组数据积累在数据库中，这个大家都很清楚。近些年，越来越多的证据表明samllnon-codingRNA（sncRNAs)也发挥了很重要的调节作用。
医科研·2023-09-22 17:27

用nextDenovo组装基因组

背景介绍NextDenovo是武汉未来组（现在可能得叫希望组了）开发的用于三代基因组组装的软件。想当年读硕士的时候我还因为项目合作的事儿在未来组呆了好几个月来着。
卖萌哥·2023-09-22 16:23

基因组科学数据的安全管理与应用

基因组科学数据的安全管理与应用李茹姣1,张欣1,宋述慧1,王彦青1,邹东1,肖景发1,2,赵文明1,2,章张1,2,鲍一明1,21中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）国家基因组科学数据中心，北京
唐名威·2023-09-22 16:39

宏基因组介绍

宏基因组基本概念自然界中存在数量巨大、种类繁多的微生物，人类目前仅分离培养了其中很小的一部分。
斗战胜佛oh·2023-09-22 10:26

Week7—TFmapper: 用ChIP-seq/ATAC-seq/DNase-seq数据预测感兴趣基因的调控因子

/ijbs.28850发表日期：2018.09.07作者：JianmingZeng（大神哦）TFmapper：http://www.tfmapper.org/功能：用于搜索感兴趣的基因的调控因子感兴趣基因组区
六六_ryx·2023-09-21 20:18

计算机辅助药物设计的基本原理

当今，随着人类基因组计划的完成、蛋白组学的迅猛发展，以及大量与人类疾病相关基因的发现，药
hdpai2018·2023-09-21 00:02

计算机辅助药物设计的基本原理是什么

当今，随着人类基因组计划的完成、蛋白组学的迅猛发展，以及大量与人类疾病相关基因的发现，药
WangLy_2008·2023-09-21 00:00

单细胞测序数据怎么分析肿瘤进化

这种差异表现在基因表达水平、基因组变异水平、染色体稳定性水平等多个层面。多个层面的异质性均与差预后显著相关，同时作者也揭示特定基因和特定拷贝数变化在肿瘤发生发展中的作用（图1）。
felix108·2023-09-21 00:44

宏基因组bining-concoct中的报错解决

1.安装中的报错1.1.安装完基本的依赖环境和python包后，运行pythonsetup.pyinstall报如下错误./c-concoct/c_vbgmm_fit.c:12:28:fatalerror:gsl/gsl_vector.h:Nosuchfileordirectory解决办法：第一，在自己的home目录下查找是否存在gslfind-namegsl_vector.h#假设返回结果的路径
xdli009·2023-09-20 13:32

你以为你的游戏财产是你的？开玩笑，不存在的！

游戏中的以太猫都是一条代码，256个基因组
BOXDAPP·2023-09-20 08:37

重测序分析

通过双端测序的数据比对参考基因组。第一步准备工作（这里只用了拟南芥1号染色体的数据）bwaindex.
每天都想睡觉的阿源·2023-09-20 02:11

基因组组装质量评估

常用的评估手段包括：LAI值，大于10表示达到参考基因组水平，>20表示达到金标准。目前的大部分是15-19之间。太低的话，可能代表组装的质量比较差。使用的是LTR_retreiver鉴定的。
wo_monic·2023-09-20 02:31

生信技巧 | GNU 并行操作

数据并行情况当文件的每一行都可以单独处理时基因组的每条染色体都可以单独处理组件的每个脚手架都可以单独处理处理并行压缩或解压缩10到100个文件计算大文件中的行数将许多样本的原始测序数据文件与基因组进行比对不能并行的情况基因组组装并不是简单的可并行化
·2023-09-20 00:56

Nature genetics|病毒与癌症

naturegenetics杂志（IF：25.455）上的一篇文章Thelandscapeofviralassociationsinhumancancers，文章主要讲的是对38种癌型的肿瘤样本进行全基因组和转录组的分析
概普生信·2023-09-19 17:37

SnpEff--有参考基因组--SNP注释--找非同义突变

解压后即可使用：unzipsnpEff_latest_core.zip二、使用到的文件：genome.fasat&gene.gff3&vcf创建文件夹:mkdirsnapeff/data/XXX(XXX为参考基因组版本
海岛眠·2023-09-19 10:23

southern blot印记杂交FAQ-钟鼎生物

A、物种本身的基因组较大（例如小麦），检测操作难度大B、材料本身含有高糖多酚（例如葡萄）严重影响酶切操作C、物种品系复杂（例如玉米），在基因组信息研究层面还不透彻。
钟小博·2023-09-19 05:40

自私的基因书摘（三）

一、需要回报的善良基因是自私的，那么他的生存机器也是自私的，但是我们总能看到作为自私的基因组成的生存机器会有各种各样的利他性行为，这种行为的基因之所以能在进化中存活下来，是因为这种行为得到的结果于生存机器而言是有利于其生存的
深度思考的买房经验分享·2023-09-19 05:07

群体遗传学习笔记-测序技术学习

群体遗传学习笔记-测序技术学习重测序技术简介全基因组重测序(Resequencing)是对已知参考基因组序列的物种进行不同个体间的基因组测序，并在此基础上对个体或群体进行差异性分析。
wangchuang2017·2023-09-19 02:50

群体遗传学-选择消除分析

群体进化选择消除分析：简单的说就是基因组某区域由于受到了选择而消除多态性。选择消除分析是正向选择在物种基因组上留下的印迹。
hs6605015·2023-09-19 02:19

表观遗传学在生物医学领域的应用

随着实验和测序技术的进步，当前产生了海量的表观基因组数据，从这些数据中挖掘生物学特征对理解生命的生理及病理过程有重要意义。如在癌症中，表观遗传学修饰的添加或删除，与肿瘤抑制基因的沉默或
荞麦agan·2023-09-19 02:18

三代STR检测软件tandem-genotype实操

作者：大行山审稿：童蒙编辑：angelica背景在人类基因组中有近一半的序列为重复序列，根据重复序列的重复单元长度分为STR、微卫星、转座元件等。目前已知有30多种疾病跟STR有关。
生信阿拉丁·2023-09-18 23:39

AI与医疗保健：革命性技术如何拯救生命

文章目录引言AI的应用领域1.影像识别2.疾病诊断3.药物研发4.个性化治疗AI技术1.机器学习2.深度学习3.自然语言处理4.基因组学实际案例1.GoogleHealth的深度学习模型2.IBMWatsonforOncology3
IT·陈寒·2023-09-18 14:17

易基因： WGBS等揭示DNA甲基化调控林地草莓植株高度和果实大小的分子机制｜植物发育

DNA甲基化影响基因组稳定性、转座子沉默和基因表达；它主要发生在对称CG和CHG以及不对称CHH(H=A,C或T)中的胞嘧啶上。
易基因科技·2023-09-18 14:36

基于参考基因组的基因组组装和注释

将基因组组装到染色体水平无非就是两种方式：独立组装（denovo）；基于参考基因组的组装（reference-guided），即基于近缘或同一物种的基因组染色体同源性进行组装。
Boer223·2023-09-18 11:50

DipC 构建基因组 3D 结构（学习笔记）

目录下载SRA数据使用SRAToolkit转换SRA数据为Fastq格式使用bwa比对测序数据使用Hickit计算样本的基因组3D结构使用散点图展示3D结构计算3D结构重复模拟的稳定性其他步骤1.下载SRA
浓香鸭腿面·2023-09-18 06:24

对于含有质粒的细菌基因组项目，如何进行分析比较好？

上述情况可以分为以下4种子情况：（1）如果质粒的基因组信息非常重要或对质粒组装要求高，建议先将质粒从基因组中分离出来，然后单独测序（质粒较小的话可以使用Sanger法进行测序）；（2）如果关注点在基因组上
f70420f979c3·2023-09-18 05:51

GenVisR 基因组数据可视化实战(二)

上一篇讲了GenVisR基因组数据可视化实战(一)是GenVisR画waterfall图对突变类型和丰度的summary图。
11的雾·2023-09-18 01:32

全基因组选择的工具（转载）

前面我们已经介绍了基因组选择的各类模型，今天主要来了解一下做GS有哪些可用的软件和工具。
Hello育种·2023-09-17 23:46

R语言绘制染色体变异位置分布图，RIdeogram包

在遗传学研究中，通过测序等方式获得了基因组上某些位置的基因型信息。如下表，第一列是变异位点的ID，第二列是染色体，第三列是物理位置，最后两列是两个样品的基因型。
生信分析笔记·2023-09-17 15:55

三代SV检测软件之cuteSV

作者：大行山审稿：童蒙编辑：angelica三代测序在检测基因组结构变异方面有着很大的优势，但是由于数据分析算法、软件还处于不断开发更新中，当前还没有公认推荐的软件。
生信阿拉丁·2023-09-17 12:48

单细胞分析实录(11): inferCNV的基本用法

基本思路是在整个基因组范围内，将每个肿瘤细胞基因表达与平均表达或“正常”参考细胞基因表达对比，确定其表达强度。
TOP生物信息·2023-09-17 08:29

学习小组Day6笔记--王英芳

Bioconductor提供了基因组大数据分析的工具，是开源的持续更新的项目。每年会有2次更新。由于Bioconductor包的更新
一万万万万·2023-09-17 01:29

9月13日，每日信息差

今天是2023年09月13日，以下是为您准备的20条信息差第一、我国发布荷斯坦牛中高密度基因组选择育种芯片。
今日信息差·2023-09-17 00:32

16S rDNA测序和宏基因组测序区别

16S测序和宏基因组测序区别测序原理不同16SrDNA基因存在于所有细菌的基因组中，具有高度的保守性。
有梦想的阿杨·2023-09-16 22:24

微生物测序应该用16S 还是宏基因组？

基本简介一、16SrRNA16SrRNA为核糖体的RNA的一个亚基，16SrDNA就是编码该亚基的基因。细菌rRNA（核糖体RNA）按沉降系数分为3种，分别为5S、16S和23SrRNA。16SrDNA是细菌染色体上编码rRNA相对应的DNA序列，存在于所有细菌染色体基因中。该序列包含9个高变区和10个保守区，通过对某一段高变区序列（V4区或V3-V4区）进行PCR扩增后进行测序，得到1500bp
科研小行星·2023-09-16 22:53

基因组的那些事儿--基础

偶然间翻出来了18年学习jimmy的”直播我的基因组系列“所做的一些理解，文章写于18.7.30，因为当时感觉工程浩大，所以迟迟没有发出来，但现在我想，“攒着攒着就烂了”，好的内容不能浪费，不踏出第一步
刘小泽·2023-09-16 21:57

DisGeNET：整合了与人类疾病相关基因和突变信息的综合数据库

DisGeNET是一个多功能平台，可用于不同的研究目的，包括研究特定人类疾病及其合并症的分子基础，疾病基因的特性分析，2##介绍人类基因组的
silenceboy_74ce·2023-09-16 13:20

新冠病毒检测qRT-PCR引物设计注意事项

新冠病毒基因组中，经常被选择作为引物设计靶点的基因，就是E，
Shaoqian_Ma·2023-09-16 12:35

BWA比对及Samtools提取目标序列

今天想看一下自己的序列里面会不会有某细菌基因组存在，主要使用BWA和Samtools：bwa主要用于将低差异度的短序列与参考基因组进行比对。
鲸鱼不是鱼592·2023-09-16 11:14

Nature Plants：一种新型植物基因工程CRISPR-Cas12b编辑工具问世

图片来源：国立卫生研究院在新出版的《NaturePlants》的中马里兰大学植物科学系助理教授YipingQi首次建立了一种在植物中可行的新CRISPR基因组工程系统：CRIS
PaperRSS·2023-09-16 06:28

斑马鱼基因敲除常规流程及关键步骤质控标准及注释

二、CRISPR活性验证2.1分析并确认基因组序列设计Genotyping引物，确认实
南京尧顺禹生物·2023-09-16 01:36

16S测序分析（六）用PICRUSt预测菌群KEGG代谢通路

导读PICRUSt(PhylogeneticInvestigationofCommunitiesbyReconstructionofUnobservedStates)的原理基于已测细菌基因组的16SrRNA
小白菜学生信·2023-09-16 01:41

Inspector--准确的长读从头组装评估

长读从头基因组组装继续快速发展。然而，缺乏有效的工具来准确评估装配结果，特别是结构误差。我们提出Inspector，一个无参考的长读从头组装评估器，它忠实地报告错误的类型和它们的精确位置。
Bioture·2023-09-15 03:50

GWAS基因型文件介绍——VCF文件

基因型数据的获取方式有很多，例如基因芯片、简化基因组测序、全基因组重测序等。在人类中通过基因芯片获取的测序数据往往需要依靠千人基因组等参考进行填补，以形成全基因组覆盖性的位点密度。
李路飞·2023-09-15 01:14

2022-05-24如何快速从基因组中提取基因、转录本、蛋白、启动子、非编码序列？

NGS基础-参考基因组和基因注释文件提到了如何下载对应的基因组序列和基因注释文件。假如我们已经拿到了基因组序列文件GRCh38.fa和基因注释文件GRCh38.gtf，也可从文后链接获取。
麦冬花儿·2023-09-15 00:55

Science adv | 转录因子SPIC连接胚胎干细胞中的细胞代谢与表观调控

反应的中间体被用作各种表观基因组修饰酶的底物和辅助因子，因此代谢与表观遗传密切相关。代谢结合表观遗传涉及疾病，癌症和发育等多方面。
爱基百客·2023-09-14 20:39

2019-09-25

20世纪人类科学最重要的三大突破之一：人类基因组计划。1990年，由美、英、法、德、日本和中国政府主导，六国顶尖科学家共同参与的人类基因组计划，正式启动。
6bbc4a31e2f3·2023-09-14 20:17

使用BWGS进行基因型数据预测

标题：小麦基因组选择育种通道方法描述：专门为小麦全基因组选择育种设计的包编码方式：UTF-8URL：GitHub-byzheng/BWGS:2021BreedWheatGenomicSelectionpipelineBugReports
talentsta·2023-09-14 18:27

ATAC-seq数据可视化——超简单教程

大家好这里是有时候季更，有时候月更的基因组学研究生。上一期记录了ATAC数据从Fastq数据到bam文件的处理脚本。
基因组学研究生·2023-09-14 10:55

秘籍 | 计算基因组的有效大小（effective genome size）

写在前面最近在ATAC-Seq中callpeaks的时候发现需要用到基因组的有效大小（effectivegenomesize）方法一自己编写脚本#coding=utf-8importsysaList=[
生信卷王·2023-09-14 08:25
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