基因组第26页

基因组时代-2

《基因传》是普利策奖得主悉达多·穆克吉继医学普及畅销书《众病之王：癌症传》后的又一医学科普专著，讲述了基因理论的起源、发展与未来，对科学史上最具挑战与危险的概念进行了诠释。《基因传》可以看作一部反映基因发展史的传记，全书按照时间顺序展开故事情节，没有医学或生物学背景的读者不妨将其内容分为两个部分看，前一部分是基因的发现史，后一部分是基因技术的应用史。

中信书院·2023-07-26 06:33

生物信息学_玉泉路_课堂笔记_05 第五章从头基因组组装与注释

课程：生物信息学_玉泉路_课堂笔记中科院_2022秋季课第一学期个人笔记使用2023/7/20上周回顾从头基因组组装与注释第一节基因组调查最左边的error-peak是测序错误导致的杂合导致的峰重复序列在纯和峰值的右边

rookie_coder_996·2023-07-25 22:20

生物信息学_玉泉路_课堂笔记_06 第六章基因组学：遗传变异分析以及FGWAS

课程：生物信息学_玉泉路_课堂笔记中科院_2022秋季课第一学期个人笔记使用2023/7/21课程回顾第六章基因组学：遗传变异分析以及FGWAS第一节SNP与Indel的鉴定与分析基本概念参考基因组和基因组变异基本概念胚系突变与体细胞突变基本概念纯合杂合常见的遗传变异的类型为什么研究遗传变异

rookie_coder_996·2023-07-25 22:20

5+纯生信m6A lncRNA预后分析

概普生信·2023-07-25 20:36

分子生物学复习重点

一、真核基因组的结构特点1.编码序列所占比例远小于非编码序列2.高等真核生物基因组含有大量的重复序列3.存在多基因家族和假基因4.基因通过可变前接能改变蛋白质的序列5.真核基因组DNA与蛋白质结合形成染色体二

宇宙顶级嗑学家·2023-07-25 18:47

数据库

https://academic.oup.com/nar/issuesanger英broadinstitue美UCSC美1.核酸数据库DNA数据库基因组数据库基因变异数据库基因表达数据库RNA数据库病毒数据库

洛洛洛洛洛啊·2023-07-25 02:20

2022-01-10

#1reads比对##############20220108######################################################################基因组文件

bettermaan·2023-07-25 01:37

Docker封装生物信息学甲基化流程

Bismark运行原理：Bisulfite将序列正负链的C全部转换为T，所以也要将基因组序列进行转换。基因组正负链转换很特别。基因组的正链C->T，才能匹配原正链的reads

儒雅随和王小板·2023-07-24 14:08

2022-03-29

Nature丨基因组筛选T细胞增殖驱动因子原创珍奇图灵基因2022-03-2909:48收录于话题#前沿分子生物学机制撰文：珍奇IF：49.962推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：本研究通过将带条形码的人类开放阅读框

图灵基因·2023-07-24 08:24

非同源染色体配对:序列相似性还是遗传控制?

我们还强调了伴侣的可用性和基因组结构等因素可能会影响交叉形成所需的序列相似性。image.png

Bioture·2023-07-24 08:07

人类不同版本参考基因组的坐标转换

这方面的应用场景不多，之前偶尔遇到，使用的是网页工具：http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgLiftOver一直没有出现什么问题，今天突然看到这个错误，暂时没有深究是什么导致的，想着换个命令行工具试试（网页工具体验一般不好）在谷歌上搜索“genomecoordinatesconversion”，可以看到一个biostars上面的回答：https://www.biosta

TOP生物信息·2023-07-24 00:04

通过EndoV‒seq对腺嘌呤单碱基编辑器进行全基因组范围的特异性分析

Genome-wideprofilingofadeninebaseeditorspecificitybyEndoV-seq](Genome-wideprofilingofadeninebaseeditorspecificitybyEndoV-seq)题目：通过EndoV‒seq对腺嘌呤单碱基编辑器进行全基因组范围的特异性分析作者及单位

猫姐Lily·2023-07-23 20:33

阿ll·2023-07-23 16:05

斑马鱼CUT&tag分析，全自动脚本

#注意修改filenames文件，改文件内容为本次实验分析的样本名##bowtie2tozebrafish#用bowtie2构建斑马鱼基因组索引#下载基因组在UCSC一定要在UCSC下载基因组信息，因为最后注释时用的

DrLyo·2023-07-23 12:24

2022-01-01

0107:03收录于话题#前沿生物大数据分析撰文：楠烟不可言Nature新子刊推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：本研究全面识别和注释编码细胞表面蛋白（SPs）的泛癌基因（GESPs），并描述了GESP表达模式、复发性基因组改变

图灵基因·2023-07-23 12:20

通过Docker安装GATK分析工具包

GATK设计之初是用于分析人类的全外显子和全基因组数据，随着不断发展，现在也可以用于其他的物种，还支持CNV和SV变异信息的检测。

虾里巴人·2023-07-23 09:10

Dynamics and function of DNA methylation in plants

AbstractDNA甲基化是非常保守的表观修饰，对于基因调控及基因组稳定性十分重要异常的DNA甲基化模式会导致植物的发育缺陷。

黄粱一梦贰十年·2023-07-22 15:31

宏转录组方法_Cell：基因表达的改变和群落的更替塑造了全球海洋宏转录组

尽管最近在理解海洋微生物的物种和基因组组成方面取得了进展，但对其转录组在全球范围内的变化知之甚少。

weixin_39917811·2023-07-22 12:01

宏基因组分析步骤Linux,为什么宏基因组数据分析比较难？

生物数据分析包括很多种类，比如人基因组，植物，动物，微生物，还有RNA，单细胞RNA等等，其中宏基因组数据分析是比较难的部分，为什么呢？这里总结了以下10点原因。

南哥塔罗占卜师·2023-07-22 12:30

DNA loop是什么——Loop结构

学习摸索了很久，在中文网没有找到很理想的带领小白入门三维基因组学的专题内容，因此在学习的过程中想把这写内容记录下来，希望对后来的像我这样的学生能够得到一些帮助。

基因组学研究生·2023-07-22 06:42

单细胞CNV分析--CopyKAT

CNV(Copynumbervariation,拷贝数变异)，也称CNP(copy—numberpolymorphism，拷贝数目多态)，是由于基因组发生重排而导致的大小介于1kb至3Mb的DNA片段的变异

七哥就是我·2023-07-22 04:51

CRISPR-Cas9基因编辑5--不可或缺的sgRNA活性预实验

还是那句话，同样的目的有很多不同的方案，我了解到的有：使用sgRNA靶点筛选试剂盒，优点快速、工作量小且可以大批量进行；将sgRNA-pSpCas9转入293细胞中，提取293细胞基因组DNA，PCR扩增目的

冻春卷·2023-07-22 01:30

解析基因影响：孟德尔随机化的创新思维

孟德尔随机化是一种基于自然突变和基因重新组合的实验设计，通过利用随机分配的基因组合，帮助我们确定基因与个体差异之间的因果

笑不语·2023-07-21 21:31

Sentieon | 应用教程: 使用DNAscope对HiFi长读长数据进行胚系变异检测分析

准确的长读段可以对短读段和高噪音长读段方法无法检测的基因组重复区域进行精准的变异检测。

chSNP·2023-07-21 14:43

SCI 文章中基因组变异分析神器之 maftools

点击关注，桓峰基因桓峰基因生物信息分析，SCI文章撰写及生物信息基础知识学习：R语言学习，perl基础编程，linux系统命令，Python遇见更好的你81篇原创内容-->公众号前言随着癌症基因组学的进步

桓峰基因·2023-07-21 00:56

学一点儿基因组组装

1.下机数据质量控制主要是针对低质量的reads和含有adapter的reads，我事先并不知道adapter序列，所以就只过滤了低质量的reads。采用的是华大开发的SOAPnuke(v1.5.6)。SOAPnuke1.5.6filter-d-S-n0.1--qualRate0.3--lowQual12-Q2-G-1R1.fq.gz-2R2.fq.gz-Cout.R1.fq.gz-Dout.R2

TOP生物信息·2023-07-20 23:31

“印度的病毒毒株会QJ？”

据报道，做出这一研究结果的团队来自新德里的基因组与整合生物学研究所（CSIR-IGIB）以及奥里萨邦首府布巴内什瓦尔的医学研究所和SUM医院。

热点冷读·2023-07-20 22:49

2021-11-12

NatRev|胃癌单细胞基因组绘制,促进下一代治疗与预防方案原创风不止步图灵基因今天收录于话题#前沿生物大数据分析撰文：风不止步IF=60.716推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：强调在剖析GC的基因组图谱方面的基础性和转化性进展

图灵基因·2023-07-20 20:44

基因敲除细胞系：如何设计gRNA高效KO，以及避免蛋白残留

基因组编辑是一种理想的研究基因功能的方法。它可以精确地识别和定位基因组中的特定序列，然后改变目标序列以达到各种目的。CRISPR/Cas9系统由于其简单的机制已经成为当今世界基因组编辑的代名词。

源井生物b·2023-07-20 16:46

RepeatMasker基因组重复序列检测工具安装及使用

一.RepeatMasker简介:基因组组装完成后，进行基因预测和注释。

吕强强学生信·2023-07-20 10:42

NCBI|宏基因组原始数据上传

小编最近学习了关于NCBI数据上传的操作，今天给大家演示宏基因组原始数据上传NCBI的操作，宏基因组原始数据上传NCBI共分为三步，下面小编就为大家一一讲解吧！

维凡生物·2023-07-20 09:50

根据GFF3文件从基因组文件中获取全部基因的上游1000的启动子序列

defreverse_complement(seq):ntComplement={'A':'T','T':'A','G':'C','C':'G','N':'N'}RevSeqList=list(reversed(seq))RevComSeqList=[ntComplement[k]forkinRevSeqList]RevComSeq=''.join(RevComSeqList)returnRevC

龙star180·2023-07-20 08:36

基因功能注释

基因功能注释，简单来说，即是根据已有的蛋白库，对从基因组上提取到的蛋白序列进行比对，从而获得相应的信息。

队长的生物实验室·2023-07-19 18:11

CRISPR-Cas9入门知识学习笔记

该RNA引导的DNA靶向编辑工具已被科学家用在基因组编辑、转录干扰、表观遗传调控等多个领域

唯问生物·2023-07-19 07:02

annovar积累

ANNOVAR能够利用最新的数据来分析各种基因组中的遗传变异。

weixin_30907935·2023-07-19 07:49

Call种内微生物SNP用Parsnp

parsnp可进行核心基因组对齐、call核心基因组SNP、构建SNP进化树。

小白菜学生信·2023-07-19 05:53

ComplexHeatmap复杂热图绘制学习——7.OncoPrint

OncoPrintOncoPrint是一种通过热图可视化多个基因组变化的方法。这里的ComplexHeatmap包提供了一个制作oncoPrints的函数oncoPrint()。

denghb001·2023-07-19 01:47

RNA 9. SCI 文章中基因表达之 GO 注释

前言1.GO原理基因组测序已经表明，大部分指定核心生物学功能的基因是所有真核生物共有的。这种共享蛋白质在一个有机体中的生物作用的知识，往往可以转移到其他有机体。

桓峰基因·2023-07-18 23:04

IGV-基因组浏览器-改造记录（四）

写在前面前述，我们已经对IGV进行了超过三次改造，同时我也写了三个推送。写IGV改造系列推送的主要原因，事实是作为课题组成员使用改造的IGV时的参考教程。在上一次RNAfold的窗口上，我们增加了二级结构上每个碱基覆盖深度的深浅着色。依据惯例，我会发一条朋友圈，同时附上评论信息：似乎已经没有特别值得改造的地方了。天真如我，我收到了这么一个评论：增加实时计算Track的繁琐之处在IGV中，伴随窗口滑

生信石头·2023-07-18 06:28

项目文章|Genome Biology-揭示苦荞的驯化历史并鉴定多个农艺性状候选基因

该研究对510份苦荞种质进行全基因组重测序，建

贝瑞科服·2023-07-18 04:32

个体化治疗策略：如何使用机器学习定制化药物？

然而，每个患者的基因组、疾病特征、生活习惯等因素都是独一无二的，这就需要个体化的治疗策略来更好地满足患者的需求[1]。

笑不语·2023-07-18 03:56

bowtie序列比对软件的使用（2019.4.19）

Bowtie是一个超级快速的，较为节省内存的短序列拼接至模板基因组的工具。它在拼接35碱基长度的序列时，可以达到每小时2.5亿次的拼接速度。Bowtie并不是一个简单的拼接工具，它不同于Blast等。

L_bd68·2023-07-17 16:45

全基因组测序从头测序(de novo sequencing) 重测序(re-sequencing)

全基因组测序全基因组测序分为从头测序(denovosequencing)和重测序(re-sequencing)。

flynnchan·2023-07-17 14:08

生物信息学常见的数据下载，包括基因组，gtf，bed，注释

cd~/referencemkdir-pgenome/hg19&&cdgenome/hg19nohupwgethttp://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/bigZips/chromFa.tar.gz&tarzvfxchromFa.tar.gzcat*.fa>hg19.farmchr*.facd~/referencemkdir-pgenome/hg3

很酷的女超人s·2023-07-17 09:06

对某个物种进行分子进化分析，保守序列提取以及CRISPR-gRNA设计

对某个物种进行分子进化分析，保守序列提取以及CRISPR-gRNA设计基因组序列的获取这里我们直接获取完整的基因组组装序列在ncbi的基因组数据中检索物种关键词，获取该物种所有组装好的序列，去FTP下载基因组

小光amateur·2023-07-17 09:26

2022-06-22

这个方法不仅为单细胞分辨率下实现功能变异的洞察提供了一个框架，而且还带来了新的启发，即我们可以最大限度地利用单细胞基因组数

图灵基因·2023-07-17 00:27

走向基因组3D世界 ——染色体构想捕获技术3C(chromosome conformation capture)

chromosomeconformationcapture3C）技术及其该技术的拓展技术(4C,5C,Hi-C,ChIA-PET)，使人们能够以超强的分辨率和高通量测序分析细胞核内的三维立体结构3C技术：走向三维（3D）基因组学的基础

Ray钱·2023-07-16 23:52

2022-03-01

这个月选读《生命密码》，这是一本通俗的基因组学和遗传学的科普读物。

帆影点点_df5c·2023-07-16 21:03

简单介绍：用于开发下一代免疫疗法的单细胞组学进展

Single-cellgenomicapproachesfordevelopingthenextgenerationofimmunotherapies2020年2月发表在NatureMedicine上的review，由单细胞大佬IdoAmit通讯所写DOI：https://doi.org/10.1038/s41591-019-0736-4摘要：单细胞基因组学的最新进展能够帮助其在药物开发中应用

宛廿庚·2023-07-16 19:30

【豆科基因组】普通豆/菜豆/四季豆Common bean (Phaseolus vulgaris L.) 基因组

菜豆属（PhaseolusL.）为同源二倍体作物，包含有80多个物种，多数为野生种，仅有5个栽培种，分别为普通菜豆（P.vulgarisL.）、多花菜豆（P.cocineusL.）、利马豆（P.lunatusL.）、丛林菜豆（P.dumosusL.）和宽叶菜豆（P.acutifoliusL.），其中普通菜豆在世界范围内种植范围最广、栽培面积最大、食用人群最多。普通菜豆籽粒富含蛋白质和多种微量元素，

米源MY·2023-07-16 16:14

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