基因组第26页

通过EndoV‒seq对腺嘌呤单碱基编辑器进行全基因组范围的特异性分析

Genome-wideprofilingofadeninebaseeditorspecificitybyEndoV-seq](Genome-wideprofilingofadeninebaseeditorspecificitybyEndoV-seq)题目：通过EndoV‒seq对腺嘌呤单碱基编辑器进行全基因组范围的特异性分析作者及单位

猫姐Lily·2023-07-23 20:33

阿ll·2023-07-23 16:05

斑马鱼CUT&tag分析，全自动脚本

#注意修改filenames文件，改文件内容为本次实验分析的样本名##bowtie2tozebrafish#用bowtie2构建斑马鱼基因组索引#下载基因组在UCSC一定要在UCSC下载基因组信息，因为最后注释时用的

DrLyo·2023-07-23 12:24

2022-01-01

0107:03收录于话题#前沿生物大数据分析撰文：楠烟不可言Nature新子刊推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：本研究全面识别和注释编码细胞表面蛋白（SPs）的泛癌基因（GESPs），并描述了GESP表达模式、复发性基因组改变

图灵基因·2023-07-23 12:20

通过Docker安装GATK分析工具包

GATK设计之初是用于分析人类的全外显子和全基因组数据，随着不断发展，现在也可以用于其他的物种，还支持CNV和SV变异信息的检测。

虾里巴人·2023-07-23 09:10

Dynamics and function of DNA methylation in plants

AbstractDNA甲基化是非常保守的表观修饰，对于基因调控及基因组稳定性十分重要异常的DNA甲基化模式会导致植物的发育缺陷。

黄粱一梦贰十年·2023-07-22 15:31

宏转录组方法_Cell：基因表达的改变和群落的更替塑造了全球海洋宏转录组

尽管最近在理解海洋微生物的物种和基因组组成方面取得了进展，但对其转录组在全球范围内的变化知之甚少。

weixin_39917811·2023-07-22 12:01

宏基因组分析步骤Linux,为什么宏基因组数据分析比较难？

生物数据分析包括很多种类，比如人基因组，植物，动物，微生物，还有RNA，单细胞RNA等等，其中宏基因组数据分析是比较难的部分，为什么呢？这里总结了以下10点原因。

南哥塔罗占卜师·2023-07-22 12:30

DNA loop是什么——Loop结构

学习摸索了很久，在中文网没有找到很理想的带领小白入门三维基因组学的专题内容，因此在学习的过程中想把这写内容记录下来，希望对后来的像我这样的学生能够得到一些帮助。

基因组学研究生·2023-07-22 06:42

单细胞CNV分析--CopyKAT

CNV(Copynumbervariation,拷贝数变异)，也称CNP(copy—numberpolymorphism，拷贝数目多态)，是由于基因组发生重排而导致的大小介于1kb至3Mb的DNA片段的变异

七哥就是我·2023-07-22 04:51

CRISPR-Cas9基因编辑5--不可或缺的sgRNA活性预实验

还是那句话，同样的目的有很多不同的方案，我了解到的有：使用sgRNA靶点筛选试剂盒，优点快速、工作量小且可以大批量进行；将sgRNA-pSpCas9转入293细胞中，提取293细胞基因组DNA，PCR扩增目的

冻春卷·2023-07-22 01:30

解析基因影响：孟德尔随机化的创新思维

孟德尔随机化是一种基于自然突变和基因重新组合的实验设计，通过利用随机分配的基因组合，帮助我们确定基因与个体差异之间的因果

笑不语·2023-07-21 21:31

Sentieon | 应用教程: 使用DNAscope对HiFi长读长数据进行胚系变异检测分析

准确的长读段可以对短读段和高噪音长读段方法无法检测的基因组重复区域进行精准的变异检测。

chSNP·2023-07-21 14:43

SCI 文章中基因组变异分析神器之 maftools

点击关注，桓峰基因桓峰基因生物信息分析，SCI文章撰写及生物信息基础知识学习：R语言学习，perl基础编程，linux系统命令，Python遇见更好的你81篇原创内容-->公众号前言随着癌症基因组学的进步

桓峰基因·2023-07-21 00:56

学一点儿基因组组装

1.下机数据质量控制主要是针对低质量的reads和含有adapter的reads，我事先并不知道adapter序列，所以就只过滤了低质量的reads。采用的是华大开发的SOAPnuke(v1.5.6)。SOAPnuke1.5.6filter-d-S-n0.1--qualRate0.3--lowQual12-Q2-G-1R1.fq.gz-2R2.fq.gz-Cout.R1.fq.gz-Dout.R2

TOP生物信息·2023-07-20 23:31

“印度的病毒毒株会QJ？”

据报道，做出这一研究结果的团队来自新德里的基因组与整合生物学研究所（CSIR-IGIB）以及奥里萨邦首府布巴内什瓦尔的医学研究所和SUM医院。

热点冷读·2023-07-20 22:49

2021-11-12

NatRev|胃癌单细胞基因组绘制,促进下一代治疗与预防方案原创风不止步图灵基因今天收录于话题#前沿生物大数据分析撰文：风不止步IF=60.716推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：强调在剖析GC的基因组图谱方面的基础性和转化性进展

图灵基因·2023-07-20 20:44

基因敲除细胞系：如何设计gRNA高效KO，以及避免蛋白残留

基因组编辑是一种理想的研究基因功能的方法。它可以精确地识别和定位基因组中的特定序列，然后改变目标序列以达到各种目的。CRISPR/Cas9系统由于其简单的机制已经成为当今世界基因组编辑的代名词。

源井生物b·2023-07-20 16:46

RepeatMasker基因组重复序列检测工具安装及使用

一.RepeatMasker简介:基因组组装完成后，进行基因预测和注释。

吕强强学生信·2023-07-20 10:42

NCBI|宏基因组原始数据上传

小编最近学习了关于NCBI数据上传的操作，今天给大家演示宏基因组原始数据上传NCBI的操作，宏基因组原始数据上传NCBI共分为三步，下面小编就为大家一一讲解吧！

维凡生物·2023-07-20 09:50

根据GFF3文件从基因组文件中获取全部基因的上游1000的启动子序列

defreverse_complement(seq):ntComplement={'A':'T','T':'A','G':'C','C':'G','N':'N'}RevSeqList=list(reversed(seq))RevComSeqList=[ntComplement[k]forkinRevSeqList]RevComSeq=''.join(RevComSeqList)returnRevC

龙star180·2023-07-20 08:36

基因功能注释

基因功能注释，简单来说，即是根据已有的蛋白库，对从基因组上提取到的蛋白序列进行比对，从而获得相应的信息。

队长的生物实验室·2023-07-19 18:11

CRISPR-Cas9入门知识学习笔记

该RNA引导的DNA靶向编辑工具已被科学家用在基因组编辑、转录干扰、表观遗传调控等多个领域

唯问生物·2023-07-19 07:02

annovar积累

ANNOVAR能够利用最新的数据来分析各种基因组中的遗传变异。

weixin_30907935·2023-07-19 07:49

Call种内微生物SNP用Parsnp

parsnp可进行核心基因组对齐、call核心基因组SNP、构建SNP进化树。

小白菜学生信·2023-07-19 05:53

ComplexHeatmap复杂热图绘制学习——7.OncoPrint

OncoPrintOncoPrint是一种通过热图可视化多个基因组变化的方法。这里的ComplexHeatmap包提供了一个制作oncoPrints的函数oncoPrint()。

denghb001·2023-07-19 01:47

RNA 9. SCI 文章中基因表达之 GO 注释

前言1.GO原理基因组测序已经表明，大部分指定核心生物学功能的基因是所有真核生物共有的。这种共享蛋白质在一个有机体中的生物作用的知识，往往可以转移到其他有机体。

桓峰基因·2023-07-18 23:04

IGV-基因组浏览器-改造记录（四）

写在前面前述，我们已经对IGV进行了超过三次改造，同时我也写了三个推送。写IGV改造系列推送的主要原因，事实是作为课题组成员使用改造的IGV时的参考教程。在上一次RNAfold的窗口上，我们增加了二级结构上每个碱基覆盖深度的深浅着色。依据惯例，我会发一条朋友圈，同时附上评论信息：似乎已经没有特别值得改造的地方了。天真如我，我收到了这么一个评论：增加实时计算Track的繁琐之处在IGV中，伴随窗口滑

生信石头·2023-07-18 06:28

项目文章|Genome Biology-揭示苦荞的驯化历史并鉴定多个农艺性状候选基因

该研究对510份苦荞种质进行全基因组重测序，建

贝瑞科服·2023-07-18 04:32

个体化治疗策略：如何使用机器学习定制化药物？

然而，每个患者的基因组、疾病特征、生活习惯等因素都是独一无二的，这就需要个体化的治疗策略来更好地满足患者的需求[1]。

笑不语·2023-07-18 03:56

bowtie序列比对软件的使用（2019.4.19）

Bowtie是一个超级快速的，较为节省内存的短序列拼接至模板基因组的工具。它在拼接35碱基长度的序列时，可以达到每小时2.5亿次的拼接速度。Bowtie并不是一个简单的拼接工具，它不同于Blast等。

L_bd68·2023-07-17 16:45

全基因组测序从头测序(de novo sequencing) 重测序(re-sequencing)

全基因组测序全基因组测序分为从头测序(denovosequencing)和重测序(re-sequencing)。

flynnchan·2023-07-17 14:08

生物信息学常见的数据下载，包括基因组，gtf，bed，注释

cd~/referencemkdir-pgenome/hg19&&cdgenome/hg19nohupwgethttp://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/bigZips/chromFa.tar.gz&tarzvfxchromFa.tar.gzcat*.fa>hg19.farmchr*.facd~/referencemkdir-pgenome/hg3

很酷的女超人s·2023-07-17 09:06

对某个物种进行分子进化分析，保守序列提取以及CRISPR-gRNA设计

对某个物种进行分子进化分析，保守序列提取以及CRISPR-gRNA设计基因组序列的获取这里我们直接获取完整的基因组组装序列在ncbi的基因组数据中检索物种关键词，获取该物种所有组装好的序列，去FTP下载基因组

小光amateur·2023-07-17 09:26

2022-06-22

这个方法不仅为单细胞分辨率下实现功能变异的洞察提供了一个框架，而且还带来了新的启发，即我们可以最大限度地利用单细胞基因组数

图灵基因·2023-07-17 00:27

走向基因组3D世界 ——染色体构想捕获技术3C(chromosome conformation capture)

chromosomeconformationcapture3C）技术及其该技术的拓展技术(4C,5C,Hi-C,ChIA-PET)，使人们能够以超强的分辨率和高通量测序分析细胞核内的三维立体结构3C技术：走向三维（3D）基因组学的基础

Ray钱·2023-07-16 23:52

2022-03-01

这个月选读《生命密码》，这是一本通俗的基因组学和遗传学的科普读物。

帆影点点_df5c·2023-07-16 21:03

简单介绍：用于开发下一代免疫疗法的单细胞组学进展

Single-cellgenomicapproachesfordevelopingthenextgenerationofimmunotherapies2020年2月发表在NatureMedicine上的review，由单细胞大佬IdoAmit通讯所写DOI：https://doi.org/10.1038/s41591-019-0736-4摘要：单细胞基因组学的最新进展能够帮助其在药物开发中应用

宛廿庚·2023-07-16 19:30

【豆科基因组】普通豆/菜豆/四季豆Common bean (Phaseolus vulgaris L.) 基因组

菜豆属（PhaseolusL.）为同源二倍体作物，包含有80多个物种，多数为野生种，仅有5个栽培种，分别为普通菜豆（P.vulgarisL.）、多花菜豆（P.cocineusL.）、利马豆（P.lunatusL.）、丛林菜豆（P.dumosusL.）和宽叶菜豆（P.acutifoliusL.），其中普通菜豆在世界范围内种植范围最广、栽培面积最大、食用人群最多。普通菜豆籽粒富含蛋白质和多种微量元素，

米源MY·2023-07-16 16:14

秦岭大熊猫的脾气怎么样？

2009年，中国科学家完成了大熊猫的基因组测序，结果发现大熊猫一共有21对染色体（比人类少2对），共有2万多个基因（跟人类差不多），最重要的是大熊猫应该属于食肉目熊科的一个亚种。那么，为

人生不正经·2023-07-16 13:12

maftools | 从头开始绘制发表级oncoplot（瀑布图）

随着癌症基因组学的进步,突变注释格式(MAF)被广泛用于存储检测到的somaticvariants。TheCancer

生信补给站·2023-07-16 08:00

2022-01-08每日文献

方法利用来自癌症基因组图谱（TCGA）和国际癌症基因组联

橘子味儿的小蜜蜂·2023-07-16 06:42

易基因 | 表观技术：染色质结构构象与DNA互作：ChIP-seq、ATAC-seq

将ChIP与高通量测序技术相结合的ChIP-Seq技术，可在全基因组范围对特定蛋白的DNA结合位点进行高效而准确的筛选与鉴定

E_GENE·2023-07-15 23:10

01 甲基化基础知识——学习于生信技能树公众号

甲基化基础知识基础知识甲基化是表观修饰的一种表观遗传修饰是指对基因组功能的相关修饰，通过一系列生物学修饰改变基因的活性而不是DNA的核苷酸序列影响基因的表达。

whykm·2023-07-15 21:08

易基因 | 单细胞多组学研究破译小鼠原肠胚形成机制

在小鼠的原肠胚中，精确的表观基因组和转录组指令引导多能干细胞分化为三个主要胚层（内胚层，中胚层和外胚层）的细胞，从而有助于脊椎动物“身体计划”的构建。

E_GENE·2023-07-15 17:22

circRNA对基因调控起到怎么样的作用？基因敲除细胞株来揭秘！

CircRNA最早是在上世纪70年代在病毒中被发现，但是由于早期RNA文库制备广泛使用polyA富集的方式（circRNA没有游离的5’和3’末端），以及RNA-seq读数要求以线性方式与基因组对齐的计算算法

源井生物b·2023-07-15 17:59

结核分枝杆菌复合物抗生素耐药相关基因的系统发育信息突变（耐药基因案例速览）

上海唯那生物·2023-07-15 16:37

2021-11-22

NEnglJMed|全基因组测序作为血液病细胞遗传学分析的替代方法原创榴莲不酥图灵基因今天收录于话题#前沿分子生物学技术撰文：榴莲不酥IF=91.245推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：基因组分析对于急性髓细胞白血病

图灵基因·2023-07-15 14:45

运行软件plotsr时报错：“ImportError: Incomplete genomic information”

为了对syri.out（assembly的变异检测结果）进行可视化处理，本人选择了plotsr软件对其基因组重排现象进行可视化：(base)[[email protected]_calling

生信学习小达人·2023-07-15 04:37

R语言丨根据VCF文件设计引物，自动识别两样本差异SNP位点，调用samtools获取上下游参考序列

根据变异位点设计引物序列今天碰到一个新问题：假如有一个vcf文件储存了两个样品的变异位点基因型数据，每行代表一个位点，我现在想找出两样本差异的SNP位点，再把差异位点用[REF/ALT]的形式表示，然后将其在参考基因组上下游

生信分析笔记·2023-07-15 02:21

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