宏基

生信工作流框架搭建 | 从零开始入门指南 - 00工作流之华山论剑

导语小白生信工程师一枚，写这样的系列其实是个大工程，出发点很简单，工作是宏基因组相关，我司长期使用的流程pipeline是用perl脚本封装的，流程监控、代码维护不是非常方便。
郑二狗·2023-10-18 09:08

一文理清常见的基因富集分析

前言对于很多小伙伴来说，刚入手生信时接触最多的就是差异分析，即在基因组层面可以算突变率差异，转录组层面可以算基因表达水平差异，表观组可以观察甲基化水平差异，蛋白质组/代谢组可以看蛋白/代谢物丰度差异，甚至是宏基因组也可以比较菌群的丰度
生信宝库·2023-10-16 13:51

中国科学家获得最大冰川微生物组的基因组和基因目录

兰州大学为第一单位）在NatureBiotechnology在线发表题为“Agenomeandgenecatalogofglaciermicrobiomes”的研究论文，该研究通过对来自21个西藏冰川的85个宏基因组和
笺牒九州的怪咖·2023-10-16 01:49

产品升级！全球尺度下原核基因组关键基因共进化无标题

微生物是群落型的生存方式，高通量测序时代到来后，掀起了针对微生物群落整体研究的高潮，比如基于功能基因/16S/ITS/扩增子、宏基因组等进行群落多样性分析。
SHANGHAILINGEN·2023-10-14 23:37

基于R和gephi做宏基因组与代谢组等多组学联合network相关性网络图

写在前面拿到多组学的数据后一直在找合适的方法将二者进行关联，比如我这里是三种体液的代谢组与一种体液的宏基因组。
twocanis·2023-10-14 13:50

宏基因组研究工具 | 小鼠肠道宏基因组目录(iMGMC)

近日，来自德国的研究人员在《CellReports》杂志发布了一个宏基因组研究的综合资源：小鼠肠道宏基因组目录(iMGMC)，为宏基因组研究提供高度集成的数据资源，并促进分类学、功能学以及小鼠肠道和其他生态系统群落结构的深入探索
尐尐呅·2023-10-14 07:27

Microbiome：国内科研团队揭示中国汉族人群皮肤微生物组特征

杂志上发表文章“Characterizationofthehumanskinresistomeandidentificationoftwomicrobiotacutotypes”，揭示中国汉族人群皮肤微生态宏基因组特征
尐尐呅·2023-10-12 22:44

修电脑

电脑系统突然异常，系统无法正常运行，按照网上教程从软件到硬件都在试图重装系统，可惜宏基笔记本有一套主板密码，无法进入装机界面。
阿略1·2023-10-12 01:08

宏转录组测序数据菌株层面的分析软件总结

首先需要说明一点，我做的是菌株层面(StrainLevel)的数据分析，Strainlevel是Specieslevel的下一层级的分类；而宏基因组/宏转录组涉及到菌株分析的内容，主要包括三块：SNPCalling
Candle_light·2023-10-10 18:10

梦金园冲刺港交所上市：规模远不及周大福等，业绩波动且提前分红

在此之前，周大福（HK:01929）、周大生（SZ:002867）、周生生（HK:00116）、六福集团（HK:00590）、谢瑞麟（HK:00417）等均已实现在港交所上市，老凤祥、潮宏基、名牌珠宝、
贝多财经·2023-10-10 14:34

想不通是怎么分手的，她差点用一把火结束了自己的生命

宏基广场充斥着无处排遣寂寞的红男绿女，我从两个醉在圆形走廊上的男生身上跨过。无视着身边正在接吻的情侣，还有一个默默流泪的女孩。又有人在饭店打架闹事。KTV传来不知道是谁的嘶吼。
老肖故事·2023-10-06 05:16

Acer宏碁笔记本暗影骑士轻刃AN715-51原装出厂Windows10系统工厂模式镜像

系统自带所有驱动、NITROSENSE风扇键盘灯控制中心、Office办公软件、出厂主题壁纸、系统属性Acer宏基专属的LOGO标志、AcerCareCenter、QuickAccess等预装程序下载链接
Q17855069·2023-10-02 11:45

BLAST本地比对太慢，不怕用diamond

在宏基因组学研究中，又或者你准备做大规模的系统进化的相关研究等等，需要分析了数百万个序列的reads，以确定来自环境的微生物样品的功能或分类学含量，找出对应reads同源的物种。
lakeseafly·2023-10-01 18:30

Acer宏碁暗影骑士5笔记本AN517-54原装出厂Win10系统工厂模式

宏基电脑原厂WINDOWS10系统自带所有硬件的驱动、NITROSENSE风扇键盘控制中心、Office办公软件、出厂主题壁纸LOGO、AcerCareCenter、QuickAccess等预装程序链接
17855069·2023-10-01 06:26

jQuery制作仿京东商城-商品列表商品筛选功能

这次使用jquery来实现一个仿京东商城-商品列表商品筛选的功能一、html代码已选条件：×惠普-->品牌：全部惠普(hp)联想(Lenovo)联想(ThinkPad)宏基(acer)华硕戴尔三星索尼东芝
三人行慕课·2023-10-01 03:16

电脑蓝屏问题汇总

inaccessiblebootdevice信息电脑品牌：宏基系统：win10现象电脑启动后直接蓝屏，出现inaccessiblebootdevice错误，而且即使进入安全模式也没用。
shadow3D·2023-09-29 17:40

宏基因组数据资源 | Nature子刊发表来自人类肠道微生物组的204,938个参考基因组数据集

2020年7月，由欧洲分子生物学实验室欧洲生物信息学研究所（EMBL-EBI）领导的国际合作研究团队在《NatureBiotechnology》发表了迄今为止最全面的人类肠道微生物组序列资源：统一的人类胃肠道基因组（UHGG）和人类胃肠道蛋白质（UHGP）目录，包括4,644个肠道微生物的204,938个非冗余基因组以及625,255,473个蛋白全长序列。“这个庞大的目录是微生物组研究的里程碑，
尐尐呅·2023-09-29 17:14

singlem,一款可以使用marker基因进行宏基因组reads分类的软件

最近偶然从一篇PNAs的文章，看到作者不仅进行了16SrRNA测序，而且通过marker基因和宏基因组bins同时计算了群落结构，对比三者发现，菌群结构相似。
谷流觞·2023-09-29 07:02

Mash: 使用MinHash快速估算基因距离

MASH能用于聚类NCBIRefSeq中所有的基因组，基于组装或者它的reads的实时的基因组聚类，聚类大量的宏基因组数据集。该工具最终发表在GenomeBiology上。工具下载与基本使用Git
lakeseafly·2023-09-27 23:41

基于宏基因组的功能挖掘：碳水化合物活性酶（CAZymes）注释

基于宏基因组数据，可以通过NR数据库进行物种注释，还可以进行功能挖掘，比如通过KEGG数据库来挖掘代谢通路、根据COG注释结果对蛋白进行功能归类，通过CAzyme可以得到碳化合物合成、代谢、转运等酶的分类和相关信息
SHANGHAILINGEN·2023-09-26 18:59

Nature子刊｜Binning宏基因组+单菌验证

题目：ISME｜宏基因组binning研究揭示土壤微生物群协同互作二甲基砷脱甲基机制期刊：TheISMEJournal影响
SHANGHAILINGEN·2023-09-26 18:28

基于R的linkET包qcorrplot可视化Mantel test相关性网络热图分析correlation heatmap

写在前面需求是对瘤胃宏基因组结果鉴定到的差异菌株与表观指标、瘤胃代谢组、血清代谢组、牛奶代谢组中有差异的部分进行关联分析，效果图如下：数据准备逗号分隔的csv格式文件，两个表格，一个是每个样本对应的表观指标数据
twocanis·2023-09-26 17:41

基于R做宏基因组进化树+丰度柱状图TreeBar带聚类树的堆叠柱形图

写在前面同之前一样，重分析需要所以自己找了各路代码借鉴学习，详情请参考R语言绘制带聚类树的堆叠柱形图，实操效果如下：步骤表格预处理选取不同样本属水平的物种丰度图（绝对和相对水平都可以，相对画出来是齐的，绝对的bar是不齐的）。Top10丰度外的类群合并为Others。这里注意，用本篇代码时，表格选择csv/txt等格式文件一定要是制表符分隔的，不然会报错重复名或者没有多出的行分组信息代码演示#装包
twocanis·2023-09-24 11:45

宏基因组做在线组间差异Anosim分析与结果解读

写在前面需求是返回的结果每组样本数量比较多，但组间差异不明显，挑出来重分析。详情请参考[组间差异分析：Anosim]([组间差异分析：Anosim-知乎(zhihu.com))，当然亲测更简便的方法可以借助云平台工具：步骤表格准备不同样本属水平的丰度表分组信息表云平台分析上传云平台结果分析与下载，这个很快调整：pdf格式拖进AI里改色结果解读**图形解读：**盒型图纵轴表示距离排名，横轴betwe
twocanis·2023-09-24 11:13

WildCARD_data数据预处理时报错：'utf-8' codec can't decode byte 0x8b in position 1

在使用CARD数据库时，针对宏基因组数据，需要另外下载WildCARD_data，下载完成后需对数据进行预处理，才可以使用。
轻枫柳曳1208·2023-09-24 07:20

微生物测序该怎么选，16S or 宏基因组?

基本简介一、16SrRNA16SrRNA为核糖体的RNA的一个亚基，16SrDNA就是编码该亚基的基因。细菌rRNA（核糖体RNA）按沉降系数分为3种，分别为5S、16S和23SrRNA。16SrDNA是细菌染色体上编码rRNA相对应的DNA序列，存在于所有细菌染色体基因中。该序列包含9个高变区和10个保守区，通过对某一段高变区序列（V4区或V3-V4区）进行PCR扩增后进行测序，得到1500bp
唯问生物·2023-09-23 07:53

宏基因组介绍

宏基因组基本概念自然界中存在数量巨大、种类繁多的微生物，人类目前仅分离培养了其中很小的一部分。
斗战胜佛oh·2023-09-22 10:26

宏基因组bining-concoct中的报错解决

1.安装中的报错1.1.安装完基本的依赖环境和python包后，运行pythonsetup.pyinstall报如下错误./c-concoct/c_vbgmm_fit.c:12:28:fatalerror:gsl/gsl_vector.h:Nosuchfileordirectory解决办法：第一，在自己的home目录下查找是否存在gslfind-namegsl_vector.h#假设返回结果的路径
xdli009·2023-09-20 13:32

16S rDNA测序和宏基因组测序区别

16S测序和宏基因组测序区别测序原理不同16SrDNA基因存在于所有细菌的基因组中，具有高度的保守性。
有梦想的阿杨·2023-09-16 22:24

微生物测序应该用16S 还是宏基因组？

基本简介一、16SrRNA16SrRNA为核糖体的RNA的一个亚基，16SrDNA就是编码该亚基的基因。细菌rRNA（核糖体RNA）按沉降系数分为3种，分别为5S、16S和23SrRNA。16SrDNA是细菌染色体上编码rRNA相对应的DNA序列，存在于所有细菌染色体基因中。该序列包含9个高变区和10个保守区，通过对某一段高变区序列（V4区或V3-V4区）进行PCR扩增后进行测序，得到1500bp
科研小行星·2023-09-16 22:53

团 聚

团聚昨晚，原宏基建材市场的兄弟姐妹们聚了一小拨，我给大家一一介绍下：坐在我左边的是小江：爱看书、老实、本分，虽言辞少但善良比较能理解人特别是对他儿子的父亲的理解让我对这个长我两岁的姐妹还是有点小钦佩的，
圆英ly·2023-09-14 00:14

安科瑞铁塔基站能耗监控解决方案

2G、3G、4G均是低频段信号传输，宏基站几乎能应付所有的信号覆盖。但由于5G工作在中高频段，宏基站所能覆盖的信号范围就十分有限。
安科瑞 华楠·2023-09-09 15:34

病原宏基因组测序技术（有点乱）

病原宏基因组二代测序（mNGS），是不基于培养，直接从环境/临床样品中提取全部微生物的DNA，利用基因组学的研究策略研究环境样品中所包含的全部微生物的遗传组成及其群落功能，可广泛分析
晓佥·2023-09-09 01:50

知识兔《笔记本电脑的选购指南》

笔记本品牌的作用有一下两点：1.售后服务，良好的售后十分重要，目前一线大厂例如：联想、戴尔、华硕、宏基、惠普等售后相差并不太多，可以根据个人喜好挑选。神舟和
知识兔领取网课·2023-09-06 02:30

【现学现卖·文献】病毒宏基因组分析相关文献（1）

一、污水中病毒组最近在看一些病毒宏基因组的论文。前几篇可能看得认真和全面一点，写得也会多，后面的论文方法什么的应该大同小异，就只总结流程图和“小异”。
乔伊nikkie·2023-09-05 04:47

好书推荐——病毒宏基因组学：方法和指南

今天给大家介绍一部病毒宏基因组学方法与指南，该书详细介绍了不同类型样
SYSU星空·2023-09-04 01:55

教师八喻——教师角色的理想追求

今天一天在宏基小区值班，“星火教师成长营”的内容又更新了，我总是慢一拍，聆听学习了李庆明老师的关于教师成长的第二个讲座：《教师八喻——教师角色的理想追求》依然
素心听月·2023-09-02 02:15

Cell | 超深度宏基因组！复原消失的肠道微生物

为了理解工业化生活方式引起的微生物组变化，需要结合高深度的宏基因组测序来研究原始人(Hadza)微生物功能、生长动力学和扩散模式。
SHANGHAILINGEN·2023-09-01 18:05

单细胞空间宏基因组揭秘微生物群对癌症空间和细胞异质性的作用

作者，EvilGenius新的一周，主要这周开始世界杯开赛了，看比赛的时间多了一点，个人喜欢德国队，不知道大家对世界杯有没有兴趣。今天的文章我们来分享一点新的内容。文章在Effectoftheintratumoralmicrobiotaonspatialandcellularheterogeneityincancer导读：肿瘤相关菌群是人类癌症类型肿瘤微环境的固有组成部分。迄今为止，肿瘤内宿主-微
单细胞空间交响乐·2023-08-31 21:21

宏基官网下载的驱动怎么安装(宏基笔记本如何安装系统)

本文为大家介绍宏基官网下载的驱动怎么安装宏基笔记本驱动(宏基笔记本如何安装系统)，下面和小编一起看看详细内容吧。宏碁笔记本怎么一键更新驱动1.单击“开始”，然后选择“所有程序”。
清清竹林·2023-08-30 11:49

科研文献|通过宏基因组组装和装箱方法解读抗生素选择压力下抗生素耐药性基因的迁移率和细菌宿主

ecipheringthemobilityandbacterialhostsofantibioticresistancegenesunderantibioticselectionpressurebymetagenomicassemblyandbinningapproaches****译名：通过宏基因组组装和装箱方法解读抗生素选择压力下抗生素耐药性基因的迁移率和
维凡生物·2023-08-30 11:14

代谢组学和宏基因组学研究不同添加剂对青贮品质的影响

microbialcommunitiesandantibioticresistancegenesinhigh-moisturesweetcornkernelsilage发表期刊：BioresourceTechnology影响因子：9.642百趣生物提供服务：代谢组学+宏基因组研究背景人口增长
09eb862dd2cf·2023-08-30 00:17

装机配置个人存档用

inteli513600K2389元jd2、主板：华硕TUFB760MD5WIFI1349元jd3、显卡：4060瑷珈三风扇2397元jd4、内存：金百达6000D516G*2569元jd5、固态硬盘：宏基
风落_·2023-08-28 11:46

为什么宏基因组数据分析比较难？

生物数据分析包括很多种类，比如人基因组，植物，动物，微生物，还有RNA，单细胞RNA等等，其中宏基因组数据分析是比较难的部分，为什么呢？这里总结了以下10点原因。
基因学苑·2023-08-27 08:44

宏基因组之基因组装

背景宏基因组组装，即把短的reads拼装成连续的序列contig，再根据PE等关系将contig拼装成scaffold。
凯凯何_Boy·2023-08-26 15:05

百趣代谢组学资讯:“二代和三代宏基因组+代谢组”三剑合璧，揭秘健康个体间的肠道菌群SV突变

近日，中国科学院微生物研究所研究员王军团队在NatureCommunications（IF=14.919）上发表了题为"Short-andlong-readmetagenomicsexpandindividualizedstructuralvariationsingutmicrobiomes"的论文。中国科学院微生物研究所王军研究员和动物所宋默识研究员为共同通讯作者；中国科学院微生物研究所助理研究
09eb862dd2cf·2023-08-26 09:26

宏基因组单样品vamb分箱，gtdb物种注释与建树

个人记录，其实很多文件夹的设置并不是那么合理。存放已有序列的文件夹./qc质控后的双端测序文件.fq.gz./当前文件夹，放.fa后缀的contig文件我的文件名编码是S1-1，S1-2这样的。文件夹./concatenate整理好的序列长度大于2000的./map放.mmi的索引文件./bam放.bam的比对文件./sort排序后的.bam文件./bins把所有的bin的.fa文件放在一个文件夹
江有枫xx·2023-08-25 07:57

Best practices for analysing microbiomes

比如对近期快速发展的精确序列变异(exactsequencevariants/ESV，详者注：目前更多使用ASV的名称)的方法替代传统基于聚类的OTU分析，整合宏基因组学和代谢组学的方法，组成型数据分析问题等方面的近期突破性的进展开展探讨
超人快飞·2023-08-24 21:18

车天车地车顺德

当下党委、政府瞄准高质量发展大抓基础，大抓基层，这是极为负责任的带根本性的引领，是对顺德未来几十年再奠宏基的引领。这比橫来一刀来个什么新概念，或者橫来一刀弄个什么新规划要强不知多少
顺德人何劲和·2023-08-23 12:13

宏基因组CAG、MGS、MLG以及Bin、MAG、Draft genome

宏基因组的Binning主要针对Contig进行聚类，旨在得到潜在的单菌基因组信息。除了Contig，宏基因组中还有一类序列信息，即Gene。
笺牒九州的怪咖·2023-08-21 22:03
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