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宏基
Nature | 2型糖尿病肠道微生物群的
宏基
因组关联研究
文章信息:标题:Ametagenome-wideassociationstudyofgutmicrobiotaintype2diabetes中文:2型糖尿病肠道微生物群的
宏基
因组关联研究杂志:Nature
小白菜学生信
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2022-02-10 07:00
使用anvi'o进行
宏基
因组的组装和分箱
这部分教程来自HappyBellyBioinformatics网站,主要比较
宏基
因组的单样品组装和多样品联合组装这两种组装策略以及
宏基
因组数据的可视化。
你猜我菜不菜
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2022-02-09 19:17
一座5g基站造价多少?
下面就来仔细说说5G基站(
宏基
站)为什么这么贵。先来看看5G基站的构成5G基站主要由BBU和AAU组成,其成本一般来说,是由主设备(BBU、AAU)、动力配套设备(电源、电池、空调、监控)、
一口Linux
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2022-02-09 10:47
笔记
宏基
因组—探秘肠道菌群与疾病作用机制
宏基
因组测序可用于解析环境微生物的群落结构、物种组成、系统进化、基因功能和代谢网络等,已经广泛应用于肠道微生物的研究。一、构建人肠道微生物组的参考基因集
宏基
因组测
贝瑞科服
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2022-02-07 09:41
宏基
因组分析3-数据质量控制(trimmomatic)
trimmomatic安装trimmomatic是用JAVA编写的程序,将软件下载解压后就可直接使用cd/home/llt/softwarewgethttp://www.usadellab.org/cms/uploads/supplementary/Trimmomatic/Trimmomatic-0.38.zipunzipTrimmomatic-0.38.ziptrimmomatic使用trimm
nitrostarch
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2022-02-05 23:35
当年第一次拥有自己的电脑
OliverWorldsFile117从第一台笔记本电脑入手到现在已经过了至少9年了,从
宏基
到MBA,再到SurfacePro,最后再换乘MBP,也算是体验了各种机型了,其中最让自己懊悔和遗憾的就是最早的一台
宏基
OliverWorlds
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2022-02-05 20:27
宏基
因组(mNGS)简介(一)——临床领域的应用场景
迄今为止,临床
宏基
因组学的应用场景包括以下几个方面:1、各种综合征和样本类型的传染病诊断2、患病和健康状态下的微生物组特征分析3、宿主转录学分析确定人类宿主对感染的反应特征4、肿瘤领域的应用包括鉴定肿瘤相关病毒及鉴定基因组整合位点
生信小书童
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2022-01-29 18:29
shell-for循环处理
宏基
因组数据 - 2021-12-27
Megahit-
宏基
因组组装流程foriinXH*_1.fq.gz;doI=${i%_*}_2.fq.gzbase=${i%%_*}.megahitmegahit-1$i-2$I--k-list21,29,39,59,79,99,119,141
子春零六
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2021-12-27 16:23
MetaPhlAn1
宏基
因组物种注释
导读1MetaPhlAn获得
宏基
因组物种和物种丰度2MetaPhlAn结果合并和可视化3GraPhlAn绘制进化树4LEfSe寻找分类biomarker并可视化5HUMAnN代谢分析bitbucket地址
小白菜学生信
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2021-11-24 19:31
MetaPhlAn2
宏基
因组物种注释
导读上一篇介绍了MetaPhlAn:
宏基
因组微生物分类分析教程,这次来学习MetaPhlAn2的使用方法。
胡童远
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2021-11-24 19:17
MetaPhlAn3
宏基
因组物种注释
相比version2,version3数据库拓了很多,还有3支持自建数据库了。Github:https://github.com/biobakery/MetaPhlAnManual:https://github.com/biobakery/MetaPhlAn/wiki/MetaPhlAn-3.0Wiki:https://github.com/biobakery/biobakery/wiki/met
小白菜学生信
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2021-11-24 19:06
微生物群、
宏基
因组和微生物组的区别2021.7.31
二、
宏基
因组
宏基
因组(Metagenom
R语言_茶味先生
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2021-10-30 10:23
NCBI|16S原始数据上传
小编这两天为大家演示了
宏基
因组数据上传的操作,今天为大家演示16S数据上传的操作,供大家参考,而
宏基
因组和16S数据上传大同小异,最大的不同就是表格的填写,大家要仔细观察哦~第一步申请Biosample
维凡生物
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2021-10-25 14:45
06显示器
球面显示器柱面显示器CRT显示器LCD显示器--
宏基
H274HLBMD显示器(2011年)LED显示屏1.简介显示器即电脑屏幕。显示器接收电脑的信号并形成图像,作用方式如同电视接收机。有些电脑屏幕
zzytime
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2021-10-23 21:37
组装与维护
硬件架构
1024程序员节
Kraken2+Bracken
1.简介Kraken2是一个基于k-mer算法的高精度
宏基
因组序列分类软件,能够快速的将测序reads进行物种分类。
生信记
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2021-09-02 15:08
宏基
因组标准流程--metaWRAP
1.metaWRAP简介[MetaWRAP](https://github.com/bxlab/metaWRAP"MetaWRAP")旨在成为一个易于使用的
宏基
因组数据分析软件包,从头到尾完成
宏基
因组分析的核心任务
哈皮大爱
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2021-08-30 22:27
《长江科学院赋》
本部、沌口、九万方,广埠
宏基
;杂多、前坪、丹江口,拓疆图域。事企
珞珈山大虫
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2021-07-14 12:14
kraken软件操作手册
Kraken是2013年Wood提出的的
宏基
因组序列分类软件,能够快速对
宏基
因样品中的DNA序列进行分类,因此可以进行微生物检测。
stanford_strive
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2021-06-27 17:33
八月当志愿者总结
我是上月志愿者郑
宏基
,从事汽车配件销售多年,我的工作工作平淡无奇。在工作的闲暇时,我有默默的关注着咱们007的大家庭,从无到有,从有到壮大的奇迹。
神猫不Si
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2021-06-23 14:47
如何在Rstudio终端运行table2itol脚本生成itol网站所需的进化树构建注释文件
(备注:此次学习和总结是站在《
宏基
因组》公众号这个巨人的肩膀上完成的,在此特别感谢)[1]第一步:下载table2itol.R脚本官方网站:https://github.co
Dayueban
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2021-06-23 06:20
【181224今日感悟】意志力能够让一个人脱胎换骨
古往今来,那些大英雄大人物,无不拥有超人般的坚强意志力,他们把意志力发挥的淋漓尽致,创造出
宏基
伟业。普通人则会受到周围环境、条件、突发状况等客观因素,削弱意志力,从而逐渐随波逐流,望洋兴叹,无可奈何。
正本
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2021-06-22 10:41
宏基
因组分析软件概总
摘抄于:公众号见下https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI3Mzc1MzczMA==&mid=2247484757&idx=1&sn=e812eb8622053b9b640dde80a555987b&chksm=eb1f36b8dc68bfae243d896ba8c7d6f522f47e347751030768ac1040ef490eab389a2733720b&s
Amy_Cui
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2021-06-22 05:39
粪便DNA提取试剂的选择
随着肠道菌群
宏基
因组研究的兴起,研究者通过提取肠道全部微生物基因组DNA,构建
宏基
因组文库,对菌群多样性和功能活性、种群结构、协作关系、与肠道间关系、进化关系进行研究,可以进一步揭示人体与肠道菌群的相互关系
呆萌的大脸猫
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2021-06-19 09:04
如何从NT/NR数据库中提取子库
最近做有关小鼠肠道微生物
宏基
因组,遇到两个问题,一是数据量太大,二是宿主污染严重。估计宿主污染至少80%左右,因而就想通过一些方法,例如kraken、bowtie等把宿主污染去除。
谷流觞
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2021-06-14 17:28
R语言
宏基
因组学统计分析(第四章)笔记
R、RStudio和ggplot2简介4.1R和RStudio简介citation("ggplo2")取包引用信息,RStudio.Version()可以获取RStudio引用信息。4.1.1安装R、RStudio和R包R提供一个基于命令行的统计框架,RStudio作为IDE,所有统计分析和图形可以使用它进行。4.1.2设置工作目录(略)4.1.3RStudio进行数据分析4.1.3.1RStud
zd200572
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2021-06-13 13:56
你的组织使用了Windows Defender应用程序控制来组织此应用
电脑品牌*:
宏基
(ACER)工具:微软官网做的系统盘,比较纯净。
FraCheung
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2021-06-13 03:35
微生物多样性(扩增子/16S rDNA测序)—功能预测分析方法描述
根据菌群代谢功能预测结果,我们一方面能一窥菌群功能谱的概貌,发挥菌群多样性组成谱测序性价比高的优势;另一方面也能帮助指导后续
宏基
因组Denovo鸟枪法测序的实验设计,更合理地筛选用于后续研究的样本。
JarySun
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2021-06-11 01:33
[Metagenome-2]Remove the host sequence
对于
宏基
因组测序,我们不可避免的会在DNA提取中引入宿主基因组序列,为了避免这些序列的干扰,在进行分析和组装之前,我们最好先去除宿主基因组,然后方便做后续的分析.去除宿主基因组序列的方法,主要通过将reads
lanzinuo
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2021-06-07 17:48
控制主机
平板主板image.pngimage.png
宏基
W700平板主
魔法猫31
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2021-06-07 05:34
除了Pubmed,还有哪些实用的文献搜索网站
因为我是做
宏基
因组方向的,所以我今天要推荐的一些网站或者使用的例子都是与
宏基
因组相关的。当然,由于平时看的文献都是英文的,所以这里不介绍我们常用的
jlyq617
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2021-06-06 20:14
基站的结构、种类、发展介绍
其中基站是直接决定连接手机的数量和速度的关键,有
宏基
站、微基站等,属于接入网层。承载网络主要是光纤,用于传输数据。核心网相当于交换机和路由器,是整个移动通信的大脑。
qlexcel
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2021-06-06 14:14
物联网
基站结构
基站发展
基站的种类
我的童话
纪念日的蛋糕纪念日的15支蓝色妖姬我最喜欢的潮
宏基
耳饰每个女人都喜欢童话故事,且都幻想自己是故事里的主角,不论老少。我也不例外。可是生活毕竟不是童话。
翟建文
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2021-06-05 19:46
第二章 微生物组数据的结构和特点
2.1微生物组数据微生物组数据是通过16SrRNA基因测序和
宏基
因组测序产生的。生物信息学工具包括QIIME和MOTHUR。例如,在对原始序列进行预处理之后,有两种方式可用于生成可分析的微生物组数据。
ZMQ要加油呀
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2021-05-30 00:21
QUAST评估基因组组装质量
之后推出的metaquast可通过与closereference比较评估
宏基
因组组装质量。文章:文章1:QUAST:
胡童远
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2021-05-24 16:30
5G来啦!!技术指标和三大应用场景
5G网络特点1、高速度:4G网络6Mbps提升到1Gbps,2、泛在网:在3G和4G时代,我们用的是
宏基
站,功率大,体积大,距离近信号强,离得信号弱;5G时代用微基站,使得任何角落都能连接网络信号。
‘朱砂痣’、
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2021-05-23 19:55
5G
5g
2018-02-18
最近这几天在学习用R语言完成主成分分析,印象里在公众号分享的文章里看到过可视化主成分分析结果的包,通过微信的搜索功能找到了公众号
宏基
因组分享的文章ggbioplot-最好看的PCA作图。
小明的数据分析笔记本
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2021-05-18 04:12
宏基
因组功能注释(以COG为例)
Contigs/Scaffolds序列经基因预测、ORF开放阅读框识别(OpenReadingframe)和蛋白翻译之后,就可以进行功能注释分析了。我们将基因/蛋白序列在特定的数据库中搜索比对,从而完成功能注释分析。常用的功能数据库主要包括KEGG、EggNOG、GO、COG和CAZy等。功能注释就是我们拿到翻译的蛋白之后,与不同的功能(蛋白)数据库进行对比。至于选择哪种数据库要看研究者的目的以及
周运来就是我
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2021-05-07 06:43
二班 | 5月肖钧组作业统计-第3周
一、总体情况本组一共13位战友(其中围观1人)系统未交:0位系统迟交:2位未评:2位迟评:0人二、本期优秀文章郑
宏基
《突然发现自己一直在坑里》推荐理由:这是一篇很好的个人反思总结。
肖凤钧
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2021-05-06 14:26
4年,他用真金白银搭了一座风雨桥
在广东汕头的潮
宏基
首饰博物馆,也有这样一座风雨桥,长5.2米,高2米,以白银和黄金做主料,用花丝镶嵌技艺花4年时间制作而成。
Lenka_su
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2021-05-06 07:26
从CONCOCT入手理解
宏基
因组binning
文章会同步发表于本人github和githubhomepage目录
宏基
因组binning简介binning原理2.1.可用于binning的特征2.2.从哪些序列下手进行binning?
UnderStorm
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2021-05-02 14:11
HUMAnN2
宏基
因组分析 | 小白版
导读使用HUMAnN2(TheHMPUnifiedMetabolicAnalysisNetwork2)进行
宏基
因组学分析。
小白菜学生信
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2021-04-25 11:55
WGCNA分析,简单全面的最新教程
第一全的还在路上,会出现于生信宝典和
宏基
因组公众号组织的二代三代转录组测序分析实战班上,欢迎点击链接了解更多。
生信宝典
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2021-04-25 04:01
Excel
宏基
础知识-1
1.ExcelVBA-CellReferencing有四种方法:[b5].Value=70[c1:c10]="Tutorials"Cells(8,2).Value="India"Range("a1").Value="BeiJing"Range("a2:a10")="Shanghai"2.ExcelVBA-CopyPasteSubcopy_paste()Range("a1:a10")="Tutori
前端混合开发
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2021-04-23 17:53
单端测序与双末端测序
该方式建库简单,操作步骤少,常用于小基因组、转录组、
宏基
因组测序。PE/MP测序也叫双向测序,是对一个长的序列测得其两端的序列。两端的序列形成”一对”,中间的
wangchuang2017
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2021-04-22 01:00
转发:抗疫一个月后,新型肺炎背后“元凶”,终于现身。 2020-02-10!
据了解,攻关团队通过分析1000多份
宏基
因组样品,锁定穿山甲为新型冠状病毒的潜在中间宿主,然后通过分子生物学检测,揭示穿山甲中β冠状病毒的阳性率为70%。
送一轮明月给你
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2021-04-21 22:52
解读一篇病原微生物相关的文章
脑脊液中病原体检测的临床
宏基
因组测序测定法的实验室验证文章:Laboratoryvalidationofaclinicalmetagenomicsequencingassayforpathogendetectionincerebrospinalfluid
晓佥
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2021-04-20 04:08
宏基
因组shotgun入门笔记
目录背景知识1.1.根据分析对象的分类1.2.三个基本数据处理问题1.3.一般分析流程1.4.比较
宏基
因组学的应用1.5.目前存在的技术问题实验设计2.1.几点指导意见2.2.测序平台的选择Metagenomeassembly
UnderStorm
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2021-04-19 21:04
健康的人类微生物组
相比之下,人体微生物的
宏基
因组(微生物在我们体内的总DNA含量)变化更大,只有三分之一的组成基因存在于大多数健康个体中。所以要理解健康微生物组这些差异是重大的挑战。
谷禾健康
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2021-04-18 02:35
R语言:两组数据关联分析,pheatmap热图和cytoscape网络图
宏基
因组数据以KO-样品丰度表为例。代谢组数据以metabolite-样品丰度表为例。
小白菜学生信
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2021-04-17 15:16
宏基
因组病原体检测火起来后 , 我们访谈了这个行业的先行者
来源:动脉网作者:王世薇原文:https://xueqiu.com/6674356504/1321458432019年,
宏基
因组病原体检测彻底火了起来。
小白菜学生信
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2021-04-14 00:23
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