宏基

高通量测序的数据处理与分析指北(二)--宏基因组篇

博客原文宏基因组篇前言之前的一篇文章已经从生物实验的角度讲述了高通量测序的原理，这篇文章旨在介绍宏基因组二代测序数据的处理方式及其原理。在正文开始之前，我们先来认识一下什么是宏基因组。

lantary·2024-09-14 12:52

安科瑞能源物联网平台在5G基站运维中的应用——安科瑞顾烊宇

1概述5G建设，基站先行，随着5G宏基站和小基站的大量铺设，越来越多的站点需要对能耗进行监控管理，主要的监控管理包含了：①监测机房设备的空调运行情况，包括电压、电流、功率、能耗、温湿度等参量；②可设置空调的开启和停止

Acrel叶西平·2024-08-29 20:55

【现学现卖】CHEER中的概念解释——k-mer

:HierarCHicaltaxonomicclassificationforviralmEtagEnomicdataviadeepleaRning对这篇文章中概念的理解：【现学现卖】CHEER与病毒宏基因组数据分析

番茄随笔·2024-08-26 02:53

macOs 安装过程

Clover-Hackintosh记录一波自己对宏基F5-572G和神州Z6-SL7R3的吃果过程,分享相关配置文件和解决过程,实现了亮度，声音，网卡、WIFI、蓝牙、USB正常使用相关学习网站：黑果小兵

幻影翔·2024-08-25 08:46

高通量测序的数据处理与分析(二)-宏基因组2

博客原文宏基因组数据处理方法数据下载wget下载宏基因组的数据主要分布在两个数据库：1.NCBI的SRA数据库，2.ENA。

lantary·2024-03-08 09:58

[4G+5G专题-133]: 部署 - 4G/5G常见的室内部署方案

）的博客_文火冰糖的硅基工坊_CSDN博客本文网址：https://blog.csdn.net/HiWangWenBing/article/details/121554032目录第1章概述第2章用室外宏基站进行覆盖室内

文火冰糖的硅基工坊·2024-02-20 19:54

肠道微生物研究的“法宝”

新的科学方法，如通过二代测序的宏基因组工具，为基于肠道

茗创科技·2024-02-19 13:33

菌群宏基因组分析能解答哪些科学问题？

比较基因组学在微生物领域的应用基因组测序在细菌基因组中的应用基因组测序在真菌基因组中的应用宏基因组研究内容：1.研究环境样本中微生物的构成与丰度；2.研究环境样本中的功能基因信息及丰度；3.研究不同环境样本间细菌群落

f70420f979c3·2024-02-13 18:02

ggtreeExtra的开发及其在宏基因组上的应用

开发ggtreeExtra的初衷因为我之前工作的时候主要是做微生物组学数据的分析工作，工作中往往需要对这些数据进行可视化以方便数据展示与解析，简单的可视化还好，有ggplot2就行了。然而，微生物组学数据分析中往往需要将相关的外部数据信息与进化树或者是物种层级树联系起来才能更好展示并解析相关结果，而对于这样的操作来说，目前的很多工具基本都难以使用，除了ggtree。因为该软件包继承了ggplot2

斗战胜佛oh·2024-02-09 12:52

2018-04-18宏基因组实战qiime2-201802（四）用dada2 过滤和建树

因为我是双端数据，所以这一步我主要是参考了这个实战：https://docs.qiime2.org/2018.2/tutorials/atacama-soils/我前一步已经拿到了我切过引物的数据，要先看一下这个质量分布切之后这里我先上代码qiimedada2denoise-paired\--p-n-threads0\--i-demultiplexed-seqstrimmed-seqs.qza\-

小郑的学习笔记·2024-02-08 15:10

Gut Microbes+ Microbiome | 揭示太空环境对微生物的影响

借助16S扩增子、宏基因组、转录组等生物学技术，我们一起来探究在太空环境下，微生物所发生的变化。航天飞行期间，小鼠肠道微生物和宿主代谢的变化[1]肠道微生物通

ee00dc6faab7·2024-02-08 05:16

关于黄金

周大福周生生潮宏基和我一样都是零售商。零售商意味着没有自己生产线，都要找工厂代工。那又有品牌又有工厂的集团有哪些，反而是我们没听过的，比如同心集团，大唐金钻集团等等。

古惑寻簪·2024-02-02 10:33

抗性基因数据库(1)

抗性基因数据库（1）宏基因组：检测细菌、病毒等序列耐药基因：检测检出非人序列中的已知耐药基因，找到对应耐药基因的抗生素耐药/抗性基因数据库ARDB（AntibioticResistanceGenesDatabase

Zoeyer·2024-01-26 10:44

宏基因组CAG、MGS、MLG、MAG傻傻分不清？

在之前的Binning文章中（文章链接：《如何打破瓶颈，提升宏基因组研究level》、《宏基因组高分文章里的小技巧》），主要针对Contig进行聚类，旨在得到潜在的单菌基因组信息。

斗战胜佛oh·2024-01-25 11:54

张启发院士的肺腑之言，值得每一位硕士/博士细细品读

转载来源：宏基因组公众号原文链接：https://mp.weixin.qq.com/s/WzXmLVf4VXjC4_2_a-lzvQ最近我拜读了各位送交的年度工作计划，仔细推敲后，仍感到有三个方面的问题十分严重

M_321·2024-01-24 02:03

开工周，开启两个月安排2023-02-13杂记

中午开电脑搞一些日常操作，熟悉一下电脑，说真的感觉差不多半年尤其是这两三个月没怎么用那个宏基游戏本，感觉都有点生疏了。

方小相·2024-01-22 18:41

宏基因组组装软件mataSPAdes输出文件解读

#metaSPAdes作为宏基因组数据组装软件，数据结果表现优秀，以下对metaSPAdes软件输出的结果进行解读，若有不对之处请指正#共输出7个文件夹及16个单独的文件，下面进行逐一解读：7个文件夹：

WDPLA·2024-01-22 15:48

linux系统下，将.fastq文件统一改为.fq文件

#高通量测序获得宏基因组/宏转录组进行后续分析的过程中，常碰到.fastq与.fq文件后缀不一致的问题#在Linux系统中，你可以使用rename命令或者mv命令来将文件名中的特定后缀进行修改。

WDPLA·2024-01-22 15:47

Linux系统下，提取.fasta文件中序列长度＞n的序列(举例：sqlen＞1000)

#在宏基因组/宏转录组数据进行组装后，常需要去除短片段，筛选出较长的片段以供后续分析#在Linux系统中，您可以使用一些文本处理工具来提取长度大于n的序列。

WDPLA·2024-01-22 15:17

宏转录组组装软件rnaSPAdes输出文件解读

mataSPAdes更适用于宏基因组组装，宏转录组组转推荐rnaSPAdes。

WDPLA·2024-01-22 15:16

在线作图|如何绘制一个好看的堆叠柱状图

比如，在微生物组成谱和宏基因组测序中，堆叠柱形图常常用来展示微生物物种的组成情况。Question2：如何不

维凡生物·2024-01-21 10:05

MetaHipMer2 - MHM2超算系统宏基因组短读长序列组装神器的介绍和使用

Downloads—Bitbucket文章：Terabase-scalemetagenomecoassemblywithMetaHipMer|ScientificReportsMetaHipMer(MHM)是一种从头开始的宏基因组短读组装器

小果运维·2024-01-20 08:26

Microbiome揭示中国人群宿主遗传、肠道菌群与复杂疾病的关系

|本文转载自“宏基因组”公众号2020年10月，西湖大学、中山大学、中国科学院病原微生物与免疫学重点实验室等单位的研究团队在《Microbiome》发表题为“Theinterplaybetweenhostgeneticsandthegutmicrobiomerevealscommonanddistinctmicrobiomefeaturesforcomplexhumandiseases

尐尐呅·2024-01-18 09:20

会议 | 宏基因组和生物信息学进行病原检测的进展和未来

文献信息文章：Currentprogressandfutureopportunitiesinapplicationsofbioinformaticsforbiodefenseandpathogendetection:reportfromtheWinterMid-AtlanticMicrobiomeMeet-up,CollegePark,MD,January10,2018杂志：Microbiome时

胡童远·2024-01-16 07:41

高性能计算环境大规模DNA测序数据集柱状工具HipMer的介绍，安装和使用方法

HipMer（全称High-PerformanceMetagenomeAssembler）利用先进的算法和并行计算技术来高效地组装大基因组或复杂微生物群落（即宏基因组）的序列数据。

小果运维·2024-01-16 06:54

每一个平凡的日子都可以编织成美好的故事

2021.1.19今天上午单位通知去宏基小区值班，不能参加省重点课题第二组中学语文的汇报展演及总评活动，确实很遗憾，因为远程平台是直播不能回放。

素心听月·2024-01-16 02:22

使用Diamond比对NR数据库获取物种注释

之前用Kraken2注释宏基因组的contig，发现只有30%左右可以被Kraken2注释Kraken2+Bracken：宏基因组物种注释-CSDN博客不信邪，再用NR库试试参考：将NR数据库diamond

CAAS_IFR_zp·2024-01-15 22:56

噬菌体

噬菌体的宿主预测：利用细菌的spacers和自己宏基因组测序得到的序列，细菌的spacers建立blast索引，然后使用blastn参数：blastn-short-e1e-5进行比对。

宏病毒组·2024-01-11 18:00

Megahit, metaSPAdes, metabat2, GTDB-tk, checkM

Megahit（宏基因组组装工具）原理基于kmer迭代的DBG算法。kmer：kmer指将reads切碎

苦中作乐613·2024-01-07 12:48

一文详解宏基因组组装工具Megahit安装及应用

要点Megahit简介Megahit的基本组装原理Megahit的安装和使用Megahit实战hello，大家好，今天为大家带来关于宏基因组组装工具Megahit的超详细安装及应用教程。

JaneMarple️·2024-01-07 12:47

宏基因组组装神器-MEGAHIT使用及常见问题

文章目录简介安装和使用常见报错和解决方法输出结果对内存需求样本实际组装时间参考简介宏基因组测序获得海量短片段测序数据，这些数据混合着环境中各种各样的微生物基因组序列，如何恢复出这些微生物基因组序列，基因组组装成为至关重要的一步

Neptuneyut·2024-01-07 12:15

宏基因组：MEGAHIT组装拼接及quast评估

Megahit组装软件很多下面介绍三款组装软件：MEGAHIT下载地址https://github.com/voutcn/megahitgitclonehttps://github.com/voutcn/megahit.gitcdmegahitmake其他两款组装软件下载地址SOAPdenovo下载地址http://sourceforge.net/projects/soapdenovo2/file

狗蛋儿张·2024-01-07 12:15

iMeta | 青岛华大范广益组基于共标签测序数据的高质量宏基因组组装工具MetaTrass...

点击蓝字关注我们MetaTrass：基于共标签测序数据的人类肠道微生物高质量宏基因组组装工具https://doi.org/10.1002/imt2.46RESEARCHARTICLE●2022年8月15

生信宝典·2024-01-07 12:45

Vamb宏基因组分箱：安装与使用

mkdir~/Software/VambcdVambgitclonehttps://github.com/RasmussenLab/vamb-bmastercdvambpipinstall-e.vamb-hGitHub-RasmussenLab/vamb:Variationalautoencoderformetagenomicbinning使用参考上述官方文档

CAAS_IFR_zp·2024-01-07 12:15

链读测序技术在宏基因组组装研究中的应用

链读测序（Linked-readsequencing）通过将相同的barcode与长DNA片段(10-100kb)的序列连接在一起，能够消除其中的一些错读，从而改进宏基因组组装。

谷禾牛博·2024-01-07 12:44

原创||宏基因组干货分享专题———组装

拿到宏基因组序列之后，首先要进行质控分析，这步的主要目的是去掉接头和低质量序列。质控结束之后，拿到了干净的数据。就要对基因序列进行组装，组装是一个繁琐且耗时久的一个过程。

bioDeep·2024-01-07 12:44

宏基因组序列无参考基因组装工具idba-ud的介绍及详细使用方法

介绍idba-ud工具是一种用于组装无参考基因组的工具，它可以将高通量测序数据转化为基因组序列。它是idba工具的升级版本，专门用于组装多样性的无参考基因组。idba-ud的主要作用是通过组装测序数据，生成无参考基因组的序列。它能够处理短读长和长读长两种类型的测序数据，并且能够在组装过程中处理高度异质性的数据。idba-ud还具有高度并行化的特点，可以充分利用计算资源进行快速的基因组组装。idba

小果运维·2024-01-07 12:14

metaSPAdes,megahit,IDBA-UB:宏基因组装软件安装与使用

metaSPAdes,megahit,IDBA-UB是目前比较主流的宏基因组组装软件metaSPAdes安装GitHub-ablab/spades:SPAdesGenomeAssembler#3.15.5

CAAS_IFR_zp·2024-01-07 12:43

宏基no bootable device解决方法

宏基nobootabledevice解决方法在打开电脑时，显示nobootabledevice，下面提供解决方法：打开电脑后，一直按F2，直到打开如下控制界面使用方向键定位到Boot页然后在bootmode

海绵波波107·2024-01-07 09:48

MiniTab的宏基础知识

什么是宏？宏是包含一系列Minitab会话命令的文本文件。可以使用宏自动执行重复性任务（例如，生成月度报表）或扩展Minitab的功能（例如，计算特殊检验统计量）。Minitab提供以下类型的宏：全局宏（.MAC文件）可分析和操作活动工作表中的数据。但是，所有要访问的列、常量和矩阵的标识都必须在宏内部指定；因此，每次运行宏时，工作表都必须采用同样的方式进行配置。GMACRONOMISSLETK90

红狐格格·2024-01-07 01:44

真核微生物基因序列鉴定工具EukRep工具的安装和详细使用方法

EukRep从宏基因组数据集中分类真核和原核序列安装要求Python3推荐使用conda安装：$condacreate-y-neukrep-env-cbiocondascikit-learn==0.19.2eukrep

小果运维·2024-01-06 09:31

宏基因组序列分析工具EukRep

文章：Genome-reconstructionforeukaryotesfromcomplexnaturalmicrobialcommunities|bioRxiv仓库：patrickwest/EukRep:ClassificationofEukaryoticandProkaryoticsequencesfrommetagenomicdatasets(github.com)推荐使用conda进行

小果运维·2024-01-06 09:00

跟着NC学cfDNA全基因组片段化丰度谱分析

继续我们的跟着NC学系列，前面分享的是关于16S扩增子测序和宏基因组数据分析的。

zd200572·2024-01-01 19:54

From 16S rDNA测序 To 宏基因组学研究—应用的策略和主要流程

良好结果的前提）4.测序平台的选择5.数据的存储、分析、发布——————————————————————————————————1.实验设计和研究目的定制策略1.1一切始于实验设计在某些方面实验设计需要谨慎：宏基因组研究中使用方法特点不同

JarySun·2023-12-31 05:19

微生物群落多样性测序与功能分析

对微生物群落进行测序包括两类，一类是通过16srDNA，18srDNA，ITS区域进行扩增测序分析微生物的群体构成和多样性；还有一类是宏基因组测序，是不经过分离

Seurat_Satija·2023-12-30 05:53

高通量测序的数据处理与分析指北(二)--宏基因组3

博客原文宏基因组宿主去污染在上一篇文章中，详细的介绍了宏基因组如何下载以及如何使用fastp进行质控，本篇文章主要聚焦于如何对宿主污染进行去除。

lantary·2023-12-27 23:49

基于conda环境下的宏基因组学分析利器MetaWRAP 1.3.2 安装和使用，序列分析基本流程自动分析脚本

介绍：MetaWRAP是一个宏基因组学分析工具库，用于分析宏基因组测序数据。它提供了一套功能强大的工具，用于进行宏基因组数据的装配、注释和功能分析。

小果运维·2023-12-24 02:01

超结MOS/低压MOS在5G基站电源上的应用-REASUNOS瑞森半导体

一、前言5G基站是5G网络的核心设备，实现有线通信网络与无线终端之间的无线信号传输，5G基站主要分为宏基站和小基站。

瑞森半导体·2023-12-20 00:33

宏基因组经典论文复现(1) ggplot2绘制散点图

之前写了不少微生物多样性的数据可视化案例，但是始终没有与宏基因组接触，如今大势所趋不得不走上这条道路，论文复现也得早日提上日程，今天就让我们开始来复现下述论文中的图Expandedcatalogofmicrobialgenesandmetagenome-assembledgenomesfromthepiggutmicrobiome

R语言数据分析指南·2023-12-19 12:46

宏基因组学Metagenome-磷循环Pcycle功能基因分析-从分析过程到代码及结果演示-超详细保姆级流程

大背景介绍生信分析，凡事先看论文，有了论文就有了参考，后续分析就有底了，直接上硬菜开干：PCycDB:acomprehensiveandaccuratedatabaseforfastanalysisofphosphoruscyclinggenes-PubMed数据库及部分分析代码github库：GitHub-ZengJiaxiong/Phosphorus-cycling-database:This

小果运维·2023-12-19 09:19

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