环状RNA 第2页

SLICER：从单细胞RNA-seq数据推断分支的非线性细胞轨迹

image.pngSLICER是一种构建轨迹的算法，该轨迹描述了某些生物学过程中基因表达的变化。SLICER可以捕获高度非线性的基因表达变化，自动选择与该过程相关的基因，并检测轨迹中的多个分支和loopfeatures。SLICER（SelectiveLocallyLinearInferenceofCellularExpressionRelationships），是一种使用局部线性嵌入（LLE）重

生信编程日常·2024-02-14 00:51

内源性逆转录病毒一(基础知识)

内源性逆转录病毒概念：逆转录病毒属于逆转录病毒科(Retroviridae)，是一类仅感染脊椎动物的单链正义不分节RNA病毒。

吕强强学生信·2024-02-13 21:24

春天长高季，除了补钙，这几种营养也不能缺了

维生素A维生素A参与细胞的RNA、DNA的合成，对细胞的分化、组织更新有一定影响。充足的维生素A有益于增强长骨骨骺软骨中的细胞活

纤云营养师·2024-02-13 21:05

【算法详解】STitch3D：空间转录组数据和单细胞RNA测序数据共同建模的空转数据对齐和整合算法，实现更高分辨率的3D结构重建

目录0参考文献1模型特色2算法解析2.1模型概述2.2获得隐空间表示2.3获得细胞类型比例2.4处理批次效应0参考文献STitch3D原论文：Constructionofa3Dwholeorganismspatialatlasbyjointmodellingofmultiplesliceswithdeepneuralnetworks1模型特色生物体器官具有复杂的三维结构，生理过程的进行也很少在二维

yaoyao255·2024-02-13 18:32

2021-06-04 双管齐下——mTORC1调控m6A

研究结果显示，mTORC1通路可以通过调控m6AWriter中的WTAP的表达与m6A的甲基供体SAM的水平调控RNA的m6A修饰。mTOR

NAome·2024-02-13 05:05

10.单细胞 RNA-seq：聚类分析

学习目标：评估是否存在聚类过程产生的技术误差使用PCA和UMAP图确定聚类质量，并了解何时重新聚类评估已知的细胞类型标记与假设簇的细胞类型同一性单细胞RNA-seq聚类分析现在我们已经进行了整合，我们想知道我们的细胞群中存在哪些不同细胞类型

denghb001·2024-02-13 01:02

新版EvidenceModeler基因组注释方法

EvidenceModeler用于将多种方法的注释结果合并整理从头预测的结果，同源注释结果，RNA-seq辅助注释结果，EST注释结果等等。

在学生信秃头中·2024-02-12 22:41

小鼠嗅球的单细胞rna-seq揭示了细胞的异质性和成体神经元活性依赖的分子普查

Single-CellRNA-SeqofMouseOlfactoryBulbRevealsCellularHeterogeneityandActivity-DependentMolecularCensusofAdult-BornNeurons题目：小鼠嗅球的单细胞rna-seq

猫姐Lily·2024-02-12 06:26

【R画图】环形热图

最近经常看见环状的热图，所以就搜了一下资料学习一下，测试一下。环状热图我也经常会在论文中看到，用法和热图相同，但更适合于需要展示较多基因（数据）时来使用。

jjjscuedu·2024-02-11 11:41

链特异性测序及在IGV中的可视结果

dUTP方法是先利用随机引物合成RNA的一条cDNA链，在合成第二条链的时候用dUTP代替dTTP，加adaptor后用UDGase处理，将有U的第二条cDNA降解掉。

LeoinUSA·2024-02-11 09:26

lncRNA转录组分析泌乳母猪热应激机制

长链非编码RNA(Longnon-codingRNAs,lncRNAs)在转录和转录后调控中发挥重要作用。但是，lncRNA在母猪下丘脑-垂体-乳腺轴上表达影响泌乳性能的机制尚不清楚。

felix108·2024-02-11 06:37

温故知新之CRISPR/Cas9原理

温故知新之CRISPR/Cas9原理CRISPR/Cas9基因编辑系统由一个具有核酸内切酶功能的Cas9蛋白(或其他同源蛋白)和一条单链向导RNA(singleguide,sgRNA)组成。

Seurat_·2024-02-10 22:19

2021-08-09 iCLIP解析HNRNPC在可变剪接中的调控机制

CLIP-seq（UVcross-linkingandimmunoprecipitationwithhigh-throughputsequencing）是研究RNA结合蛋白（RNAbindingprotein

NAome·2024-02-10 14:10

2018 年诺贝尔化学奖「蛋白质进化」在我们生活中实际应用

而后，1912年Sabatier的金属催化加氢反应、1918年Haber的合成氨工业，以及近来的非平衡态热力学、基元反应研究、RNA催化、小分子/

ferrymanzrq·2024-02-09 13:23

三维基因组｜分子生物学简介 (1)

分子生物学涉及生命从组成到活动的所有分子基础，包括DNA、RNA、蛋白质之间的相互作用、它们的生物合成以及这些相互作用的调节。

冷冻工厂·2024-02-09 09:10

mRNA新冠疫苗会制造“转基因人”？没那么容易被“转”

加上最近美国《科学》杂志发表的一篇文章称，有证据证明，如果注射mRNA新冠疫苗，新冠病毒的部分RNA（核糖核酸）可能会整合到人的遗传物质DNA中，虽然不解其意，但许多人也忧心忡忡。

BBCearth·2024-02-08 14:56

[每日一题]141.Linked List Cycle（链表）

链接：https://leetcode.com/problems/linked-list-cycle/141.LinkedListCycle.png题目的意思就是输入一个链表，然后判断链表是否构成了环状结构

何学诚·2024-02-08 13:00

看了老大比较基因组学视频后扩展的小内容

老大视频比较基因组在IGV看了http://www.bio-info-trainee.com/2218.htmlwes：探针捕获rna-seq：不会出现外显子两边下降chip-seq：不会出现整齐，得到的文件是

小梦游仙境·2024-02-08 12:56

扑克牌游戏_题解

环状结构可以使用循环取模的方式来模拟（也就是代码中pospospos的运行逻辑）。踢出操作可以使用标记数组（也就是代码中的visvisvis），false代表没有被踢出，true代表已经被踢出。

小新不想起床·2024-02-08 11:47

生信绘图：在线绘制序列 Logo 图

网站链接：WebLogo3-About(threeplusone.com)1序列Logo图序列Logo是一种常用于可视化DNA、RNA或氨基酸序列中保守性和模式的图形化方法。

Ningbo_JiaYT·2024-02-08 07:09

STAR: ultrafast universal RNA-seq aligner

SchlesingerF,etal.STAR:ultrafastuniversalRNA-seqaligner[J].Bioinformatics,2012,29(1).ABSTRACTMotivation:高通量RNA-seq

sunlight_yy·2024-02-07 14:29

文献笔记八十六：植物小RNA百科全书

论文PmiREN:acomprehensiveencyclopediaofplantmiRNAshttps://academic.oup.com/nar/article/48/D1/D1114/5585553本地文件名gkz894

小明的数据分析笔记本·2024-02-07 11:43

chapter13_总结

为交互对象之间的松耦合设计而努力(5)类应该对扩展开放,对修改关闭(6)依赖抽象,不应该依赖具体类(7)类中关联的对象数量不应该过多(8)低层组件应该等待高层组件的调用,不应该在高层组件和低层组件之间形成环状依赖

米都都·2024-02-07 11:57

2022-09-07

-0710:15发表于江苏收录于合集#前沿生物大数据分析撰文：风不止步IF=47.99推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：文章开发第一个通用平台US-align，用于统一对齐不同大分子的单体和复合结构--蛋白质、RNA

图灵基因·2024-02-07 10:48

学习：StatQuest-RNA-seq技术重复

概念首先我们先辨析一下生物学重复和技术重复，我们的RNA-seq的data产生差异是正常的，关于差异来自于几个方面：生物学多样性，个体间差异，即便是同一物种（基因组相同），其转录本也未必都相同image.png

小潤澤·2024-02-07 09:11

2022-11-29 RNA-seq差异表达分析

最近看到一篇文章提到当样本量很大的时候差异表达分析使用秩和检验效果较好。文章题目：ExaggeratedfalsepositivesbypopulardifferentialexpressionmethodswhenanalyzinghumanpopulationsamplesGenomeBiol.2022Mar15;23(1):79.doi:10.1186/s13059-022-02648-4.

Zheng_xy·2024-02-06 21:20

RNA-seq-Li

李老师RNA-seqPRC1.6-Gene和PRC1.6-Repeat数据分析读取要处理的文件library(ggplot2)library(VennDiagram)file.listlog2FoldChange_cutoff

bred·2024-02-06 17:31

几种RNA和蛋白互作检测的实验技术

今天给大家分享几种RNA和蛋白互作检测的实验技术，实验方法在这里没有详细描述，只是让大家对这几种实验技术原理有个初步的认识了解。感兴趣的可以专门阅读文献去深入学习，下面我们来看下这几种实验技术。

去学习一下啊·2024-02-06 17:45

2022-08-14

上一次写随笔还是两周前八月第一周在玩异度之刃3.....第二周把EGO数据库挖掘的内容结束了，另外学了chip-seq全流程，这一次感觉比rna-seq那一趟顺利多了，当然，数据量也是大多了，分析结束后还要把

佳奥·2024-02-06 09:00

学习：StatQuest-Heatmap

Heatmapimage.png在RNA-seq中热图往往用于衡量不同样本不同基因的表达情况（主要看上下表达），这个图就是个热图，横坐标表示不同样本，纵坐标表示基因。

小潤澤·2024-02-06 05:17

文献分享-Cas9系统中引导RNA的研究进展

本文是一篇中文综述，于2018年12月发表于《生物技术通报》，文章对CRISPR/Cas9系统中的引导RNA研究进展进行了综述，围绕引导RNA的序列组成、结构特征以及转录产生方式这3方面内容，展望引导RNA

去学习一下啊·2024-02-05 23:40

RNA-seq转录组数据分析

B站：RNA-seq转录组数据分析入门实战1linux常用命令touchtext.txt#新建文件rm-rf/var/log/httpd/access#将会删除/var/log/httpd/access

医学小白学生信·2024-02-05 15:35

一文读懂环状RNA

环状RNA的定义是什么？circRNAs（CircularRNAs，环形RNA分子）是一类不具有5'末端帽子和3'末端poly(A)尾巴、并以共价键形成环形结构的非编码RNA分子。

Seurat_Satija·2024-02-05 09:01

比对软件索引构建与效率比较

最近接触下组学的rawdata分析，慢慢学咯~下载参考基因组【直播】我的基因组（五）:测试数据及参考基因组的准备比对原创10000+生信教程大神给你的RNA实战视频演练比对效率5款流行比对工具大比拼

王诗翔·2024-02-05 08:18

“诺如病毒”爆发导致的腹泻，如何避免宝宝中招？

诺如病毒是属于杯状病毒科的单链正股RNA病毒，是引起全世界病毒性急性胃肠炎散发和暴发的主要病原体之一，也是儿童急性肠胃炎常见诱因之一

小风车儿科·2024-02-05 06:53

每日paper - 20211111 - 哺乳动物基因表达调控的全局定量分析

基因表达是一个多步骤的过程，包括转录、翻译和信使RNA与蛋白质的周转（turnover，应该是类似于代谢、降解的意思？）。

阿芃·2024-02-04 21:49

2022年全球市场RNA靶向小分子药物总体规模、主要企业、主要地区、产品和应用细分研究报告

本文研究全球市场、主要地区和主要国家RNA靶向小分子药物的销量、销售收入等，同时也重点分析全球范围内主要厂商（品牌）竞争态势，RNA靶向小分子药物销量、价格、收入和市场份额等。

GIR-环洋咨询·2024-02-03 22:43

Inﬂammasome Activation Triggers Caspase-1- Mediated Cleavage of cGAS to Regulate Responses to DNA...

作者研究了利用DNA病毒感染ASC-/-与Casp-/巨噬细胞，发现这两个分子的缺陷会导致IFN的产生增加，但RNA病毒的感染却未有此表型。

backup备份·2024-02-03 21:17

借助NMF的力量对单细胞RNA和单细胞ATAC进行联合分析

hello，大家好，礼拜天了，明天又要上班了，但是很想写一点东西，留下点足迹，但是又不想太动脑子，所以分享一篇代码文，分享给大家，单细胞转录组和ATAC的联合分析。Jointdefinitionofcelltypesfromsingle-cellgeneexpressionandchromatinaccessibilitydata说起liger，大家应该不陌生，大家可以参考我的文章10X单细胞（空

单细胞空间交响乐·2024-02-03 20:19

200826 Circ之旅3-构建人类基因组索引

注：后面可能还会构建鼠源的x参考：RNA-seq(5):序列比对：Hisat2人类基因组hg19、hg38构建bwa索引生物信息学习——bowtie2使用手册bwabowtie2salmonsubreadhisat2

dicklim·2024-02-03 15:13

scifi-RNA-seq 2021

题目：Ultra-high-throughputsingle-cellRNAsequencingandperturbationscreeningwithcombinatorialfluidicindexing期刊：NatureMethods通讯作者：ChristophBock奥地利科学院分子医学研究中心，维也纳，奥地利人工智能研究所，医学统计、信息学和智能系统中心，维也纳医科大学，奥地利维也纳我们

韧_7e6f·2024-02-03 12:07

血液提取RNA

②RNA血液保存液12000rpm离心5min，弃上清后加1毫升RNase-freeddH2O。③200

杏子柠檬茶·2024-02-03 07:54

RNA 18. SCI 文章中基因集变异分析 GSVA

GSVA也是SCI文章中常见的分析方法，在我们获得多个pathway的时候，可以比较pathway在样本分组中的差异，这样可以更好的确定每个通络的活性。关注公众号，桓峰基因前言GSVA全名Genesetvariationanalysis（基因集变异分析），是一种非参数，无监督的算法。与GSEA不同，GSVA不需要预先对样本进行分组，可以计算每个样本中特定基因集的富集分数。换而言之，GSVA转化了基

90066456ace6·2024-02-03 00:05

一、二、三、四代测序技术原理详解

简单来说，测序技术就是将DNA/RNA分子中碱基ATGC的排列顺序显示出来。1953年，Watson和Crick提出DNA双

生信空间·2024-02-02 22:24

ATAC-seq发篇测序文章就结束了吗？看如何利用ATAC-seq数据为后续关键基因的转录调控研究提供重要依据

转座酶可及染色质测序分析（ATAC-seq）是常见的研究染色质可及性的方法，ATAC-seq联合RNA-seq是一种新的研究思路，为阐述基因组和特定生物过程中的基因差异表达提供见解。

爱基百客·2024-02-02 15:16

国自然热点：如何从表观遗传学方向入手进行炎症机制研究

表观遗传学则是研究基因组中不涉及DNA序列改变的遗传变化，包括DNA甲基化、组蛋白修饰以及非编码RNA等。近年来，越来越多的研究表明炎症与表观遗传之间存在密切的关联。