第三代测序第7页

生信步骤|kmc+genomescope进行基因组调查

在组装未知基因组时，往往需要利用重测序数据提前进行基因组调查，以获取其基因组规模，杂合率，重复序列比例，GC含量等信息。从而更好地拟定后继测序策略。基因组调查可以采用kmers方法。

学术程稻属·2024-01-15 20:04

生信步骤|转录组测序上游分析：hisat2+samtools+stringtie

转录组分析在当下研究功能基因组领域十分常用。相关软件组合种类也十分丰富，本文采用了hisat2+samtools+stringtie策略从转录组数据中挖掘差异表达基因。在这里小编整理了一下此套组合的执行流程，以供日后查阅；同时分享在平台，希望能帮助到更多初学者，如有谬误也请各路大佬批评指正。先从整体上看一下软件们所执行的功能：hisat2：建立参考基因组索引，reads的比对samtools：sa

学术程稻属·2024-01-15 20:34

外泌体多组学15-尿液外泌体sRNA建库优化-增加切胶回收扩增-比对率20%提升至33%

从外泌体中分离出的miRNAs的测序在识别新的疾病生物标志物方面具有很大的潜力，但外泌体的RNA数量较低，阻碍了充分的分析和定量。

_十三·2024-01-15 19:08

单细胞转录组测序揭示了动脉粥样硬化免疫细胞的异质性

单细胞转录组测序（scRNA-seq）技术的进展使我们对免疫细胞亚群的认识更加完善。

晶典教你玩转科研·2024-01-15 16:01

文化与传承

没想到智商在线的小帅哥，还是国家级非物质文化遗产“面人郎”的第三代传人。关于非遗，虽然国家一直在宣传和推广，但是身体力行的希望通过自己的努力，

hansisi·2024-01-15 09:26

十四五拟大力发展第三代半导体

1、据外媒消息，中国计划将大力支持发展第三代半导体产业写入“十四五”规划之中。

全能老王子·2024-01-15 07:34

哺乳动物器官中基因表达水平的进化

在这里，为了了解哺乳动物转录组进化的动态，我们报道了来自10种主要哺乳动物谱系(胎盘类、有袋类和单孔类)和鸟类(进化外群)的6个器官的多聚腺苷化RNA的测序。我们发现，由于选择压力的

亦是旅人呐·2024-01-15 04:33

这篇12分只有2张图的文章思路值得借鉴

作者对致命性前列腺癌的未治疗初级样本以及去势抵抗后的样本进行了基因组测序，分析了前列腺癌原发肿瘤活检中的基因改变，评估相同

科研菌·2024-01-15 00:02

细菌16S rRNA基因测序平台比较

1.细菌16SrRNA基因测序平台介绍1.1Roche454测序平台罗氏454测序系统是454生命科学公司推出的454测序技术，是基于焦磷酸测序法的高通量测序系统，开创了第二代测序技术的先河。

JarySun·2024-01-14 21:48

2016《Cell Research》全基因组重测序研究狗的驯化起源

动物经过了漫长的驯化和文明交流过程，它们的样子跟其祖先相比，发生了太多的变化，早已无从分辨。然而，我们依然可以从它们的基因组DNA中找到其驯化迁徙的痕迹，探究物种群体的命运和奋斗历程。在生物体的世代交替过程中，基因组DNA一代一代地传递下来，它保存了调控生物体生长发育的几乎所有信息。然而，基因组DNA又不是一成不变地传递，每一代甚至每一个个体都会发生突变。因而，随着时间的推移，后代的个体中DNA会

iBioinformatics·2024-01-14 21:26

SIC单晶衬底的常用检测技术

碳化硅（SiC）作为第三代半导体材料，因其宽禁带宽度、高击穿电场强度和高热导率等优异性能，在众多高端应用领域表现出色，已成为半导体材料技术的重要发展方向之一。

阿拉伯梳子·2024-01-14 15:08

UML类图简介

什么是UML统一建模语言（UnifiedModelingLanguage，缩写UML）是非专利的第三代建模和规约语言。

felixu·2024-01-14 03:29

今日武器装备分享-T80主战坦克

T80主战坦克是由T64主战坦克发展而来的苏联第三种第三代主战坦克，是历史上第一种以燃气轮机为动力批量生产的主战坦克。

上甘岭的旗帜·2024-01-14 00:01

使用深度学习开发癌症复发风险分层模型，可改善早期发现和推进早期干预（IF5+)

DeepLearning-BasedMulti-OmicsIntegrationRobustlyPredictsRelapseinProstateCancer基于深度学习的多组学整合有力地预测了前列腺癌的复发情况发表期刊：FrontOncol发表日期：2022Jun23DOI:10.3389/fonc.2022.893424期刊相关信息一、背景随着芯片和测序等先进技术在生物医学领域的发展和应用

生信学霸·2024-01-13 17:13

绘制Cell文章中SNP的地理分布图

转自：https://mp.weixin.qq.com/s/F20F_Mn_8etC7dhVXGm46g1.RICESNP的使用由中国农科院作科所牵头的这项3000份栽培稻的测序工作(「Genomicvariationin3,010diverseaccessionsofAsiancultivatedrice

生信师姐·2024-01-13 12:30

单细胞实战(1)：原始测序数据下载

前言目前的课题是10X单细胞测序(植物方面)，之前已经把所有的流程基本走过一遍，现在就将自己的学习过程整理成笔记给大家分享一下，我在学习单细胞分析的时候主要跟着单细胞天地的公众号和jimmy老师在B站上上传的单细胞分析视频进行学习的

周小钊·2024-01-13 11:09

2022-03-07

NatComm|胃癌4种分子亚型32基因特征的开发和验证原创图灵基因图灵基因收录于话题#前沿分子生物学机制佛罗里达州梅奥诊所癌症中心的科学家们表示，最近的一项研究正在验证使用基因组测序来预测胃癌患者从化疗或免疫治疗中获益的可能性

图灵基因·2024-01-13 07:16

重学Java 1.学习路线及相关概述

摸得着的物理部件或设备软件是以程序和文档的形式存在硬件和软件是相辅相成的，谁也离不开谁Ss.3计算机语言计算机编程语言，就是人们对计算机下达的命令，让计算机完成人们需要的功能计算机语言的发展：第一代：机器语言第二代：汇编语言第三代

L_cl·2024-01-13 06:58

机器学习中的隐马尔可夫模型及Python实现示例

隐马尔可夫模型（HMM）是一种统计模型，用于描述观测序列和隐藏状态序列之间的概率关系。它通常用于生成观测值的底层系统或过程未知或隐藏的情况，因此它被称为“隐马尔可夫模型”。

python收藏家·2024-01-13 04:40

bismark 识别甲基化位点-比对篇

我用的软件自带的单端测序的数据集进行测试，命令如下bismarkhg19_bismark_db/test_data.fastq-otest第一个参数为bismark_genome_preparation

生信修炼手册·2024-01-13 04:11

《地缚少年》前传：柚木普的秘密，手里的刀杀过人，那个人是谁？

是一部由漫画改编而来的动画作品，看过漫画的小伙伴都知道在第一话之前其实还有前传内容，在前传里花子君和八寻宁宁照样进行了一场完美邂逅，原来校园七大不可思议是学生们的守护神，而花子君只是一个职位称号，现在的花子君是厕所里的第三代花子

ACGN安乐·2024-01-13 01:30

创业与人体-06 用表观遗传学重新认识进化

1.表观遗传学在2000年的时候六国的科学家合作完成了人类基因组测序，在这之后科学家们逐渐发现原来的基因遗传理论并不能很好人类遗传中出现的种种现象，于是沃丁顿的获得性遗传

零翼彼方·2024-01-12 16:15

Verilog 状态机示例

(3)状态机第三代，时序逻辑，非阻塞赋值，因为是Mealy型状态机，根据当前状态和当前输入，确定输出信号。//vending

代码匠·2024-01-12 15:00

堂哥

他生三个女儿，都成了家，并有了第三代，他住在小女儿家，靠她养老。三个女儿都在县城购了房，都是通过在外省打工攒钱积累的家产。据说，他三

傅忠华·2024-01-12 15:47

正面PK智驾，华为与博世「硬扛」

而星纪元ES则是搭载奇瑞第三代NEP智能驾驶，背后是博世与文远知行合作在中国市场首发的基于英伟达平台的高阶智驾系统。从目前公布的售价和配置来看，

高工智能汽车·2024-01-12 11:45

bismark_methylation_extractor提取甲基化信号的问题

运行到这里遇到一个巨坑sambambaimage.pngimage.pngbismarkerroimage.pngbismarkDNA甲基化测序比对-bisulfite-seqimage.png好吧本来想将两个

热衷组培的二货潜·2024-01-12 09:38

100个GEO基因表达芯片或转录组数据处理之GSE126848（003）

写在前边虽然现在是高通量测序的时代，但是GEO、ArrayExpress等数据库储存并公开大量的基因表达芯片数据，还是会有大量的需求去处理芯片数据，并且建模或验证自己所研究基因的表达情况，芯片数据的处理也可能是大部分刚学生信的道友入门

恩喜玛生物·2024-01-12 08:26

100个GEO基因表达芯片或转录组数据处理之GSE159676（002）

写在前边虽然现在是高通量测序的时代，但是GEO、ArrayExpress等数据库储存并公开大量的基因表达芯片数据，还是会有大量的需求去处理芯片数据，并且建模或验证自己所研究基因的表达情况，芯片数据的处理也可能是大部分刚学生信的道友入门

恩喜玛生物·2024-01-12 08:26

2018-04-10---关于FastQ和FastA（转载）

一、关于FastqFASTQ是基于文本的，保存生物序列（通常是核酸序列）和其测序质量信息的标准格式。

天秤座的机器狗·2024-01-12 08:27

今日武器装备分享-法国阵风战斗机

阵风战斗机是由法国达索飞机制造公司设计制造的第三代半战斗机，与欧洲台风战斗机、瑞典萨博JAS-39鹰狮战斗机并称为欧洲三雄。

上甘岭的旗帜·2024-01-12 04:10

学习小组Day7笔记--李富烨

测序知识.png

李富_83a0·2024-01-12 02:29

单细胞测序初学者指南

自我们在科学的早期阶段就被告知，我们身体中的每个细胞都有完全相同的基因信息(除一两个细胞之外)。因此，如此多样化的细胞来自基因表达--每个细胞必须表达一组基因，并抑制另一组基因才能正常工作。即使我们有了这些知识，我们仍然很难确定哪个基因(或一组基因)对该细胞才是至关重要的。这不仅是因为技术上的困难，还因为细胞在不断变化，不断适应。因此，基因表达几乎就像薛定谔的猫。一个混乱的概念，很难理解，但非常有

11的雾·2024-01-12 00:48

【翻译】DataHub：流行的元数据架构讲解

第三代架构：基于事件的元

王登山·2024-01-11 21:10

噬菌体

噬菌体的宿主预测：利用细菌的spacers和自己宏基因组测序得到的序列，细菌的spacers建立blast索引，然后使用blastn参数：blastn-short-e1e-5进行比对。

宏病毒组·2024-01-11 18:00

学习小组Day7笔记--会平

今天主要学习测序的基础知识。内容包括一二三代测序的特点、二代测序大体流程以及NGS组学的粗略分类。这是今天的学习内容思维导图。Day7.png生信星球对一二三代测序的特点及区别的列表区分，一目了然。

会平_c24e·2024-01-11 18:39

全长转录组-结构分析

作者：Arno审稿：童蒙编辑：angelica引言Iso-seq测序经初步分析获得高质量的转录本之后（全长转录本鉴定，全长转录本比对），便可以对转录本的结构进行精确鉴定、注释。

生信阿拉丁·2024-01-11 17:46

利用PacBio数据检测DNA修饰

以PacBio为代表的三代测序公司开发的第三代测序技术既可以直接测得DNA碱基序列，又可以测得其碱基上的修饰。SMRT(Single-MoleculeReal-Time)测序即单分子实时测序。

浩渺予怀·2024-01-11 16:42

CUTANA™ pAG-Tn5 for CUT&Tag

与ChIP-seq相比，CUT&Tag在降低细胞需求量和测序深度的信噪比方面进行了显著改进。

Neobioscience·2024-01-11 07:16

过年前的话题

80多岁老父一个心愿真汉子在村里一边建房子一边抱怨没人孩子对乡下没感情建房子是给老鼠蚊子改善居住条件祝老板老家建好新楼二年了说过年过节带读研究生的独生女回老家住几天以后肯定带不动了他们都是离乡第二代我这第三代没有属于我的村子可建房

第一闲人·2024-01-11 07:06

单细胞测序文献阅读及补充

Single-cellRNAsequencing:Technicaladvancementsandbiologicalapplications[1]Abstract：单个细胞是生物的基本构件，并且每个细胞都是唯一的，单细胞RNA测序已经已经成为分析细胞特异性和分解组织为细胞类型

瞌睡斋主人·2024-01-11 06:33

评估LLM在细胞数据上的实用性(1)-基本概述

tzc_fly·2024-01-11 03:01

【现代遗传学原理-基因和基因组学】

一、基本概念基因组学：研究基因组结构、功能及表达产物的学科，包括测序、基因组作图、基因组分析。蛋白质组学：研究各种基因组在细胞中全部蛋白质的组成、结构、功能及表达模式的学科。

HuangXinyue1017·2024-01-11 01:46

2022-06-28

学习铁人精神，让党旗飘扬在建设一线直到今日，大庆第三代铁人李新民依然初心不改，即使在海外，和第一代铁人王进喜一样，信念从未动摇。

海洋_a0bf·2024-01-10 22:26

4K投影怎么选？极米RS Pro 3值得入手吗？

2023年是极米4K投影普及风暴和第三代光源技术极米超级混光的元年，极致的产品体验已得到了众多用户的认可和喜爱。

sendnews·2024-01-10 11:32

10X单细胞（10X空间转录组）基因调控网络分析之DeepSEM

不同细胞类型中，基因调控网络存在差异，通过单细胞测序，可以

单细胞空间交响乐·2024-01-10 06:11

重测序获取基因编辑植物T-DNA插入位点

早在本科学习比较基因组学期间就有意做一些知识分享，毕竟目前学得的七成生信知识是源自最早做知识分享的前辈们。计划一直夭折，一方面是自觉实力有限，怕误人子弟，一方面是有点空闲时间就想偷个懒。个人是希望做到干湿结合全面发展的，如果不想两边都学个半吊子，那必然得付出双倍努力了。我目前主要做俩物种，异源多倍体油菜和同源多倍体马铃薯，方向涉及多组学分析、细胞遗传和基因编辑。回归正题，基因编辑过的作物会有载体序

CallumZhao·2024-01-10 05:50

二代测序基础知识

二代测序基础知识二代测序基础概念（这个是与二代测序相关每个部门都要掌握的）FQ数据格式高通量测序(如IlluminaHiSeqTM/MiseqTM)得到的原始图像数据文件经CASAVA碱基识别(BaseCalling

点滴生信·2024-01-10 05:57

全面解读｜“小”产品，“大”能量的 BSA 性状定位

对亲本和子代混池进行建库测序，检测SNP，根据亲本间纯和差异的位点，计算子代池的index值，进而挑选差异较大的位点。图1BSA原理图群体的选择根据群体的形成

ee00dc6faab7·2024-01-10 00:10

数据的质量控制软件 | FastQC

拿到二代测序数据后，首先要查看一下测序质量如何，以评估该测序数据是否满能够进行后续的生信分析。这里介绍一款常用的二代测序数据质量评估软件，FastQC。

生信师姐·2024-01-09 23:12

阿里云第七代云服务器特惠，低至0.5折起，爆款免费试用3个月

阿里云服务器一直是广大个人用户上云的优先考虑对象，因为阿里云是国内最大的云服务商，有着非常好的口碑和服务，2021年7月，阿里云发布了第七代ECS云服务器实例，实例基于英特尔IceLake处理器和阿里云第三代神龙架构

阿里云最新优惠和活动汇总·2024-01-09 21:16

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